检索结果-南通市图书馆

作者：王荣姝云南大学

学位级别：硕士

随着对DNA序列特点的深入了解,针对DNA序列的高效压缩不断涌现。其中,GReEn针对同源物种之间DNA序列相似度高的特点,利用参考序列构造概率复制模型,将概率分布送入算术编码器编码对DNA序列进行压缩,效果显著。但是在目标序列没有与参考... 详细信息

随着对DNA序列特点的深入了解,针对DNA序列的高效压缩不断涌现。其中,GReEn针对同源物种之间DNA序列相似度高的特点,利用参考序列构造概率复制模型,将概率分布送入算术编码器编码对DNA序列进行压缩,效果显著。但是在目标序列没有与参考序列重复时,GReEn的压缩效果急剧下降。针对GReEn这一不足,本文对其使用context加权模型以改善GReEn在目标序列与参考序列不同时的压缩效果。首先,构建一个Hash表并采用链地址法解决Hash冲突,存储参考序列中每个长度为k-mers的字符串留待编码时检索。然后对目标序列进行同样的Hash处理并与参考序列进行比对,在参考序列与目标序列不同的地方使用context加权模型优化。考虑到字符间的相关性,再结合Minh.D.C.提出的权值选择理论:context模型权值与描述长度的对数的倒数成正相关关系,我们提出了利用多组context模型加权合并的办法来减小码长。首先对每个模型的描述长度进行排序和统计,然后计算统计值的对数的倒数并做归一化处理得出权值,最后权值随描述长度的统计特性的变化不断更新。实验结果表明,context加权模型可以在参考序列与目标序列不同时改善压缩效率。说明在基因序列的压缩过程中,这种基于参考序列再结合context加权模型的方法可以提高压缩效率。

关键词： DNA压缩参考序列 context加权描述长度算术编码

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基于context加权的基因组序列编码研究

基于Context加权的基因组序列编码研究

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作者：许联丽云南大学

学位级别：硕士

随着基因组序列的高效压缩算法不断地涌现,各类利用序列内统计特性和重复特性来进行生物序列压缩的方法不断地被优化。其中,针对同源物种间DNA序列高度相似度的特点,利用目标序列去构造一个context加权模型,将概率分布放入算术编码器编... 详细信息

随着基因组序列的高效压缩算法不断地涌现,各类利用序列内统计特性和重复特性来进行生物序列压缩的方法不断地被优化。其中,针对同源物种间DNA序列高度相似度的特点,利用目标序列去构造一个context加权模型,将概率分布放入算术编码器编码以实现对DNA序列的压缩,所得的效果非常的显著。前面所有的研究都是在如何优化权值,却没有人去研究过这种加权算法中各个时刻的概率分布是否参与加权的选择上,所以针对前人对这一研究不足的情况,本文设计使用可选择的context加权模型,根据描述长度增量来判断概率分布的相似性,再决定是否进行加权,最后得到我们的研究结果。首先,对我们经过处理之后所得的目标序列进行存储,留作待编码时去检索。我们需要考虑每个字符间的一个相关性特点,提出利用多组context模型加权合并的办法来有效地减小码长,这里我们选用了一种均等权值的方式。然后对每个模型中概率分布的描述长度进行计算,然后利用描述长度增量与门限的关系,判断概率分布的相似性,若是相似,则采用加权的方法进行编码求码长,若是概率分布不相似,则选择其中信息熵最小的概率分布去编码,最后得到总的码长。进而统计门限不同情况下所对应求得的编码码长的值,进行分析。实验结果表明,通过描述长度去判断概率分布是否相似再选择性的去做context加权可以对目标序列的压缩效率进行更好的改善,也就是可以有效的减小码长,无失真的压缩,其中一种模型下提高了千分之6的压缩效率。也就说明了在进行基因序列压缩的过程中,运用这样的方法可以提高我们的压缩效率。

关键词： DNA压缩目标序列 context加权描述长度

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基于最短码长的context加权编码

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计算机光盘软件与应用 2014年第9期17卷 52-54页

作者：罗迪陈旻侯然王晴晴云南大学昆明650000

用context加权来估计较为合理的条件概率分布并对当前信源符号进行编码,能减小其编码码长。本文对context的加权系数进行了研究,提出最优化的权值是:多context加权后,能够使当前信源符号的前m个信源符号的码长之和最短的那组权值。本文... 详细信息

用context加权来估计较为合理的条件概率分布并对当前信源符号进行编码,能减小其编码码长。本文对context的加权系数进行了研究,提出最优化的权值是:多context加权后,能够使当前信源符号的前m个信源符号的码长之和最短的那组权值。本文使用了多元优化算法(MOA)对最短码长进行寻优从而得到最优化的权值。并通过实验验证了该方法对于减小码长的有效性,得到已知信源长度为10时,编码的码长较短且计算复杂度低。

关键词： context加权权值多元优化算法最短码长

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基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法

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昆明学院学报 2015年第6期37卷 106-111页

作者：陈旻王开云云南警官学院信息网络安全学院云南昆明650223 昆明学院学报编辑部云南昆明650214

提出一种基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法,用于改进微生物基因组序列压缩效率不高的现状.首先将微生物基因组序列映射为两条二进制序列并映射为两幅二值图像以便使用更多的信源相关性.然后构建分布式信源编码来同时传输... 详细信息

提出一种基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法,用于改进微生物基因组序列压缩效率不高的现状.首先将微生物基因组序列映射为两条二进制序列并映射为两幅二值图像以便使用更多的信源相关性.然后构建分布式信源编码来同时传输两个二值图像.同时,为保证边信息传输的高效,优化context加权方法被用于边信息压缩.实验结果表明,与现有微生物基因组序列压缩算法相比较,该算法能获得更高的压缩效率,并且保持较合理的运算复杂度.

关键词：分布式信源编码微生物基因组序列压缩边信息 context加权希尔伯特空间填充

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基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法

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昆明学院学报 2014年第6期36卷 42-46,65页

作者：陈旻王开云吴建国李建军云南大学信息学院云南昆明650061 昆明学院学报编辑部云南昆明650214 云南警官学院信息网络安全学院云南昆明650223

给出一种基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法.为充分利用碱基间的相关性,算法首先使用希尔伯特分形曲线将基因组序列从一维映射到二维,从而得到映射图像.再对映射图像使用context加权建模熵编码技术进行压缩.在context加权中,权值的... 详细信息

给出一种基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法.为充分利用碱基间的相关性,算法首先使用希尔伯特分形曲线将基因组序列从一维映射到二维,从而得到映射图像.再对映射图像使用context加权建模熵编码技术进行压缩.在context加权中,权值的确定与各context模型对应的描述长度有关.当接收端收到压缩图像后,对其进行解码,然后根据拟希尔伯特逆矩阵将映射图像转为一维,从而获得基因组序列.实验结果表明,尽管基于希尔伯特空间填充的二维基因组context建模会引入无效编码区,但最终的压缩结果要略好于其他直接进行context建模的算法.

关键词：基因组压缩希尔伯特空间填充 context加权描述长度

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