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猪capn1基因部分外显子及3′UTR区的SNPs检测

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遗传 2008年第6期30卷 741-746页

作者：杨秀芹刘慧郭丽娟关庆芝许尧刘娣东北农业大学动物科技学院哈尔滨150030

以野猪、民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对capn1基因的部分外显子和3′UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨capn1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系。研究发现11... 详细信息

以野猪、民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对capn1基因的部分外显子和3′UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨capn1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系。研究发现11个SNPs,其中5个位于外显子,4个位于内含子,2个位于3′UTR区,外显子中的突变有一处是错义突变,导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代。群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P基因型的分布差异不显著(P>0.05),民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P基因型和瘦肉率具有一定的相关性。

关键词：猪 capn1基因瘦肉率嫩度 PCR-SSCP PCR-RFLP

capn1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

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河南农业科学 2013年第7期42卷 121-124页

作者：周国利郭彦吕鑫吴玉厚聊城大学生命科学学院山东聊城252059

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡capn1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A>G、g.13715387 T>C位于外显... 详细信息

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡capn1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A>G、g.13715387 T>C位于外显子14中,g.13715467C>T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245。CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224C>A位于外显子20中,g.13713320A>T、g.13713289G>A、g.13713277T>C位于内含子19中,g.13713185T>C、g.13713184G>A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095。最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。

关键词： capn1基因多态性肉质性状鸡关联分析

capn1基因PCR-SSCP多态性对鸡肉质性状的影响

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黑龙江畜牧兽医 2011年第1期 39-41页

作者：周国利郭彦吕鑫刘霞聊城大学生命科学学院山东聊城252059

为了分析寿光鸡capn1基因的多态性与部分肉质性状的关系,试验采用PCR-SSCP方法对capn1基因外显子2,3及其侧翼序列进行多态性检测。结果表明:CE2引物扩增的座位在群体检测到3种基因型即AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.531,0.327,0.1... 详细信息

为了分析寿光鸡capn1基因的多态性与部分肉质性状的关系,试验采用PCR-SSCP方法对capn1基因外显子2,3及其侧翼序列进行多态性检测。结果表明:CE2引物扩增的座位在群体检测到3种基因型即AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.531,0.327,0.143;CE3引物扩增的座位在群体也检测到3种基因型即CC型、CD型和DD型,基因型频率分别为0.517,0.286,0.197。CE2座位不同基因型与肉质性状之间差异不显著(P>0.05);CE3座位对腿肌pHu值和肌内脂肪含量存在显著性影响(P<0.05)。

关键词： capn1基因多态性单倍型寿光鸡肉质性状

capn1基因对鸡肌肉嫩度性状的遗传效应及其表达规律研究

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CAPN1基因对鸡肌肉嫩度性状的遗传效应及其表达规律研究

作者：高海军扬州大学

学位级别：硕士

本试验选取我国广东清远市的优质鸡品种-清远麻鸡和一个国外引进鸡品种-隐性白羽鸡作为研究对象,将capn1基因作为影响鸡肉嫩度性状的候选基因,采用PCR-SSCP和测序相结合的方法,在清远麻鸡和隐性白羽鸡群体中对capn1基因进行单核苷酸多态... 详细信息

本试验选取我国广东清远市的优质鸡品种-清远麻鸡和一个国外引进鸡品种-隐性白羽鸡作为研究对象,将capn1基因作为影响鸡肉嫩度性状的候选基因,采用PCR-SSCP和测序相结合的方法,在清远麻鸡和隐性白羽鸡群体中对capn1基因进行单核苷酸多态性(SNPs)扫描并分析其与肌肉嫩度等肉质性状之间的关系;同时利用SYBR Green I荧光定量PCR法检测了capn1基因在清远麻鸡和隐性白羽鸡胸肌和腓肠肌组织中的时空表达规律。试验结果如下:1. capn1基因多态性检测采用PCR-SSCP的方法对清远麻鸡和隐性白羽鸡capn1基因的编码区序列及3′调控区部分序列进行了SNPs检测。结果在3对引物的扩增序列中检测到了多态性,分别为外显子5中T2507C突变,C2546T突变,外显子6中G3535A突变以及3′调控区的G9950A突变,位于编码区的3个突变均没有引起相应氨基酸的改变,故均为沉默突变。统计了不同多态位点在不同品种中的基因型频率和基因频率,发现基因型分布在不同品种中存在差异。外显子5的多态位点在隐性白羽鸡中发现了A、B 2个等位基因和AA、AB、BB三种基因型, AA型为野生型,BB型在2546处存在C/T突变,其中B等位基因频率(0.752)明显高于A等位基因频率(0.248),在清远麻鸡中则发现了A、B、C 3个等位基因和AA、AB、BB、AC、BC、CC六种基因型,CC型个体同时存在T2507C突变和C2546T突变,其中C等位基因的频率为0.188;3′调控区的多态位点在两个鸡品种中均发现了G、A两个等位基因和GG、GA、AA三种基因型,在清远麻鸡群体中G等位基因的频率(0.675)高于A等位基因频率(0.325),在隐性白羽鸡群体中G等位基因的频率(0.484)则略低于A等位基因频率(0.516);外显子6在两个鸡品种中均发现了G、A两个等位基因和GG、GA、AA三种基因型,在清远麻鸡群体中G等位基因的频率(0.190)明显低于A等位基因频率(0.810),而在隐性白羽鸡中则完全相反,G等位基因的频率(0.840)明显高于A等位基因频率(0.160)。2. capn1基因各SNPs位点与肉质性状的关系不同品种、不同基因型的个体剪切力值最小二乘分析结果表明:在SNPC5位点上,存在显著的品种效应,在隐性白羽鸡中存在显著的基因型效应,AB型和BB型个体的剪切力值显著高于AA型(P基因型效应却不显著。在SNPC6位点上,存在显著的品种效应,在隐性白羽鸡中不存在显著的基因型效应;而在清远麻鸡中,GA型和AA型个体的剪切力值显著高于GG型(P基因型效应以及品种与基因型之间的互作效应均不显著。不同品种、不同基因型的个体系水力值最小二乘分析结果表明:在SNPC5位点上,存在显著的品种效应,在隐性白羽鸡中存在显著的基因型效应,AB型的系水力显著高于BB型(P基因型效应以及品种与基因型之间的互作效应。(注:SNPC3、SNPC5、SNPC6分别代表capn1基因3′调控区、外显子5、外显子6的SNP位点,下面同。)3. capn1基因在鸡不同生长阶段表达规律研究在清远麻鸡和隐性白羽鸡的不同生长阶段(0,2,4,6,8,10,12周龄)胸肌和腓肠肌组织中均检测到了capn1基因的mRNA。在胸肌中,清远麻鸡capn1基因表达水平高于隐性白羽鸡,但两个鸡品种各时期发育性变化规律趋于一致,且表达高峰均出现在6周龄;而在腓肠肌中清远麻鸡2.5周龄以后的表达水平低于隐性白羽鸡,2.5周龄以前略低于隐性白羽鸡。两个鸡品种表达的变化趋势显示,以8周龄为分界线,8周龄以前两者的表达水平呈现相反的变化趋势,8周龄以后变化趋于一致,且清远麻鸡的表达高峰是在2周龄,而隐性白羽鸡的表达高峰出现在6周龄。同一鸡品种在不同组织的表达水平对比结果显示,两个鸡品种的对比结果类似,均为腓肠肌内的表达水平高于胸肌。从变化趋势来看,2周龄以前清远麻鸡在胸肌和腓肠肌内的变化趋势一致,2周龄以后的变化趋势则完全不一致,胸肌内的表达高峰期为6周龄,腓肠肌内为2周龄;隐性白羽鸡在胸肌和腓肠肌中的表达趋势为8周龄以前一致,8周龄以后不一致,表达高峰均出现在6周龄。

关键词：清远麻鸡 capn1基因单核苷酸多态性表达

皖东牛capn1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

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东北农业大学学报 2019年第8期50卷 24-31页

作者：华金玲郁冯艳郭亮付佳伟安徽科技学院动物科学学院

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定capn1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛capn1基因存在AA型和BB型... 详细信息

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定capn1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛capn1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;capn1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。capn1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。

关键词：皖东牛 capn1基因 CAST基因基因多态性肉质性状

‘黑羽番鸭’肌肉发育中A-FABP、capn1基因的mRNA表达规律

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甘肃农业大学学报 2014年第4期49卷 1-6页

作者：王丽华段修军董飚孙国波江苏农牧科技职业学院江苏泰州22500 国家级水禽基因库江苏泰州225300

采用实时荧光定量PCR技术检测了A-FABP 和capn 1基因在‘黑羽番鸭’肌肉生长发育过程中 mR-N A表达规律。结果显示：在胸肌中,A-FABP 基因在2周龄时表达最高；在腿肌中,A-FABP 基因在8周龄时表达量最高。在胸肌、腿肌组织中A-FABP 基因m... 详细信息

采用实时荧光定量PCR技术检测了A-FABP 和capn 1基因在‘黑羽番鸭’肌肉生长发育过程中 mR-N A表达规律。结果显示：在胸肌中,A-FABP 基因在2周龄时表达最高；在腿肌中,A-FABP 基因在8周龄时表达量最高。在胸肌、腿肌组织中A-FABP 基因mRNA的表达量大致为2～4周龄下降,4～8周龄上升,8～13周龄再次出现下降,公母鸭的变化趋势一致。在胸肌、腿肌中,capn 1基因在2周龄时表达量最高。在胸肌组织中, capn1基因mRNA的表达量在2～10周龄之间下降,10～13周龄上升。在腿肌组织中,capn1基因 mRNA 的表达量先下降,后上升,最后再次下降。

关键词： '黑羽番鸭’ A-FABP基因 capn1基因 mRNA表达肌肉

部分肉牛类群capn1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性

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西北农业学报 2014年第3期23卷 14-19页

作者：张彩霞吴建平赵生国蔡原李天科张娟雷赵民甘肃农业大学动物科学技术学院兰州730030

通过研究部分肉牛类群capn1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆... 详细信息

通过研究部分肉牛类群capn1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的capn1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,capn1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,capn1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P基因型间差异不显著。因此,推测capn1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。

关键词：肉牛 capn1基因 SNP 群体遗传分析肉质性状

中国西门塔尔牛capn1基因SNPs及其与经济性状关联分析

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畜牧兽医学报 2011年第6期42卷 785-789页

作者：田璐岳文斌李姣袁峥嵘高雪李俊雅许尚忠山西农业大学动物科技学院太谷030801 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 北京农业职业学院北京102442

本研究旨在分析capn1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测capn1 316和capn1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,capn1 316SNP位点与... 详细信息

本研究旨在分析capn1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测capn1 316和capn1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,capn1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(Pcapn1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,capn1 316和capn1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。

关键词：中国西门塔尔牛 capn1基因 SNPs 经济性状关联分析

海东鸡capn1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

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河南农业科学 2016年第2期45卷 138-141页

作者：赵莉媛赵香珍张娟青海畜牧兽医职业技术学院青海湟源812100 乐都县畜牧兽医站青海乐都810700 宁夏大学农学院宁夏银川750021

利用PCR-SSCP技术对海东鸡capn1基因多态性进行分析,研究capn1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡capn1基因3'UTR存在c.*1 114T>C转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体capn1基因检测区域为中度多... 详细信息

利用PCR-SSCP技术对海东鸡capn1基因多态性进行分析,研究capn1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡capn1基因3'UTR存在c.*1 114T>C转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体capn1基因检测区域为中度多态(0.25capn1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。

关键词：海东鸡 capn1基因 PCR-SSCP 体尺性状