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河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性

中国水产科学 2018年第2期25卷 269-277页

作者：刘慧芬张超王静顾钱洪周传江孟晓林张建新宋东蓥李学军孔祥会聂国兴河南师范大学水产学院河南省水产动物养殖工程技术研究中心

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体co I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性... 详细信息

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体co I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。

关键词：宽鳍鱲 co ⅰ 遗传多样性群体遗传结构

三省区蛞蝓感染广州管圆线虫调查及广州管圆线虫亲缘性分析

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三省区蛞蝓感染广州管圆线虫调查及广州管圆线虫亲缘性分析

作者：王静广西医科大学

学位级别：硕士

目的了解广西、云南和海南3省9个县市广州管圆线虫中间宿主蛞蝓的感染情况,探索广州管圆线虫不同分离株的基因类型。方法采用区域抽样法,在广西抽取7个县市,云南和海南分别抽取1个县市对蛞蝓感染广州管圆线虫情况进行调查。采用人工蛋... 详细信息

目的了解广西、云南和海南3省9个县市广州管圆线虫中间宿主蛞蝓的感染情况,探索广州管圆线虫不同分离株的基因类型。方法采用区域抽样法,在广西抽取7个县市,云南和海南分别抽取1个县市对蛞蝓感染广州管圆线虫情况进行调查。采用人工蛋白酶消化法处理蛞蝓,收集广州管圆线虫三期幼虫。提取广西南宁、广西靖西、广西玉林、云南普洱和海南琼中5个县市广州管圆线虫的基因组DNA:PCR扩增5个县市的核糖体DNA第二内转录间隔区序列基因(ITS2)片段并进行克隆测序;PCR扩增广西3个县市的线粒体co I基因片段并进行克隆测序。计算遗传距离,构建系统发生树,比较广州管圆线虫的亲缘关系。结果本次抽查广西、云南和海南共9个县市蛞蝓广州管圆线虫的感染情况,调查蛞蝓共2013条,总感染率为12.62%,平均感染度为70.83条。其中感染率最高的是广西靖西为32.48%,其次为云南普洱和海南琼中,感染率分别为20.82%和12.83%,感染率最低的是广西玉林为1.13%;其中感染度最高的为广西靖西,平均感染度为145.93条,其次为广西南宁和海南琼中,感染度分别为127.67条和99.21条;感染度最低的为广西忻城,平均感染度为2条。广西南宁、广西靖西、广西玉林、云南普洱和海南琼中广州管圆线虫ITS2基因序列与南美标准株基因序列同源性分别为98.5%、98.6%、98.8%、98.8%和98.3%;广西南宁、广西靖西、广西玉林和云南普洱广州管圆线虫ITS2基因序列与海南琼中同源性分别为98.9%、99.1%、99.2%和99.2%;广西南宁、广西靖西和广西玉林广州管圆线虫ITS2基因序列与云南普洱同源性分别为99.7%、99.8%和100.0%;广西南宁和广西靖西广州管圆线虫ITS2基因序列与广西玉林同源性分别为99.7%和99.8%;广西南宁广州管圆线虫ITS2基因序列和广西靖西同源性为99.5%。广西南宁、广西靖西和广西玉林广州管圆线虫co I基因序列与福建标准株基因序列同源性分别为99.8%、98.2%和99.8%;广西南宁和广西靖西广州管圆线虫co I基因序列与广西玉林同源性分别为99.8%和98.2%;广西南宁和广西靖西广州管圆线虫co I基因序列同源性为98.1%。表明广西、云南和海南3省5个县市广州管圆线虫ITS2基因具有高度同源性,与南美标准株属于同一虫种;广西3县市广州管圆线虫co I基因具有高度同源性,与福建标准株属于同一虫种。结论广西、云南和海南3省9个县市的蛞蝓广州管圆线虫的感染率不同,感染率的高低与蛞蝓滋生的环境等因素有关。高突足襞蛞蝓的广州管圆线虫感染率高于双线嗜粘液蛞蝓,可能与生物学特性有关。广西、云南和海南3省5县市广州管圆线虫ITS2基因的同源性较高,与南美标准株亲缘关系较近,属同一虫种;其中海南琼中与广西靖西分离株同属一个小分支,广西玉林与云南普洱位于另一个小分支,只有广西南宁分离株处于独立的一个小分支。因此,可以认为海南琼中与广西靖西、广西玉林与云南普洱的亲缘性更高。广西三县市广州管圆线虫co I基因的同源性较高,与福建标准株亲缘关系较近,属同一虫种。其中广西南宁与广西玉林分离株同属一个小分支,广西靖西分离株处于独立的一个小分支。因此,可以认为广西南宁与广西玉林的亲缘性更高。由于蛞蝓与居民生产生活密切接触,因此存在潜在的人群感染威胁。

关键词：广州管圆线虫感染率系统进化树 ITS2 co ⅰ

桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属部分种类基因序列及系统发育关系研究

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桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属部分种类基因序列及系统发育关系研究

作者：李艳华福建农林大学

学位级别：硕士

桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属寄生蜂分别是粉虱和介壳虫的重要寄生蜂,个体微小,传统形态分类鉴定比较困难。本论文基于核糖体28S rDNA,线粒体C0Ⅰ基因序列,28S rNDA和co ⅰ联合基因序列对桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属的部分种类进行了系... 详细信息

桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属寄生蜂分别是粉虱和介壳虫的重要寄生蜂,个体微小,传统形态分类鉴定比较困难。本论文基于核糖体28S rDNA,线粒体C0Ⅰ基因序列,28S rNDA和co ⅰ联合基因序列对桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属的部分种类进行了系统发育研究。采用不破坏标本的方法提取DNA,PCR扩增产物并对核糖体28S rDNA和线粒体co ⅰ基因序列进行测序,以花翅蚜小蜂Marietta montana作为外群,采用ClustalX (version1.83)、MEGA6.05PAUP4.0、 MrModeltest2.3、***3.2等软件对基因序列进行处理分析,结果采用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)、贝叶斯法(BⅠ)构建系统发育树,得出以下结论： 1.桨角蚜小蜂28S rDNA基因序列的G+C的碱基含量60.3%(不含外群),高于A+T的碱基含量39.7%,表现出明显的G+C的碱基偏向性;coⅠ基因序列A+T的碱基含量76.2%,明显高于G+C的碱基含量23.8%,表现出明显的A+T的碱基偏向性,所以核基因28S rDNA与线粒体co ⅰ基因的碱基构成有明显的区别;28S rDNA和co ⅰ联合基因序列A+T的碱基含量56.5%,高于G+C的碱基含量43.5%,表现出A+T的碱基偏向性。食蚧蚜小蜂的28S rDNA基因序列的G+C的碱基含量58.8%,高于A+T的碱基含量41.2%,表现出G+C的碱基偏向性;co ⅰ基因序列的A+T的碱基含量70.4%,明显高于G+C的碱基含量29.6%,表现出明显的A+T的碱基偏向性;28S rDNA和co ⅰ联合基因序列的G+C的碱基含量51.6%,高于A+T的碱基含量48.4%,表现出略微的G+C碱基偏向性。所以食蚧蚜小蜂的核基因28S rDNA与线粒体基因的碱基构成也存在明显的区别。 2.桨角蚜小蜂28S rDNA的转换的频率是颠换的1.73倍(不含外群),转换大于颠换,转换主要发生在T与C之间,颠换主要发生在T与G之间;co ⅰ的转换的频率是颠换的0.60倍,转换小于颠换,转换的发生主要在T与C之间,颠换的发生主要在T与A之间;28S rDNA和co ⅰ联合基因序列的转换的频率是颠换的1.01倍,即转换与颠换的频率几乎一致。食蚧蚜小蜂28S rDNA的转换的频率是颠换的1.25倍,转换大于颠换,转换的发生主要在T与C之间,颠换的发生主要在A与T之间;co ⅰ的转换的频率是颠换的0.44倍,转换明显小于颠换,转换的发生主要在A与G之间,颠换的发生主要在T与A之间;28S rDNA和co ⅰ联合基因序列转换的频率是颠换的0.93倍,转换的发生主要在C与T之间,颠换的发生主要在T与A之间。 3.桨角蚜小蜂的28S rDNA的遗传距离在0.000-0.098之间,co ⅰ基因的遗传距离在0.000-0.156之间,28S rDNA和co ⅰ联合基因序列的遗传距离在0.001-0.124之间,序列之间相当保守。食蚧蚜小蜂的28S rDNA的遗传距离在0.000-0.183之间,co ⅰ基因的遗传距离在0.000-0.173之间,28S rDNA和coⅠ联合基因序列的遗传距离在0.000-0.162之间,序列之间也是很保守的。 4.在DAMBE进行的碱基替换饱和性检测各类数据均未达到饱和,说明可以重建系统发育树。桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属的基于28S rDNA基因序列构建的三种系统树拓扑结构基本一致,基于co ⅰ基因序列构建的三种树的拓扑结构存在差别,桨角蚜小蜂属的系统树的拓扑结构的差别主要是Eretmocerus portoricensis的聚类位置不同,而食蚧蚜小蜂属的系统树的差别是coccophagus sp.的聚类位置不同。本研究结合形态特征和基于28S rDNA基因序列、线粒体co ⅰ序列、28S rNDA和co ⅰ联合基因序列的分子手段综合分析桨角蚜小蜂属和食蚧蚜小蜂属的系统发育关系,旨在为传统形态分类提供分子依据。本研究中桨角蚜小蜂属的NJ树和BI树将各物种完全分开,并且在各树中基于28S rDNA和co ⅰ联合基因序列构建的系统树置信值高于这两种基因序列分别构建的系统树,达到了分子鉴定的目的。在食蚧蚜小蜂属的各树中,BI树的置信值高于其他两种树,并且基于28SrDNA基因序列构建的BI树的置信值最高,整个树型最接近形态分类的结果,但是所有系统树均未将coccophagus hawaiiensis从coccophagus japonicus中分离出来,原因可能是选取的目的基因片段不能代表二者的基因差异。因此,基于形态特征分类,并结合分子分类,是对物种进行正确鉴定的更有效的方法。

关键词：桨角蚜小蜂属食蚧蚜小蜂属 28S rDNA co ⅰ 系统发育

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南海部分岛礁鱼卵及成鱼的DNA条形码研究

南海部分岛礁鱼卵及成鱼的DNA条形码研究

作者：闫亚利上海海洋大学

学位级别：硕士

对鱼类的正确认知是对鱼类资源保护和开发利用的前提。DNA条形码技术的兴起为鱼类鉴别提供了一种快速有效的方法,完善的DNA条形码数据库是DNA条形码技术快速发展的基础。本研究探究了 DNA条形码在篮子鱼科鱼类和鹦哥鱼科鱼类中的适用性... 详细信息

对鱼类的正确认知是对鱼类资源保护和开发利用的前提。DNA条形码技术的兴起为鱼类鉴别提供了一种快速有效的方法,完善的DNA条形码数据库是DNA条形码技术快速发展的基础。本研究探究了 DNA条形码在篮子鱼科鱼类和鹦哥鱼科鱼类中的适用性,并对美济礁、渚碧礁、琛航岛和七连屿四个岛礁的鱼卵进行鉴定,对南海岛礁部分鱼类DNA条形码数据库进行补充,结果如下:1.该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体co ⅰ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科co ⅰ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的co ⅰ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科co ⅰ基因序列的平均碱基组成为胸腺嘧啶（T）28.8%、胞嘧啶（C）28.8%、腺嘌呤（A）24.7%、鸟嘌呤（G）17.8%,顺序为T=C＞A＞G,碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离（0.002）的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的co ⅰ序列的系统进化分析结果显示,单斑篮子鱼（***）和狐篮子鱼（***）聚类在一起,形成1个分支,剩余17种（89.5%）篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于coⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。2.本研究我们共获得401个鹦哥鱼co ⅰ基因序列,隶属44种,10属。对所有序列进行比对并掐头去尾后保留共有序列533bp,平均核苷酸组成如下:腺嘌呤（A）22.7%,胸腺嘧啶（T）29.5%,胞嘧啶（C）29.5%和鸟嘌呤（G）18.2%,顺序为C=T＞A＞G。依据K2P模型计算所得401条鹦哥鱼科鱼类的遗传距离。种内遗传距离的范围为0.000-0.015,大部分种内遗传距离低于0.01,有4个种遗传距离处于0.01-0.02之间。401条鱼的种内平均遗传距离为0.003。在这44个种中,黄鳍鹦哥鱼（***）与尤斯尼氏鹦哥鱼（***）的遗传距离最大,为0.248;蓝头绿鹦哥鱼（***）和***的遗传距离最小为0.002。44种鹦哥鱼的平均种间遗传距离为0.159,约为平均种内遗传距离的53倍。NJ树显示蓝头绿鹦哥鱼（***）和***聚集在一起,其他同一物种的个体聚集在一起,具有较高的支持度,不同物种皆可得到有效区分。结果表明基于coⅠ基因的DNA条形码技术可应用于鹦哥鱼科物种鉴定。3.本研究对2017年冬季及2018年春季和秋季采集的美济礁、渚碧礁、琛航岛、七连屿4个岛礁3045个鱼卵样品进行拍照、DNA提取。利用DNA条形码技术,测序获得鱼卵序列1150个;精准鉴定鱼卵1039个,其中83个鉴定到属,956个鉴定到种,隶属于12目、40科、84属、162种。鉴定琛航岛鱼卵412个,其中381个鉴定到种,31个鉴定到属;春季和秋季均有鱼卵采集到的鱼类种类有15种。鉴定美济礁鱼卵69个,其中65个鉴定到种,4个鉴定到属;春季、秋季、冬季至少2个季节采集到鱼卵的种类有3种。鉴定七连屿鱼卵431个,其中403个鉴定到种,28个鉴定到属;春季、夏季、秋季至少2个季节采集到鱼卵的种类有15种。鉴定渚碧礁鱼卵127个,其中107个鉴定到种,20个鉴定到属;春季、秋季均采集到鱼卵的种类有1种:单带眶棘鲈（Scolopsis monogramma）。不同岛礁之间物种相似度最高的岛礁是七连屿和琛航岛。结果表明直接冷冻保存对鱼卵的形态特征保存更加有利,同时DNA条形码技术可作为鱼卵鉴定的有效方式,在缺乏明显的鱼卵形态鉴定特征时,可有效弥补经典形态学的不足之处,同时反过来填充鱼卵的形态特征资料库。

关键词：篮子鱼科鱼类鹦哥鱼科鱼类鱼卵 co ⅰ

基于DNA条形码的分子生物学方法对未知小鲵进行物种鉴定

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基于DNA条形码的分子生物学方法对未知小鲵进行物种鉴定

作者：舒服湖南师范大学

学位级别：硕士

物种鉴定是是判断生物亲缘关系的重要手段。在保护生物多样性和维持全球生态系统稳定发展的过程中,需要正确认识和区分物种,特别是那些珍稀濒危以及具有经济意义的重要物种,因此准确的分类鉴定工作显得尤为重要。2013年1月,在衡阳市岣... 详细信息

物种鉴定是是判断生物亲缘关系的重要手段。在保护生物多样性和维持全球生态系统稳定发展的过程中,需要正确认识和区分物种,特别是那些珍稀濒危以及具有经济意义的重要物种,因此准确的分类鉴定工作显得尤为重要。2013年1月,在衡阳市岣嵝峰的王马凼发现了未知的两栖动物,经外形的可数性状特征与可量性状特征的比较鉴定,初步判断为两栖纲Amphibia有尾目Urodela小鲵科Hynobiidae小鲵属Hynobius的物种。对于两栖动物的物种鉴定,除借助外形特征外,还需要对内部结构进行全面的解剖,甚至利用生物化学的手段,从分子水平进于DNA鉴定,才能准确的判断一个物种的分类地位。经历史资料查阅获悉,小鲵科在湖南省区域内仅发现2种,即分布于张家界市桑植县八大公山国家级保护区黄斑拟小鲵Pseudohynobius flavomaculatus和分布于永州市祁阳县祁阳省级自然保护区的挂榜山小鲵H. guabangshanensis,岣嵝峰不曾记录有小鲵分布。从地理区域上判断,祁阳的挂榜山与衡阳的岣嵝峰属于同一山系,岣嵝峰发现的物种极有可能与挂榜山小鲵有关系。对于该物种的判断,不仅仅关系到它的身份确定,还涉及该物种的地理分布和进化规律。鉴于此,我们除进行了传统的形态特征比对外,还作了野外实地调查,对其生活习性、环境生态以及周边人为活动做了系统调查。另外,还利用线粒体DNA co I基因序列保守性的特征,利用TaKaRa公司的试剂盒对所采组织进行了总DNA的提取,然后设计了特殊的引物,利用PCR技术对提取的DNA进行了扩增,最后经南京金斯瑞生物科技有限公司的测序,获得了岣嵝峰小鲵的co I590bp基因序列片段。从而弄清了该小鲵的真正分类归属,以及该小鲵在岣嵝峰的分布情况、种群数量等,为该物种的分类地位的确定和保护提供了科学的依据。本研究结果与结论如下：1.通过形态学、生态学和分子生物学方法相结合,最终确定发现于衡阳岣嵝峰的小鲵为挂榜山小鲵H. guabangshanensis。2.实地调查结果显示,挂榜山小鲵在岣嵝峰仅在岣嵝峰的王马凼有分布。3.通过实地调查和走访调查,我们推断该地挂榜山小鲵可能系人为带入所致。4.通过本研究进一步证实了,将传统分类方法与现代分子生物学方法相结合,会使分类鉴定结果更为准确可靠。5.对于挂榜山小鲵人为引进至岣嵝峰的原因及后果做了详细分析,呼吁人们不要盲目人为引进。6.针对挂傍山小鲵这种濒危物种,结合其实际情况,提出了切实可行的保护建议。

关键词： co ⅰ DNA条形码小鲵物种鉴定动物生态伦理