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几种改进的comfa方法比较研究血小板活化因子拮抗剂

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化学学报 2003年第7期61卷 1129-1135页

作者：聂晶董喜成潘家祜复旦大学药学院上海200032 中国科学院上海有机化学研究所计算机化学重点实验室上海200032

由于传统的比较分子场分析(comfa)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的comfa方法.为了优化comfa结果,应用传统的comfa方法和交叉验证的R^2引导的... 详细信息

由于传统的比较分子场分析(comfa)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的comfa方法.为了优化comfa结果,应用传统的comfa方法和交叉验证的R^2引导的区域选择法(q^2-GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数(CoMSIA)等四种改进的comfa方法,对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)拮抗剂进行了比较研究.结果表明四种改进的comfa方法得到的q^2值均比传统comfa的高.q^2-GRS方法得到的q^2值有所提高,但综合结果并不理想,AOS与APS得到的q^2较为理想,而在CoMSIA中,q^2几乎不受空间取向或空间位置的影响.同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS/APS程序中的传统PLS进行统计分析,明显提高了其运行速度.最后,根据q^2最高的comfa模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物.

关键词： comfa方法血小板活化因子拮抗剂比较分子场分析 R^2引导的区域选择法全取向搜索法全空间搜索法配体药物药物设计

comfa方法用于α-氧代环十二烷基磺酰胺的QSAR研究

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农药学学报 1999年第2期1卷 17-24页

作者：谢桂荣汪晓平王道全苏阳周家驹中国科学院化工冶金所计算机化学实验室北京100080 中国农业大学应用化学系北京100094

本文将比较分子场分析 (Comparative Molecular Field Analysis)方法 ,即 Co MFA方法用于 α-氧代环十二烷基磺酰胺 QSAR研究 ,建立了较好的模型。根据模型的立体场和静电场要求设计了一批化合物 ,其中多数化合物预报的杀菌活性较高 ,... 详细信息

本文将比较分子场分析 (Comparative Molecular Field Analysis)方法 ,即 Co MFA方法用于 α-氧代环十二烷基磺酰胺 QSAR研究 ,建立了较好的模型。根据模型的立体场和静电场要求设计了一批化合物 ,其中多数化合物预报的杀菌活性较高 ,为进一步合成和筛选该类化合物提供了依据。

关键词： QSAR研究 α-氧代环十二烷基磺酰胺杀菌活性比较分子场分析 comfa方法构效方法构效关系农药

应用comfa方法和CoMSIA方法研究儿茶酚转甲基酶抑制剂的三维定量构效关系

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中国临床药理学与治疗学 2007年第10期12卷 1172-1172页

作者：艾纯芝杨凌 Lab of Pharmaceutical Resource Discovery Dalian Institute of Chemical Physics Graduate School of the Chinese Academy of Sciences

AIM: Inhibitors of catechol-O-methyltransferase (COMT) have always been administered to improve the bioavailability of L-Dopa in the treatment of Parkinson disease (PD). A new three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) analysis is performed to correlate the molecular fields with percent inhibition values. METHODS: Three predictive models were derived based on 36 previously reported COMT inhibitors employing comparative molecular field analysis (comfa) and comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) methodologies. RESULTS: The comfa model and CoMSIA model with steric and electrostatic field yielded cross-validated rcv2 0.585 and 0.528 respectively, whereas the conventional rncv2 were 0.979 and 0.891. The CoMSIA model with hydrophobic field exhibited rcv2 0.544 and rncv2 0.930. CONCLUSION: The derived models from comfa and CoMSIA all exhibit good prediction for both internal and external validations. The individual inspection of 3D contours generated from these models helps in understanding the possible region for structural modification of molecules to improve the inhibitory bioactivity. The 3D-QSAR models may be useful in designing and predicting novel COMT inhibitors.

关键词： comfa方法 CoMSIA方法儿茶酚转甲基酶抑制剂三维定量构效关系