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Computational methodology for ChlP-seq analysis

Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2013年第1期8卷 54-70页

作者： Hyunjin Shin Tao Liu Xikun Duan Yong Zhang X. Shirley Liu Department of Biostatistics and Computational Biology Dana-Farber Cancer Institute/Harvard School of Public Health Boston MA 02115 USA Department of Bioinformatics School of Life Science and Technology Tongji University Shanghai 200092 China

chromatin immunoprecipitation coupled with massive parallel sequencing （ChlP-seq） is a powerful technology to identify the genome-wide locations of DNA binding proteins such as transcription factors or modified histones. As more and more experimental laboratories are adopting ChlP-seq to unravel the transcriptional and epigenetic regulatory mechanisms, computational analyses of ChlP-seq also become increasingly comprehensive and sophisticated. In this article, we review current computational methodology for ChlP-seq analysis, recommend useful algorithms and workflows, and introduce quality control measures at different analytical steps. We also discuss how ChlP-seq could be integrated with other types of genomic assays, such as gene expression profiling and genome-wide association studies, to provide a more comprehensive view of gene regulatory mechanisms in important physiological and pathological processes.

关键词： Histone Mark Nucleosome Occupancy Peak Calling chromatin signature Target Gene Prediction

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