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大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种mtDNA coⅰ序列的分析

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大连海洋大学学报 2014年第3期29卷 212-216页

作者：张大莉董仕白俊杰苗建发胡莹李胜杰苗建新张兴华马冬梅天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室天津300387 中国水产科学研究院珠江水产研究所广州510380 天津市天祥水产有限责任公司天津301500

采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA coⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与Ge... 详细信息

采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA coⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与GenBank中大口黑鲈全序列（DQ536425）中的coⅠ区段相应部位比对,有5个碱基出现置换;佛罗里达亚种检测到5种单倍型,19个个体与本研究中的北方亚种比对,有41个碱基出现完全置换。将6种单倍型的序列提交GenBank后获得序列号为KF176376～KF176381,运用Mega 4.0软件计算两个亚种的碱基组成和碱基差异,北方亚种的单倍型多样性指数（H）、核苷酸多样性指数（Pi）和平均核苷酸差异性（k）均为0,佛罗里达亚种的H、Pi、k分别为0.784、0.003 42和4.573,两个亚种平均Kimura 2-parameter遗传距离为0.0351。研究表明,大口黑鲈佛罗里达亚种mtDNA coⅠ区段的遗传多样性高于北方亚种,该序列可作为鉴别两个亚种的DNA条形码。

关键词：大口黑鲈 coⅰ序列遗传多样性遗传距离 NJ系统树

应用coⅠ基因序列探讨中国蚱总科四亚科部分物种的系统发生关系(英文)

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动物分类学报 2010年第4期35卷 696-702页

作者：方宁轩文娟张妍妍蒋国芳南京师范大学生命科学学院江苏省生物多样性与生物技术重点实验室南京210046

通过测定蚱科26种蚱的线粒体DNA细胞色素c氧化酶Ⅰ基因的部分序列,分析了蚱亚科、短翼蚱亚科、刺翼蚱亚科及股沟蚱亚科部分物种的系统发育关系。以蜢总科的Vandiemenella viatica和Proriferasp.作为外群,构建了MP树和Bayes树。在获得的5... 详细信息

通过测定蚱科26种蚱的线粒体DNA细胞色素c氧化酶Ⅰ基因的部分序列,分析了蚱亚科、短翼蚱亚科、刺翼蚱亚科及股沟蚱亚科部分物种的系统发育关系。以蜢总科的Vandiemenella viatica和Proriferasp.作为外群,构建了MP树和Bayes树。在获得的598bp的序列中,有289个变异位点,253个简约信息位点; A、T、G和C的碱基平均含量分别为31.6% ,32.7% ,19.5% ,16.2% , A+T含量高于G+C含量。分子系统树显示:蚱亚科尖顶蚱属和该亚科其他属的亲缘关系较远,而与短翼蚱亚科的狭顶蚱属有较近的亲缘关系。尖顶蚱属的广西尖顶蚱聚在短翼蚱科内,与该亚科的尖翅狭顶蚱形成姐妹群且支持两者关系的置信度很高,广西尖顶蚱不应属于蚱亚科尖顶蚱属。龙滩柯蚱与蚱属的桂南蚱形成姐妹关系,而庭蚱属的细庭蚱聚在柯蚱属中,且蚱亚科柯蚱属的防城柯蚱与刺翼蚱亚科的二刺羊角蚱形成姐妹关系,因此柯蚱属不是单系群,作为一个单独的属是可疑的;蚱属不是单系群,日本蚱也不是蚱属中的原始物种,锯齿股蚱和粗体蚱碱基序列完全相同,再次证明二者为同一物种。

关键词：蚱科亚科系统发育线粒体DNA coⅰ序列

三种海笋营养成分和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列的研究

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三种海笋营养成分和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列的研究

作者：张婷婷山东农业大学

学位级别：硕士

脆壳全海笋、宽壳全海笋和大沽全海笋均属软体动物门、双壳纲、海螂目、海笋科、全海笋属。本论文对比研究了宽壳全海笋和脆壳全海笋水管和内脏团组织的营养成分,探究了其营养成分的差异;进一步运用分子遗传学技术,获得了一种宽壳全海... 详细信息

脆壳全海笋、宽壳全海笋和大沽全海笋均属软体动物门、双壳纲、海螂目、海笋科、全海笋属。本论文对比研究了宽壳全海笋和脆壳全海笋水管和内脏团组织的营养成分,探究了其营养成分的差异;进一步运用分子遗传学技术,获得了一种宽壳全海笋线粒体coⅠ基因特异性扩增引物;同时探讨了三种海笋coⅠ基因组成的差别,分析了其遗传差异程度和在遗传进化中的亲缘关系,揭示了3个物种的进化历程,研究结果为3种海笋的种质资源保护和开发利用提供了可靠的理论依据。主要研究内容和结果如下:采用常规营养指标测定方法,对脆壳全海笋和宽壳全海笋的水管和内脏团组织的营养成分进行了测定和比较分析,结果发现其水管组织的水分和粗蛋白含量均高于内脏团;粗脂肪和总糖的含量均低于内脏团;脆壳全海笋两种组织的灰分含量均较高;水管和内脏团中均含有16种氨基酸,内脏团中必需氨基酸占总氨基酸比例为35.32%-35.54%,这与WHO/FAO推荐的模式相近,高于水管;鲜味氨基酸占总氨基酸的比例为40.38%-51.50%,其中谷氨酸含量最高,其比例达到13.67%-17.05%;除宽壳全海笋的水管外,两种海笋氨基酸评分(AAS)和化学评分(CS)的第一限制氨基酸均为蛋氨酸+胱氨酸;矿质元素比例均衡,Fe含量丰富。研究结果表明,两种海笋的水管是高蛋白、低脂肪、味道鲜美、营养丰富的海产品;脆壳全海笋在补充人类矿物质营养元素、治疗疾病方面具有广阔的应用前景;宽壳全海笋在补充蛋白质和食用口感上更优。在3对自主设计的引物中,筛选出一种特异性强、扩增效率高的宽壳全海笋coⅠ基因的扩增引物,为宽壳全海笋的群体遗传学研究提供了便利。运用分子遗传标记检测技术,比较研究了三种海笋线粒体DNA的coⅠ基因片段,用Dna SP软件比较了其种内和种间的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数,并进一步运用MEGA 6.0软件进行了碱基组成、遗传距离的分析,建立了NJ进化树。研究结果显示:3种海笋中变异位点、单倍型数以及遗传多样性最多的都是脆壳全海笋,其次为大沽全海笋,而宽壳全海笋的最小。检测结果发现种内遗传距离最大的是脆壳全海笋,其次是宽壳全海笋,大沽全海笋的最小;且种内遗传距离小于种间遗传距离;在NJ进化树上,宽壳全海笋和脆壳全海笋聚为一支,大沽全海笋单独一支。研究结果表明,脆壳全海笋是这3种生物中最具变异可能性的物种,进化树证明了宽壳全海笋和脆壳全海笋在进化上的亲缘关系较近,与大沽全海笋的亲缘关系较远。目前,随着海洋生物的生态环境遭到破坏,人类所能利用的海洋生物资源急剧减少。本论文的研究结果可为海洋贝类的资源保护、分类和可持续利用提供重要依据。

关键词：海笋营养成分营养评价 coⅰ序列特异引物进化关系

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多重PCR同时鉴别5种药用海马

中国中药杂志 2018年第23期43卷 4562-4568页

作者：刘富艳袁媛金艳秦雯蒋超赵玉洋黄璐琦中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地北京100700 北京城市学院生物医学部北京100083

海马是我国名贵动物药材之一,《中国药典》收载了5种海马的药用标准。随着海马资源储量的减少,市售海马基原增多,鉴别困难。该研究基于海马及其混伪品线粒体DNA序列差异设计了5对鉴别引物并构建同时鉴别三斑海马、克氏海马、管海马,刺... 详细信息

海马是我国名贵动物药材之一,《中国药典》收载了5种海马的药用标准。随着海马资源储量的减少,市售海马基原增多,鉴别困难。该研究基于海马及其混伪品线粒体DNA序列差异设计了5对鉴别引物并构建同时鉴别三斑海马、克氏海马、管海马,刺海马和日本海马的多重PCR反应体系。PCR反应结束后进行凝胶电泳,管海马、日本海马、克氏海马、刺海马和三斑海马分别获得155, 222, 292, 352,458 bp的特异性鉴别条带,混伪品无条带。该研究建立的方法可以在单次PCR反应中准确鉴别所有药用海马的物种基原,为海马药材和饮片的质量控制提供了依据。

关键词：多重PCR 分子鉴定海马中药材 coⅰ序列

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蛭态轮虫中国新记录种及其研究展望

水生生物学报 2020年第2期44卷 423-428页

作者：李莹王庆魏南曾悦崔宗斌杨宇峰暨南大学生态学系广东省高校水体富营养化与赤潮防治重点实验室热带亚热带水生态工程教育部工程研究中心广州510632 中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430072

轮虫动物门蛭态亚纲轮虫由于其严格的孤雌生殖和低湿休眠特性而成为吸引各领域学者研究的重要类群。研究对2018年在珠海万山群岛采集的苔藓样品进行观察,发现蛭态轮虫中国新记录种环颈敖突轮虫Otostephanos torquatus Bryce,1913。目前... 详细信息

轮虫动物门蛭态亚纲轮虫由于其严格的孤雌生殖和低湿休眠特性而成为吸引各领域学者研究的重要类群。研究对2018年在珠海万山群岛采集的苔藓样品进行观察,发现蛭态轮虫中国新记录种环颈敖突轮虫Otostephanos torquatus Bryce,1913。目前国内缺少对该蛭态轮虫的详细形态描述,文章通过对该种的形态观察以及咀嚼器扫描电镜拍摄,阐述环颈敖突轮虫的主要分类特征。该物种重要分类依据为内腔里含有食物泡,轮盘带有特殊环状结构,上唇裂片呈三角形及裂片高度低于头冠高度,咀嚼器齿式7/7。通过检测该轮虫的coⅰ序列,与基因库中已有同科同属相似种的coⅠ基因序列聚类对比,证明了该种属于敖突轮属的遗传位置。相较于其他国家对蛭态轮虫的研究成果及其在进化研究中的重要地位,我国学者应该加强对蛭态轮虫的研究探索。

关键词：蛭态轮虫环颈敖突轮虫 coⅰ序列咀嚼器

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用DNA条形码技术对市售花胶进行基原鉴定

中药材 2016年第9期39卷 1956-1959页

作者：蔡炫邱雯田恩伟张宏伟叶浩婷晁志南方医科大学中医药学院广东广州510515

目的:运用DNA条形码技术确定广州市售花胶的物种来源。方法:用自行设计的coⅠ引物对11份市售花胶样品进行PCR扩增、测序,将所得序列构建UPGMA系统发育树,进行聚类分析;用BOLD(The Barcode of Life Data Systems)系统的物种鉴定引擎,与... 详细信息

目的:运用DNA条形码技术确定广州市售花胶的物种来源。方法:用自行设计的coⅠ引物对11份市售花胶样品进行PCR扩增、测序,将所得序列构建UPGMA系统发育树,进行聚类分析;用BOLD(The Barcode of Life Data Systems)系统的物种鉴定引擎,与数据库中已有鱼类序列进行比对,鉴定出各样品的基原。结果:11份市售花胶样品用自行设计的引物均可实现扩增,条带清晰、稳定,扩增和测序成功率均为100%;BOLD鉴定结果显示,11份样品来源于3科5种鱼类,UPGMA聚类分析对结果进行了确证。结论:DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合,可对市售花胶进行准确的基原鉴定。

关键词：花胶 DNA条形码 coⅰ序列基原鉴定

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中国真龙虱药材及其混伪品的分子鉴定研究

中药材 2023年第12期46卷 2964-2968页

作者：蔡庆群谢纯珠冯时茵廖娴杨棣华广州中医药大学第一附属医院广东广州510405

目的:建立一种能够快速鉴别中国真龙虱及其混伪品的特异性聚合酶链式反应(PCR)方法。方法:收集中国真龙虱及其混伪品共15批次,提取各样品基因组DNA,测序得到中国真龙虱及其混伪品的coⅰ序列,经比对后筛选出特异性单核苷酸多态性(SNP)变... 详细信息

目的:建立一种能够快速鉴别中国真龙虱及其混伪品的特异性聚合酶链式反应(PCR)方法。方法:收集中国真龙虱及其混伪品共15批次,提取各样品基因组DNA,测序得到中国真龙虱及其混伪品的coⅰ序列,经比对后筛选出特异性单核苷酸多态性(SNP)变异位点,设计特异性鉴别引物,同时考察影响PCR反应的各项因素。结果:双向测序分别获得中国真龙虱、中华龙虱、达牙甲的coⅠ片段;中国真龙虱特异性引物在296 bp处能扩增出单一清晰的目标条带,而在同样条件下,其混伪品均无此条带出现。结论:该研究所建立的中国真龙虱特异性PCR方法可快速而准确地鉴定中国真龙虱及其混伪品,为后续中国真龙虱药材的质量控制研究奠定了实验基础。

关键词：中国真龙虱 coⅰ序列特异性PCR 分子鉴定

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基于coⅠ基因在熊胆制品鉴定中的应用探讨

中国口岸科学技术 2023年第2期5卷 22-27页

作者：谭建锡胡忆文禹思宇李桐菲安家雯唐连飞长沙海关技术中心长沙410004

本研究对熊胆粉进行核酸提取,利用普通PCR法扩增coⅰ序列并进行测序分析,验证其应用于熊类制品鉴定的可行性。利用MEGA 5.0软件进行比对分析,计算种内和种间遗传距离并构建邻接系统发育树;利用DNAStar软件进行亚洲黑熊种内coⅰ序列同源... 详细信息

本研究对熊胆粉进行核酸提取,利用普通PCR法扩增coⅰ序列并进行测序分析,验证其应用于熊类制品鉴定的可行性。利用MEGA 5.0软件进行比对分析,计算种内和种间遗传距离并构建邻接系统发育树;利用DNAStar软件进行亚洲黑熊种内coⅰ序列同源性分析。结果显示,亚洲黑熊、棕熊各单独聚为一簇,常见伪瞒报品等各单独聚为一簇,可进行明显区分。本实验获得coⅰ序列与亚洲黑熊指名亚种coⅰ序列同源性为99.2%。该方法作为有效的分类鉴定手段,可为打击熊类制品走私和非法交易提供有效的技术支撑。

关键词：熊制品 coⅰ序列鉴定

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小麦腐霉根腐病病原菌鉴定与致病性测定

中国农学通报 2017年第33期33卷 34-38页

作者：张悦丽张博马立国徐作珽李长松祁凯齐军山山东省农业科学院植物保护研究所山东省植物病毒重点实验室济南250100

本研究旨在探明引起山东部分地区冬小麦苗期生长不良、矮小的原因,并鉴定该病害的病原菌。采用常规组织分离法对小麦水渍状的根系进行分离、纯化,得到2个类似腐霉的分离物SDCY-1和SDJY-1,并对这2个分离物进行形态特征、致病性鉴定及co... 详细信息

本研究旨在探明引起山东部分地区冬小麦苗期生长不良、矮小的原因,并鉴定该病害的病原菌。采用常规组织分离法对小麦水渍状的根系进行分离、纯化,得到2个类似腐霉的分离物SDCY-1和SDJY-1,并对这2个分离物进行形态特征、致病性鉴定及coⅰ序列分析。结果表明,2个分离物菌落白色,菌丝发达,培养基表面有大量的气生菌丝;人工接种后均能引起小麦生长不良、根系变短、鲜重减轻,水渍状至变褐,重新分离后获得的菌株与原接种菌一致。根据形态特征和系统发育树表明2个分离物为同一种腐霉菌—终极腐霉Pythium ultimum。研究结果可为冬小麦腐霉根腐病防治和抗病育种提供科学依据。

关键词：腐霉根腐病终极腐霉致病性 coⅰ序列冬小麦