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A Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for Proteus mirabilis

Biomedical and Environmental Sciences 2023年第4期36卷 343-352页

作者： CHEN Sheng Lin KANG Yu Tong LIANG Yi He QIU Xiao Tong LI Zhen Jun School of Public Health Shanxi Medical UniversityTaiyuan 030001ShanxiChina State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control National Institute for Communicable Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China

Objective A core genome multilocus sequence typing(cgMLST)scheme to genotype and identify potential risk clonal groups(CGs)in Proteus *** In this work,we propose a publicly available cgMLST scheme for *** using chew *** total 72 complete *** genomes,representing the diversity of this species,were used to set up a cgMLST scheme targeting 1,842 genes,635 unfinished(contig,chromosome,and scaffold)genomes were used for its *** We identified a total of 205 CGs from 695 *** strains with regional distribution *** these,159 unique CGs were distributed in 16 ***20 and CG3 carried large numbers of shared and unique antibiotic resistance *** virulence genes(papC,papD,papE,papF,papG,papH,papI,papJ,and papK)related to the P fimbrial operon that cause severe urinary tract infections were only found in *** CGs require attention due to potential *** This research innovatively performs high-resolution molecular typing of *** using whole-genome sequencing technology combined with a bioinformatics pipeline(chewbbaca).We found that the CGs of *** showed regional distribution *** expect that our research will contribute to the establishment of cgMLST for ***.

关键词： Proteus mirabilis CgMLST Genotyping Clonal evolution chewbbaca

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