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基于COI序列的水牛角及其易混伪品DNA条形码鉴定研究

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药学学报 2017年第3期52卷 494-499页

作者：刘旭朝周丽思刘金欣贾静宋经元石林春中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室北京100193 山东中医药大学药学院山东济南250355 承德医学院河北省中药研究与开发重点实验室河北承德067000

水牛角作为犀角的代用品是急症用药安宫牛黄丸的主要成份,近年来常有混伪品流入市场,急需建立有效鉴定方法。本研究共收集155份原动物及市售水牛角样品,通过优化DNA提取方法,PCR扩增、双向测序、序列拼接获得153条COI序列。93份原动物CO... 详细信息

水牛角作为犀角的代用品是急症用药安宫牛黄丸的主要成份,近年来常有混伪品流入市场,急需建立有效鉴定方法。本研究共收集155份原动物及市售水牛角样品,通过优化DNA提取方法,PCR扩增、双向测序、序列拼接获得153条COI序列。93份原动物COI序列经条形码间隔法和建树法核验后纳入中药材DNA条形码动物药材数据库,利用中药材DNA条形码鉴定系统(***)对62份市售水牛角药材进行鉴定。除2份市售药材无法获得COI序列外,54.8%的市售药材为水牛角,29%的市售药材为牦牛角。本研究表明牦牛角为市售水牛角药材主要伪品来源,DNA条形码技术可用于区分水牛角及其易混伪品,应加强市场监管,以确保急症用药临床疗效。

关键词：水牛角 COI序列 DNA条形码鉴定混伪品

基于线粒体COI序列的矛尾复虾虎鱼5个野生群体的遗传多样性分析

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海洋通报 2021年第6期40卷 636-643页

作者：祝斐应博凯贾超峰孟乾高波孙瑞健宋双双徐大凤卢瑶瑶张志伟陈淑吟张志勇陈心江苏省海洋水产研究所江苏南通226000 南通大学生命科学学院实验室江苏南通226000

由于近年来过度捕捞及滩涂开发,野生矛尾复虾虎鱼资源量急剧下降。因此,对我国矛尾复虾虎鱼开展遗传多样性研究,有利于掌握矛尾复虾虎鱼种质资源现状。本文基于线粒体COI序列对大连、如东、连云港、长江口和宁波的5个矛尾复虾虎鱼群体... 详细信息

由于近年来过度捕捞及滩涂开发,野生矛尾复虾虎鱼资源量急剧下降。因此,对我国矛尾复虾虎鱼开展遗传多样性研究,有利于掌握矛尾复虾虎鱼种质资源现状。本文基于线粒体COI序列对大连、如东、连云港、长江口和宁波的5个矛尾复虾虎鱼群体开展了遗传多样性研究。结果表明,5个群体中共有17个单倍型,在427个位点中,共检测到15个变异位点,其中简约信息位点11个,单独位点4个。碱基A、T、G、C的平均含量分别为24.6%、29.6%、20.1%、25.7%。5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.652和0.00255。野生矛尾复虾虎鱼整体的遗传多样性水平为中等偏下,宁波群体的遗传多样性最高,如东群体最低。群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明,宁波群体与其他群体遗传距离相对较远,并存在显著的遗传分化;AMOVA分析表明,群体内的遗传变异高于群体间变异(81.45%>18.55%);中性检验结果显示,大连、连云港、长江群体在历史上可能经历过扩张。本研究为野生矛尾复虾虎鱼种质资源保护和合理开发利用提供了理论依据。

关键词：矛尾复虾虎鱼遗传多样性线粒体 COI序列

基于COI序列的紫河车药材及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

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中国中药杂志 2014年第12期39卷 2204-2207页

作者：陈俊贾静徐晓兰辛天怡张红印石林春姚辉刘冬吴珍红福建农林大学福建福州350002 长春中医药大学吉林长春130117 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法。该研究共收集6个种41份样品,以coi作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode ... 详细信息

利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法。该研究共收集6个种41份样品,以coi作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode Aligner进行序列拼接后,采用MEGA6.0软件进行序列比对,分析比较种内、种间序列差异,并构建正品紫河车及其混伪品的NJ树。结果表明紫河车COI序列种内平均K2P距离为0.001,种内最大K2P距离为0.008,紫河车的正品来源人与其混伪品种间存在较多变异位点。由所构建的NJ树显示紫河车与其混伪品均可明显区分。基于COI序列的DNA条形码技术可以鉴定紫河车及其混伪品,为紫河车的鉴别提供了新的工具。

关键词：紫河车 COI序列 DNA条形码鉴定

基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤亚科贝类中的应用分析

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Zoological Research 2010年第4期31卷 345-352页

作者：陈军李琪孔令锋郑小东于瑞海中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室山东青岛266003

该研究探讨了将COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性,获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列。碱基替换饱和性分析表明,颠换未出现饱和现象,而转换在序列分化达到10%至15%时即到达饱和。单倍型Hap33可能是... 详细信息

该研究探讨了将COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性,获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列。碱基替换饱和性分析表明,颠换未出现饱和现象,而转换在序列分化达到10%至15%时即到达饱和。单倍型Hap33可能是由杂交引起的,排除此单倍型,种内个体间遗传距离在0%到2.02%之间,平均为0.46%,属内不同种个体间遗传距离在17.21%～32.24%之间,平均为24.96%,存在条形码间隙;11种缀锦蛤亚科贝类在邻接树和贝叶斯树上都独立的单系群。该研究表明,基于coi的DNA条形码技术能够将研究所涉及的约98%的缀锦蛤亚科贝类鉴定到种的水平,因此,利用DNA条形码技术可以对缀锦蛤亚科贝类进行有效地分类鉴定。

关键词：缀锦蛤亚科 DNA条形码 COI序列物种鉴定

基于coi条形码序列的梅花鹿鹿皮及其伪品的DNA分子鉴定

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吉林农业大学学报 2022年第5期44卷 595-600页

作者：都帅王琦常天赢嵩之松张辉李庆杰王全凯吉林农业大学中药材学院长春130118 长春中医药大学附属医院中医药研究中心长春130021 长春世鹿鹿业集团有限公司长春130606 长春中医药大学长春130117

基于coi条形码序列对满族医药鹿皮胶的正品原料梅花鹿鹿皮及其伪品(将马鹿,赤鹿,黇鹿等与梅花鹿相近鹿种作为伪品)进行DNA分子鉴定,建立NJ树分析梅花鹿鹿皮正品与伪品的区别,以期建立一种快速有效的真伪鉴别方法。结果显示:NJ树中,正品... 详细信息

基于coi条形码序列对满族医药鹿皮胶的正品原料梅花鹿鹿皮及其伪品(将马鹿,赤鹿,黇鹿等与梅花鹿相近鹿种作为伪品)进行DNA分子鉴定,建立NJ树分析梅花鹿鹿皮正品与伪品的区别,以期建立一种快速有效的真伪鉴别方法。结果显示:NJ树中,正品梅花鹿鹿皮样品全部聚集为独立的一支,支持率为100%,有明显的单系性;伪品样品也分别聚集为单独的一支,支持率为100%。基于COI序列的DNA条形码技术,对比基因库,可以有效鉴别梅花鹿鹿皮的真伪,为满族医药传统药材梅花鹿鹿皮的真伪鉴别提供了新的科学方法。

关键词：梅花鹿鹿皮满族医药 COI序列伪品

基于骨骼系统比较和COI序列分析对中国近海带鱼科6种鱼类系统分类研究

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基于骨骼系统比较和COI序列分析对中国近海带鱼科6种鱼类系统分类...

作者：易木荣广东海洋大学

学位级别：硕士

带鱼科,隶属鲈形目、鲭亚目,全球有10属48种,分布于中国的有8属12种,而中国近海分布的主要是尾鳍呈鞭状的带鱼类(hairtails),即中国近海分布的主要有带鱼科4属鱼类,狭颅带鱼属Tentoriceps、沙带鱼属Lepturacanthus、小带鱼属Eupleurogra... 详细信息

带鱼科,隶属鲈形目、鲭亚目,全球有10属48种,分布于中国的有8属12种,而中国近海分布的主要是尾鳍呈鞭状的带鱼类(hairtails),即中国近海分布的主要有带鱼科4属鱼类,狭颅带鱼属Tentoriceps、沙带鱼属Lepturacanthus、小带鱼属Eupleurogrammus、带鱼属Trichiurus。其中,以带鱼属种之间的分类争论最多,属内外形高度相似,不同种类外部形态测量和计数特征重叠较多,差异小,而且这些差异不能在分类上提供有力的证据,因此在很长时间内,本属的鱼类被分类学家当做一种,在国内及国际上的渔业统计物种名分别用“带鱼Trichiurus haumela”或“高鳍带鱼Trichiurus lepturus”,因此迫切需要对带鱼科鱼类准确的分类鉴定,得出准确的有效学名,以便有效的渔业管理。传统的分类方法通过外部特征测量及计数特征分类方法在本属鱼类分类鉴定中存在一定的困难,因此本研究开展带鱼科鱼类骨骼系统比较,结合分子遗传COI序列分析方法,为带鱼科鱼类提供准确鉴定依据。本研究的结果如下:(1)在中国沿海14个鱼港随机采样中,利用形态特征初步辨别种类是带鱼科4属6种鱼类(狭颅带鱼T.cristatus、小带鱼E.muticus、沙带鱼L.savala、短带鱼Tr.brevis、南海带鱼Tr.nanhaiensis、日本带鱼Tr.japonicus)。结合COI序列的DNA条形码分析,测定样品1019条COI序列,序列长度1551bp,起始密码子是ATA和GTG两种,终止密码子是TAA,保守信息位点857个,占全部序列的55.25%;变异位点694个,占全部序列的44.75%;简约信息位点580个,占全部序列的37.4%;自裔位点114个,占全部序列的7.35%。带鱼科种间遗传距离为10.724.75%,种内遗传距离为0.21.60%,最大的种内距离是日本带鱼个体(0.60%)。经重建的系统发育树结果表明:狭颅带鱼是鞭状尾带鱼类群中最原始、其次到小带鱼、沙带鱼、短带鱼、南海带鱼和日本带鱼,每个物种都是一个单系群,日本带鱼是进化最晚的。依据外形快速辨别带鱼科鱼类特征结果,其与系统发育树、ABGD法的结果一致,是准确有效的。(2)对带鱼科6种鱼类进行骨骼系统比较研究,以透明骨骼标本、常规骨骼制备和X光拍摄等方法对带鱼科鱼类的骨骼系统进行比较。比较结果显示,以具退化的腹鳍、胸鳍上方侧线无明显弯曲、下鳃盖下缘略圆、后段尾椎骨上还有髓棘、上颞骨前端延长是后颞骨三倍长或没有超过后颞骨长、筛骨向后延伸短的狭颅带鱼属和小带鱼属为延伸一类,另以腹鳍缺失、胸鳍上方侧线明显弯曲、下鳃盖下缘内弯、后段尾椎骨上无髓棘、上颞骨前端与后颞骨平齐或稍长、筛骨向后延伸长的沙带鱼属和带鱼属为一类。狭颅带鱼与小带鱼在头背部差异较大,额骨隆起高度可以作为其种间分类特征。沙带鱼胸鳍黄色、臀鳍第一鳍棘粗壮稍微显露出来,带鱼属胸鳍银白色、臀鳍第一鳍棘埋于皮下是两者的最大差异较大的特征。在带鱼属中,全长与肛长的比值超过三倍以上的仅有日本带鱼;短带鱼个体短小,躯椎数(368)小于南海带鱼(402)和日本带鱼为(401);南海带鱼上枕骨有骨瘤,是在带鱼属中特殊的特征,而在南海带鱼和日本带鱼的背棘间骨和臀棘间骨上均发现有骨瘤,这些骨瘤随发育成长而增大增多;这些特征可作为带鱼属种间的分类特征。

关键词：带鱼科骨骼解剖 DNA条形码分类鉴定 COI序列

中国沿海龙虾属8种龙虾coi基因序列的分子系统学研究

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中山大学学报（自然科学版） 2011年第6期50卷 94-98页

作者：梁华芳徐晓鹏黄志坚翁少萍何建国中山大学生命科学学院广东广州510275 广东海洋大学水产学院广东湛江524088

我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体coi基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp,GC含量在40.2%～44.5%之间CO... 详细信息

我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体coi基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp,GC含量在40.2%～44.5%之间coi基因片段。8种龙虾种内变异较小,遗传距离范围0.00～0.057,平均0.016;种间遗传距离较大,介于0.124～0.228之间,平均遗传距离为0.185,种内和种间遗传距离相差约10倍。NJ树和MP树都支持8种龙虾分成2支:密毛龙虾、长足龙虾和日本龙虾为一支,中国龙虾、杂色龙虾、黄斑龙虾、锦绣龙虾和波纹龙虾等5种龙虾为另一支。表明coi基因序列作为DNA条形码进行龙虾属的分类鉴定具有一定的可行性。

关键词：龙虾属 COI序列 DNA条形码分子系统学

基于第六胸肢和coi基因序列的秀体溞属分类及系统发育研究

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基于第六胸肢和COI基因序列的秀体溞属分类及系统发育研究

作者：郭菲菲暨南大学

学位级别：硕士

1、秀体溞属是栉足目中最大的一个属,目前已发现40余种。本研究对该属的33个种做了全面系统的形态学方面的探索和分析,并基于其中的12个种的线粒体基因coi基因序列构建了系统发育树,对秀体溞属的分类和系统发育有了更深刻的了解。对coi... 详细信息

1、秀体溞属是栉足目中最大的一个属,目前已发现40余种。本研究对该属的33个种做了全面系统的形态学方面的探索和分析,并基于其中的12个种的线粒体基因coi基因序列构建了系统发育树,对秀体溞属的分类和系统发育有了更深刻的了解。对coi基因的系统发育树分析表明,一些在形态上非常类似的种类其种间分歧度却很大(e.g.D.branchyurum-group);而有的同一形态种的不同地理种群的种内分歧度也比较大,说明存在隐种或杂交种(e.g.D.excisum)。秀体溞属的宏观形态学研究相比分子和进化方面存在一定的滞后性。2、本研究对秀体溞属的微观形态学特征进行了深入细致的观察和鉴定,以第六胸肢内肢上的刚毛数目和第六胸肢外肢上刚毛的相对长度为依据,将秀体溞属分为两个进化枝:hepta-group(内肢上有7根刚毛)和hexa-group(内肢上有6根刚毛)。从分类学上来讲,这两个分支被定义为秀体溞属的两个亚属,学名分为定为Diaphanosoma Fischer(狭义上的)和Neodiaphanosoma Paggi。3、利用贝叶斯法等构建出的coi系统发育树,得出的两个大分支与上述结果一致,有效的证实了对秀体溞属微观形态学上的结论。而对秀体溞属的生物地理学研究,也发现了这两大分支在地理分布上的不同。hexa-group(包括11个种)受限于热带地区,或者是扩散到亚热带地区。而种类更多的hepta-group(22个种)则主要生活的温带大陆性气候区,有少数种类分布在亚极地地区,也有一部分种类扩散到了热带亚热带地区。4、本文还记录了位于乍得北部的乌尼昂加湖泊和提贝斯提高原的两个秀体溞种类,这是在撒哈拉沙漠首次发现栉足目动物。其中一个种是D.excisum,属于热带种,发现于提贝斯提高原南面的格尔塔峡谷的一个淡水湖。另一个种发现于乌尼昂加的一个淡水湖,是一个新发现的种,命名为D.bopingi n.sp.,并对其进行了描述,该种不同于其他种类的是其后腹部尾爪上有四个爪刺。这两个种比热带的D.excisum耐盐性更强。D.excisum可能起源于全新世时期,而D.bopingi则起源于沙漠的更久远且阴冷潮湿的时期。

关键词：秀体溞属胸肢分类学 COI序列系统发育学生物地理学

近红外判别结合COI序列基因分析鉴定地龙物种基源

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世界中医药 2020年第13期15卷 1879-1885页

作者：吴怡青赵崇军张文婷赵霞顾念念孟雪丹林瑞超邹迪新北京中医药大学中药学院/中药品质评价北京市重点实验室北京102488 内蒙古医科大学药学院内蒙古010110

目的:建立地龙药材的真伪鉴别方法,为地龙药材优质用药提供新方法。方法:采用COI序列进行分子生物学层面的基因序列分析,近红外二级光谱判别建模分析进行光谱学层面的分析,两者共同鉴定地龙药材的真伪。结果:COI序列分析能够鉴别地龙种... 详细信息

目的:建立地龙药材的真伪鉴别方法,为地龙药材优质用药提供新方法。方法:采用COI序列进行分子生物学层面的基因序列分析,近红外二级光谱判别建模分析进行光谱学层面的分析,两者共同鉴定地龙药材的真伪。结果:COI序列分析能够鉴别地龙种属,明确药材的基源,近红外建模分析结果与COI序列分析结果一致。结论:近红外判别与coi基因分析结合能够简便,全面的控制地龙药材真实性,明确药材基源。

关键词：地龙 COI序列近红外建模真伪鉴别物种基源