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LncRNA pol-lnc78 as a cerna regulates antibacterial responses via suppression of pol-miR-n199-3p-mediated SARM down-regulation in Paralichthys olivaceus

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Zoological Research 2024年第1期45卷 25-35页

作者： Xian-Hui Ning Bing Han Ye Peng Shao-Wu Yin College of Marine Science and Engineering Nanjing Normal UniversityNanjingJiangsu 210023China CAS Key Laboratory of Experimental Marine Biology Center for Ocean Mega-ScienceInstitute of OceanologyChinese Academy of SciencesQingdaoShandong 266071China Co-Innovation Center for Marine Bio-Industry Technology of Jiangsu Province LianyungangJiangsu 222005China

Long non-coding RNAs(lncRNAs)function as key modulators in mammalian immunity,particularly due to their involvement in lncRNA-mediated competitive endogenous RNA(cerna)crosstalk.Despite their recognized significance in mammals,research on lncRNAs in lower vertebrates remains limited.In the present study,we characterized the first immune-related lncRNA(pol-lnc78)in the teleost Japanese flounder(Paralichthys olivaceus).Results indicated that pol-lnc78 acted as a cerna for pol-miR-n199-3p to target the sterile alpha and armadillo motif-containing protein(SARM),the fifth discovered member of the Toll/interleukin 1(IL-1)receptor(TIR)adaptor family.This cerna network regulated the antibacterial responses of flounder via the Toll-like receptor(TLR)signaling pathway.Specifically,SARM acted as a negative regulator and exacerbated bacterial infection by inhibiting the expression of inflammatory cytokines IL-1βand tumor necrosis factor-α(TNF-α).Pol-miR-n199-3p reduced SARM expression by specifically interacting with the 3’untranslated region(UTR),thereby promoting SARM-dependent inflammatory cytokine expression and protecting the host against bacterial dissemination.Furthermore,pol-lnc78 sponged pol-miR-n199-3p to ameliorate the inhibition of SARM expression.During infection,the negative regulators pol-lnc78 and SARM were significantly down-regulated,while pol-miR-n199-3p was significantly up-regulated,thus favoring host antibacterial defense.These findings provide novel insights into the mechanisms underlying fish immunity and open new horizons to better understand cerna crosstalk in lower vertebrates.

关键词： LncRNA SARM miRNA cerna Antibacterial response

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冠心病血清外泌体介导的lncRNA-miRNA-mRNA cerna调控网络研究及潜在靶向中药预测及实验验证

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中国药理学通报 2024年第6期40卷 1153-1164页

作者：马露杨雷丁煌李菀榆谭维李艳玲张燕燕刘晓丹曾昭文邓常清张伟湖南中医药大学中西医结合学院湖南中医药大学中西医结合心脑疾病防治湖南省重点实验室湖南中医药大学第一附属医院湖南长沙410208

目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(cerna)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对cerna网络涉及的生物学过程和核心中药... 详细信息

目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(cerna)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对cerna网络涉及的生物学过程和核心中药进行初步验证。方法利用exoRbase数据库获得差异基因的表达矩阵,结合生信方法构建cerna网络,并对网络中的差异的mRNA进行GO分析和KEGG分析,利用COREMINE数据库对cerna网络涉及的生物学过程及核心靶基因进行预测,筛选具有潜在治疗作用的中药;体外构建AVECs氧化损伤细胞模型,检测细胞骨架、成管功能、细胞增殖、LDH漏出率、ROS水平以及p-AKT、AKT、p-PI3K、PI3K蛋白表达情况,验证核心中药丹参治疗CHD的作用通路及靶点。结果与正常人比,CHD血清外泌体存在395个mRNA,80个miRNA,60个lncRNA差异基因,预测出80个miRNA,所构建cerna子网络,主要由21个lncRNA、80个miRNA、82个mRNA组成;AKT1、VEGFA、IL-1β等基因在网络中处于核心地位,异常表达的mRNA涉及细胞的氧化应激反应等生物学过程和PI3K/Akt等信号通路,丹参、川芎、三七等与CHD外泌体介导的生物学过程和核心基因最为密切;药物主要归属于补虚类、清热类和活血化瘀类,五味大多数归属于苦、甘和辛类,归经多集聚于心、肝、肾经;核心中药丹参的有效成分丹参酮IIA可以促进血管内皮细胞增殖、成管、骨架形成及修复,降低细胞LDH漏出率及ROS水平,促进p-AKT、p-PI3K蛋白的表达。结论CHD血清外泌体存在复杂的cerna调控网络转导,中药可通过多靶点干预治疗,丹参、川芎、三七等有望成为候选中药来源,其中丹参有效成分丹参酮IIA激活PI3K/Akt信号通路发挥对氧化应激损伤细胞的保护作用,治疗CHD。

关键词：冠心病血清外泌体 cerna lncRNA miRNA mRNA 丹参酮IIA

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广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及cerna网络构建

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中国畜牧兽医 2024年第7期51卷 2739-2750页

作者：张珂张敏李添宝张杰卢晟盛江明生广西大学动物科学技术学院南宁530004

【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支... 详细信息

【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(cerna)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的cerna网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性能提供了理论支持。

关键词：广西麻鸡 lncRNA 差异表达产蛋性状 cerna

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鸡胚胎期肌纤维分化lncRNA相关cerna网络构建

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中国畜牧杂志 2024年第6期60卷 178-188页

作者：张若彤汪家骏陈若楠杨朝永孙楠桢董伟孙杰石河子大学动物科技学院新疆石河子832000 新疆诺奇拜城油鸡发展有限公司新疆阿克苏842008

肌纤维的分化直接影响肌肉类型。本研究旨在筛选肌肉中差异表达的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)和小RNA(microRNA, miRNA),构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。试验利用玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期肌肉组织建立lncRNA、miRNA文库,... 详细信息

肌纤维的分化直接影响肌肉类型。本研究旨在筛选肌肉中差异表达的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)和小RNA(microRNA, miRNA),构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。试验利用玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期肌肉组织建立lncRNA、miRNA文库,筛选与肌纤维分化相关的胚胎期骨骼肌差异表达的lncRNA和miRNA,进行靶向关系预测、GO和KEGG富集分析并构建lncRNA相关的cerna调控网络。结果显示,共有953个lncRNA和909个miRNA在胚胎期8 d和14 d组间差异表达。基于靶向关系预测、靶基因功能富集分析,筛选出与肌纤维分化相关的lncRNA和miRNA,成功构建包含41个lncRNAmiRNA-mRNA关系对的lncRNA相关cerna网络。研究结果为丰富后续cerna在肌纤维分化的研究提供理论依据,为改善家禽肌肉品质奠定了基础。

关键词：鸡胚胎期 miRNA lncRNA 肌纤维分化 cerna

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cerna在膀胱癌中的研究进展

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临床医学进展 2024年第3期14卷 1280-1288页

作者：苗国庆高梦赵红丽任志颖李晓霞牡丹江医学院公共卫生学院黑龙江牡丹江

膀胱癌是全世界范围内的一种常见恶性肿瘤,是泌尿系统中发生率最高的恶性癌症,严重影响人们健康。竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, cerna)是一种新的转录后RNA相互调控机制,越来越多的研究发现长链非编码RNA (long non-coding... 详细信息

膀胱癌是全世界范围内的一种常见恶性肿瘤,是泌尿系统中发生率最高的恶性癌症,严重影响人们健康。竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, cerna)是一种新的转录后RNA相互调控机制,越来越多的研究发现长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)、环状RNA (circular RNA, circRNA)和假基因(pseudogenes)可以与微小RNA (micro RNA, miRNA)竞争,影响靶RNA的稳定性或翻译,从而调控基因表达。由于任何拥有miRNA反应元件结构的转录产物理论上都能够作为cerna发挥功能,cerna理论对整合疾病发病机理,尤其对于肿瘤研究有重要意义。目前越来越多的研究表明cerna在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞增殖、凋亡、细胞周期、侵袭和转移等各种生物过程中发挥重要作用。本文对cerna分类及常见的cerna在膀胱癌中的研究进展作一综述。

关键词： cerna miRNA lncRNA circRNA 假基因膀胱癌

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膀胱癌cerna网络的构建和相关lncRNAs的筛选

中国科技论文在线精品论文

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中国科技论文在线精品论文 2024年第2期17卷 213-223页

作者：田虹陈颖唐力顾昊北京理工大学生命学院北京100081

目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,cerna)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多种数据库进行数据挖掘,得到膀胱癌差异表达的lncRNAs、miRNAs和mRNAs,并构建lncRNA-miRNA-mRNA的cerna调控网络。为了分析cerna网络行使的生物学功能,对cerna网络中的mRNAs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析并构建蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络。对cerna网络中的lncRNAs进行Kaplan-Meier生存曲线分析,筛选出与膀胱癌患者预后存在显著相关性的lncRNAs。结果:cerna网络中包括了17个lncRNAs、32个miRNAs和78个mRNAs。GO功能分析发现相关失调基因主要集中在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶途径、酪氨酸激酶途径等方面。KEGG通路富集分析结果显示这些基因集中在MAPK信号途径、脂质和动脉粥样硬化通路等方面。PPI网络中可以看出核心蛋白质主要围绕在MAPK1、HSPA8和HNRNPD等方面。通过Kaplan-Meier生存曲线分析发现共有6个lncRNAs与膀胱癌患者预后存在显著相关性,分别为C3orf35、ZBTB20-AS1、LINC00112、ARHGAP5-AS1、ARAP1-AS2和CYB561D2。结论:不同的lncRNAs参与了膀胱癌的发病机制;构建的cerna调控网络有助于增加对膀胱癌发病分子机制的认识;筛选的lncRNAs为后续的实验研究提供了基础。

关键词：肿瘤学膀胱癌 cerna lncRNAs 生物标志物

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肺腺癌动态5节点cerna调控网络预测及机理分析

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生物医学 2024年第2期14卷 267-277页

作者：刘梦曦赵宇李悦张小轶北京工业大学化学与生命科学学院北京

目的:构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点cerna调控网络,挖掘核心基因,为肺腺癌诊断及预后提供新思路。方法:从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数据,将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(s... 详细信息

目的:构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点cerna调控网络,挖掘核心基因,为肺腺癌诊断及预后提供新思路。方法:从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数据,将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(stage I期)、晚期样本(stage II、III、IV期),并将癌旁与早期、早期与晚期分别进行差异分析,将两组差异结果取交集,基于ChipBase、HOCOMOCO V11、AnimalTFDB、GTRD、TransmiR、TRRUST、CircBank、Starbase、miR2Disease、miRecords、miRTarBase和TarBase、LncBase、LncLocator数据库获得调控关系对,构建五节点cerna调控网络,对网络中的靶基因进行GO富集以及构建PPI网络挖掘核心基因。结果:构建了随分期动态变化的LUAD 5节点cerna调控网络,网络中的靶基因主要富集在脂肪酸代谢和突触成熟等生物过程中,最后获得与肺腺癌发生发展有关的8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1。结论:调控网络中靶基因富集的相关通路以及8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1为肺腺癌发生发展过程的机制分析、诊断及预后提供新思路。

关键词：生物信息学 cerna 调控网络 LUAD

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细胞质lncRNA在cerna网络中对肝癌的预后作用

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2024年第1期55卷 54-64页

作者：盖智敏陈颖丽刘姝含杨佳宏内蒙古大学物理科学与技术学院呼和浩特010021

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(cerna)主要在细胞质中发挥作... 详细信息

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(cerna)主要在细胞质中发挥作用,因而挑选出位于细胞质中的lncRNA进行研究。从癌症基因组图谱(TCGA)中获得了374例HCC组织和50例正常组织中lncRNA、microRNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的表达谱,并鉴定出差异表达基因。构建了一个HCC相关的cerna网络,随后通过建立LASSO Cox模型和多因素Cox回归分析,构建了基于5个lncRNA基因的预后模型,将肝癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现,该模型可能是预测肝癌患者的独立因素。研究结论显示,找到了一些参与HCC进展的潜在预后细胞质lncRNA。

关键词： cerna 肝细胞癌 lncRNA 总生存率风险评分

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肝细胞癌铁死亡特征基因的cerna调控网络构建及分析

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华侨大学学报(自然科学版) 2024年

作者：朱亚玲方杉杉黎祎杰徐先祥刁勇华侨大学医学院

通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的cerna调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高... 详细信息

通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的cerna调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高、低风险组间免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应的差异。构建并分析铁死亡特征基因的cerna调控网络。结果表明:高风险组HCC患者总生存期和无进展生存期显著低于低风险组;风险评分和肿瘤分期为HCC患者的独立预后因素;与其他临床特征相比,预后风险模型具有更好的预测能力;高、低风险组HCC患者在免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应等方面的差异具有统计学意义;cerna调控网络中,SLC7A11的高表达与HCC患者预后不良密切相关。

关键词：肝细胞癌铁死亡 cerna 预后免疫细胞浸润

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LncRNANORAD通过cerna对口腔鳞状细胞癌细胞增殖、侵袭及迁移的影响机制

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中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生 2024年第2期 44-47页

作者：齐长娥孙姗姗王冶赤峰学院附属医院口腔科内蒙古赤峰024000

探究长链非编码RNA(LncRNA)DNA损伤激活的非编码RNA(NORAD)对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞增殖、侵袭及迁移影响及可能机制。方法采用基因芯片法在口腔鳞癌组织和癌旁组织中筛选差异表达的lncRNA及miRNA,并确定以LncRNA NORAD、miR-520b... 详细信息

探究长链非编码RNA(LncRNA)DNA损伤激活的非编码RNA(NORAD)对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞增殖、侵袭及迁移影响及可能机制。方法采用基因芯片法在口腔鳞癌组织和癌旁组织中筛选差异表达的lncRNA及miRNA,并确定以LncRNA NORAD、miR-520b作为研究对象,采用CCK8、Transwell和划痕实验测定低表达LncRNA NORAD对OSCC细胞株Cal-27增殖、侵袭、转移能力的影响,双荧光素酶实验预测分析miR-520b与LncRNA NORAD、抗细胞凋亡因子(DAD1)作用关系。结果基因芯片及RT-PCR显示,OSCC组织LncRNA NORAD、DAD1 mRNA表达低于癌旁组织,miR-520b表达高于癌旁组织(Pcerna)。结论 LncRNA NORAD能作为miR-520b的竞争性RNA上调DAD1表达,促进OSCC细胞增殖、侵袭及迁移。

关键词：口腔鳞状细胞癌 lncRNA?NORAD cerna 增殖侵袭迁移

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