检索结果-南通市图书馆

芝麻ccch锌指蛋白基因SiC3H1的克隆及表达分析

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分子植物育种 2020年第24期18卷 7982-7988页

作者：魏梦园刘爱丽黎冬华周瑢王林海张秀荣游均中国农业科学院油料作物研究所农业农村部油料作物生物学与遗传育种重点实验室武汉430062

ccch锌指蛋白是真核生物中广泛存在的一类转录调节因子,在植物生长发育及逆境胁迫应答中具有重要功能。本研究基于芝麻转录组数据,筛选并克隆到一个芝麻干旱应答相关的ccch锌指蛋白基因SiC3H1,并对其在不同非生物逆境胁迫下的表达变化... 详细信息

ccch锌指蛋白是真核生物中广泛存在的一类转录调节因子,在植物生长发育及逆境胁迫应答中具有重要功能。本研究基于芝麻转录组数据,筛选并克隆到一个芝麻干旱应答相关的ccch锌指蛋白基因SiC3H1,并对其在不同非生物逆境胁迫下的表达变化进行了研究。测序结果表明,SiC3H1基因编码序列长1 110 bp,编码369个氨基酸。对其编码蛋白进行序列分析发现,该蛋白含有2个ccch型锌指结构域。进化树分析表明,SiC3H1与番茄和马铃薯中的同源基因相似度较高。启动子序列分析显示,SiC3H1启动子区域含有参与防御和胁迫应答的元件、脱落酸应答元件和乙烯应答元件。实时荧光定量PCR分析表明,在渗透、高盐、低温、高温和淹水5种逆境胁迫处理下,SiC3H1的表达量与对照相比均显著升高。以上研究结果表明,SiC3H1参与了芝麻对多种逆境胁迫的应答反应,为今后进一步解析其功能提供了理论依据。

关键词：芝麻 ccch锌指蛋白基因克隆表达分析非生物胁迫

白菜和甘蓝基因组中ccch锌指蛋白家族的全基因组鉴定与比较分析

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白菜和甘蓝基因组中CCCH锌指蛋白家族的全基因组鉴定与比较分析

水稻ccch型锌指蛋白亚家族Ⅰ基因的表达分析

2018中国作物学会学术年会

作者：崔冬丽王东姣郭燕芳崔东 Intikhab Alam 阳宴清卢运海福建农林大学作物科学学院

十字花科芸薹属(Brassica)包含多种重要的油用和蔬菜类作物,其中白菜(brassicarapa)和甘蓝(Brassicaoleracea)都是非常古老的传统蔬菜,具有良好的营养价值,在我国多个省份都有广泛的栽培,它们的栽培面积和消费量在中国居各类蔬菜之首,... 详细信息

十字花科芸薹属(Brassica)包含多种重要的油用和蔬菜类作物,其中白菜(brassicarapa)和甘蓝(Brassicaoleracea)都是非常古老的传统蔬菜,具有良好的营养价值,在我国多个省份都有广泛的栽培,它们的栽培面积和消费量在中国居各类蔬菜之首,是中国最重要的蔬菜之一。有关这两种蔬菜的全基因组测序工作已被我国科学家分别在2011年和2014年完成,为开展白菜和甘蓝中重要基因家族的全基因组鉴定和分析创造了极好的条件。ccch型锌指蛋白是指包含有三个半胱氨酸和一个组氨酸残基的典型结构,能与锌离子结合的蛋白。研究表明这些蛋白家族的某些成员在mRNA代谢中起调控作用,在植物的生长发育过程以及对生物、非生物胁迫的响应中发挥着重要作用,但是目前有关芸薹属植物上的ccch基因家族的研究还没有任何报道。本研究以已知ccch基序作为检索条件,利用BLAST工具在线查找白菜和甘蓝全基因组中的同源蛋白序列,再用SMART工具来检测找出的蛋白序列中是否含ccch结构域,以确定每个种的基因组上所含有的ccch型锌指蛋白基因的数目和名称,然后对其进行染色体定位(制作染色体分布图)、不同种间同源基因横向比较、进化树构建、RNA-seq数据分析、附带功能域分析以及亚细胞定位预测等,然后根据分析结果筛选少数具有代表性成员,利用qRT-.PCR技术分析它们在不同非生物逆境处理(盐、干旱、极端温度)下的表达模式,了解这些成员在植物应答逆境胁迫中的功能和机理。结果表明,虽然白菜和甘蓝的基因组大小不同(分别约为529Mb和696Mb),但从白菜和甘蓝基因组中鉴定到ccch家族成员数量相近,分别为117个和110个;白菜的117个ccch基因全部被定位在10条染色体上;甘蓝中只有80个ccch基因被定位在9条染色体上,而其余30个ccch基因在染色体上的位置由于目前基因组序列组装还不完整而无法确定;两个种间的同源ccch蛋白序列高度保守;某些成员具有器官或组织特异表达特性(比如Bo101 9596、Bra007205在根中呈特异性表达;Bo1016392、Bra020507在花中呈特异性表达;Bo1041786、Bra001066在叶中呈特异性表达);有关少数具有代表性ccch成员在不同逆境胁迫下的表达模式目前正在分析之中。该研究综合分析了白菜和甘蓝中ccch基因家族成员的相关生物学信息,为进一步了解这些成员在白菜和甘蓝的生长发育及逆境适应过程中的功能奠定了基础;同时也可以帮助筛选有研究和应用价值的候选基因,为利用生物技术在白菜和甘蓝上开展遗传改良提供条件。

关键词：白菜甘蓝 ccch锌指蛋白全基因组鉴定分子进化表达分析

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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山东农业科学 2015年第2期47卷 7-11页

作者：刘小艳孙艳侠王亚男刘晓楠刘坤郗冬梅临沂大学山东临沂276000

ccch型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻ccch锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻ccch亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生... 详细信息

ccch型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻ccch锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻ccch亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生物胁迫和脱落酸(ABA)对ccch基因表达水平的调节。结果表明,多数ccch基因都不同程度地受到这些非生物胁迫及ABA的诱导或抑制,其中C3H10、C3H24、C3H33、C3H37和C3H67的表达量在不同胁迫处理后表现出不同程度的升高,C3H35、C3H50和C3H52在盐、干旱、ABA、低温和高温处理后表达水平呈下降趋势,表明这些ccch锌指蛋白可能参与水稻的非生物胁迫响应。

关键词： ccch锌指蛋白非生物胁迫基因表达分析

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植物ccch型锌指蛋白研究进展

山东农业科学 2012年第5期44卷 20-22页

作者：郗冬梅朱东方临沂大学实验中心山东临沂276000 临沂市林业局山东临沂276000

锌指蛋白是具有典型锌指结构特征的超蛋白家族,几乎参与了生物体生长发育的各个阶段,其中ccch型锌指蛋白包含一个或多个由三个半胱氨酸和一个组氨酸组成的基序。本文综述了植物ccch锌指蛋白的结构、作用方式、功能等方面的研究进展,并... 详细信息

锌指蛋白是具有典型锌指结构特征的超蛋白家族,几乎参与了生物体生长发育的各个阶段,其中ccch型锌指蛋白包含一个或多个由三个半胱氨酸和一个组氨酸组成的基序。本文综述了植物ccch锌指蛋白的结构、作用方式、功能等方面的研究进展,并对其应用前景进行了展望。

关键词： ccch锌指蛋白作用方式生长发育抗逆性

刚毛柽柳ThZFP3基因的克隆及表达特征分析

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植物生理学报 2022年第5期58卷 919-928页

作者：岳远志贾园园刘博雅李垚周天畅赵鑫王超东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室哈尔滨150040

本研究基于刚毛柽柳转录组数据,克隆获得了一条ccch型锌指蛋白的全长基因,并命名为ThZFP3。ThZFP3基因开放阅读框(ORF)全长1335 bp,编码444个氨基酸,编码蛋白的分子质量为48.49kDa,理论等电点为8.08。进化树分析结果表明,ThZFP3与川桑... 详细信息

本研究基于刚毛柽柳转录组数据,克隆获得了一条ccch型锌指蛋白的全长基因,并命名为ThZFP3。ThZFP3基因开放阅读框(ORF)全长1335 bp,编码444个氨基酸,编码蛋白的分子质量为48.49kDa,理论等电点为8.08。进化树分析结果表明,ThZFP3与川桑和毛果杨ZFP的亲缘关系最近。亚细胞定位结果显示ThZFP3定位于细胞核中。在酵母中,全长ThZFP3没有转录激活活性,但在其羧基端(C端)具有转录激活活性,转录激活域位于C端的56个氨基酸区段。此外,实时荧光定量PCR分析结果显示,ThZFP3的表达受NaCl和PEG的诱导,表明ThZFP3可能参与了刚毛柽柳对盐和干旱胁迫的应答反应。以上研究结果为进一步研究ThZFP3在刚毛柽柳耐盐抗旱中的功能及作用机制提供了依据。

关键词：刚毛柽柳 ccch锌指蛋白非生物胁迫转录激活表达分析

青花菜锌指蛋白基因Boccch1的克隆和表达分析

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核农学报 2016年第3期30卷 444-450页

作者：蒋明刘青娥管铭张雪陈雅左诗璇台州学院生命科学学院/生态学浙江省重点学科浙江椒江317000 丽水学院生态学院浙江丽水323000

ccch锌指蛋白广泛存在于真核生物中,在植物的生长、发育和逆境胁迫响应中起着重要作用。为获知青花菜ccch转录因子基因的序列特征和表达特性,从青花菜叶片中克隆到1个ccch基因,命名为Bo ccch1,同时,利用RT-PCR方法研究了其在不同器官及... 详细信息

ccch锌指蛋白广泛存在于真核生物中,在植物的生长、发育和逆境胁迫响应中起着重要作用。为获知青花菜ccch转录因子基因的序列特征和表达特性,从青花菜叶片中克隆到1个ccch基因,命名为Bo ccch1,同时,利用RT-PCR方法研究了其在不同器官及霜霉菌侵染叶片中的表达模式。序列分析结果表明,Bo ccch1的基因组全长为1 568 bp,包含1个长度为599 bp的内含子,2个长度分别为627 bp、342 bp的外显子,编码322个氨基酸,蛋白质的分子量与等电点分别为35 296.42 Da和8.47;Bo ccch1有2个锌指结构,类型均为C-X8-C-X5-C-X3-H。系统发育分析结果表明,Bo ccch1与其它植物的21条同源序列在进化树上分为6组,来自十字花科的ccch与Bo ccch1处于同一分支。基因表达结果表明,Bo ccch1在叶、花茎、嫩角果、花蕾和花中表达,其中花茎和嫩角果的表达量最高,但在根中未检测到表达;在霜霉菌侵染下,叶片Bo ccch1的表达量升高,到24 h和36 h时达到最大,推测Bo ccch1与霜霉病抗性相关。本研究为进一步探明Bo ccch1在霜霉病抗性反应中的功能奠定了基础。

关键词： ccch锌指蛋白霜霉病基因表达青花菜

水稻Osccch基因家族的组织表达谱及胁迫诱导表达特征研究

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分子植物育种 2016年第9期14卷 2239-2249页

作者：潘晓雪蒋晓英胡明瑜白文钦吴红雷开荣重庆市农业科学院生物技术研究中心逆境农业研究重庆市重点实验室重庆401329

ccch型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,在多种植物生物学过程中起着关键的调控作用。在水稻全基因组中已发现67个ccch基因,分为8个亚家族,而其中大部分基因的功能尚缺少研究。本研究通过荧光定量RT-PCR技术分析了水稻Os CCC... 详细信息

ccch型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,在多种植物生物学过程中起着关键的调控作用。在水稻全基因组中已发现67个ccch基因,分为8个亚家族,而其中大部分基因的功能尚缺少研究。本研究通过荧光定量RT-PCR技术分析了水稻Os ccch家族基因的组织表达模式以及盐、PEG、低温等非生物胁迫和脱落酸(ABA)对ccch基因的诱导表达特征。结果表明,大部分Os ccch基因在各组织中有不同的表达模式,约30%基因为低丰度表达,50%以上基因表现为中丰度表达,极少Os ccch基因为高丰度表达,包括Os C3H2、Os C3H35、Os C3H41、Os C3H43、Os C3H58和Os C3H67这6个组织优势表达基因。多数Os ccch基因都不同程度地受到盐、PEG、低温及ABA的诱导或抑制,表明这些ccch锌指蛋白可能参与水稻的非生物胁迫响应;在四种胁迫下,有7个基因同时受到诱导,其中Os C3H17基因上调倍数高达17倍以上;有10个基因同时被抑制,其中Os C3H16基因下调倍数高达31倍以上。

关键词： ccch锌指蛋白非生物胁迫基因表达分析

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紫花苜蓿锌指蛋白MsZFN作用机制研究

紫花苜蓿锌指蛋白MsZFN作用机制研究

作者：秦智慧重庆大学

学位级别：硕士

紫花苜蓿是世界上栽培最早、分布最广、也是最为重要的一种多年生优质豆科牧草,由于其具有产量高、适口性好、蛋白质含量高等优点,素有“牧草之王”的美誉,但是它对盐的耐受性限制了其种植区域。近年来,通过基因改良技术改造植物品种,... 详细信息

紫花苜蓿是世界上栽培最早、分布最广、也是最为重要的一种多年生优质豆科牧草,由于其具有产量高、适口性好、蛋白质含量高等优点,素有“牧草之王”的美誉,但是它对盐的耐受性限制了其种植区域。近年来,通过基因改良技术改造植物品种,成为生物工程研究的一个热点。转录因子在高等植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用。锌指蛋白因其具有指状结构特征且能结合Zn而得名,是一类具有典型锌指结构特征的超蛋白家族,广泛存在于生物体中,几乎参与了生物体生长发育的各个阶段。根据其结构及功能特点主要分为九大类,其中,ccch型锌指蛋白相比其它几类来说较少,约占所有锌指蛋白的0.8%。ccch型锌指蛋白MsZFN是前人从盐诱导抑制消减杂交库中分离出来的。前人对该蛋白进行了初步分析,结果表明该蛋白是一个功能未知的蛋白,在体内可能行使着重要的调控功能,因此很有必要对该蛋白在体内发挥作用的分子机制进行研究。本研究旨在寻找与该蛋白相互作用的其他蛋白,通过了解它们之间的关系来研究MsZFN在体内的作用机制。本研究利用“Matchmaker? Library Construction & Screening Kits”酵母双杂交系统,以MsZFN为诱饵蛋白,在紫花苜蓿cDNA文库中筛选互作蛋白,获得部分与其相互作用的靶蛋白,着重研究了两个靶蛋白。其中一个靶蛋白是MsZFN,另一个靶蛋白是与氰酸酶同源的蛋白,命名为MZ69C。利用双分子荧光技术,进一步验证了MsZFN与MsZFN互作,MsZFN与MZ69C互作,并推测MsZFN在植物体内可能以二聚体或多聚体的方式发挥作用。利用“Matchmaker? Library Construction & Screening Kits”酵母双杂交系统,根据MsZFN的ccch位置构建区段诱饵,并将它们与MZ69C作用,从而对MsZFN结构域进行分析,结果鉴定出在MsZFN在与MZ69C作用中,MsZFN的36-81aa之间存在抑制区。

关键词：紫花苜蓿酵母双杂交双分子荧光 ccch锌指蛋白

水稻SOMNUS同源基因在光敏色素介导的光反应中的作用初探

同方学位论文库评论

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水稻SOMNUS同源基因在光敏色素介导的光反应中的作用初探

作者：闫丽华烟台大学

学位级别：硕士

本研究中我们利用水稻基因芯片技术,通过比较野生型水稻(Wide type,WT)和光敏色素B突变体水稻(Mutant,phyB)基因表达图谱,我们发现了一个受光敏色素B(Phytochrome,phyB)介导并被光敏色素相互作用因子OsPIL15基因调控的ccch型中包含植物... 详细信息

本研究中我们利用水稻基因芯片技术,通过比较野生型水稻(Wide type,WT)和光敏色素B突变体水稻(Mutant,phyB)基因表达图谱,我们发现了一个受光敏色素B(Phytochrome,phyB)介导并被光敏色素相互作用因子OsPIL15基因调控的ccch型中包含植物特有的TZF基序的水稻锌指蛋白基因,其在phyB中的表达水平显著高于WT,在分析该基因编码的蛋白、分析进化树及预测启动区等一系列生物信息学特征时,我们发现该水稻锌指蛋白基因与拟南芥的锌指蛋白基因SOMNUS是同源基因,将其命名为OsZFL1。为了探究OsZFL1基因在光敏色素介导的光反应中的作用,我们研究了该基因在水稻生长和发育中的作用。在本研究中,我们首先分析了该基因的生物信息学特征,其次分析了该基因的表达模式,然后构建了该基因的过表达载体和CRISPR/Cas9载体,并分别获得了该基因的过表达株系和CRISPR/Cas9株系,初步分析了OsZFL1株系的生长和发育特征。具体研究结果如下:(1)对OsZFL1基因生物信息学的基因序列、进化树、启动区预测等分析研究表明,OsZFL1基因编码的蛋白是含有TZF基序的ccch型锌指蛋白;该基因和已报道的拟南芥SOMNUS基因是同源基因;该基因启动区内包含与光调控有关的元件Sp1,与植物激素脱落酸(ABA)反应有关的元件ABRE、motifⅡb,还有未知元件GC-motif,因此推测OsZFL1基因的表达可能受光以及植物激素ABA的调控。(2)对OsZFL1基因的表达模式研究分析表明,相对于苗期的根和叶片,OsZFL1基因在WT水稻干种子中表达量最高,当干种子吸涨后,OsZFL1的表达水平迅速下降,推测OsZFL1基因可能与种子萌发、发育有关;光周期实验显示:WT中OsZFL1基因在光期14:00时表达降低,而在暗期表达没有明显差异,说明OsZFL1基因的表达并不受光周期的影响。(3)我们构建了OsZFL1的过表达(OsZFL1-OX)载体,成功获得了OsZFL1-OX转基因株系,鉴定了OsZFL1-OX株系不同插入位点。(4)研究在OsZFL1-OX株系中ABA代谢途径关键基因的表达,RT-qPCR实验结果表明,OsZFL1基因过表达下调ABA合成代谢基因OsZEP、OsNCED1、OsNCED6基因的表达,上调ABA降解代谢基因OsABA8ox1、OsABA8ox2基因的表达,据此推测OsZFL1基因可能影响ABA的代谢途径。(5)研究在OsZFL1-OX株系中植物激素赤霉素(GA)代谢途径关键基因的表达,RT-qPCR实验结果表明,OsZFL1基因过表达上调GA3ox1、GA2ox3、GA2ox5基因的表达,据此推测OsZFL1基因可能参与水稻的GA信号途径。(6)通过分析水稻PIFs对OsZFL1表达水平的影响,我们发现在暗生长条件下,OsZFL1基因在所有OsPIL-OX转基因株系中均上调表达。而在光照条件下,除了OsPIL15株系中OsZFL1基因的表达水平较高,其它水稻PIFs过表达株系中的OsZFL1表达水平与WT差异不明显。研究结果表明,PIFs正调控OsZFL1的表达,而光信号消除了这种正调控作用,说明光敏色素互作因子OsPIL15基因可能调控OsZFL1基因的表达。(7)我们观察了光照和黑暗处理3天后OsPIL15和OsZFL1过表达种子的萌发情况,与WT相比,OsPIL15在黑暗下种子萌发不好,但OsZFL1完全没有差异,说明OsPIL15在黑暗下的萌发表型不是由于OsZFL1基因造成的。(8)我们构建了OsZFL1-CRISPR/Cas9载体,成功获得了3个靶点的OsZFL1-CRISPR/Cas9转基因株系,分析了OsZFL1-CRISPR/Cas9各单株DNA序列。(9)为了分析OsZFL1基因对光的敏感性,我们分别检测了连续红光和远红光处理后WT和OsZFL1株系的胚芽鞘伸长和第一不完全叶的受抑制情况。OsZFL1-OX株系的胚芽鞘及第一不完全叶受红光和远红光照射处理后,与WT差异不明显,但是OsZFL1-CRISPR/Cas9株系的胚芽鞘及第一不完全叶受红光和远红光处理后,相对长度较WT长,说明OsZFL1-CRISPR/Cas9株系对红光和远红光的敏感性降低。(10)分析OsZFL1-OX株系对盐胁迫和干旱胁迫的抗性,研究表明OsZFL1基因能瞬时提高水稻盐胁迫耐性。(11)通过观察幼苗期WT和OsZFL1-OX株系的株高表型,我们发现幼苗期OsZFL1-OX株系的株高始终低于WT。(12)我们统计了成熟时期生长发育的OsZFL1-CRISPR/Cas9株系的重要农艺性状数据包括株高、粒数、小花数、穗长、一级枝梗数、有效分蘖数和结实率,结果分析表明,与WT相比,OsZFL1-C

关键词：水稻光敏色素 ccch锌指蛋白 OsZFL1基因基因表达模式水稻生长发育