检索结果-南通市图书馆

coarse-grained Molecular Dynamics Study based on TorchMD

Chinese Journal of Chemical Physics 2021年第6期34卷 957-969,I0006,I0158-I0166页

作者： Peijun Xu Xiaohong Mou Qiuhan Guo Ting Fu Hong Ren Guiyan Wang Yan Li Guohui Li Liaoning Normal University Dalian 116029China Pharmacy Department of Affiliated Zhongshan Hospital of Dalian University Dalian 116001China Department of Ophthalmology Aerospace Center Hospital Beijing 100049China Dalian Ocean University Dalian 116029China Dalian Institute of Chemical Physics State Key Laboratory of Molecular Reaction DynamicsDalian 116023China

The coarse grained(CG)model implements the molecular dynamics simulation by simplifying atom properties and interaction between *** losing certain detailed information,the CG model is still the first-thought option to study the large molecule in long time scale with less computing *** deep learning model mainly mimics the human studying process to handle the network input as the image to achieve a good classification and regression *** this work,the TorchMD,a MD framework combining the CG model and deep learning model,is applied to study the protein folding *** 3D collective variable(CV)space,the modified find density peaks algorithm is applied to cluster the conformations from the TorchMD CG *** center conformation in different states is *** the boundary conformations between clusters are *** string algorithm is applied to study the path between two states,which are compared with the end conformations from all atoms *** result shows that the main phenomenon of protein folding with TorchMD CG model is the same as the all-atom simulations,but with a less simulating time *** workflow in this work provides another option to study the protein folding and other relative processes with the deep learning CG model.

关键词： Deep learning TorchMD coarse grained Modified find density peaks String

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：