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检索条件"主题词=Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primer"

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Isolation and identification of small species-specific secreted proteins of Marssonina brunnea

Isolation and identification of small species-specific secre...

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2013全国植物生物学大会

作者： CHENG Qiang CAO Youzhi HUANG Minren Jiangsu Key Laboratory for Poplar Germplasm Enhancement and Variety Improvement Nanjing Forestry University

Fungal plant pathogens produce proteinaceous effectors that can increase their pathogenicity. These fungal effectors are frequently small secreted proteins with limited phylogenetic *** a proteomics approach for analyzing the secretome is a promising strategy for the identification of effector proteins of phytopathogenic ***,the primary limitation of this strategy is the low identification rate of spectrometry-based proteomic methods that rely heavily on the accuracy and integrity of the reference sequence database. Marssonina brunnea is an important fungal pathogen of the Populus *** further our understanding of the pathogenesis of ***,we initiated a proteome-level study of the fungal *** de novo peptide sequencing by MS/MS,we obtained peptide sequences for 32 protein *** proteins were identified by sequence homology to conserved proteins in public databases using MS-driven *** identify additional protein spots,we combined a degenerate PCR method,based on the consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primer(CODEHOP) method,and a rapid amplification of cDNA ends method to clone the full-length cDNA fragments encoding the proteins identified in the gel. Using this method,we cloned the full-length cDNA fragments encoding 9 putative Lysm effector *** method provides an efficient approach to identification of species specific effector proteins of non-sequenced fungal organisms.

关键词： effector consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primer degenerate PCR

来源： cnki会议评论

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