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整合分析DNA甲基化和基因表达揭示肝癌特异性诊断标志物

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整合分析DNA甲基化和基因表达揭示肝癌特异性诊断标志物

作者：程锦明上海交通大学

学位级别：硕士

肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上最常见的和最致命的疾病之一。DNA甲基化的改变经常能在HCC中被观察到,并且可能在HCC的发生、诊断以及预后方面具有重要的作用。使用TCGA数据库中的HCC的数据集,我们将HCC病人分成了不同的... 详细信息

肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上最常见的和最致命的疾病之一。DNA甲基化的改变经常能在HCC中被观察到,并且可能在HCC的发生、诊断以及预后方面具有重要的作用。使用TCGA数据库中的HCC的数据集,我们将HCC病人分成了不同的甲基化亚型,找到了差异甲基化和差异表达基因,分析了DNA甲基化对基因表达的顺式调控(cis-regulation)和反式调控(trans-regulation)。为了找到潜在的HCC诊断标志物,通过比较375个HCC组织、50个正常肝组织、184个健康人血液样本以及3780个患有其他癌症病人的甲基化谱数据我们筛选出了HCC特异的CpG位点。构建了逻辑回归模型来区分HCC与正常对照样本。模型的性能通过三套独立的数据集(347个HCC和122个正常样本)和10个新收集的HCC病人样本来进行评估。我们找到了一组具有CpG岛高甲基化表型的病人(CpG island methylator phenotype,CIMP),并发现CIMP病人的总体生存比非CIMP病人的总体生存要更差。我们的分析显示,DNA甲基化对基因表达的顺式调控主要是负相关,而反式调控则更加的复杂。更重要的是,我们找到了6个HCC特异的高甲基化位点,它们可以作为潜在的诊断标志物。使用六个CpG位点预测HCC可以实现2%的灵敏度,8%的特异性来排除正常肝组织,和8%的特异性来排除其他癌症。与之前已发表的甲基化标志物相比,我们的结果是唯一可以将HCC与其他癌症区分开的。除此之外,我们还找到了9个低甲基化位点可以作为HCC的预后标志物。总的来说,我们系统地描述了HCC中的DNA甲基化特征,提供了潜在的HCC的诊断标志物和预后标志物。

关键词： DNA甲基化 CpG 肝癌诊断标志物 CIMP 预后基因调控

抑癌基因甲基化与结直肠癌临床关系的研究进展

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世界华人消化杂志 2014年第8期22卷 1087-1092页

作者：柴秀坤剧宏燕白文元河北医科大学第二医院消化内科河北省石家庄市050000

结直肠癌(colorectal cancer,CRC),也称大肠癌是世界上发病率和死亡率均排第3位的恶性肿瘤性疾病,严重威胁着人类健康.随着人们生活水平的提高,饮食习惯和结构的改变,其发病率和死亡率增长迅速.近年来抑癌基因异常甲基化成为CRC的研究热... 详细信息

结直肠癌(colorectal cancer,CRC),也称大肠癌是世界上发病率和死亡率均排第3位的恶性肿瘤性疾病,严重威胁着人类健康.随着人们生活水平的提高,饮食习惯和结构的改变,其发病率和死亡率增长迅速.近年来抑癌基因异常甲基化成为CRC的研究热点,他参与了肿瘤的发生、发展全过程.抑癌基因甲基化可广泛应用于CRC早期筛查和诊断、有效治疗、监测复发和转移及预后评估等,与CRC临床关系密切.本文主要从抑癌基因甲基化与CRC临床关系及其临床意义方面的研究进展做一简要综述.

关键词：抑癌基因甲基化结直肠癌 CIMP 临床意义

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MSI结直肠癌的研究进展

实用肿瘤学杂志 2017年第4期31卷 376-380页

作者：马悦陶冀哈尔滨医科大学附属肿瘤医院哈尔滨150081

结直肠癌是最常见的恶性肿瘤之一,随着生活水平的提高以及饮食习惯的西化,我国结直肠癌的发病率和死亡率均有上升趋势。结直肠癌的发生发展是一个多步骤、多基因参与的过程,目前认为染色体不稳定(Chromosomal instability,CIN)和微卫星... 详细信息

结直肠癌是最常见的恶性肿瘤之一,随着生活水平的提高以及饮食习惯的西化,我国结直肠癌的发病率和死亡率均有上升趋势。结直肠癌的发生发展是一个多步骤、多基因参与的过程,目前认为染色体不稳定(Chromosomal instability,CIN)和微卫星不稳定(Microsatellite instability,MSI)是其发生的主要基因途径,本文就MSI结直肠癌在临床病理及分子特征方面的研究进展进行综述。

关键词： MSI 黏液腺癌 PD-1 CIMP BRAF

CpG岛甲基化表型在血液系统疾病中的研究进展

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临床血液学杂志 2013年第3期26卷 356-359页

作者：赵晓丽王小钦贾晓东复旦大学附属华山医院血液科上海200040 上海市疾病预防控制中心

CpG岛甲基化表型（CIMP）最早在1999年被提出,用于描述结肠癌中具有CpG位点异常高甲基化的亚型〔1〕。随后,许多学者致力于CIMP的研究。到目前为止,该表型在结肠癌中研究最多,在胃癌〔2〕、肺癌、肝癌〔3〕、恶性胶质瘤〔4〕、卵巢癌、... 详细信息

CpG岛甲基化表型（CIMP）最早在1999年被提出,用于描述结肠癌中具有CpG位点异常高甲基化的亚型〔1〕。随后,许多学者致力于CIMP的研究。到目前为止,该表型在结肠癌中研究最多,在胃癌〔2〕、肺癌、肝癌〔3〕、恶性胶质瘤〔4〕、卵巢癌、子宫内膜癌〔5〕、乳腺癌、白血病等肿瘤中也有很多报道〔6-7〕。

关键词： CIMP 表观遗传学白血病,急性淋巴瘤骨髓增生异常综合征

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胰岛素瘤抑癌基因p27的表达及其与CpG岛甲基化表型的关系

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中华胰腺病杂志 2011年第6期11卷 413-416页

作者：周乔肖雨朱丽明向红丁陈元方陈原稼中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院消化内科北京100730 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院内分泌科卫生部重点实验室北京100730 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科北京100730

目的探讨胰岛素瘤抑癌基因p27的表达及其与CpG岛甲基化表型（CpGislandmethylationphenotype，CIMP）间的关系。方法用免疫组化方法检测27例胰岛素瘤组织及11例瘤旁正常胰腺组织中p27的表达。用甲基化特异性PCR（MSP）方法检测这些组织... 详细信息

目的探讨胰岛素瘤抑癌基因p27的表达及其与CpG岛甲基化表型（CpGislandmethylationphenotype，CIMP）间的关系。方法用免疫组化方法检测27例胰岛素瘤组织及11例瘤旁正常胰腺组织中p27的表达。用甲基化特异性PCR（MSP）方法检测这些组织中p16、MLH1、RAR—β、MGMT、THBS1基因的甲基化状态。分析p27表达、CIMP与临床病理参数间的相关性。结果胰岛素瘤组织p27蛋白表达阳性率较瘤旁胰腺组织显著降低（48％比91％，P=0．008）。胰岛素瘤组织的高CIMP发生率为33％（9／27），瘤旁正常胰腺组织的高CIMP发生率为18％（2／11），肿瘤组织为正常胰腺组织的2倍，但差异无统计学意义（P：0．350）。胰岛素瘤的MGMT甲基化与p16的甲基化呈显著负相关（P=0．004），胰岛素瘤的p27表达与高CIMP呈负相关的趋势，但差异无统计学意义（P=0．420）；p27的表达和CIMP的发生与胰岛素瘤的临床病理参数均无显著相关性。结论胰岛素瘤p27表达下调，并存在高CIMP，提示p27的失活和多基因的表观遗传学异常在该肿瘤的发生过程中可能起一定作用。

关键词：胰腺内分泌肿瘤胰岛素瘤抑癌基因p27 CIMP 甲基化

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原发性十二指肠腺癌治疗及预后的研究进展

中华临床医师杂志(电子版) 2013年第5期 2164-2166页

作者：赵金都杨文奇安徽医科大学第一附属医院普外科

原发性十二指肠腺癌(primary duodenal adenocarcinoma,PDA)是起源于十二指肠黏膜Lieberkuhn腺上皮的恶性肿瘤,由Hamburger在1746年首先描述。其发病率很低,仅占全部消化道肿瘤的0.35%[1],可发生于十二指肠的任何部位,但以降部居

关键词：原发性十二指肠腺癌小肠腺癌淋巴结淋巴组织十二指肠球十二指肠壶腹小肠腺瘤中位生存时间 CIMP PDA 预后研究进展

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胃癌CpG岛甲基化表型研究进展

国际肿瘤学杂志 2013年第9期40卷 687-689页

作者：吕萍凌志强浙江省肿瘤医院浙江省肿瘤研究所杭州310022 浙江省舟山医院甲乳科

CIMP是指一组在肿瘤中有同时存在的多个基因启动子CpG岛甲基化表型。许多研究证实在胃癌中CIMP是经常存在的现象，与胃癌的发病机制、诊断、病情、预后及治疗疗效等方面均有一定关系。

关键词：胃肿瘤甲基化 CIMP

大肠癌分子生物学特征——转化医学与临床应用研究

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中国继续医学教育 2011年第12期3卷 9-10页

作者：韩英盛剑秋北京军区总医院消化内科

大肠癌分子生物学技术及其转化应用研究在CRC筛查和诊断方面具有重要临床意义。 1大肠癌分子路径大肠癌分子路径主要有三种:(1)染色体不稳定(CIN)路径:占全部散发性CRC病例的70％～85％以上;(2) CpG岛甲基化表型(CIMP)路径:导致散发性... 详细信息

大肠癌分子生物学技术及其转化应用研究在CRC筛查和诊断方面具有重要临床意义。 1大肠癌分子路径大肠癌分子路径主要有三种:(1)染色体不稳定(CIN)路径:占全部散发性CRC病例的70％～85％以上;(2) CpG岛甲基化表型(CIMP)路径:导致散发性CRC的另一条主要路径,包括高度MSI不稳定(MSI)所致的散发性CRC;(3)纯微卫星不稳定(MSI)路径:由于DNA错配修复(MMR)基因胚(种)系突变,例如遗传性非息肉病性大肠癌(HNPCC)。

关键词：大肠癌 CRC BRAF 散发性 CIMP HNPCC 微卫星不稳大肠腺瘤转化医学分子生物学

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CORBA网管框架研究

系统仿真学报 2001年第S2期13卷 443-445页

作者：宋光磊张玥顾冠群国家教委计算机网络和信息集成支撑技术开放实验室东南大学计算机科学与工程系南京210096

随着当前的网络管理和分布式对象计算的不断推进,新形势使原有的网络管理体系暴露出严重不足,无法适应新的发展潮流;而分布式对象计算的研究作为一个新兴的发展方向受到越来越广泛的支持,得到了极大的发展。本文基于这样的背景,提出在CO... 详细信息

随着当前的网络管理和分布式对象计算的不断推进,新形势使原有的网络管理体系暴露出严重不足,无法适应新的发展潮流;而分布式对象计算的研究作为一个新兴的发展方向受到越来越广泛的支持,得到了极大的发展。本文基于这样的背景,提出在CORBA这样一个分布式对象计算的重要技术的支撑下,建立新型网管系统框架,并根据提出的实现模型和所实现的原型系统进行了初步的性能测试,分析两者结合的优缺点,认为该网络管理框架模型将推进网络管理系统的发展。

关键词：分布式对象计算网络管理 TMN CORBA SNMP CIMP