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湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

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畜牧兽医学报 2010年第4期41卷 463-468页

作者：刘自逵刘国华戴荣四刘伟李芬胡涛刘毅湖南农业大学动物医学院长沙410128 湖南省兽药工程技术研究中心长沙410128

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种... 详细信息

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。

关键词：猬迭宫绦虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系

黑龙江省不同地区东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1基因序列分析及种系发育研究

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中国预防兽医学报 2017年第11期39卷 943-945页

作者：高俊峰张莹侯美如崔宇超黑龙江省兽医科学研究所黑龙江齐齐哈尔161000

为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对... 详细信息

为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对其序列分析并构建种系发生树,探讨其遗传进化关系。结果显示pcox1和pnad1基因片段长度分别为699 bp和492 bp,且基因长度均一致。pcox1基因种内变异率在0~0.7%,种间变异率在12.2%~15.8%;pnad1基因种内变异率在0~0.2%,种间变异率在12.7%~23.3%,种间变异要大于种内变异。分子进化树结果显示,3个地区的东方次睾吸虫聚集在一起,次睾属的另两个成员聚集在同一分支,且系统发生树中的Bootstrap值均较高。本研究表明线粒体cox1基因和nad1基因可以用于东方次睾吸虫的种系发育分析,本研究为东方次睾吸虫进一步的分子流行病学和数量遗传学研究奠定了实验基础。

关键词：东方次睾吸虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因序列分析

湖南省华支睾吸虫线粒体cox1和nad1基因的克隆及进化分析

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中国兽医科学 2012年第1期42卷 8-12页

作者：伍慧兰庄远红黄文湖南第一师范学院湖南长沙410205

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进... 详细信息

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。

关键词：华支睾吸虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系

青海地区多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫遗传分化特征

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第3期42卷 309-315页

作者：付永张海宁陈旺开师正合张学勇郭志宏朵红沈秀英孟茹李志青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 青海省动物疾病病原诊断与绿色防控技术研究重点实验室西宁810016 青海大学附属医院西宁810001 西宁市动物疫病预防控制中心青海西宁810003

目的对青海地区多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫遗传分化特征进行分析,为青海省棘球蚴病的防控提供理论依据。方法在玉树、果洛、黄南藏族自治州等棘球绦虫主要自然疫源地捕捉小型哺乳动物,剖检采集包囊,提取包囊组织基因组DNA,PCR扩增细... 详细信息

目的对青海地区多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫遗传分化特征进行分析,为青海省棘球蚴病的防控提供理论依据。方法在玉树、果洛、黄南藏族自治州等棘球绦虫主要自然疫源地捕捉小型哺乳动物,剖检采集包囊,提取包囊组织基因组DNA,PCR扩增细胞色素氧化酶1 (cox1)基因并测序,运用DnaSP v6、Iqtree、BEAST v2.7.4等软件进行单倍型分析、核苷酸多态性分析、系统进化树构建及棘球绦虫属分化时间估算。结果从2 864只小型哺乳动物中共获得55份棘球蚴包囊。55份包囊DNA样品均扩增出长度约800 bp的cox1条带,其中37份为多房棘球绦虫,18份为石渠棘球绦虫,青海田鼠多房棘球蚴患病率为1.96%(37/1 884),高原鼠兔石渠棘球蚴患病率为1.84%(18/980)。37条多房棘球绦虫cox1序列共有单倍型5个,以EmH3单倍型为主(占33/37),单倍体多样性指数为0.207,核苷酸多样性指数为0.033 55,共有156个变异位点。18条石渠棘球绦虫cox1序列共有单倍型8个,以EsH2单倍型为主(占8/18),单倍型多样性指数为0.778,核苷酸多样性指数为0.060 52;共有14个变异位点。多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫的13个单倍型上传GenBank,单倍型EmH1~EmH5的登录号依次为OR821706、 OR821707、 OR830343、 OR830344、 OR826123, EsH1~EsH8登录号依次为OR835156、 OR835157、OR830376、OR830378、OR831110、OR875250、OR835161、OR841080。系统进化树分析显示,多房棘球绦虫的5个单倍型与多房棘球绦虫亚洲株聚为一支,石渠棘球绦虫的8个单倍型与GenBank中的石渠棘球绦虫聚为一支。基于cox1基因的分化时间结果显示,细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、石渠棘球绦虫、少节棘球绦虫和伏氏棘球绦虫的共同祖先存在于约5.67百万年前(Mya)(95%CI:4.72~6.66 Mya),细粒棘球绦虫、石渠棘球绦虫和多房棘球绦虫的平均分化时间约为2.02 Mya (95%CI:1.51~2.49 Mya)。结论青海地区多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫具有较高的遗传多样性,其中多房棘球绦虫以EmH3单倍型为主,石渠棘球绦虫以EsH2单倍型为主。

关键词：多房棘球绦虫石渠棘球绦虫单倍型 cox1基因系统发育分析分化时间

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

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中国畜牧兽医 2017年第1期44卷 113-122页

作者：郝桂英何学谦万润西昌学院动物科学学院西昌615013

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ(nad4)基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1... 详细信息

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ(nad4)基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。

关键词：鸡蛔虫 cox1基因 nad4基因遗传变异

基于线粒体16S rRNA、cox1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系

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福建农业学报 2018年第3期33卷 230-235页

作者：何丽斌陈芳朱志煌马敏宁张河长吴孙龙周宸福建省水产研究所福建厦门361013 福建珊瑚海生态科技有限公司福建福州350102

采用线粒体16S rRNA、cox1和Cytb基因测定11种小丑鱼的序列,分析其基因序列差异和遗传距离关系,并用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,探讨了11种小丑鱼的系统发育关系。序列分析结果显示,经比对处理后的3个基因总长度4 388... 详细信息

采用线粒体16S rRNA、cox1和Cytb基因测定11种小丑鱼的序列,分析其基因序列差异和遗传距离关系,并用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,探讨了11种小丑鱼的系统发育关系。序列分析结果显示,经比对处理后的3个基因总长度4 388bp,其中多态位点1 028个,简约信息位点616个,转换与颠换比为2.12,A+T的平均含量为54.7%,高于C+G的平均含量45.3%。系统发育关系表明:(1)双锯鱼亚科为单系发生,但双锯鱼属不为单系发生,建议对棘颊雀鲷属重新定位;在双锯鱼属中,公子小丑鱼Amphiprion ocellaris和黑边公子小丑鱼Amphiprion percula聚为一支,为双锯鱼亚科分子亲缘关系基础;(2)透红小丑鱼Premnas biaculeatus在双锯鱼属的定位较为模糊,贝叶斯树显示透红小丑鱼***与公子小丑鱼***和黑边公子小丑鱼***聚成一支并位于该支的底端,而NJ树和ML树中透红小丑鱼却没能和公子小丑鱼***和黑边公子小丑鱼***聚为一支,而是和其他小丑鱼汇聚成一支;(3)透红小丑鱼***与金透红小丑鱼Premnas epigrammata是同一种。

关键词： 16S rRNA基因 cox1基因 Cytb基因小丑鱼遗传差异系统进化

羊毛尾线虫凉山州分离株的线粒体cox1和Cyt b基因的序列测定及种系发育分析

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中国兽医学报 2018年第12期38卷 2327-2333页

作者：郝桂英王赵伟西昌学院动物科学学院

应用PCR技术对分离自四川省凉山州12个山羊源羊毛尾线虫分离株的线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和Cyt b基因部分序列(pCyt b)进行扩增和分析。结果显示,所获得的羊毛尾线虫pcox1和pCyt b序列长度分别为843bp和909bp,种内变异分别为0.0%~... 详细信息

应用PCR技术对分离自四川省凉山州12个山羊源羊毛尾线虫分离株的线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和Cyt b基因部分序列(pCyt b)进行扩增和分析。结果显示,所获得的羊毛尾线虫pcox1和pCyt b序列长度分别为843bp和909bp,种内变异分别为0.0%~0.5%(7个变异位点)和0.0%~0.1%(1个变异位点),分别检测到7个单倍型和2个单倍型,平均单倍型多样性分别为0.773和0.409,核苷酸多样性分别为0.001 74和0.000 45。构建的种系发育树均显示,12个山羊源羊毛尾线虫凉山州分离株聚在同一小分支,能与其他毛尾线虫相鉴别;不同宿主来源的羊毛尾线虫中国株均聚在同一分支,而羊毛尾线虫西班牙株单独聚为一支,推测不同地方羊毛尾线虫分离株可能存在隐藏种或不同的基因型。结果表明,羊毛尾线虫cox1和Cyt b基因序列种内变异小,种间差异较大,故可作为分子标记用于羊毛尾线虫的种间鉴定;羊毛尾线虫凉山州分离株存在一定的遗传变异和遗传多样性,且cox1基因的多样性水平高于Cyt b基因。本研究结果为羊毛尾线虫的分子分类、群体遗传结构和分子流行病学调查等的进一步研究奠定基础。

关键词：羊毛尾线虫 cox1基因 Cyt b基因种系发育遗传多样性

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

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中国畜牧兽医 2015年第1期42卷 61-66页

作者：郝桂英西昌学院动物科学学院西昌615013

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊... 详细信息

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。

关键词：猪囊尾蚴 cox1基因 nad1基因种系发育

基于线粒体cox1和nad1基因对青海牦牛种系发育关系的研究

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中国畜牧兽医 2013年第2期40卷 151-154页

作者：钱建新钱和平徐志伟袁彬彬湖南省湘乡市畜牧水产局湖南湘乡411400 湖南省南县畜牧水产局湖南益阳413200 湖南农业大学动物科技学院湖南长沙410128

本研究选取4头青海牦牛作为研究对象,用2对引物扩增青海牦牛的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1),并用pcox1和pnad1序列重构青海牦牛与其他... 详细信息

本研究选取4头青海牦牛作为研究对象,用2对引物扩增青海牦牛的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1),并用pcox1和pnad1序列重构青海牦牛与其他牛的进化关系。对测定获得序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。结果表明,所获得的4头牦牛样品pcox1和pnad1基因序列分别为823和837bp,种系发育分析表明,青海牦牛样品与GenBank已知的牦牛位于同一分支,与其他牛所属分支相隔较远。

关键词：青海牦牛线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系