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Analysis of the cdr3 Length Repertoire and the Diversity of TCRα Chain in Human Peripheral Blood T Lymphocytes

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Cellular & Molecular Immunology 2007年第3期4卷 215-220页

作者： Xinsheng Yao Ying Diao Wanbang Sun Junmin Luo Ming Qin Xianying Tang Department of Immunology Zunyi Medical College Zunyi 563003 China Xinsheng Yao and Ying Diao contributed equally to this work. Center of Reproductive Medicine Zunyi Medical College Zunyi 563003 China

Analysis of complementarity determining region 3 （cdr3） length of T lymphocyte receptors （TCRs） by immunoscope spectratyping technique has been used successfully to investigate the diversity of TCR in autoimmune diseases and infection diseases. In this study, we investigated the patterns of cdr3 length distribution for all 32 TCR AV gene families in human peripheral blood lymphocytes of four normal volunteers by the immunoscope spectratyping technique. It was found that PCR products exhibited an obscure band on 1.5% agarose gel electrophoresis. Each TCR AV family exhibited more than 8 bands on 6% sequencing gel electrophoresis. The cdr3 spectratyping of all TCR AV families showed a standard Gaussian distribution with different cdr3 length, and the expression frequency of cdr3 was similar among the gene families. Most of cdr3 in TCR AV family recombine in frame. However, some of the cdr3 showed out-of frame gene rearrangement. Additionally, we found that in some of TCR AV families there were 18 amino acid discrepancies between the longest cdr3 and shortest cdr3. These results may be helpful to further study the recombination mechanism of human TCR genes, the TCR cdr3 gene repertoire, and the repertoire drift in health people and disease state. Cellular ＆ Molecular Immunology.

关键词： TCR genescan cdr3 spectratyping immunoscope

不同等位基因E7/HLA-DR四聚体结合的结核患者CD4＋T细胞cdr3区序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2017年第2期37卷 91-96页

作者：甘一川王聪方毅敏姚亚男涂晓欣申雁鸣赖小敏中山大学中山医学院微生物学教研室热带病防治研究教育部重点实验室结核病研究所海洋微生物功能分子广东省高校重点实验室广东省重大传染病预防和控制技术中心广州510080 国家呼吸疾病重点实验室广州市胸科医院510095

目的探讨机体抗结核免疫过程中CD4＋T细胞TCR与多肽/MHC之间的识别和结合规律.方法从9例结核患者胸水中用等位基因不同的结核多肽E7/HLA-DR四聚体磁珠分选出E7结合阳性CD4＋T细胞,提取其RNA逆转录成cDNA作为模板扩增TCRα链和β链cdr... 详细信息

目的探讨机体抗结核免疫过程中CD4＋T细胞TCR与多肽/MHC之间的识别和结合规律.方法从9例结核患者胸水中用等位基因不同的结核多肽E7/HLA-DR四聚体磁珠分选出E7结合阳性CD4＋T细胞,提取其RNA逆转录成cDNA作为模板扩增TCRα链和β链cdr3区核酸片段,并比较其长度和序列特征.结果等位基因不同的E7/HLA-DR四聚体能够识别同一患者cdr3区序列相同或结构功能相似的CD4＋T细胞克隆.结论结核患者体内CD4＋T细胞识别和结合抗原多肽时有一定的HLA-DR限制性,但是主要以多肽特异性为主,这为进一步探讨机体抗结核免疫中CD4＋T细胞和MHC之间的抗原提呈机制提供了数据.

关键词：结核 E7 HLA-DR四聚体 cdr3区 CD4+T细胞 E7 cdr3

Jurkat细胞TCR基因重排对BV cdr3的影响

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南方医科大学学报 2006年第7期26卷 939-943页

作者：邹红云马骊姚新生温茜罗微王小宁南方医科大学生物技术学院分子免疫研究所广东广州510515 华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510641

目的探讨Jurkat细胞TCRBD2-BJ2基因重排对TCRβ链可变区互补决定区3(BVcdr3)可能产生的影响,为深入研究TCR基因重排奠定实验基础。方法RT-PCR扩增TCRBV26个亚家族cdr3区,结合TCR基因扫描(GeneScan)和基因测序技术,监测Jurkat细胞在增殖... 详细信息

目的探讨Jurkat细胞TCRBD2-BJ2基因重排对TCRβ链可变区互补决定区3(BVcdr3)可能产生的影响,为深入研究TCR基因重排奠定实验基础。方法RT-PCR扩增TCRBV26个亚家族cdr3区,结合TCR基因扫描(GeneScan)和基因测序技术,监测Jurkat细胞在增殖传代过程中以及在T细胞激活剂和超抗原SEA等刺激诱导后TCRBVcdr3谱系漂移及长度和序列变化。结果表达TCRBV8家族的单克隆细胞株Jurkat,在增殖传代过程中,以及经刺激诱导48或72h后,未监测到有TCRBV8以外的新的BV亚家族出现,BV8cdr3长度和一级核苷酸序列也未发生变化。结论Jurkat细胞发生的TCR基因重排可能不引起TCRBVcdr3改变,因而对TCRBVcdr3区抗原识别特异性(即抗原特异性漂移)并未产生影响,但并不排除TCR发生改变的可能性。

关键词： Jurkat细胞基因重排基因扫描 TCR BV cdr3

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细胞与分子免疫学杂志 2009年第2期25卷 136-138页

作者：陈少华李扬秋杨力建周羽竝李萡张学利罗更新暨南大学医学院血液病研究所暨南大学再生医学教育部重点实验室暨南大学医学院生化教研室暨南大学第一附属医院血液科广东广州510632

目的:分析急性早幼粒细胞白血病(APL)患者外周血TCRVα和Vβ克隆性增殖T细胞及cdr3序列特点。方法:利用RT-PCR法扩增1例APL患者外周血单个核细胞中29个TCRVα基因和24个Vβ基因cdr3,阳性PCR产物进一步经荧光标记和基因扫描分析确定其cdr... 详细信息

目的:分析急性早幼粒细胞白血病(APL)患者外周血TCRVα和Vβ克隆性增殖T细胞及cdr3序列特点。方法:利用RT-PCR法扩增1例APL患者外周血单个核细胞中29个TCRVα基因和24个Vβ基因cdr3,阳性PCR产物进一步经荧光标记和基因扫描分析确定其cdr3长度,了解其克隆性;寡克隆的PCR产物再进行cdr3区序列分析。结果:该例APL患者外周血T细胞分别在TCRVα6、Vα10和Vβ23亚家族中出现寡克隆性增殖T细胞,经序列分析显示TCRVα6、Vα10和Vβ23亚家族基因序列分别为Vα6NJα17、Vα10NJα35和Vβ23NDβ1NJβ2.7,其cdr3区氨基酸序列分别为CAMRENSAGNK,YLCAGDELLWECA,CASSSKWAG-GTYEQY,该3个TCR基因已被GenBank收录(登陆号:EU544946、EU544947和EU647219)。结论:APL患者外周血T细胞出现的TCRVα6、Vα10和Vβ23克隆性增殖T细胞可能是机体对抗白血病细胞所引起的抗原特异性免疫反应;这3个独特TCR重排序列将进一步作为开展APL特异性免疫治疗研究提供资料。

关键词： APL TCR cdr3 T细胞克隆

cdr3 analysis of TCR repertoires of different subsets of CD4+ T cells in rheumatoid arthritis by high-throughput sequencing

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CDR3 analysis of TCR repertoires of different subsets of CD4...

高通量测序分析原发性胆汁性肝硬化患者外周血CD4^＋T细胞受体Vβ链cdr3免疫组库

第十三届全国免疫学学术大会

作者： Xu Jiang Shiyu Wang Yuhao Jiao Xiao Liu Xuan Zhang Peking Union Medical College BGI Shenzhen

Background: Rheumatoid arthritis(RA) is a systemic immune disorder that mainly invades joints, causing chronic inflammatory damage and with a high rate of disability, yet the etiology and the underlying immunological mechanism of which still remained ***: To profile different CD4 T-cell subsets repertoires of RA patients using next-generation sequencing and to explore the pathogenesis of ***: CD4 T cells from peripheral blood of patients with RA(n=12) and healthy controls(HC)(n=8) were separated into na?ve T cell(NT), effector T cell(ET), central memory T cell(CMT), effector memory T cell(EMT), T helper 1 cell(Th1), T helper 17 cell(Th17), and regulatory T cell(Treg). The T-cell receptor(TCR) repertoires were analyzed by next-generation sequencing of mRNA. For each clone, the degree of expansion was based on the TCR Vβ complementarity-determining region 3(cdr3) sequence frequency. All RA patients fulfilled the 2010 ACR/EULAR criteria for ***: Through analyzing the V/J-gene-usage in each subset, we found that the V gene TRBV3-1 was used with higher frequency and the J gene TRBJ2-7 was used with less frequency in Th17 and effector memory T cells of RA patients. The Shannon diversity index of the effector memory CD4 T cells of RA patients was lower compared with healthy controls, while other subsets of CD4 T cells had no significant difference in cdr3 diversity. The TCR repertoire similarity between different T-cell subsets was investigated using the Jaccard index. The results supported that the similarity between Th17 and effect memory T cells of RA patients was higher than healthy ***: The TCR repertoires of Th17 and EMT with higher similarity in RA may play an important role in the pathogenesis of rheumatoid arthritis.

关键词： rheumatoid arthritis TCR repertoire cdr3

来源： cnki会议评论

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中华肝脏病杂志 2015年第8期23卷 580-585页

作者：鲍俊杰徐启桓邹勇高飞李发涛李焱高坎坎彭小芳庞舒尹陈奕豪刘海英广州市妇女儿童医疗中心临床检验部 510180 中山大学附属第三医院感染科中山大学附属第三医院输血科广州市妇女儿童医疗中心优生围产研究所

目的建立原特性胆汁性肝硬化（PBC）患者外周血CD4^＋T细胞受体（TCR）Vβ链的cdr3免疫组库，分析其多样性的改变及TCRVβ链cdr3序列的优势取用情况。方法利用扩增子救援多重PCR（Arm-PCR）技术和高通量测序技术半定量扩增并测序得到CD4... 详细信息

目的建立原特性胆汁性肝硬化（PBC）患者外周血CD4^＋T细胞受体（TCR）Vβ链的cdr3免疫组库，分析其多样性的改变及TCRVβ链cdr3序列的优势取用情况。方法利用扩增子救援多重PCR（Arm-PCR）技术和高通量测序技术半定量扩增并测序得到CD4^＋T细胞TCRVβ链的cdr3序列，并结合临床资料对测序结果进行生物信息学分析。两组间均数比较用非参数检验。结果成功建立了7例PBC患者外周血CD4^＋T细胞TCRVβ链cdr3免疫组库；PBC患者组cdr3序列多样性为11．3±2．9（D50值，x±s，n=7）低于健康志愿者组的18．1±0．6（D50值，力=10）（P〈0．05），且晚期PBC患者cdr3序列多样性（4．5±2．9）较早期患者cdr3序列多样性（16．7±2．8）降低（P〈0．05）；7例PBC患者外周血CD4＋T细胞均共有的TCRVD链cdr3优势取用序列多达52种，通过与健康志愿组进行比较，初步筛选出4种优势取用氨基酸序列“ASSFTGGPVEQY”“ASSLISSGNNEQF”“ATSRDTLAGGPGDTQY”“SASLEGNTEAF”，且4种PBC优势取用序列在晚期PBC患者中出现的频次较早期显著增加。结论本研究通过7例PBC患者外周血CD4^＋T细胞TCRVD链cdr3免疫组库的建立及多样性和疾病优势取用序列的分析，提示特征性（具有特定TCRVpcdr3序列）的CD4^＋T细胞大量克隆扩增可能是该疾病发生及进展的重要因素，为临床免疫治疗提供了重要的理论基础和分子靶点。

关键词：肝硬化,胆汁性,原发性 T淋巴细胞,CD4^+ cdr3 多样性

活动性肺结核患者α/βTCR基因重排及cdr3谱型分析

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中国免疫学杂志 2007年第12期23卷 1136-1139,1143页

作者：张建波方毅敏黄艳江丽芳董涛朱晓敏方丹云赖小敏中山大学中山医学院微生物学教研室热带病防治研究教育部重点实验室广州510089 广州市胸科医院广州510095

目的:建立多重PCR方法扩增α/βTCR全长序列,分析活动性肺结核患者病变局部T淋巴细胞α/βTCR基因重排特点及cdr3谱型。方法:分离结核患者肺泡灌洗液中的淋巴细胞,提取RNA后用SMART方法逆转录,运用根据现有文献设计的α和βTCR扩增引物... 详细信息

目的:建立多重PCR方法扩增α/βTCR全长序列,分析活动性肺结核患者病变局部T淋巴细胞α/βTCR基因重排特点及cdr3谱型。方法:分离结核患者肺泡灌洗液中的淋巴细胞,提取RNA后用SMART方法逆转录,运用根据现有文献设计的α和βTCR扩增引物,进行多重PCR扩增以获得其全长序列,构建重组质粒并测序,利用DNAstar及网上TCR资源分析序列。结果:3例患者共获得24个α链序列,13个β链序列。α链以AV1S2(54%)、AV12S3(41%)、AV12S2(5%)为主;β链以BV2(38%)、BV29S1(46%)、BV14(3%)、BV4S2(3%)为主。同一病例及不同病例之间cdr3区呈现多样性,但是标本1、标本3各有一条β链的cdr3氨基酸序列相同:SVGTGTLHQETQY;标本2和标本3的各有2条α链cdr3序列相同:AVRDWAGNMLT;标本2的一个α链和标本3的一个α链的cdr3均有:AV…DNN…RLM序列。结论:建立了TCRα和β链全长序列的多重PCR扩增方法。结核患者病变局部克隆性增殖的TCRα和β链谱型呈限制性取用,克隆增生的T淋巴细胞来自不同的亚群,但是相同的cdr3序列对于识别MTB多肽可能具有特异性。

关键词：活动性肺结核 T细胞受体基因重排 cdr3 多重PCR

猪T细胞受体β链cdr3的多样性及其分子结构的遗传特征

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中国兽医科学 2014年第6期44卷 641-649页

作者：姚文娟房永祥贾怀杰何小兵曾爽陈国华刘泰安景志忠中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部兽医公共卫生重点实验室甘肃兰州730046

通过带谱分型技术研究临床健康猪T细胞受体(TCR)β链cdr3的谱型种类及多样性,并对其序列进行生物信息学分析,以探究cdr3分子结构的遗传特征。结果显示,20个TRBV家族在3头猪中均有表达,且大部分TRBV家族cdr3的谱型呈现类高斯分布,具有丰... 详细信息

通过带谱分型技术研究临床健康猪T细胞受体(TCR)β链cdr3的谱型种类及多样性,并对其序列进行生物信息学分析,以探究cdr3分子结构的遗传特征。结果显示,20个TRBV家族在3头猪中均有表达,且大部分TRBV家族cdr3的谱型呈现类高斯分布,具有丰富的多样性;同一个体中不同TRBV家族cdr3出现的频次相差较大,同一TRBV家族在不同个体中出现的频次也不相同;100多条猪TCRβ链基因序列的cdr3分析发现,其大小在33~66nt之间,出现频次最多的序列为第42位碱基;在cdr3核苷酸序列组成中,鸟嘌呤的含量较高,推测其编码甘氨酸的频次较高;TCRβ链cdr3的两侧由相对保守的氨基酸组成,中间部分氨基酸变化较大,其中在第5位和第8位的氨基酸组成差异最大,确认cdr3的多样性和复杂性主要由D区两端的N插入序列及拼接时的灵活性造成。本研究结果为T细胞TCR分子的功能复杂性与特异性研究提供了一定的理论依据。

关键词： T细胞受体 TRBV家族带谱分型技术 cdr3 分子结构

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暨南大学学报（自然科学与医学版） 2008年第6期29卷 538-542页

作者：查显丰李扬秋陈少华杨力建卢育洪张涛暨南大学医学院血液病研究所广东广州510632 暨南大学再生医学教育部重点实验室广东广州510632

目的:分析慢性粒细胞白血病(CML)病人的克隆性增殖T细胞及其cdr3序列的特点。方法:利用RT-PCR和基因扫描分析1例CML患者外周血单个核细胞中的TCR Vα和Vβ基因的互补决定区(cdr3),了解各Vα和Vβ亚家族的限制性表达情况和T细胞克隆性增... 详细信息

目的:分析慢性粒细胞白血病(CML)病人的克隆性增殖T细胞及其cdr3序列的特点。方法:利用RT-PCR和基因扫描分析1例CML患者外周血单个核细胞中的TCR Vα和Vβ基因的互补决定区(cdr3),了解各Vα和Vβ亚家族的限制性表达情况和T细胞克隆性增殖特点,寡克隆的PCR产物再进行序列分析。结果:该病人外周血T细胞表达18个TCR Vα和12个TCR Vβ亚家族,其中Vα13、Vα18、Vβ1和Vβ21亚家族呈寡克隆性。cdr3序列分析获得3个TCR克隆基因序列,分别为Vα13NJα49、Vα18NJα50和Vβ21NDβNJβ2.7。结论:获得1例CML病人外周血克隆性增殖αβ+T细胞的3个TCR基因cdr3序列,提示病人可能存在与CML细胞抗原相关的Vα13/Vβ21或Vα18/Vβ21T细胞克隆。

关键词：慢性粒细胞白血病 T细胞受体基因扫描 cdr3 克隆性