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基于d-loop序列和微卫星标记的4个黄颡鱼群体的遗传变异分析

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黑龙江畜牧兽医 2024年第4期 115-127页

作者：李兵部傅建军陶易凡强俊徐跑中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 中国水产科学研究院北戴河中心实验站河北秦皇岛066100

为探究广东珠江、广西漓江、四川金沙江和云南西江4个水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)群体的遗传变异情况,本研究分别基于上述水系共108尾黄颡鱼的线粒体d-loop序列和12个微卫星标记对4个黄颡鱼群体进行群体内遗传多样性、群体间... 详细信息

为探究广东珠江、广西漓江、四川金沙江和云南西江4个水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)群体的遗传变异情况,本研究分别基于上述水系共108尾黄颡鱼的线粒体d-loop序列和12个微卫星标记对4个黄颡鱼群体进行群体内遗传多样性、群体间遗传距离和变异及群体结构分析。结果表明:共得到105个d-loop序列,其核苷酸组成中A+T含量占比为56.22%,G+C含量占比为43.78%。在105个有效序列中,多态位点数为746个(含缺和无效多态位点),单倍型数为51个。Hap2、Hap25、Hap15分别是广东珠江、广西漓江、四川金沙江群体的优势单倍型。4个黄颡鱼群体的单倍型多样性(H_(d))介于0.842~0.940,核苷酸多样性(π)介于0.002~0.083;四川金沙江群体Hd的最低,π也处于较低水平;而云南西江群体的Hd和π均最高;4个群体的Tajima′s d值均小于0。等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)均为广西漓江群体最高,广东珠江群体次之,云南西江群体较低,四川金沙江群体最低。4个黄颡鱼群体的K2P遗传距离介于0.008~0.115之间,其中广西漓江与云南西江群体间的K2P遗传距离最近;广东珠江群体与其他3个群体的K2P遗传距离较远,与四川金沙江群体的K2P遗传距离最远。4个黄颡鱼群体间均存在极显著的遗传分化(P<0.01),群体间遗传分化指数(F_(st))介于0.114~0.959之间。4个黄颡鱼群体间Nei’s遗传距离和遗传一致性分别介于0.117~1.114之间和0.328~0.890之间,其中,广西漓江群体与云南西江群体的Nei’s遗传距离最近、遗传一致性最高,广东珠江与四川金沙江群体的Nei’s遗传距离最远、遗传一致性最低。在UPGMA系统聚类树中,4个黄颡鱼群体主要分为两支,其中广西漓江群体、云南西江群体最先聚为一支,然后与四川金沙江群体聚为一支,最后与广东珠江群体聚类。在NJ聚类树中,4个群体黄颡鱼的明显分为4个分支,广西漓江群体与云南西江群体呈镶嵌式分布。4个黄颡鱼群体中共享单倍型较少,但特有单倍型较多,其中云南西江和广西漓江群体相邻较近且共有单倍型较多。在基于Nei’s遗传距离进行的主坐标分析中,广西漓江群体和云南西江群体的个体之间遗传差异较小,广东珠江和四川金沙江群体的个体之间遗传差异较大。说明四川金沙江群体遗传多样性水平较低,云南西江群体遗传多样性水平较高,广西漓江群体与云南西江群体存在一定的基因交流。

关键词：黄颡鱼微卫星标记 d-loop序列遗传多样性群体结构

基于微卫星标记和线粒体d-loop序列的5个大口黑鲈群体遗传变异分析

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中国水产科学 2022年第9期29卷 1277-1289页

作者：张帝强俊傅建军徐钢春周国勤董在杰陶易凡路思琪陆健徐跑南京农业大学无锡渔业学院中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室南京市水产科学研究所

为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体d-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)... 详细信息

为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体d-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278d-loop序列中共检测到23个变异位点, 27个单倍型。其中北方亚种群体单倍型数量较多(12个),而在其他4个群体中存在明显的优势单倍型,单倍型H01在群体内占比为76.7%～85.7%, 5个群体的单倍型多样性介于0.218～0.882。基于微卫星标记和d-loop部分序列的遗传变异分析显示,北方亚种群体和“优鲈3号”群体间的Nei’s遗传距离和K2P遗传距离最远(0.300和0.012),明显大于与其他群体间的遗传距离(0.016～0.297和0.000～0.012);分子方差分析显示, 5个大口黑鲈群体的遗传分化极显著(P<0.01)。群体间遗传结构和单倍型网络分析显示,北方亚种群体的遗传结构相对独立,其他4个群体存在一定程度的遗传结构混杂。研究结果表明,引进的北方亚种群体保持了较高的遗传多样性,并与国内养殖群体间存在极显著遗传分化,基于北方亚种群体开展群体选育或与其他群体开展杂交育种具有较好的应用前景。

关键词：大口黑鲈微卫星标记 d-loop序列遗传多样性

基于线粒体d-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

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广东农业科学 2023年第11期50卷 139-145页

作者：刘士力陈大伟郑建波程顺蒋文枰迟美丽夏冯博李飞浙江省淡水水产研究所/农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江湖州313001 上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 湖州师范学院生命科学学院浙江湖州313001

【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计... 详细信息

【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体dNA(mtdNA)d-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体d-loop序列长度为1038~1093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。在128条黄尾鲴的d-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为0.03782~0.88756,遗传分化系数为0.78903(P<0.01),群体内变异占整个遗传变异的21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。

关键词：黄尾鲴线粒体dNA(mtdNA) d-loop序列遗传多样性遗传结构

凉山黑绵羊线粒体dNA d-loop序列遗传多样性和遗传进化研究

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黑龙江畜牧兽医 2022年第14期 57-61,66页

作者：黄卫平孙艳符俊郑玉才凉山彝族自治州农业科学研究院四川西昌615042 西南民族大学畜牧兽医学院成都610041

为了探讨凉山黑绵羊遗传多样性及不同地理群体间的母系遗传进化情况,试验选取60只来源于四川省凉山彝族自治州的普格县、盐源县、布拖县3个地理黑绵羊群体,每个县均为20只,公母各半,提取血液基因组dNA,用PCR方法扩增线粒体dNA(mtdNA)d-l... 详细信息

为了探讨凉山黑绵羊遗传多样性及不同地理群体间的母系遗传进化情况,试验选取60只来源于四川省凉山彝族自治州的普格县、盐源县、布拖县3个地理黑绵羊群体,每个县均为20只,公母各半,提取血液基因组dNA,用PCR方法扩增线粒体dNA(mtdNA)d-loop序列并测序,统计试验黑绵羊d-loop序列的突变位点和单倍型,计算单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸变异数(K)和Tajima’s d值,分析各群体之间的遗传距离,并基于遗传距离和单倍型构建系统进化树。结果表明:试验黑绵羊mtdNA d-loop序列有1 106,1 176,1 180,1 181,1 182 bp 5个长度类型,主要为1 180 bp、1 181 bp两种类型;存在101个不包括插入/缺失的变异位点;共有46种单倍型,其中8种为共享单倍型;不同群体的单倍型存在较大差异,Hd平均值为0.988,Pi平均值为0.016,K平均值为18.090,Tajima’s d平均值为-0.180 69;布拖黑绵羊与普格黑绵羊和盐源黑绵羊之间的遗传距离较远,而普格黑绵羊和盐源黑绵羊之间的遗传距离较近;3个地理黑绵羊群体分布在A、B两个支系中,其中有76.7%的个体分布在A支系。说明3个地理黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性;它们之间的遗传距离较近,至少有两个母系起源;并且3个地理黑绵羊群体的mtdNA d-loop序列属于中性突变,表明凉山黑绵羊仅经历了自然选择,今后开展人工选择的空间极大,是一类亟待保护、值得开发的绵羊种群。

关键词：凉山黑绵羊线粒体dNA d-loop序列遗传多样性母系遗传进化起源

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黄鳍棘鲷线粒体d-loop序列的遗传结构

水产学报 2021年第3期45卷 345-356页

作者：何震晗肖珊王韶韶陈慧芳苏绍萍赵永贞杨春玲曾地刚朱威霖陈秀荔马华威蒋伟明刘青云李强勇彭敏广西大学动物科学技术学院广西壮族自治区水产科学研究院广西遗传育种与健康养殖重点实验室广西壮族自治区水产引育种中心

为探明分布于我国华南沿海的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性与遗传分化状况,实验采用线粒体控制区(d-loop)基因序列分析华南沿海的厦门、汕尾、阳江、海口、三亚、北海、钦州和防城港8个地理位置的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性及群体遗传结构。... 详细信息

为探明分布于我国华南沿海的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性与遗传分化状况,实验采用线粒体控制区(d-loop)基因序列分析华南沿海的厦门、汕尾、阳江、海口、三亚、北海、钦州和防城港8个地理位置的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性及群体遗传结构。结果显示,黄鳍棘鲷8个群体320条d-loop序列全长为947～958 bp。共检测到29个插入或缺失位点和210个变异位点,其中简约信息位点142个,单一变异位点68个;总体的变异位点、单倍型数、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异和核苷酸多样性(π)分别为210、268、0.998 43、14.790 65和0.015 70。聚类分析结果显示,8个群体被聚类为以琼州海峡分隔的东和西两个组群;8个群体间的遗传分化系数(FST)为-0.012 68～0.466 74,基因流(Nm)为0.571 26～∞。方差分析显示组群间、组群内群体间和群体内个体间的核苷酸遗传变异分别为33.42%、0.32%和66.26%。中性检验显示Tajima’s d为-1.694 77,Fu’s Fs为-23.683 39,表明华南沿海黄鳍棘鲷经历了种群扩张事件。研究表明,中国华南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性比较丰富,根据研究结果可以以琼州海峡为分界分为东组群和西组群2个管理单位进行种质保护。

关键词：黄鳍棘鲷 d-loop序列遗传多样性遗传分化

基于线粒体控制区(d-loop)序列的珠江赤眼鳟遗传多样性与遗传分化

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应用与环境生物学报 2018年第3期24卷 615-622页

作者：李潮蓝昭军赵俊广州市亚热带生物多样性与环境生物监测重点实验室、广东省水产健康安全养殖重点实验室广东省水产优质环保养殖工程技术研究中心华南师范大学生命科学学院广州510631 韶关市渔业技术推广站韶关市水产研究所韶关512006

为了解珠江流域重要野生经济鱼类赤眼鳟的遗传多样性和遗传分化现状,对柳江、西江、北江、郁江、南盘江和红水河6个自然种群共170尾个体的线粒体控制区（d-loop）序列进行测定与分析.结果显示,共获得长978 bp的序列,检测出106个单倍型,... 详细信息

为了解珠江流域重要野生经济鱼类赤眼鳟的遗传多样性和遗传分化现状,对柳江、西江、北江、郁江、南盘江和红水河6个自然种群共170尾个体的线粒体控制区（d-loop）序列进行测定与分析.结果显示,共获得长978 bp的序列,检测出106个单倍型,单倍型多样性平均为0.982 0,核苷酸多样性平均为0.013 53,表明珠江流域赤眼鳟具有较高的遗传多样性.遗传距离和遗传分化结果均显示珠江流域赤眼鳟未出现明显分化,各种群亲缘关系较近.基于d-loop序列构建的NJ树显示,106个单倍型分为两大支系（A支和B支）.A支包含6个种群中的大部分单倍型,未形成明显单系群;B支由西江种群的两个特有单倍型组成.单倍型网络亲缘关系分析结果也表明其未出现明显分化.AMOVA分析结果表明,绝大部分变异出现在种群内（99.36%）,而地理区间和地理区内种群间的变异很小.中性检验显示,珠江流域赤眼鳟历史上曾发生过种群扩张.综合上述研究结果,认为西江为珠江流域赤眼鳟的扩散中心.

关键词：珠江流域赤眼鳟 d-loop序列遗传多样性遗传分化

3种泥鳅微卫星标记和d-loop部分序列遗传变异分析

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水产学报 2015年第4期39卷 465-474页

作者：傅建军徐如卫薛婷杨福生姜虎成李家乐上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学食品科学与工程博士后流动站宁波大学海洋学院杭州萧山东海养殖有限责任公司

为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体d-loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,Pd)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变... 详细信息

为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体d-loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,Pd)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在Pd和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的d-loop部分序列中发现32个单倍型,仅在Pd和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与Pd和TW间存在29个特异性位点,而Pd和TW间未检测到特异性位点。瓶颈效应和中性检验显示,TW近期可能发生有效群体数量的减少。基于微卫星标记和d-loop部分序列的遗传变异分析显示,TW和Pd间的Nei’s遗传距离和K2P遗传距离最近(0.297和0.006),明显小于两者与MA间的遗传距离(1.0111.899和0.0950.099);分子方差分析(AMOVA)显示,3种泥鳅的遗传分化极显著(Pd间存在一定程度的遗传结构混杂。研究表明,泥鳅和大鳞副泥鳅在遗传结构上存在明显差异,可采用分子标记进行有效鉴别;台湾大泥鳅可能是大鳞副泥鳅的生态种群或遗传改良群体,而非有效物种。

关键词：泥鳅大鳞副泥鳅微卫星 d-loop序列分子鉴定

苏尼特家养双峰驼mtdNA Cyt b基因和d-loop序列的遗传多样性

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2015年第3期43卷 32-42页

作者：张成东任战军杨雪娇西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其dNA,采用PCR方法扩增线粒体dNA(mtdNA... 详细信息

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其dNA,采用PCR方法扩增线粒体dNA(mtdNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列及d-loop的671bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtdNACyt b基因序列和d-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtdNACyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在d-loop的671bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为1.695。基于Cyt b基因和d-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtdNA Cyt b基因和d-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。

关键词：苏尼特家养双峰驼 mtdNACyt b基因 mtdNA d-loop序列

不同鲚属鱼类Cyt b和d-loop序列的比较及其判别早期生活史个体的潜力分析

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渔业科学进展 2018年第5期39卷 27-35页

作者：孙超刘洪波姜涛轩中亚杨健南京农业大学无锡渔业学院无锡214081 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心中国水产科学研究院内陆渔业生态环境与资源重点开放实验室无锡214081

使用mtdNA作为分子标记,基于1022 bp和1322 bp左右的部分序列分析刀鲚(Coilia nasus)、湖鲚(C.nasus taihuensis)、七丝鲚(C.grayii)及凤鲚(C.mystus)成鱼之间的遗传关系。结果显示,刀鲚和湖鲚间的遗传距离分别为0.0036±0.0008和0.0038±0.0008,凤鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.1215±0.0111、0.1228±0.0111(Cyt b)和0.1075±0.0108、0.1067±0.0107(d-loop),七丝鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.0342±0.0056、0.0351±0.0057(Cyt b)和0.0527±0.0069、0.0529±0.0070(d-loop),七丝鲚和凤鲚间的遗传距离分别为0.1158±0.0111和0.1123±0.0111。用Kimura双参数模型构建的2种序列的NJ分子系统树均显示,湖鲚和刀鲚不能形成独立的分支,而是混合聚在一起形成1个分支;七丝鲚和凤鲚则形成另外2个分支。首先根据采样点不同可初步断定未知仔幼鱼为刀鲚,稚鱼为湖鲚,而后对未知种仔幼鱼、稚鱼和刀、凤鲚鱼卵的2种序列的分析发现,不同采集点内部的这些早期生活个体间的遗传距离分别为0.0024~0.0032和0.0025~0.0082。在Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树中,未知种仔幼鱼、稚鱼、刀鲚鱼卵与刀鲚、湖鲚聚为一类,凤鲚鱼卵与凤鲚聚为一支。由此可见,Cyt b基因序列和d-loop序列作为分子标记,虽然可以区分刀鲚、凤鲚以及七丝鲚的仔幼、稚鱼及鱼卵,但不能有效区分湖鲚和刀鲚的早期生活个体。

关键词：鲚属早期生活史 Cyt b基因 d-loop序列