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Molecular dynamics simulation reveals DNA-specific recognition mechanism via c-myb in pseudo-palindromic consensus of mim-1 promoter

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Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology) 2023年第10期24卷 883-895页

作者： Jinru WENG Shuo YANG Jinkang SHEN Hongsen LIU Yuzi XU Dongyun HAO Shan WANG Stomatology Hospital School of StomatologyZhejiang University School of MedicineZhejiang Provincial Clinical Research Center for Oral DiseasesKey Laboratory of Oral Biomedical Research of Zhejiang ProvinceCancer Center of Zhejiang UniversityEngineering Research Center of Oral Biomaterials and Devices of Zhejiang ProvinceHangzhou 310000China Key Laboratory for Molecular Enzymology and Engineering of the Ministry of Education Jilin UniversityChangchun 130021China Institute of Agricultural Biotechnology Jilin Academy of Agricultural Sciences(JAAS)Changchun 130033China

This study aims to gain insight into the DNA-specific recognition mechanism of c-myb transcription factor during the regulation of cell early differentiation and ***,we chose the chicken myeloid gene,mitochondrial import protein 1(mim-1),as a target to study the binding specificity between potential dual-myb-binding *** c-myb-binding site in mim-1 is a pseudo-palindromic sequence AAcGGTT,which contains two AAcNG *** studies in different biological scenarios revealed that c-myb binding with mim-1 in the forward strand(complex F)is more stable than that in the reverse strand(complex R).The principal component analysis(PcA)dynamics trajectory analyses suggested an opening motion of the recognition helices of R2 and R3(R2R3),resulting in the dissociation of DNA from c-myb in complex R at 330 K,triggered by the reduced electrostatic potential on the surface of ***,the DNA confirmation and hydrogen-bond interaction analyses indicated that the major groove width of DNA increased in complex R,which affected on the hydrogenbond formation ability between R2R3 and DNA,and directly resulted in the dissociation of DNA from *** steered molecular dynamics(SMD)simulation studies also suggested that the electrostatic potential,major groove width,and hydrogen bonds made major contribution to the DNA-specific *** vitro trials confirmed the simulation results that c-myb specifically bound to mim-1 in the forward *** study indicates that the three-dimensional(3D)structure features play an important role in the DNA-specific recognition mechanism by c-myb besides the AAcNG consensuses,which is beneficial to understanding the cell early differentiation and proliferation regulated by c-myb,as well as the prediction of novel c-myb-binding motifs in tumorigenesis.

关键词： c-myb DNA-specific recognition mechanism Molecular dynamics simulation DNA major groove width Electrostatic potential

Effects of c-myb antisense RNA on TGF-β1 and α1-I collagen expression in cultured hepatic stellate cells

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World Journal of Gastroenterology 2004年第24期10卷 3662-3665页

作者： Hui-HuiMa Ji-LuYao GangLi chun-LanYao Xue-Juanchen Shao-JiYang DepartmentofInfectiousDiseases the3^rdAffiliatedHospitalSun-YatSenUniversityGuangzhou510630GuangdongProvinceChina

AIM: To investigate the effects of c-myb antisense RNA on cell proliferation and the expression of c-myb, TGF-β1 and α1-Ⅰ collagen in cultured hepatic stellate cells (HSc) from ***: Recombinant retroviral vector of c-myb antisense gene (pDOR-myb) was constructed, and then transfected into retroviral package cell line PA317 by means of *** pseudoviruses produced from the resistant PA317 cells were selected with G418 to infect HScs isolated from rat livers. The cell proliferation was measured by 3-[4,5-Dimethylthiazolzyl]-2, 5-diphenyl tetrazo-dium bromide (MTT) *** expression of c-myb, α1-Ⅰ collagen and TGF-β1 rnRNA, and c-myb protein in HScs was detected with semi-quantitive reverse transeription-polymerase chain reaction (RT-PcR) and Western-blot ***: HScs from rats were isolated successfully with the viability >98%. In the pDOR-myb infected HScs, the cmyb protein expression, cell proliferation,and α1-Ⅰ collagen and TGF-β1 mRNA expression were repressed significantly compared with their corresponding control groups (PcONcLUSION: c-myb plays a key role in activation and proliferation of HSc. c-myb antisense RNA can inhibit cell proliferation, α1-Ⅰ collagen and TGF-β1 mRNA expression,suggesting that inhibition of c-myb gene expression might be a potential way for the treatment of liver fibrosis.

关键词：影响作用 c-myb 反感觉RNA TGF-β1 α1-Ⅰ 胶原质表达肝脏星形细胞 HScs

Synthesis of c-myb Protein(38-89)-NH_2 Using a Partially Protected Peptide Thioester

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Science china chemistry 1994年第8期37卷 932-939页

作者：张若蘅徐筱杰唐有祺 Hironobo Hojo Saburo Aimoto Department of chemistry Peking UniversityBeijing 100871PRC Institute for Protein Research Osaka University3-2 YamadaokaSuitaOsaka 565Japan

The method of selective modification of eysteine SH group with 4-methylbenzylchloride is developed,c-myb protein (38-89)-NH_2 is synthesized by using a partially protected peptide *** 4-methylbenzyl (MeBzl) protecting group of cysteine in the building block is stable during the segment cou- *** method can be used in the chemical synthesis of some protein containing cysteine.

关键词： synthesis thioester c-myb protein

c-myb在人脑胶质瘤中阳性表达的意义及相关因素分析

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华西医科大学学报 2002年第3期33卷 384-387页

作者：游潮万锋徐建国张尚福徐学君易章超四川大学华西医院神经外科成都610041 同济医科大学四川大学华西医院病理科

目的　探讨 c- myb癌基因在人脑活体胶质瘤中的作用和地位。方法　用免疫组化法检测 6 1例活体胶质瘤标本以及正常和胎儿脑组织中 c- myb癌基因的表达水平 ,并分析其表达与胶质瘤恶性级别和其它临床因素的相关性。结果　 c- myb癌基因... 详细信息

目的　探讨 c- myb癌基因在人脑活体胶质瘤中的作用和地位。方法　用免疫组化法检测 6 1例活体胶质瘤标本以及正常和胎儿脑组织中 c- myb癌基因的表达水平 ,并分析其表达与胶质瘤恶性级别和其它临床因素的相关性。结果　 c- myb癌基因在恶性胶质瘤中有高水平表达 ,其表达水平与肿瘤级别和年龄有关 (P0 .0 5 )。 c- m yb的表达水平在、级明显高于级 (P0 .0 5 ) ,在级毛发细胞型星形细胞胶质瘤表达极低 ,在正常胶质细胞内未见表达 ,在胎儿脑组织内有高水平表达。结论　 c- myb在胶质瘤的发生、发展过程中具有重要意义 ,可作为判断胶质瘤的恶性程度的一项生化指标。

关键词：胶质瘤 c-myb 阳性表达相关因素分析

c-myb对人绒毛膜促性腺激素诱导的大鼠睾丸间质细胞睾酮分泌的影响

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生理学报 2004年第3期56卷 353-356页

作者：肖爱娇王晶磊方廉况海斌江西医学院生理学教研室南昌330006

采用离体细胞体外孵育法,观察反义c-myb寡脱氧核苷酸(oligodeoxynucletides,ODN)对人绒毛膜促性腺激素(human chori-onic-gonadotropin hormone,hcG)诱导的大鼠间质细胞睾酮分泌的影响,并进一步探讨了外源性二丁酰c-AMP(dbcAMP)、ca^(2+)以及蛋白质抑制剂放线菌酮(cycloheximide,cYX)对间质细胞中c-myb蛋白表达和睾酮分泌的作用。结果表明,反义c-myb ODN呈剂量依赖性地抑制hcG诱导的离体间质细胞的睾酮分泌,同时使间质细胞中c-myb蛋白免疫组化染色下降;而无义tat ODN没有相应的作用。100μmol/L的dbcAMP可进一步促使hcG诱导的间质细胞分泌睾酮,并且使间质细胞中c-myb蛋白免疫组化染色IOD值升高,与hcG组相比,具有统计学意义。钙离子通道阻断剂维拉帕米(10μmol/L)和蛋白质抑制剂放线菌酮(50μg/ml)可使hcG诱导的大鼠间质细胞的睾酮分泌下降,并使间质细胞的c-myb蛋白兔疫组化染色降低。该结果说明c-myb参与hcG诱导的大鼠间质细胞睾酮分泌作用。

关键词：间质细胞 c-myb 反义寡脱氧核苷酸睾酮

c-myb、Bax蛋白在子宫内膜癌中的表达及意义

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四川大学学报（医学版） 2014年第5期45卷 797-800页

作者：冯余宽吕琳张雅晴何镭林卫四川大学华西第二医院妇产科成都610041

目的探讨c-myb、Bax蛋白在子宫内膜癌中的表达和意义。方法应用免疫组化SP法和TUNEL技术对68例子宫内膜样腺癌组织和42例正常子宫内膜组织中c-myb、Bax蛋白表达和细胞凋亡指数进行检测,结合临床病理指标进行分析。结果 c-myb、Bax在子... 详细信息

目的探讨c-myb、Bax蛋白在子宫内膜癌中的表达和意义。方法应用免疫组化SP法和TUNEL技术对68例子宫内膜样腺癌组织和42例正常子宫内膜组织中c-myb、Bax蛋白表达和细胞凋亡指数进行检测,结合临床病理指标进行分析。结果 c-myb、Bax在子宫内膜癌组织中的阳性表达率高于正常子宫内膜组织(Pc-myb、Bax在分化程度越低的子宫内膜癌组织中的表达越高,在Ⅲ、Ⅳ期子宫内膜癌中的表达高于Ⅰ、Ⅱ期,差异有统计学意义(Pc-myb表达与子宫内膜癌凋亡指数无相关性(P>0.05)。结论子宫内膜癌中存在c-myb、Bax蛋白的高表达,c-myb参与肿瘤细胞的增殖分化调节,Bax调节肿瘤细胞凋亡,两者可作为判断子宫内膜癌恶性行为和预后的指标。

关键词： c-myb Bax 子宫内膜癌

原癌基因c-erbB2和c-myb经丝裂原活化蛋白激酶和成熟促进因子途径调节卵母细胞的成熟

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生理学报 2008年第1期60卷 97-104页

作者：郑月慧郑莉萍李芳吴磊戴育成南昌大学医学院生理学教研室南昌330006 南昌大学医学院第二附属医院南昌330006

本研究探讨了原癌基因c-erbB2和c-myb对小鼠卵母细胞成熟的影响及其在调控卵母细胞成熟中与丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和成熟促进因子(maturation promoting factor,MPF)的上下游关系。c-erbB2反义寡... 详细信息

本研究探讨了原癌基因c-erbB2和c-myb对小鼠卵母细胞成熟的影响及其在调控卵母细胞成熟中与丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和成熟促进因子(maturation promoting factor,MPF)的上下游关系。c-erbB2反义寡脱氧核苷酸(antisense oligodeoxynucleotide,ASODN)和c-mybASODN均呈剂量依赖方式抑制卵母细胞的生发泡破裂(germinal vesicle breakdown,GVBD)率和第一极体(first polar body,PB1)排放率,并显著延迟其成熟时间。小鼠卵母细胞显微注射重组人c-erbB2蛋白和c-myb蛋白后,培养6h其GVBD率分别比对照组上升了23.1%(PcR结果显示,小鼠卵母细胞中存在c-erbB2mRNA和c-mybmRNA表达;c-erbB2ASODN能明显抑制卵母细胞中c-erbB2mRNA和c-mybmRNA的表达,c-mybASODN能明显抑制卵母细胞中c-mybmRNA的表达,对c-erbB2mRNA无明显影响;MAPK抑制剂PD98059以及MPF抑制剂roscovitine在抑制卵母细胞成熟的同时,均能阻断显微注射重组人c-erbB2蛋白和重组人c-myb蛋白对卵母细胞成熟的促进作用,但对卵母细胞中c-erbB2mRNA和c-mybmRNA表达无明显影响。Westernblot结果显示,c-erbB2ASODN、c-mybASODN、PD98059、roscovitine均使卵母细胞中MAPK磷酸化水平和cyclinB1含量下降。结果提示,原癌基因c-erbB2、c-myb在卵母细胞成熟中起重要作用,可能是调控卵母细胞成熟中关键蛋白激酶如MAPK、MPF的上游激活物。

关键词：卵母细胞成熟基因 c-erbB2 c-myb 丝裂原活化蛋白激酶成熟促进因子

原癌基因c-myb在体外孕酮诱导小鼠卵母细胞成熟中的作用

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中国应用生理学杂志 2007年第2期23卷 221-226页

作者：吴磊郑莉萍郑月慧南昌大学医学院生殖研究室江西南昌330006

目的本文采用体外培养技术观察原癌基因c-myb对孕酮诱导的生发泡(GV)期小鼠裸卵体外成熟的影响。方法建立小鼠裸卵体外培养模型,用不同浓度反义c-myb寡脱氧核苷酸(c-myb ASODNs)与GV期小鼠裸卵共孵育观察其对孕酮诱导的小鼠裸卵体外成... 详细信息

目的本文采用体外培养技术观察原癌基因c-myb对孕酮诱导的生发泡(GV)期小鼠裸卵体外成熟的影响。方法建立小鼠裸卵体外培养模型,用不同浓度反义c-myb寡脱氧核苷酸(c-myb ASODNs)与GV期小鼠裸卵共孵育观察其对孕酮诱导的小鼠裸卵体外成熟的影响并探讨其机制。结果在M199培养液中体外培养GV期小鼠裸卵24h,10μmol/L孕酮组与5μmol/L孕酮组比较有显著性差别(2hGVBD%Pc-myb ASODNs能抑制孕酮(10μmol/L)诱导的小鼠裸卵体外成熟(2hGVBD%PcAMP、100μg/ml肝素钠可分别单独抑制孕酮诱导的GV期小鼠卵母细胞体外成熟(2hGVBD%均Pc-myb ODN协同抑制孕酮诱导的卵母细胞体外成熟(2hGVBD%均Pc-myb和cAMP、ca2+参与了GV期小鼠卵母细胞的体外成熟,孕酮、cAMP和ca2+调控卵母细胞成熟的机理可能与原癌基因c-myb表达有关。

关键词： c-myb 钙体外成熟

阳离子脂质体介导的反义c-myb寡核苷酸对脑胶质瘤生长的抑制作用研究

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华西医科大学学报 2002年第1期33卷 19-22页

作者：赵冬冬游潮黄光富廖晓灵谭海兵四川省人民医院神经外科成都610072 四川大学华西医院神经外科

目的　观察阳离子脂质体 lipofect AMINE介导的反义 c- myb寡核苷酸 (L ipo AON)对肿瘤生长的影响。方法　取雄性 Wistar大鼠 48只 ,行脑内 c6胶质瘤接种 ,术后 6天 ,将携瘤大鼠随机分成 L ipo AON组、反义 c- myb寡核苷酸组 (AON组 )... 详细信息

目的　观察阳离子脂质体 lipofect AMINE介导的反义 c- myb寡核苷酸 (L ipo AON)对肿瘤生长的影响。方法　取雄性 Wistar大鼠 48只 ,行脑内 c6胶质瘤接种 ,术后 6天 ,将携瘤大鼠随机分成 L ipo AON组、反义 c- myb寡核苷酸组 (AON组 )、阳离子脂质体 lipofect AMINE组 (L ipo组 )和生理盐水对照组 (NS组 ) ,每组各 12只。经大鼠右股静脉给药 ,间隔 1天后 ,再次用同法经大鼠左股静脉等量给药。给药后严密观察各组大鼠饮食、四肢活动及体重变化情况 ,并于给药后第 4天和第 10天每组分别处死 6只大鼠 ,进行肿瘤的生长情况和大体形态学观察。结果　 L ipo AON组在静脉给药期间及停药后的短期内其肿瘤生长被明显抑制 ,c- m yb表达下调 ;而 AON组、L ipo组与 NS组相比 ,其肿瘤生长未见抑制现象 ,c- myb表达亦未见下调。但随着停药时间的延长 ,L ipo AON对肿瘤的抑制作用下降。结论　 1阳离子脂质体 L ipofect AMINE作为 c- m yb AON转移载体 ,使水溶性 c- myb AON容易透过 BBTB进入瘤内发挥治疗作用 ,且具有操作简单、安全、转染率高等特点 ;2 L ipo AON对 c6胶质瘤生长有明显抑制作用 ,用反义技术抑制 c- myb的表达在胶质瘤的治疗中具有研究前景 ;3 L ipo AON对胶质瘤生长的抑制作用随时间延长而下降。

关键词：反义寡核苷酸 c-myb 脑胶质瘤阳离子脂质体