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甘蔗cipk基因的同源克隆与表达

作物学报 2015年第3期41卷 499-506页

作者：黄珑苏炜华张玉叶黄宁凌辉肖新换阙友雄陈如凯福建农林大学/农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/国家甘蔗产业技术研发中心福建福州350002

cipk （calcineurin B-like-interacting protein kinase）是植物特有一类的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫中发挥着重要的作用,尤其与非生物逆境胁迫（干旱、高盐、ABA等）的信号传导密切相关。根据玉米cipk15基因（E... 详细信息

cipk （calcineurin B-like-interacting protein kinase）是植物特有一类的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫中发挥着重要的作用,尤其与非生物逆境胁迫（干旱、高盐、ABA等）的信号传导密切相关。根据玉米cipk15基因（EU957447.1,2247 bp）核酸序列保守区域设计1对同源克隆PCR引物,以甘蔗品种崖城05-179的cDNA为模板,通过RT-PCR扩增得到甘蔗cipk基因的一条全长cDNA序列（GenBank登录号为 KM114052）。序列分析结果表明,甘蔗Sccipk基因全长1782 bp,具有完整的开放阅读框（ORF,91~1631 bp）,编码513个氨基酸,该基因具有cipk基因的2个特征结构域（Kc-like superfamily和AMPKA-C-like superfamily）。生物信息学分析显示该基因编码的蛋白定位于内质网,为可溶性蛋白,不存在信号肽,二级结构元件多为α-螺旋,含有多个保守功能域,主要参与中间代谢。实时定量PCR表达分析表明,该基因表达具有组织特异性,虽在甘蔗各组织中均有表达,但在芽中的表达量最高。该基因在PEG、NaCl、ABA、SA和MeJA的胁迫诱导过程中,受ABA胁迫后表达量最高,约为对照的5.3倍,推测该基因的表达与甘蔗抗干旱和抗渗透胁迫有关。

关键词：甘蔗 cipk基因同源克隆生物信息学实时定量PCR

两个谷子cipk基因在非生物逆境胁迫下的表达分析

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作物学报 2016年第2期42卷 295-302页

作者：余爱丽赵晋锋王高鸿杜艳伟李颜方张正郭二虎梁爱华山西大学生物技术研究所山西太原030006 山西省农业科学院谷子研究所/特色杂粮种质资源发掘与育种山西省重点实验室山西长治046011

cipk是一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫过程中发挥重要作用。本文利用生物信息学方法从谷子基因组中鉴定出2个cipk基因,命名为Si cipk6和Si cipk16。序列分析表明Si cipk6基因组序列长1994 bp,编码451个氨基酸;Si C... 详细信息

cipk是一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫过程中发挥重要作用。本文利用生物信息学方法从谷子基因组中鉴定出2个cipk基因,命名为Si cipk6和Si cipk16。序列分析表明Si cipk6基因组序列长1994 bp,编码451个氨基酸;Si cipk16基因组序列长1885 bp,编码473个氨基酸,2个基因均无内含子和可变剪切。生物信息学分析显示这2个基因在蛋白质序列和结构上与其他物种cipk基因一样非常保守。实时定量PCR分析表明Si cipk6和Si cipk16在ABA、低温、高温、干旱、高盐诱导下表达量均有所上调,Si cipk6基因在ABA、干旱和盐处理时表达量上调幅度较大,而Si cipk16基因在低温、干旱和高温处理时表达量上调幅度较大。半定量PCR检测结果表明Si cipk6和Si cipk16两个基因在拔节、孕穗、灌浆期时均有表达,在相应生育时期受到干旱胁迫时它们表达量均有所提高。推测Si cipk6和Si cipk16基因在谷子的干旱或其他逆境胁迫中起一定作用。

关键词：谷子 cipk基因逆境

玉米中3个cipk同源基因在干旱和低温胁迫下的表达分析

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华中农业大学学报 2011年第5期30卷 545-551页

作者：王琦王伟申腾飞薛瑞丽邰付菊河南农业大学生命科学学院/河南省粮食作物生理生态与遗传改良重点实验室郑州450002

应用生物信息学分析,筛选获得了玉米中的3个cipk基因同源序列(登录号分别为AY104819,EU974290和EU968441),它们编码的氨基酸序列都具有cipk家族典型的功能结构域,推测属于cipk家族成员。根据同源性,分别将它们暂命名为Zmcipk1、Zmcipk17... 详细信息

应用生物信息学分析,筛选获得了玉米中的3个cipk基因同源序列(登录号分别为AY104819,EU974290和EU968441),它们编码的氨基酸序列都具有cipk家族典型的功能结构域,推测属于cipk家族成员。根据同源性,分别将它们暂命名为Zmcipk1、Zmcipk17和Zmcipk18。RT-PCR分析结果表明,在干旱和低温胁迫下,这3个基因的表达模式都发生改变。在干旱胁迫条件下,Zmcipk1在根中表达量明显改变,而低温胁迫下变化不大。Zmcipk17和Zmcipk18在2种胁迫下都被强烈诱导,但在不同胁迫下表达模式存在差异,而且在叶与根中的表达模式也不尽相同,暗示了这2个基因在干旱和低温胁迫下发挥重要的调控作用,但其调控机制存在差异。

关键词： cipk基因玉米生物信息学干旱胁迫低温胁迫表达量

蒺藜苜蓿cipk基因家族全基因组鉴定及表达分析

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中国草地学报 2021年第9期43卷 1-13页

作者：贺红利朴京培孙嘉囡刘天生张兴政吉林师范大学生命科学学院/吉林省植物资源科学与绿色生产重点实验室吉林四平136000

cipk作为Ca^(2+)信号通路中CBL蛋白的直接靶标蛋白广泛存在于植物中,其与植物生长发育及非生物胁迫响应密切相关。通过同源比对,在蒺藜苜蓿全基因组中共筛选得到28条cipk同源序列,分布于全基因组的7条染色体上,Mtcipks编码蛋白序列长度... 详细信息

cipk作为Ca^(2+)信号通路中CBL蛋白的直接靶标蛋白广泛存在于植物中,其与植物生长发育及非生物胁迫响应密切相关。通过同源比对,在蒺藜苜蓿全基因组中共筛选得到28条cipk同源序列,分布于全基因组的7条染色体上,Mtcipks编码蛋白序列长度介于319~510个氨基酸之间;依据内含子多少,通过进化分析所分成的3个群组可分为无或少内含子组(GroupⅠ)以及多内含子组(GroupⅡ和GroupⅢ);大多Mtcipks蛋白结构较为保守,其N端均存在1个催化激活结构域(Mtcipk7除外),C端均含有调控域NAF结构域;成员中共鉴定获得15种保守模体,其中N端motif更为保守;基因家族成员中有6对基因在进化过程中存在共线性关系,进化分析发现其经历了纯化选择,且分离时间估算预示其来自蒺藜苜蓿第一次全基因组复制甚至更早的基因组复制事件;经蛋白互作分析预测,共获得6对MtCBL-Mtcipk互作蛋白;基因家族成员上游启动子区域存在多种参与响应植物激素和非生物胁迫的顺式作用元件,且类型和数量在各成员间存在一定差异;基因芯片表达数据分析显示,部分家族成员呈现一定组织表达特异性,在响应干旱或高盐胁迫的过程中其表达模式也存在明显差异,Mtcipk9、Mtcipk10、Mtcipk23和Mtcipk24是参与干旱和(或)高盐胁迫响应的重要功能候选基因。

关键词：蒺藜苜蓿 cipk基因相互作用进化分析表达分析

杜梨响应盐胁迫cipk01的克隆及表达分析

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江苏农业科学 2019年第21期47卷 115-119页

作者：王影李慧蔺经杨青松常有宏江苏省农业科学院果树研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014 南京农业大学园艺学院江苏南京210095

CBL互作蛋白激酶(cipk,CBL-interacting protein kinases)是与钙调磷酸酶B类蛋白(CBL,calcineurin B-like protein)特异结合的蛋白激酶,广泛参与植物的生长发育以及生物和非生物胁迫响应。克隆和鉴定杜梨响应盐胁迫的cipk基因,对杜梨抗... 详细信息

CBL互作蛋白激酶(cipk,CBL-interacting protein kinases)是与钙调磷酸酶B类蛋白(CBL,calcineurin B-like protein)特异结合的蛋白激酶,广泛参与植物的生长发育以及生物和非生物胁迫响应。克隆和鉴定杜梨响应盐胁迫的cipk基因,对杜梨抗逆分子机制和抗逆性研究具有重要意义。选取了一个特殊的基因Pbcipk01做进一步的研究,通过生物信息学和实时荧光定量PCR技术分析该基因的序列特征以及在盐胁迫下的表达模式。该基因全长为1368 bp,含有1365 bp的开放阅读框,编码455个氨基酸,DNA序列为5051 bp,包含12个外显子和11个内含子。实时荧光定量PCR分析结果表明,该基因在杜梨的叶片中表达量最高,且受盐胁迫诱导下调表达。

关键词：杜梨盐胁迫 cipk基因序列分析基因表达抗逆基因抗逆机制