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西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1和nad1的多态性

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中国高原医学与生物学杂志 2024年第2期45卷 107-114页

作者：陈欣怡梁宏赤列旺姆扎西旺杰德吉玉珍唐文强赵海龙青海大学医学部基础医学部西宁810016 那曲市农牧业(草业)科技研究推广中心那曲852000 班戈县农牧科学技术服务站那曲852000 堆龙德庆区农业农村局拉萨850000 西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所拉萨850000

目的分析西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1、nad1的基因多态性。方法采集西藏中部地区45份散养牦牛和绵羊细粒棘球蚴包囊,提取包囊生发层DNA,根据细粒棘球蚴线粒体cox1、nad1基因序列设计扩增的引物序列,用PCR技术扩增线粒体... 详细信息

目的分析西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1、nad1的基因多态性。方法采集西藏中部地区45份散养牦牛和绵羊细粒棘球蚴包囊,提取包囊生发层DNA,根据细粒棘球蚴线粒体cox1、nad1基因序列设计扩增的引物序列,用PCR技术扩增线粒体cox1、nad1基因片段,将扩增产物做琼脂糖凝胶电泳并测序;利用MEGA11.0软件做cox1、nad1序列特征与同源性比对,并构建系统进化树;运用DnaSP 5.0软件计算序列单倍型数量(H),分析核苷酸多样性(Pi)、单倍体型多样性(Hd)特性;利用Network软件为cox1、nad1基因的所有单倍体构建单倍体网络图,判断西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结果(1)cox1、nad1序列长度分别为925、839bp。(2)在cox1序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.6%、33.1%、17.4%、16.9%;而nad1序列中,A、T、G、C碱基的平均含量为19.5%、47.6%、25.5%、7.4%;同源性分析结果显示,cox1序列之间的同源性为99.6%~100.0%,nad1序列之间的同源性为98.1%~100.0%;西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6。(3)cox1、nad1单倍型个数分别为19个、7个,Hd、Pi分别为0.89600、0.56000和0.36500、0.00060。(4)单倍型网络图显示,Hc-2、Hc-12、Hn-1为西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结论西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6,G1是主要基因型。上述结论为探明西藏中部地区细粒棘球蚴的分型和病原体遗传演化的情况提供了参考依据。

关键词：西藏散养牦牛绵羊细粒棘球绦虫 cox1 nad1 基因多态性

cox1基因多态性与血小板聚集功能在缺血性脑卒中复发患者中的交互作用

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中风与神经疾病杂志 2024年第6期41卷 555-559页

作者：刘星亮范磊娄展宋征宇河北北方学院附属第一医院神经内科河北张家口075000

目的探讨cox1基因多态性与血小板聚集功能的交互作用对缺血性脑卒中复发患者的影响。方法选择2020年7月—2023年7月缺血性脑卒中复发患者70例为观察组,另选择同期体检的70例健康者为对照组。比较两组的一般资料并分析cox1基因多态性... 详细信息

目的探讨cox1基因多态性与血小板聚集功能的交互作用对缺血性脑卒中复发患者的影响。方法选择2020年7月—2023年7月缺血性脑卒中复发患者70例为观察组,另选择同期体检的70例健康者为对照组。比较两组的一般资料并分析cox1基因多态性。检测并比较两组患者cox1基因多态性位点基因型及等位基因频率分布。比较观察组不同基因型血小板聚集率水平及与缺血性脑卒中复发易感性的关系及交互作用。结果两组的血小板计数、cox1、血小板聚集率差异具有统计学意义(Pcox1基因(rs1330344位点)CC基因频率、CT基因频率、TT基因频率及基因型C分布和基因型T分布差异具有统计学意义(Pcox1(rs1330344位点)CC型基因携带者缺血性脑卒中复发的风险是未携带者的1.872倍。观察组cox1(rs1330344位点)基因型CC患者血小板聚集率>基因型CT患者>基因型TT患者(Pcox1(rs1330344位点)基因型与患者血小板聚集率显著相关。糖尿病史、高血压史、TG、HCY、cox1(rs1330344位点)基因型、血小板聚集率均为缺血性脑卒中复发的独立危险因素(Pcox1(rs1330344位点)基因型CC与血小板聚集率在患者缺血性脑卒中复发易感性中呈正向交互作用(3.2661.736×2.114,为次相乘模型)。结论 cox1(rs1330344位点)基因型CC和血小板聚集率在患者缺血性脑卒中复发易感性中呈正向交互作用且易感性显著增加,临床上可据此制定早期预防措施。

关键词： cox1 基因多态性血小板聚集缺血性脑卒中复发

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基于线粒体cox1、nad1和rrn L基因探讨马圆线科线虫间的亲缘关系

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黑龙江八一农垦大学学报 2024年第1期36卷 34-40页

作者：张中怀高远兰卓邱阳元邱鸿宇安琪高俊峰王春仁黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆163319 台州学院生命科学技术学院

为探讨马圆线科线虫(圆线亚科和盅口亚科)间的亲缘关系,对长伞杯冠线虫(Cylicostephanus longibursatum)、冠状冠环线虫(Coronocyclus coronatus)、细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomus)、拉氏杯口线虫(Poteriostomum ratzii)、麦氏副杯口线虫(Parapoteriostomum mettami)和无齿圆形线虫(Strongylus edentatus)6种线虫的线粒体cox1、nad1和rrnL基因进行扩增,与同科相关线虫进行比较分析。然后以线粒体cox1、nad1和rrnL串联序列为标记基因,采用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建进化树来探讨圆线科线虫间的亲缘关系。结果显示,研究中6种线虫的cox1序列长度均为1578 bp,nad1的序列长度除无齿圆形线虫为879 bp外,其余均为873 bp,rrnL序列长度均不同,大小为959~980 bp。6种线虫的cox1、nad1和rrnL的AT含量分别为67.55%~69.71%、71.36%~73.83%和80.88%~82.59%。圆线科线虫间cox1、nad1和rrnL基因的相似性分别为83.4%~97.9%、79.0%~98.4%和78.8%~98.9%。值得注意的是,圆线亚科的三齿属线虫与盅口亚科的相似性总体要高于同亚科的圆线属。进化分析显示,三齿属并没有与同亚科的圆线属形成独立分支,而是与盅口亚科线虫聚集在一起。在盅口亚科分支中,并非每一属单独形成一独立分支,冠环属和杯冠属最为明显,为复系。基于马圆线虫线粒体cox1、nad1和rrnL的序列和进化分析表明,三齿属线虫与盅口亚科的关系较圆线亚科更近,支持三齿属应隶属于盅口亚科这一假说。

关键词：马圆线虫线粒体 cox1 nad1 rrnL 进化分析

SMALL KERNEL4 is required for mitochondrial cox1 transcript editing and seed development in maize

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Journal of Integrative Plant Biology 2020年第6期62卷 777-792页

作者： Hong-Chun Wang Aqib Sayyed Xin-Yuan Liu Yan-Zhuo Yang Feng Sun Yong Wang Miaodi Wang Bao-Cai Tan Key Laboratory of Plant Development and Environment Adaptation Biology Ministry of EducationSchool of Life SciencesShandong UniversityQingdao 266237China

In land plants,cytidine-to-uridine(C-to-U)editing of organellar transcripts is an important posttranscriptional process,which is considered to remediate DNA genetic mutations to restore the coding of functional *** repeat(PPR)proteins have key roles in C-to-U *** to its large number,however,the biological functions of many PPR proteins remain to be *** characterizing a small kernel4(smk4)mutant,here we report the function of Smk4 and its role in maize growth and *** mutation of Smk4 slows plant growth and development,causing small plants,delayed flowering time,and small *** revealed that Smk4 encodes a new E-subclass PPR protein,and localization indicated that SMK4 is exclusively localized in *** of Smk4 function abolishes C-to-U editing at position 1489 of the cytochrome c oxidase1(cox1)transcript,causing an amino acid change from serine to proline at 497 in ***1 is a core component of mitochondrial complex ***,complex IV activity is reduced in the smk4,along with drastically elevated expression of alternative oxidases(AOX).These results indicate that SMK4 functions in the C-to-U editing of cox1-1489,and this editing is crucial for mitochondrial complex IV activity,plant growth,and kernel development in maize.

关键词： cox1 editing maize

Molecular systematics analysis of Lymantria dispar based on 18S rRNA and cox1 mtDNA sequence data

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Zoological Systematics 2015年第2期40卷 228-234页

作者： Xiao-Jun Fan Chang Zhang Hui Ren Jian-Hong Liu Yan-Xia Mi Department of Biological and Pharmaceutical Engineering College of Chemical and Chemistry Engineering Taiyuan University of Technology Department of Biological and Pharmaceutical Engineering College of Chemical and Chemistry Engineering Taiyuan University of Technology

The complete sequence of the 18S ribosomal RNA gene （18S rRNA） from Lymantria dispar was cloned and analysed here. 18S rRNA and mitochondrial cytochrome c oxidasel （coxl） gene sequences of Lymantria dispar were compared with homologous sequences of other nine insects from different orders. Analytic results showed that 18S rRNA of these insects had two conserved domains and the second domain was an even more conserved region. The phylogenetic trees based on the full-length sequence and the second domain fragment of 18S rRNA as well as sequence of coxl from different orders indicated that Lepidoptera and Trichoptera, which belongs to Amphiesmenoptera, had a closer phylogenetic relationship and fewer differences were observed comparing with traditional taxonomic results.

关键词： Lepidoptera Lymantria dispar 18S rRNA cox1 molecular systematics.

广州管圆线虫线粒体cox1基因碱基置换饱和度分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2014年第3期32卷 205-209页

作者：王敏吕山中国疾病预防控制中心北京102206 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所、卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、世界卫生组织疟疾、血吸虫病和丝虫病合作中心上海200025

目的检测广州管圆线虫线粒体cox1基因碱基置换饱和度。方法收集全国33个采样点的广州管圆线虫成虫130条,对其cox1基因全长进行PCR扩增和测序,拼接、比对后,利用DnaSP软件分析序列的碱基多样性、单倍型数量和突变位点,根据碱基颠换和碱... 详细信息

目的检测广州管圆线虫线粒体cox1基因碱基置换饱和度。方法收集全国33个采样点的广州管圆线虫成虫130条,对其cox1基因全长进行PCR扩增和测序,拼接、比对后,利用DnaSP软件分析序列的碱基多样性、单倍型数量和突变位点,根据碱基颠换和碱基转换随遗传距离增加的变化趋势判断cox1基因饱和度。结果共获得130个cox1全长序列,长度均为1 577 bp,碱基突变位点为171个,占10.8%,核苷酸多态性为0.02841。突变的空间分布无明显聚集性,均匀分布于整条DNA链上。其中单倍型39个,多态性为0.8114。单倍型两两比较发现,随遗传距离增加,广州管圆线虫的cox1基因碱基转换突变和颠换突变均呈直线上升,且转换数量多于颠换数量,增加速率分别为0.76和0.16,碱基置换未饱和;不同氨基酸密码子位点碱基置换速率差异较大,速率最大的为第三位点,其次为第一位点,最小的为第二位点。后圆线虫总科(Metastrongyloidea)7种线虫的cox1基因饱和度分析显示,遗传距离约为0.15时,碱基颠换数量开始超过转换数量。将本研究所获cox1基因序列与后圆线虫总科cox1基因综合分析,结果表明,碱基转换的比例在6%时出现平台期,而碱基颠换仍直线增加。结论广州管圆线虫线粒体cox1基因碱基置换未饱和。

关键词：广州管圆线虫线粒体基因 cox1 置换饱和度

cox1-1676C/T及IL-1β-511C/T基因多态性与肠溶阿司匹林致冠心病患者上消化道出血的相关性

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中国医院药学杂志 2012年第21期32卷 1691-1695页

作者：孙红张艳陈慧吴小盈福建省立医院药学部福建福州350001 福建医科大学省立临床医学院福建福州350001 福建省立医院心内科福建福州350001

目的:探讨cox1-1676C/T及IL-1β-511C/T基因多态性与肠溶阿司匹林(ASP)致冠心病(CHD)患者上消化道出血的关系。方法:收集4组资料各100例:连续服用肠溶阿司匹林超过10d且大便潜血试验阳性[ASP+(OB+)]的CHD患者100例,按年龄、性别配对原则... 详细信息

目的:探讨cox1-1676C/T及IL-1β-511C/T基因多态性与肠溶阿司匹林(ASP)致冠心病(CHD)患者上消化道出血的关系。方法:收集4组资料各100例:连续服用肠溶阿司匹林超过10d且大便潜血试验阳性[ASP+(OB+)]的CHD患者100例,按年龄、性别配对原则,收集大便潜血试验阴性[ASP+(OB-)]的CHD、未服用ASP但上消化道出血者[ASP-(OB+)]和健康对照者[ASP-(OB-)]各100例。应用PCR-RFLP方法进行cox1-1676C/T和IL-1β-511C/T基因分型,并测定服药前后ASP+(OB+)组(42例)和ASP+(OB-)组(42例)IL-1β及血管内皮生长因子(VEGF)的含量。结果:对于cox1-1676C/T基因,ASP+OB(+)组中的T等位基因频率高于其他3组(P1β明显升高(P1β-511C/T,OB(+)组的TT型和T等位基因频率均高于(OB-)组(P1β升高明显(Pcox1-1676C/T T等位基因可能是肠溶ASP致CHD患者上消化道出血的易感因素,IL-1β-511C/T突变可能是上消化道出血的易感因素;其机制可能是2个基因突变后诱导血清中IL-1β水平增加和VEGF水平降低。

关键词： cox1 IL-1β 基因多态性肠溶阿司匹林上消化道出血

红麻细胞质雄性不育系UG93A和保持系UG93B cox1的克隆和表达分析

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中国农业大学学报 2016年第3期21卷 36-45页

作者：廖小芳刁勇邱爱华赵艳红周步进陈鹏周瑞阳广西大学植物遗传育种重点实验室南宁530005 广西大学农学院南宁530005 广西大学生命科学与技术学院南宁530005 广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所南宁530007

利用hiTAIL-PCR技术扩增红麻cox1全长及侧翼序列,结果表明,在红麻不育系UG93A和保持系UG93B中分别获得长度为2 149和3 244bp的序列,包含cox1基因CDS全长及其5′和3′部分侧翼序列,通过分析得出不育系和保持系中cox1的CDS序列长度为1 602... 详细信息

利用hiTAIL-PCR技术扩增红麻cox1全长及侧翼序列,结果表明,在红麻不育系UG93A和保持系UG93B中分别获得长度为2 149和3 244bp的序列,包含cox1基因CDS全长及其5′和3′部分侧翼序列,通过分析得出不育系和保持系中cox1的CDS序列长度为1 602bp,编码533个氨基酸残基,分子量为58.31ku。BLAST序列比对发现,UG93A和UG93Bcox1的CDS序列虽然存在4个碱基差异,但推导的氨基酸序列一样,并且UG93A和UG93Bcox1两端侧翼序列结果一致。RNA Blot分析显示cox1基因在红麻UG93A、UG93B和F1(UG93A/992)的转录本大小基本相同,推测cox1基因不是导致红麻CMS(cytoplasmic male sterility)的直接因子。qRT-PCR结果表明,UG93A中cox1的表达量显著低于UG93B和F1(UG93A/992),推测cox1在红麻花粉发育能量代谢过程中有着重要的作用。

关键词：红麻细胞质雄性不育系和保持系 cox1 表达分析

细颈线虫线粒体cox1基因的扩增及遗传进化分析

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中国兽医科学 2015年第3期45卷 259-264页

作者：冯平李安鹏张丹辉王春仁宋军科榆林学院生命科学学院陕西榆林719000 陕西省汉中市动物卫生监督所陕西汉中723000 陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心陕西周至710402 黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319 西北农林科技大学动物医学院陕西杨凌712100

为分析奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫线粒体cox1基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,对采集的22个细颈线虫样品的pcox1序列进行了扩增和序列分析。结果显示,两种细颈线虫pcox1片段的长度均为400bp;奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫pcox1序... 详细信息

为分析奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫线粒体cox1基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,对采集的22个细颈线虫样品的pcox1序列进行了扩增和序列分析。结果显示,两种细颈线虫pcox1片段的长度均为400bp;奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫pcox1序列的种内差异分别为0.25%~4.00%和0~1.50%,种间差异为9.00%~12.75%;通过重构遗传进化关系分析发现,奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫位于2个独立的分支上,可有效区分两种细颈线虫。结果表明,pcox1可作为奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫遗传进化的理想分子标记。

关键词：细颈线虫 cox1 遗传进化分析