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Inter3D:Capture of TAD Reorganization Endows Variant Patterns of Gene Transcription

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第3期22卷 69-84页

作者： Tianyi Ding Shaliu Fu Xiaoyu Zhang Fan Yang Jixing Zhang Haowen Xu Jiaqi Yang Chaoqun Chen Yibing Shi Yiran Bai Wannian Li Xindi Chang Shanjin Wang Chao Zhang Qi Liu He Zhang State Key Laboratory of Cardiology and Medical Innovation Center Institute for Regenerative MedicineShanghai East HospitalFrontier Science Research Center for Stem CellsSchool of Life Science and TechnologyTongji UniversityShanghai 200092China Jiangxi Province Key Laboratory of Organ Development and Epigenetics Clinical Medical Research CenterAffiliated Hospital of Jinggangshan UniversityMedical Department of Jinggangshan UniversityJi'an 343009China School of Life Science Jinggangshan UniversityJi'an 343009China

Topologically associating domain(TAD)reorganization commonly occurs in the cell nucleus and contributes to gene activation and inhibition through the separation or fusion of adjacent ***,functional genes impacted by TAD alteration and the underlying mechanism of TAD reorganization regulating gene transcription remain to be fully ***,we first developed a novel approach termed Inter3D to specifically identify genes regulated by TAD *** study revealed that the segregation of TADs led to the disruption of intrachromosomal looping at the myosin light chain 12B(MYL12B)locus,via the meticulous reorganization of TADs mediating epigenomic landscapes within tumor cells,thereby exhibiting a significant correlation with the down-regulation of its transcriptional ***,the fusion of TADs facilitated intrachromosomal interactions,suggesting a potential association with the activation of cytochrome P450 family 27 subfamily B member 1(CYP27B1).Our study provides comprehensive insight into the capture of TAD rearrangement-mediated gene loci and moves toward understanding the functional role of TAD reorganization in gene *** Inter3D pipeline developed in this study is freely available at https://***/bm2-lab/inter3D and https://***/biocode/tool/BT7399.

关键词： Topologically associating domain Inter3D chromosomal loop Gene transcription Cancer

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