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用codehop设计简并引物克隆B49乙酸激酶基因片段

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哈尔滨工业大学学报 2007年第8期39卷 1225-1229页

作者：任南琪林海龙李建政郑国香李永丰于振国张昆哈尔滨工业大学市政环境工程学院哈尔滨工业大学市政环境工程学院哈尔滨150090

利用codehop设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙... 详细信息

利用codehop设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙酸激酶基因片段.用codehop程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆将为高效产氢菌B49代谢工程研究和降低其反应器酸化研究提供科学依据.

关键词：引物设计 codehop 乙酸激酶基因简并引物高效产氢菌

codehop RT-PCR方法在汉坦病毒基因型别鉴定和分子溯源中的应用

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中国人兽共患病学报 2013年第9期29卷 854-857页

作者：胡群马思杰童淑梅大榭出入境检验检疫局宁波315812

目的分析codehop RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用codehop RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比... 详细信息

目的分析codehop RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用codehop RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比对和系统发生分析。结果两份样品均获得478bp大小的RT-PCR扩增产物,汉滩病毒DX0901与汉滩病毒株Nc167同源性最为接近,遗传距离为0.142。汉城病毒DX1101与汉城病毒株ZT10,ZT71,Z37同源性最为接近,遗传距离为0.049。结论 codehop RT-PCR方法可以有效的用于对汉坦病毒进行基因型别鉴定和分子溯源。

关键词：汉坦病毒 codehop RT-PCR 基因型别分子溯源

codehop法设计简并引物克隆花羔红点鲑β-肌动蛋白基因及生物信息分析

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中国畜牧杂志 2014年第15期50卷 10-14页

作者：卢玉婷张雅斌吉尚雷王建超郑伟张培军李月红吉林农业大学动物科学学院吉林长春130118 吉林省水产科学研究院吉林长春130000 吉林省卫生监测检验中心吉林长春130000

本研究克隆了花羔红点鲑β-肌动蛋白基因,结合生物信息学资源和生物软件的使用,利用codehop法针对特定的氨基酸序列设计简并引物,克隆结果进行同源性分析并构建系统进化树。结果表明:应用此种方法设计出的引物简并度相对较低,Tm值的修... 详细信息

本研究克隆了花羔红点鲑β-肌动蛋白基因,结合生物信息学资源和生物软件的使用,利用codehop法针对特定的氨基酸序列设计简并引物,克隆结果进行同源性分析并构建系统进化树。结果表明:应用此种方法设计出的引物简并度相对较低,Tm值的修改较为灵活,产物特异性强;/3-肌动蛋白具有高度的保守性,比对结果与虹鳟同源性达99.8%,与大马哈鱼同源性达99.3%,与大西洋鲑同源性达99.8%,系统发育关系与传统的分类相一致。

关键词：简并引物 codehop β-肌动蛋白

嗜血杆菌属codehop PCR检测方法的建立及在树鼩检测中的应用

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中国人兽共患病学报 2015年第11期31卷 994-1000页

作者：邢进冯育芳岳秉飞贺争鸣孙晓梅代解杰中国食品药品检定研究院实验动物资源研究所北京100050 中国医学科学院/北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118

目的建立树鼩中嗜血杆菌的codehop PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用codehop在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感... 详细信息

目的建立树鼩中嗜血杆菌的codehop PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用codehop在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感性评价,将建立codehop PCR检测方法,应用于树鼩嗜血杆菌的检测。结果简并引物HF1/HR8和HF3/HR3扩增标准菌株副鸡嗜血杆菌(ATCC 29545)、溶血嗜血杆菌(ATCC 33390)、流感嗜血杆菌(ATCC33391)、副流感嗜血杆菌(ATCC 33392)的目的片段分别为506bp^535bp和344bp^390bp,经测序和NCBI Blast比对,结果准确。两对引物组合,能够有效的区分嗜血杆菌属菌株与它属菌株,检测限最低可达2.1pg/μL。在受试的野生树鼩呼吸道样本中嗜血杆菌阳性率为33.3%(20/60)。结论所建立的方法具有较好的特异性和敏感性,操作简便,能够用于动物样品的嗜血杆菌检测。

关键词：嗜血杆菌 codehop PCR 树鼩简并引物检测

用codehop设计简并引物克隆反刍月形单胞菌K6乙酸激酶基因片段

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中国兽医学报 2010年第1期30卷 102-106页

作者：逄晓阳刑鑫刘国文王哲吉林大学畜牧兽医学院动物营养代谢病与中毒病研究室吉林长春130062 国家农业深加工产品质量监督检验中心吉林长春130022

利用codehop设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACKSe以高效丙酸生成菌反刍月形单胞菌K6基因组DNA进行PCR,得到749 bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,测序后经Blastx比对,此DNA产物与其他菌属来源的乙酸激... 详细信息

利用codehop设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACKSe以高效丙酸生成菌反刍月形单胞菌K6基因组DNA进行PCR,得到749 bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,测序后经Blastx比对,此DNA产物与其他菌属来源的乙酸激酶蛋白序列具有相似性,所克隆的序列即为K6的乙酸激酶基因片段。用codehop程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高。该基因的成功克隆为丙酸生成菌K6乙酸代谢工程研究提供了依据。

关键词：反刍月形单胞菌 codehop 乙酸激酶基因

用codehop设计简并引物克隆杜氏盐藻hog1基因片段

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四川大学学报（自然科学版） 2012年第3期49卷 705-709页

作者：王传胜蒋彦四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064

根据NCBI上已经报道的hog1序列,利用简并引物在线设计工具codehop设计出两对简并引物,通过巢式PCR扩增,得到一段大小为635 bp的基因片段,将其克隆到T载体上并测序,将测得的序列在NCBI的Blast搜索发现,其与已报道的其他一些物种的hog1基... 详细信息

根据NCBI上已经报道的hog1序列,利用简并引物在线设计工具codehop设计出两对简并引物,通过巢式PCR扩增,得到一段大小为635 bp的基因片段,将其克隆到T载体上并测序,将测得的序列在NCBI的Blast搜索发现,其与已报道的其他一些物种的hog1基因有同源性.用codehop程序化设计简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆为研究杜氏盐藻的HOG信号途径奠定了基础.

关键词：杜氏盐藻 codehop 简并引物 hog1

黄病毒属病毒codehop RT-PCR检测方法的建立

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中国病原生物学杂志 2013年第10期8卷 878-880页

作者：胡群马思杰孙肖红李永东大榭出入境检验检疫局浙江宁波315812 中国检验检疫科学研究院宁波市疾病与预防控制中心

目的建立一种能快速检测黄病毒属病毒的codehopRT—PCR方法。方法根据GenBank发丧的不同黄病毒多聚蛋白氯基酸序列，利用codehop方法设计合成一对引物，建立能快速检测黄病毒属所有病毒的CODE～HOPRT—PCR方法，并用3种不同病毒株对该... 详细信息

目的建立一种能快速检测黄病毒属病毒的codehopRT—PCR方法。方法根据GenBank发丧的不同黄病毒多聚蛋白氯基酸序列，利用codehop方法设计合成一对引物，建立能快速检测黄病毒属所有病毒的CODE～HOPRT—PCR方法，并用3种不同病毒株对该方法进行特异性和灵敏度评价。结果建立的codehopRTPCR能埘黄病毒RNA进行特导性扩增，目的片段的大小（400-500bp）和序列与预期结果相符。该方法对黄病毒恢酸的最小检出量为8Pg。结论建立的codehopRT—PCR方法特异强、灵敏高，可用于黄病毒的榆测。

关键词：黄病毒检测 codehop RT-PCR

用codehop法设计简并引物克隆草鱼多聚免疫球蛋白受体基因片段

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大连海洋大学学报 2015年第2期30卷 138-142页

作者：许国晶王超孟庆磊刘峰刘飞陈秀丽山东省淡水渔业研究院山东省盐碱地渔业工程技术研究中心济南250013

为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用codehop法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用CO... 详细信息

为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用codehop法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用codehop法设计的简并引物特异性强,试验成功率高;草鱼p IgR基因属于整个脊椎动物的p IgR基因群,与鲤Cyprinus carpio同源性最高,为84%。

关键词：草鱼 codehop 多聚免疫球蛋白受体(p IgR)

鼠类感染沙粒病毒codehop RT-PCR检测方法的建立

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中国病原生物学杂志 2013年第12期8卷 1074-1077页

作者：胡群马思杰裘炯良邹春颖童淑梅大榭出入境检验检疫局浙江宁波315812

目的建立鼠类感染沙粒病毒的codehopRT—PCR检测方法。方法依据沙粒病毒N蛋白氨基酸序列设计1对codehop引物，建立沙粒病毒一步RT—PCR检测方法，分析该引物在对不同种沙粒病毒基因序列上的结合位点及所能获得的产物序列大小；通过检测... 详细信息

目的建立鼠类感染沙粒病毒的codehopRT—PCR检测方法。方法依据沙粒病毒N蛋白氨基酸序列设计1对codehop引物，建立沙粒病毒一步RT—PCR检测方法，分析该引物在对不同种沙粒病毒基因序列上的结合位点及所能获得的产物序列大小；通过检测分离自鼠类的沙粒病毒属淋巴细胞脑膜炎病毒（LCMV）株MS111013，评价方法的特异性和灵敏度；对MS111013扩增产物进行Blast同源性比对。结果从GenBank获得的22种沙粒病毒均存在codehop引物结合位点，扩增产物大小在406～429bp之间。建立的codehopRT—PCR方法可特异性扩增LCMV病毒核酸，目的片段大小与预期结果相符，核酸的最小检出量为11．8Pg。经Blast比对，MS111013与LCMV病毒株Douglas strain（4707）同源性较高，为86％。结论建立的沙粒病毒codehopRT—PCR检测方法敏感、特异，可用于鼠类沙粒病毒感染检测。

关键词：沙粒病毒 codehop RT—PCR 检测