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弱精症患者精子线粒体DNA cytb基因突变的研究

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中国计划生育学杂志 2024年第6期32卷 1266-1270,1274页

作者：陈孟权单婷婷郑温洁莹陈君孔万仲浙江中医药大学附属温州市中医院 325000

目的:研究弱精症患者精子线粒体DNA cytb基因的突变情况。方法:提取134例弱精症患者和129例健康对照者的精子细胞DNA,采用PCR法对线粒体DNA cytb基因进行扩增,产物经测序后与剑桥标准序列(rCRS)比对,分析cytb基因的突变情况。结果:线粒... 详细信息

目的:研究弱精症患者精子线粒体DNA cytb基因的突变情况。方法:提取134例弱精症患者和129例健康对照者的精子细胞DNA,采用PCR法对线粒体DNA cytb基因进行扩增,产物经测序后与剑桥标准序列(rCRS)比对,分析cytb基因的突变情况。结果:线粒体DNA cytb基因突变以同义突变和错义突变为主,弱精症组中15301G/A、15326A/G杂合突变明显增多,15535C/T杂合突变仅存在于对照组,差异均具有统计学意义(Pcytb基因突变与弱精症相关,其中15301G/A和15326A/G可能是弱精症的风险因素,15535C/T突变可能降低弱精症的风险。

关键词：弱精症线粒体 cytb基因突变风险

基于线粒体cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析

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江苏农业科学 2024年第3期52卷 213-220页

作者：李大命杨子萍刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210023

以线粒体cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条cytb基因序列检出4... 详细信息

以线粒体cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P<0.01);6个群体间的F_(st)为-0.00427~0.15529,其中,长江群体和淮河群体间均具有显著中度或高度遗传分化(P<0.05)。中性检验结果显示,Tajima’s D和Fu’s F_(s)均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,表明翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。

关键词：翘嘴鲌 cytb基因遗传多样性遗传分化种群历史动态

基于线粒体cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

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广西科学 2023年第4期30卷 719-726页

作者：钟声平蒋艳陈秀荔赵永贞赵龙岩刘永宏黄国强广西中医药大学海洋药物研究院广西海洋药物重点实验室广西南宁530299 广西海洋研究所有限责任公司广西海水养殖新品种繁育工程技术研究中心广西北海536000 广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平,采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛... 详细信息

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平,采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(cytb)基因的部分序列,并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示,褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点,共有7种单倍型;各地理群体遗传多样性水平较低,而且单倍型在群体间分布不均,韩国群体遗传多样性最高,中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_(ST)=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_(ST)=0.013 4)。Mantel检验结果显示,3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关,距离隔离(Isolation by Distance, IBD)是褐石斑鱼群体遗传分化的主要因素。褐石斑鱼群体遗传变异主要来源于群体内,群体间存在中度遗传分化(F_(ST)=0.097 1)。褐石斑鱼cytb基因单倍型网络图表现为简单星形结构,符合群体扩张的历史特征。Tajima′s D和Fu′s Fs中性检验结果也证实西太平洋海区褐石斑鱼群体存在扩张的历史特征。本研究结果表明,西太平洋海区的褐石斑鱼总体遗传多样性水平较低,野生种质资源极易受到渔业捕捞和气候变化的影响而衰退,在全球气候变化的背景下,急需加强其种质资源的保护工作。

关键词：褐石斑鱼种质资源 cytb基因遗传多样性遗传分化

基于mtDNA cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析

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中国畜牧兽医 2022年第4期49卷 1352-1363页

作者：刘晓玮李瑞香王兴龙李晓西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100 动物疫病预防控制中心临渭714000 西北农林科技大学动物医学院杨凌712100

【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软... 详细信息

【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软件对所有序列进行整合比对,以获得群体中的核苷酸多态位点(SNP);利用DNASP 5.10软件统计种群核苷酸多样性(Pi)、序列的单倍型数(H)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异数(K)等参数;利用Mega 7.0软件计算cytb基因和D-loop区序列不同单倍型间遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】cytb基因和D-loop区序列中AT含量均高于GC含量,显示碱基组成具有偏好性;在cytb基因和D-loop区内分别发现241和383个SNPs位点。其中,cytb基因和D-loop区核苷酸多样性分别为0.28343和0.07707,单倍型多样性分别为0.983和0.975,表明其群体遗传多样性丰富;cytb基因35个单倍型之间的遗传距离为0.002~0.831,D-loop区29个单倍型之间的遗传距离为0.006~1.342。系统进化树结果显示,林麝存在2个线粒体支系,表明其具有2个线粒体母系来源;D-loop区的进化分析也支持这一结论。【结论】林麝群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,遗传多样性较丰富,同时进一步支持了林麝和原麝属于一个分支的观点。

关键词：林麝线粒体DNA cytb基因 D-loop区遗传多样性

石岐鸽mtDNA cytb基因遗传多样性分析

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中国家禽 2023年第2期45卷 117-120页

作者：贾晓旭陆俊贤唐修君叶俊文樊艳凤马尹鹏李正晟许小飞高玉时江苏省家禽科学研究所江苏扬州225125 广东省中山市质量技术监督标准与编码所广东中山528400 中山市石岐鸽养殖有限公司白石分公司广东中山528400

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源,研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,cytb)基因进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中鸽cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示:石岐鸽mtDNA cytb基因序... 详细信息

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源,研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,cytb)基因进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中鸽cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示:石岐鸽mtDNA cytb基因序列全长为1143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%;单倍型多样性为0.782±0.029,核苷酸多样性为0.00169±0.00004,平均核苷酸差异为1.927;共发现11个变异位点,其中8个为单一变异位点,3个为简约信息位点,基于变异位点定义了8种单倍型;石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支,石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性,母系来源单一。

关键词：石岐鸽线粒体DNA cytb基因系统发育关系

基于COI和cytb基因序列的太湖河蚬遗传多样性分析

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生物学杂志 2023年第1期40卷 69-73页

作者：李大命刘洋刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯蒋琦辰张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院南京210023

以线粒体COI和cytb基因部分序列作为分子标记,对太湖河蚬(Corbicula fluminea)群体的遗传多样性进行分析。结果显示:COI和cytb序列片段长度分别为614 bp和621 bp,两基因片段的碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性。COI序列有1... 详细信息

以线粒体COI和cytb基因部分序列作为分子标记,对太湖河蚬(Corbicula fluminea)群体的遗传多样性进行分析。结果显示:COI和cytb序列片段长度分别为614 bp和621 bp,两基因片段的碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性。COI序列有19个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.851±0.04和0.007 45±0.000 81,平均核苷酸差异数为4.572,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.020;cytb序列有19个变异位点,定义17种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.896±0.028和0.005 10±0.000 51,平均核苷酸差异数为3.167,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.013,河蚬的遗传多样性具有高单倍性多样性和高核苷酸多样性特征。中性检验结果和歧点分布图分析表明,太湖河蚬种群进化过程中保持相对稳定,未经历显著的种群扩张过程。

关键词：河蚬遗传多样性 cytb基因 COI基因种群历史

基于线粒体cytb基因序列的西江流域广西境内卷口鱼遗传多样性分析

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南方水产科学 2020年第5期16卷 10-18页

作者：彭敏韩耀全王大鹏施军吴伟军李育森雷建军何安尤广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021 华南农业大学海洋学院广东广州510642

为了解西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群遗传结构及分化程度,采用线粒体cytb基因序列对西江流域广西境内6个江段的139尾野生卷口鱼的遗传多样性进行了分析。结果显示,线粒体cytb基因长度为1053 bp,碱基T、C、A、G的平均... 详细信息

为了解西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群遗传结构及分化程度,采用线粒体cytb基因序列对西江流域广西境内6个江段的139尾野生卷口鱼的遗传多样性进行了分析。结果显示,线粒体cytb基因长度为1053 bp,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.1%、27.7%、29.3%、13.9%,其中A+T(58.4%)高于C+G(41.6%)。共定义20个单倍型,并聚为2个分支,未观察到明显的地理聚群。6个卷口鱼群体的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.7682、0.0023,其中红水河群体(单倍型多样性h=0.7487,核苷酸多样性π=0.0033)遗传多样性最高,柳江群体(h=0.2744,π=0.0004)和左江群体(h=0.3747,π=0.0003)的遗传多样性相对较低。卷口鱼总体的遗传分化指数(FST)为0.4614(P0.05;Fu's Fs=−6.5725,0.01

关键词：卷口鱼遗传分化遗传多样性 cytb基因西江流域

基于cytb基因的东印度洋鸢乌贼系统发育关系和种群遗传结构

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上海海洋大学学报 2021年第6期30卷 970-980页

作者：许莎莎唐峰华任慧敏李治洪何利军华东师范大学河口海岸学国家重点实验室上海200241 华东师范大学崇明生态研究院上海200062 中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090 华东师范大学地理科学学院上海200241

通过测定东印度洋北部、赤道、南部3个鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)群体的线粒体DNA细胞色素b(cytb)基因序列,分析了东印度洋鸢乌贼的系统发育关系。研究表明,东印度洋鸢乌贼整体具有高单倍型多样性(h=0.939)和高核苷酸多样性(π... 详细信息

通过测定东印度洋北部、赤道、南部3个鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)群体的线粒体DNA细胞色素b(cytb)基因序列,分析了东印度洋鸢乌贼的系统发育关系。研究表明,东印度洋鸢乌贼整体具有高单倍型多样性(h=0.939)和高核苷酸多样性(π=0.015)。3个鸢乌贼群体间的F_(st)值为0.661,群体间遗传分化水平很高,具有明显的遗传分化现象,可分为以东印度洋北部群体为主的谱系1(东印度洋北部谱系)和主要由东印度洋赤道与南部群体组成的谱系2(东印度洋南部谱系),且谱系2经历过群体扩张。东印度洋巨大的南北水文差异可能是鸢乌贼产生南北谱系分化的原因,在东印度洋鸢乌贼资源的利用和管理方面应考虑南北谱系的差异和特点。

关键词：鸢乌贼 cytb基因系统发育关系种群遗传结构

三大不同品种马mtDNA cytb基因PCR-RFLP分析

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遗传 2006年第8期28卷 933-938页

作者：李金莲石有斐布仁其其格芒来内蒙古农业大学动物科学与医学学院呼和浩特010018

用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNAcytb基因部分序列多态性。用8%非变... 详细信息

用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNAcytb基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果BamHⅠ和TaqⅠ表现出多态,5种酶共检测到7种态型,归纳为3种单倍型,以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型,但通过一个特殊的酶型BamHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。

关键词：限制性内切酶 PCR-RFLP 马mtDNA cytb基因多态性