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中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会

作者：贾玲韩璐白栓成孙坚国家兽药残留基准实验室(华南农业大学)国家兽药安全评价(环境评估)实验室(华南农大)华南农业大学兽医学院

[目的]耐碳青霉烯类菌株正在成为世界性的主要公共卫生问题,其耐药性主要是由于产生了碳青霉烯水解酶。为了快速鉴定产碳青霉烯酶菌株以选择适当的抗生素治疗以及减小其传播,由Nordmann等人研究了carba np方法。为了克服carba np方法在... 详细信息

[目的]耐碳青霉烯类菌株正在成为世界性的主要公共卫生问题,其耐药性主要是由于产生了碳青霉烯水解酶。为了快速鉴定产碳青霉烯酶菌株以选择适当的抗生素治疗以及减小其传播,由Nordmann等人研究了carba np方法。为了克服carba np方法在检测菌株范围及检测时间上的缺点,研究员们对carba np方法进行了多种优化。[方法]carba np基于碳青霉烯酶水解β-内酰胺环导致pH降低使pH指示剂变色的特性,通过颜色的变化在2 h内产碳青霉烯酶菌株。但由于酚红指示剂颜色变化不明显,且仅适用于检测肠杆菌科及铜绿假单胞菌菌株,因此对carba np做了优化。***等研究的Blue-carba用溴百里酚蓝替代了酚红,溶液颜色也从有红到黄变为了由蓝到黄,以提高指示剂的变色范围。***等以微量滴定板形式开发了基于分光光度法的carba np酚红测定法,通过检测OD值,客观检测指示剂的颜色变化。***等人研究的carbacineto np试验将裂解缓冲液用5M NaCl溶液替代,有加倍增加了细菌的接种量以扩大carba np的检测范围。[结果]Blue carba增加了肉眼观产颜色变化的与阈值,提高了判断菌株是否产碳青霉烯酶的准确率。carba np酚红测定法,做到了客观观察颜色变化,避免了肉眼观察颜色变化造成的误差。carbacineto np法通过避免任何缓冲效应及增加酶的数量,最终使检测鲍曼不动杆菌的敏感性达到了97.4%。[结论]近几年,除了对carba np方法进行不断改良,也陆续有其他方法用于快速检测产碳青霉烯酶菌株。CIM法,rCIM法以及MALDI-TOF MS方法也用于检测产碳青霉烯酶菌株,但是检测的时间较长。为实现更加快速准确检测产碳青霉烯酶菌株,需要研究者们共同的努力,以更好地进行耐碳青霉烯酶的检测和治疗,保护人们的生命财产安全。

关键词： carba np Blue-carba OD value carbacineto np 鲍曼不动杆菌

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肠杆菌目细菌碳青霉烯酶的实验室检测和临床报告规范专家共识(第二版)

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中国感染与化疗杂志 2022年第4期22卷 463-474页

作者：喻华徐雪松李敏杨启文杨青张嵘褚云卓单斌郭大文胡志东简翠李轶廖康刘根焰季萍金炎倪语星沈瀚苏丹虹卓超王辉魏莲花俞云松张泓张利侠周铁丽朱镭王明贵朱德妹胡付品四川省医学科学院·四川省人民医院临床医学检验中心成都610072 吉林大学中日联谊医院上海交通大学医学院附属仁济医院北京协和医院浙江大学医学院附属第一医院浙江大学医学院附属第二医院中国医科大学第一附属医院昆明医科大学附属第一医院哈尔滨医科大学附属第一医院天津医科大学总医院华中科技大学同济医学院附属同济医院河南省人民医院中山大学附属第一医院当前细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌目细14.江苏省人民医院新疆医科大学附属第一医院山东省立医院上海交通大学医学院附属瑞金医院南京大学医学院附属鼓楼医院广州医科大学附属第一医院北京大学人民医院甘肃省人民医院浙江大学医学院附属邵逸夫医院上海市儿童医院陕西省人民医院温州医科大学附属第一医院山西省儿童医院复旦大学附属华山医院

当前,细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战,其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)引起的感染形势最为严峻。碳青霉烯类抗生素包括亚胺培南、美罗培南和厄他培南等,是治疗多重耐药革兰... 详细信息

当前,细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战,其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)引起的感染形势最为严峻。碳青霉烯类抗生素包括亚胺培南、美罗培南和厄他培南等,是治疗多重耐药革兰阴性杆菌所致感染最有效的抗菌药物之一。随着该类药物在临床的广泛使用,CRE菌株的检出率呈逐年快速上升趋势。

关键词：肠杆菌目细菌碳青霉烯酶 carba np 碳青霉烯灭活试验碳青霉烯酶抑制剂增强试验酶免疫层析技术分子检测技术专家共识

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肠杆菌目细菌碳青霉烯酶的实验室检测和临床报告规范专家共识

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中国感染与化疗杂志 2020年第6期20卷 671-680页

作者：喻华徐雪松李敏杨启文杨青张嵘褚云卓单斌郭大文胡志东简翠李轶廖康刘根焰季萍金炎倪语星沈瀚苏丹虹卓超王辉魏莲花俞云松张泓张利侠周铁丽朱镭王明贵朱德妹胡付品四川省医学科学院四川省人民医院临床医学检验中心成都610072 吉林大学中日联谊医院上海交通大学医学院附属仁济医院北京协和医院浙江大学医学院附属第一医院浙江大学医学院附属第二医院中国医科大学第一附属医院昆明医科大学附属第一医院哈尔滨医科大学附属第一医院天津医科大学总医院华中科技大学同济医学院附属同济医院河南省人民医院中山大学附属第一医院江苏省人民医院新疆医科大学附属第一医院山东省立医院上海交通大学医学院附属瑞金医院南京大学医学院附属鼓楼医院广州医科大学附属第一医院北京大学人民医院甘肃省人民医院浙江大学医学院附属邵逸夫医院上海市儿童医院陕西省人民医院温州医科大学附属第一医院山西省儿童医院复旦大学附属华山医院

当前,细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战,其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)引起的感染形势最为严峻.碳青霉烯类抗菌药物包括亚胺培南、美罗培南和厄他培南等,是治疗多重耐药革... 详细信息

当前,细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战,其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)引起的感染形势最为严峻.碳青霉烯类抗菌药物包括亚胺培南、美罗培南和厄他培南等,是治疗多重耐药革兰阴性杆菌所致感染最有效的抗菌药物之一.随着该类药物在临床的广泛应用,肠杆菌目细菌对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率呈逐年快速上升趋势.CHINET中国细菌耐药监测网历年监测结果显示[1-2],我国临床分离肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率从2005年的3%快速攀升至2019年的25%以上,上升幅度高达8倍.2018年全国细菌耐药监测网(CARSS)数据显示,全国1429所医院临床分离的肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗菌药物的平均耐药率为10.1%,部分省市甚至超过20%[3].由于CRE菌株通常还携带有对其他抗菌药物耐药的基因,对抗菌药物呈广泛耐药甚至全耐药的特征,使临床的抗感染治疗面临无药可用的困境[4].

关键词：肠杆菌目细菌碳青霉烯酶 carba np 碳青霉烯灭活试验碳青霉烯酶抑制剂增强试验酶免疫层析技术分子检测技术

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一种基于人工智能的产碳青霉烯酶细菌的快速鉴定方法

一种基于人工智能的产碳青霉烯酶细菌的快速鉴定方法

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中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会

作者：倪卫娜崔泽华唐甜廖晓萍刘雅红孙坚华南农业大学兽医学院

[目的]近年来,产碳青霉烯酶的肠杆菌科细菌(carbapenem-producing Enterobacteriace,CPE)的快速传播,成为了一个严峻的临床和公共卫生难题。目前常用的三种碳青霉烯表型筛选方法有Blue carba试验,碳青霉烯酶失活法(CIM),基于MALDI-TOF M... 详细信息

[目的]近年来,产碳青霉烯酶的肠杆菌科细菌(carbapenem-producing Enterobacteriace,CPE)的快速传播,成为了一个严峻的临床和公共卫生难题。目前常用的三种碳青霉烯表型筛选方法有Blue carba试验,碳青霉烯酶失活法(CIM),基于MALDI-TOF MS技术检测碳青霉烯酶。而如今随着人工智能(Artificial Intelligence,AI)技术的飞速发展,其在生物学研究包括细菌耐药性方面辅助研究拥有一席之地。本研究旨在利用AI技术,结合Blue-carba,建立一个快速检测产碳青霉烯酶肠杆菌的方法。[方法]碳青霉烯酶肠杆菌检测方法采用优化菌液浓度的Blue carba方法,采用全自动酶标仪全波长扫描确定最佳检测波长;建立不同的AI模型并比较其稳定性与准确性,确定最佳AI模型;模型进行验证,简化实验方法,并上传至网络,建立网站实验数据共享。[结果]酶标仪最佳检测波长为615 nm和720nm,菌液最适浓度为OD=1.5,准确率和稳定性最好的AI模型为LSTM模型;采用105株产碳青霉烯酶肠杆菌和39株不产碳青霉烯酶肠杆菌进行测试,AI Blue-carba可以在15min自动判别菌株是否产碳青霉烯酶,敏感性为99%,特异性为100%。[结论]结合AI技术,可以极大地缩短Blue-carba的检测时间;建立网站实验数据共享,用户只需上传两个时间点的OD值结果即可判断菌株是否产碳青霉烯酶。

关键词： CPE carba np AI 快速检测

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3种方法检测CRE菌株耐药机制的比较

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南京医科大学学报（自然科学版） 2019年第8期39卷 1235-1239页

作者：闫玲顾兵张丽马萍王彦玲徐州医科大学医学技术学院江苏徐州221004 徐州医科大学附属医院检验科江苏徐州221002

目的:评估Vitek-2 XL全自动细菌鉴定药敏分析仪、carba np法和改良的碳青霉烯类灭活法(modified carbapenem inactivation method,mCIM)检测耐碳青霉烯类药物肠杆菌科细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)菌株的能力。方法:采用Vitek-2 XL仪器法、carba np法和mCIM检测实验室保存的94株肠杆菌科细菌对碳青霉烯类药物的耐药性。以PCR检测结果为标准,评估这3种方法检测CRE菌株的能力。结果:Vitek-2 XL全自动细菌鉴定药敏分析仪检测CRE的灵敏度为100%,特异度为60%;carba np检测的灵敏度为89.6%,特异度为93.8%;mCIM检测的灵敏度为93.1%,特异度为95.3%。仪器法能检测到包括产碳青霉烯酶在内其他机制的CRE。结论:Vitek-2 XL全自动细菌鉴定药敏分析仪检测CRE具有很高的灵敏度,但还存在一定的偏差,实验室需要增加mCIM或carba np试验作为CRE表型筛查方法与仪器检测结果进行复核,为临床提供准确的药敏结果。

关键词： Vitek-2 XL carba np mCIM 碳青霉烯类耐药性检测能力

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一种基于人工智能的产碳青霉烯酶细菌的快速鉴定方法的建立

一种基于人工智能的产碳青霉烯酶细菌的快速鉴定方法的建立

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作者：蒋鹏华南农业大学

学位级别：硕士

近年来,伴随着碳青霉烯类抗生素的滥用,产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌(carbapenem-producing Enterobacteriace,CPE)的出现和传播成为一个严峻的临床和公共卫生难题。CPE感染死亡率高,“超级细菌”的发现,更是给人类敲响了警钟。目前常用的... 详细信息

近年来,伴随着碳青霉烯类抗生素的滥用,产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌(carbapenem-producing Enterobacteriace,CPE)的出现和传播成为一个严峻的临床和公共卫生难题。CPE感染死亡率高,“超级细菌”的发现,更是给人类敲响了警钟。目前常用的三种碳青霉烯表型筛选方法有Blue carba试验,碳青霉烯酶失活法(CIM),基于MALDI-TOF MS技术检测碳青霉烯酶。而如今随着人工智能(Artificial Intelligence,AI)技术的飞速发展,其在生物学研究包括细菌耐药性方面辅助研究拥有一席之地。本次研究利用AI技术、Blue-carba实验和全自动酶标仪有效结合。首先使用酶标仪检测Blue-carba细菌悬浮液,确定最佳检测波长为615 nm和720 nm,最佳检测液为使用p H=7.4的PBS缓冲液稀释的1.5 OD的Blue-carba细菌悬浮液。第二步使用实验室近年来分离到的517株革兰氏阴性菌菌株建立4种不同的AI模型并训练测试性能,确定最佳AI模型为LSTM模型,准确率和稳定性最好。第三步用112株实验室保存的肠杆菌科细菌进行验证,通过全自动酶标仪每隔5分钟检测一个小时内13个时间点Blue-carba细菌悬浮液在615 nm和720 nm处的OD值,记录两个波长下OD值的变化,并用酶标仪和AI模型分析在各个时间点下两个波长的OD值的差值变化趋势,发现携带碳青霉烯基因与非携带碳青霉烯基因的细菌悬浮液OD值变化趋势不同,携带碳青霉烯基因不同亚型的OD值变化趋势不同,且人工分析和导入AI模型分析结果一致。确定通过建立的AI模型分析结果可以自动判别菌株是否产碳青霉烯酶,绝大部分产碳青霉烯酶菌株能够在15 min内就被检测出来,敏感性可达99%,特异性为100%。与Blue-carba试验,碳青霉烯酶失活法和MALDI-TOF MS技术检测碳青霉烯酶的方法进行比较,验证实验结果。最后,简化实验方法,并上传至网络,建立网站实验数据共享。用户只需上传任意两个时间点的结果即可判断菌株是否产碳青霉烯酶。除了Blue-carba试验必需的试剂外,仅额外使用一台酶标仪即可完成试验,我们将这种方法命名为AI Blue-carba。AI Blue-carba能够为临床检测碳青霉烯酶提供一种快速高效准确的方法,能极大地缩短实验时间,并提供有效的工具来监测细菌耐药性的增长,为临床提供用药指导,进而为政府制定控制CPE传播的政策提供一定的依据。

关键词： CPE carba np AI 快速检测

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产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌表型检测方法的准确性与适用性研究：系统评价与meta分析

产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌表型检测方法的准确性与适用性研究：系...

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作者：钟红重庆医科大学

学位级别：硕士

背景:耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE）引起的感染是非常棘手的医学难题,CRE在全世界范围内的流行俨然已成为公共卫生安全的巨大威胁。在CRE中最主要的耐药机制为碳青霉烯酶的产生,相对于其它... 详细信息

背景:耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE）引起的感染是非常棘手的医学难题,CRE在全世界范围内的流行俨然已成为公共卫生安全的巨大威胁。在CRE中最主要的耐药机制为碳青霉烯酶的产生,相对于其它机制导致的耐药细菌,产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌（carbapenemase-producing enterobacteriaceae,CPE）由于毒性更强和更易于水平传播往往导致更高的致病率和死亡率。因此早期准确的CPE检测对抗生素管理和感染控制至关重要。但是CPE检测方法种类繁多,如何选择成为临床实验室必须思考和解决的难题。目的:通过系统评价及meta分析方法评估改良Hodge试验（modified Hodge test,MHT）,carba np试验（carbapenemase Nordmann-Poirel test）,改良碳青酶烯抑制试验（modified carbapenem inactivation method,mCIM）,和基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱分析法（matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）四种CPE表型检测方法的准确性;从经济因素、人力资源和临床效率等方面来评估这些方法的适用性。从而为实验室合理选择CPE表型检测方法提供依据。方法:在pubmed、embase、google scholar、the Cochrane library、sinomed、CNKI、万方、维普数据库中检索产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌表型检测方法。检索时限为建库至2019年3月1日。根据诊断性试验质量评估-2（QUADAS-2）工具对纳入研究的质量进行评估。合并统计量包括敏感度、特异度、诊断比值比、集成受试者工作特征曲线（summary receiver operating characteristic curve,SROC）和曲线下面积（area under the curve,AUC）。通过meta回归方法用相对诊断比值比两两间接比较四种方法的准确性。使用I和Q检验检测研究异质性,通过meta回归分析探究潜在的异质性来源。Deek漏斗图和Duval的剪补法检测发表偏倚。进行敏感性分析评估合并结果的稳健性。结果:共纳入54篇文献。MHT的合并敏感度和特异度分别为92%（95%CI:87%-95%）和93%（95%CI:86%-97%）;carba np试验的合并敏感度和特异度分别为97%（95%CI:94%-98%）和100%（95%CI:99%-100%）;mCIM试验的合并敏感度和特异度分别为99%（95%CI:99%-100%）和99%（95%CI:96%-100%）;MALDI-TOF MS的合并敏感度和特异度分别为99%（95%CI:96%-100%）和99%（95%CI:96%-100%）。MHT,carba np,mCIM,和MALDI-TOF MS的合并诊断比值比（diagnostic odds ratio,DOR）分别为98.156（95%CI:48.175-199.995）、1277.710（95%CI:751.391-2172.692）、3597.352（95%CI:1287.575-10000）、1781.360（95%CI:651.827-4868.228）。MHT,carba np,mCIM,和MALDI-TOF MS的SROC曲线下面积分别为0.97,1,1,和1。carba np,mCIM,和MALDI-TOF MS的诊断价值高于MHT（carba np vs MHT,p=0.00;MADLI-TOF-MS vs MHT,p=0.00;mCIM vs MHT,p=0.00）。结论:carba np试验、mCIM试验和MALDI-TOF MS三种方法对CPE表型检测的诊断效能均高于MHT。通过综合成本、便捷性、相关器材和技能等方面的评估,建议实验室按mCIM>carba np>MALDI-TOF MS的顺序选择碳青霉烯酶表型检测方法。

关键词：产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌 MHT carba np mCIM MALDI-TOF MS

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