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complete mitochondrial genome of the thai red junglefowl (Gallus gallus) and phylogenetic analysis

Zoological Research 2018年第2期39卷 127-129页

作者： chatmongkon suwannapoom ya-jiang wu xing chen adeniyi c.adeola jing chen wen-zhi wang school of agriculture and natural resources university of phayaoPhayao 56000Thailand southeast asia biodiversity research institute(cas-seabri) chinese academy of sciencesYezin Nay Pyj Taw 05282Myanmar state key laboratory for conservation and utilization of bio-resource in yunnan yunnan universityKunming Yunnan 650091china state key laboratory of genetic resources and evolution kunming institute of zoologychinese academy of sciencesKunming Yunnan 650223China wildlife forensics science service centre Kunming Yunnan 650203China guizhou academy of testing and analysis guizhou academy of sciencesGuiyang Guizhou 550002China

DEAR EDITOR,In this study, we sequenced the complete mitochondrial genome （mitogenome） of the thai red junglefowl （RJF; Gallus gallus） using the next-generation sequencing （NGS） platform of the Ion Torrent PGM. Samples were taken from Mae Wang District, Chiang Mai Province, northern thailand Our data showed the complete mitogenome to be 16 785 bp in length, composed by 13 protein-coding genes, 22 tRNA genes, two rRNA genes, and one control region. The genome nucleotide composition was 30.3% A, 23.7% T, 32.5% C, and 13.5% G, resulting in a high percentage of A＋T （50.4%）. Phylogenetic analysis revealed that the mitogenome belonged to haplogroup X, whereas those of all domestic chickens belong to haplogroups A to G. This newly released mitogenome sequence will advance further evolutionary and population genetics study of the RJF and domestic chicken The availability of the G. gallus mitogenome will also contribute to further conservation genetics research of a unique species, listed as ＇data deficient＇ in thailand.

关键词： mtDNA complete mitochondrial genome of the thai red junglefowl Gallus gallus

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