检索结果-南通市图书馆

Multi-environment bsa-seq using large F3 populations is able to achieve reliable QTL mapping with high power and resolution: An experimental demonstration in rice

引用

The Crop Journal 2024年第2期12卷 549-557页

作者： Yan Zheng Ei Ei Khine Khin Mar Thi Ei Ei Nyein Likun Huang Lihui Lin Xiaofang Xie Min Htay Wai Lin Khin Than Oo Myat Myat Moe San San Aye Weiren Wu College of Life Sciences Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Fujian Provincial Key Laboratory of Crop Breeding by Design Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Key Laboratory of Genetics Breeding and Multiple Utilization of CropsMinistry of EducationFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Department of Botany Mawlamyine UniversityMon StateMawlamyineMyanmar Department of Botany Dagon UniversityNorth DagonYangonMyanmar

Bulked-segregant analysis by deep sequencing(bsa-seq) is a widely used method for mapping QTL(quantitative trait loci) due to its simplicity, speed, cost-effectiveness, and efficiency. However, the ability of bsa-seq to detect QTL is often limited by inappropriate experimental designs, as evidenced by numerous practical studies. Most bsa-seq studies have utilized small to medium-sized populations, with F2populations being the most common choice. Nevertheless, theoretical studies have shown that using a large population with an appropriate pool size can significantly enhance the power and resolution of QTL detection in bsa-seq, with F_(3)populations offering notable advantages over F2populations. To provide an experimental demonstration, we tested the power of bsa-seq to identify QTL controlling days from sowing to heading(DTH) in a 7200-plant rice F_(3)population in two environments, with a pool size of approximately 500. Each experiment identified 34 QTL, an order of magnitude greater than reported in most bsa-seq experiments, of which 23 were detected in both experiments, with 17 of these located near41 previously reported QTL and eight cloned genes known to control DTH in rice. These results indicate that QTL mapping by bsa-seq in large F_(3)populations and multi-environment experiments can achieve high power, resolution, and reliability.

关键词： bsa-seq QTL mapping Large F3 population Multi-environment experiment Cross-validation

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Identification of candidate genes for early-maturity traits by combining bsa-seq and QTL mapping in upland cotton(Gossypium hirsutum L.)

引用

Journal of Integrative Agriculture 2024年第10期23卷 3472-3486页

作者： Liang Ma Tingli Hu Meng Kang Xiaokang Fu Pengyun Chen Fei Wei Hongliang Jian Xiaoyan Lü Meng Zhang Yonglin Yang State Key Laboratory of Cotton Bio-breeding and Integrated Utilization/Institute of Cotton Research Chinese Academy ofAgricultural SciencesAnyang 455000China School of Agriculture Henan Institute of Science and TechnologyXinxiang 453003China Shihezi Academy of Agricultural Sciences Shihezi 832099China

Cotton breeding for the development of early-maturing varieties is an effective way to improve multiple cropping indexes and alleviate the conflict between grains and cotton in the cultivated fields in *** the present study,we aimed to identify upland cotton quantitative trait loci(QTLs)and candidate genes related to early-maturity traits,including whole growth period(WGP),flowering timing(FT),node of the first fruiting branch(NFFB),height of the node of the first fruiting branch(HNFFB),and plant height(PH).An early-maturing variety,CCRI50,and a latematuring variety,Guoxinmian 11,were crossed to obtain biparental *** populations were used to map QTLs for the early-maturity traits for two years(2020 and 2021).With bsa-seq analysis based on the data of population 2020,the candidate regions related to early maturity were found to be located on chromosome *** then developed 22 polymorphic insertions or deletions(InDel)markers to further narrow down the candidate regions,resulting in the detection of five and four QTLs in the 2020 and 2021 populations,*** to the results of QTL mapping,two candidate regions(InDel_G286-InDel_G144 and InDel_G24-InDel_G43)were *** these regions,three genes(GH_D03G0451,GH_D03G0649,and GH_D03G1180)have nonsynonymous mutations in their exons and one gene(GH_D03G0450)has SNP variations in the upstream sequence between CCRI50 and Guoxinmian *** four genes also showed dominant expression in the floral *** expression levels of GH_D03G0451,GH_D03G0649 and GH_D03G1180 were significantly higher in CCRI50 than in Guoxinmian 11 during the bud differentiation stages,while GH_D03G0450 showed the opposite *** functional verification of GH_D03G0451 indicated that the GH_D03G0451-silenced plants showed a delay in the flowering *** results suggest that these are the candidate genes for cotton early maturity,and they may be used for breeding early-maturity cotton varieties.

关键词： cotton genomics early-maturity traits bsa-seq QTL mapping molecular breeding

来源：

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq的大豆棕色荚皮L2基因定位

引用

华北农学报 2024年第4期39卷 64-71页

作者：樊超毕影东李炜梁文卫刘淼刘建新杨光邸树峰黑龙江省农业科学院耕作栽培研究所黑龙江哈尔滨150086

大豆荚皮的颜色是重要的驯化性状和表型特征,与炸荚习性和躲避捕食关系紧密。大豆荚皮颜色主要由2对等位基因控制,其中棕色荚皮L2基因尚未被鉴定。为了在大豆基因组上对该基因进行鉴定,为大豆棕色荚皮相关基因功能解析和育种应用提供一... 详细信息

大豆荚皮的颜色是重要的驯化性状和表型特征,与炸荚习性和躲避捕食关系紧密。大豆荚皮颜色主要由2对等位基因控制,其中棕色荚皮L2基因尚未被鉴定。为了在大豆基因组上对该基因进行鉴定,为大豆棕色荚皮相关基因功能解析和育种应用提供一定的理论基础。以栽培大豆中龙优203(黄色荚皮)和野生大豆FF1235(黑色荚皮)为亲本构建F 2分离群体进行遗传分析。利用F 2群体棕色豆荚和黄色豆荚单株构建混池进行bsa-seq定位分析,并在此基础上进行重组交换单株分析。结果表明,大豆棕色荚皮性状为1对等位基因控制的质量性状。棕色荚皮L2基因关联区域位于3号染色体0~0.75 Mb的区段。进一步开发InDel分子标记进行精细定位,获得具有多态性的InDel引物7对。最终将棕色荚皮位点定位于3号染色体上的Indel-L2-3~Indel-L2-6,物理距离为344 kb。定位区间内共有候选基因32个,其中Glyma.03G005700基因注释为异丙基苹果酸聚合酶,与已发现的黑色荚皮基因L1(Glyma.19G120400)高度同源,其功能为将4-羟基丙酮酸转化为红果酸和番石榴酸,可能是调控大豆棕色荚皮形成的关键基因。

关键词：大豆荚皮颜色基因定位 bsa-seq

来源：

维普期刊数据库博看期刊

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq定位野生大豆籽粒蛋白含量QTL

引用

中国油料作物学报 2024年

作者：袁翠平孙国金齐广勋刘晓冬董岭超王玉民王英男赵洪锟杨佳慧董英山吉林省农业科学院(中国农业科技东北创新中心)大豆研究所吉林农业大学农学院

野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量，发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料，开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大... 详细信息

野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量，发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料，开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的遗传变异，且符合正态分布；对2020年和2021年RIL群体分别构建了高蛋白含量池和低蛋白含量池，采用bsa-seq(bulked segregant analysis sequencing,bsa-seq)技术进行了关联分析，在大豆20号染色体（Chr20）关联到1个区间（Chr20:3 100 000～33 360 000）。根据区间多态性Indel标记信息开发了12个分子标记，进行了蛋白含量QTL定位，鉴定出1个蛋白含量QTL位点qPRO-20，位于分子标记WS185和WS205之间，即Chr20:20 071 086～23 798 747区段，可解释14.00%(2020年)和13.26%(2021年)的遗传变异。QTL两侧分子标记WS185和WS205，其等位变异间蛋白含量均差异显著（P<0.01），可用于分子标记辅助筛选，能够从与ZYD01015相同等位基因型的材料中，筛选到蛋白含量在45%以上种质的概率达62.7%以上。

关键词：野生大豆蛋白含量 QTL定位 bsa-seq

来源：

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq的一个苗期黄化转绿突变体基因定位

引用

江苏农业科学 2024年第12期52卷 53-60页

作者：杜灿灿曾生元景德道胡庆峰李闯钱华飞林添资余波孙立亭周义文杨军韩华新龚红兵江苏丘陵地区镇江农业科学研究所江苏句容212400

叶片是植物进行光合作用的重要场所,叶色突变往往制约水稻具有充足的源,研究叶色突变体对选育高光效品种以及进一步解析叶色调控的分子机制均具有重要意义。以育种中间材料苗期叶片黄化转绿突变体gry为对象,对其进行主要农艺性状分析,... 详细信息

叶片是植物进行光合作用的重要场所,叶色突变往往制约水稻具有充足的源,研究叶色突变体对选育高光效品种以及进一步解析叶色调控的分子机制均具有重要意义。以育种中间材料苗期叶片黄化转绿突变体gry为对象,对其进行主要农艺性状分析,并对其突变性状进行遗传分析、基因定位。结果显示,该突变体3叶期前植株呈淡黄色至白色,4叶期变绿,除成熟期株高显著高于野生型以外,其他主要农艺性状均无显著差异。通过遗传分析确定该突变体的黄化转绿表型受隐性单基因控制。利用gry突变体与野生型的F_(2)群体构建混池,通过bsa-seq的ΔSNP-index和ED 2种算法进行基因定位,结果显示gry基因被定位在22.23~26.77 Mb区间内。在该区间内开发KASP标记对62个F_(2)黄化转绿单株进行验证与连锁分析,验证gry基因在21.18~25.30 Mb区间内。基于定位区间,结合基因注释数据库与水稻基因变异数据库推测候选基因为LOC_Os03g40020,测序表明该基因在第1768位发生单碱基T缺失,导致编码的氨基酸大量改变而产生功能变化。

关键词：苗期黄化转绿突变体 bsa-seq ΔSNP-index算法 ED算法

来源：

维普期刊数据库博看期刊

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq的甜瓜绿色上中果皮QTL定位分析

引用

分子植物育种 2024年

作者：赵萌刘洁蔡玲敏张明方吕小龙浙江大学农业与生物技术学院蔬菜研究所种质创新与分子育种实验室浙江省宁波微萌种业有限公司

甜瓜果肉颜色是消费者关注的重要性状之一，定位与果肉颜色相关的QTL位点，对育种和生产具有重要作用。本研究以橙色果肉甜瓜‘MC1’和绿色果肉甜瓜‘MC2’进行杂交获得F2代分离群体(242个单株)，筛选极端性状单株构建DNA混池，采用bsa-... 详细信息

甜瓜果肉颜色是消费者关注的重要性状之一，定位与果肉颜色相关的QTL位点，对育种和生产具有重要作用。本研究以橙色果肉甜瓜‘MC1’和绿色果肉甜瓜‘MC2’进行杂交获得F2代分离群体(242个单株)，筛选极端性状单株构建DNA混池，采用bsa-seq方法，鉴定出1个主要的甜瓜绿色上中果皮性状调控关联区域，区间长度为1.891 Mb。结合基因注释、连锁分析，推测EVM0014729、EVM0008818、EVM0006857、EVM0013861和EVM0018063为候选基因。本研究为进一步了解甜瓜果肉颜色的遗传奠定基础，对选育高品质甜瓜品种有一定的帮助。

关键词：甜瓜果肉颜色 QTL定位 bsa-seq

来源：

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq的甜瓜抗枯萎病相关基因的定位与候选基因的注释

引用

分子植物育种 2024年第10期22卷 3156-3165页

作者：杨梦飞夏玲梁昕景韩晓燕杨小锋海南大学热带作物学院海口570228 海南大学三亚南繁研究院三亚572000

为挖掘甜瓜抗枯萎病相关基因,本研究以高抗枯萎病自交系YN为母本,高感枯萎病自交系CG为父本构建F_(2)群体,基于F_(2)群体分别构建极端高抗混池和高感混池,对子代混池和双亲池开展30×覆盖深度的全基因组重测序,通过计算2个子代池的SNP-i... 详细信息

为挖掘甜瓜抗枯萎病相关基因,本研究以高抗枯萎病自交系YN为母本,高感枯萎病自交系CG为父本构建F_(2)群体,基于F_(2)群体分别构建极端高抗混池和高感混池,对子代混池和双亲池开展30×覆盖深度的全基因组重测序,通过计算2个子代池的SNP-index,比较SNP-index在高抗池与高感池染色体各区段的差异,定位与抗病性的关联区域,根据基因注释信息,预测候选基因。结果表明4个样本获得的SNP位点和InDel分别在91万~250万个之间和17万~45万个之间。基于SNP-index关联分析,在99%的置信区间内将候选区域定位到甜瓜染色体Chr.9的1个区间,总长度为1.37 Mb,位于1~1 370 000 bp区间,包含197个基因,SNP-inDel位点数7 442个。通过对候选区域内的基因进行KEGG、GO数据库分析发现,候选基因分别被注释到18个生物学进程、9个细胞组分和6个分子功能中;主要参与氨基酸生物合成、氨基酸代谢、酯类代谢、糖类代谢等,经分析在候选区域内与抗病性相关的基因共有22个,3个与F-box基因相关,3个水解蛋白相关基因,4个乙烯反应转录因子,1个泛素蛋白连接酶,2个GDSL酯酶等。本研究结果将为甜瓜枯萎病的抗病分子机理提供新思路,同时为其抗病性功能性分子标记的开发及相关基因的克隆提供参考。

关键词：甜瓜枯萎病抗病性 bsa-seq 基因注释

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq的青菜耐热QTL定位分析

引用

分子植物育种 2024年

作者：曾敏婕薄永明吕小龙胡仲远张明方杨景华浙江大学农业与生物技术学院蔬菜研究所种质创新与分子育种实验室浙江省宁波微萌种业有限公司

青菜是十字花科芸薹属的一种重要的蔬菜作物。随着全球气候变化，高温导致青菜生长出现速度缓慢、口感苦涩、病害频发等严重问题，严重影响其全年供应的稳定性。本研究选取两个在热胁迫表现差异显著的青菜材料作为亲本，构建了F2遗传分... 详细信息

青菜是十字花科芸薹属的一种重要的蔬菜作物。随着全球气候变化，高温导致青菜生长出现速度缓慢、口感苦涩、病害频发等严重问题，严重影响其全年供应的稳定性。本研究选取两个在热胁迫表现差异显著的青菜材料作为亲本，构建了F2遗传分离群体（339个单株）。利用bsa-seq方法初步定位了热胁迫相关性状的QTLs，最终确定了一个81.78 kb的候选区间。通过基因注释和分析，鉴定出BraC03g004000、BraC03g004010、BraC03g004060、BraC03g004090、BraC03g004180等基因可能参与调控青菜耐热。本研究为揭示青菜耐热的遗传机制以及培育青菜耐热品种提供了重要的科学依据。

关键词：青菜耐热 QTL定位 bsa-seq

来源：

同方期刊数据库评论

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq技术定位花生种皮颜色基因

引用

花生学报 2024年第3期53卷 14-20页

作者：王恩琪殷祥贞甄萍萍姜骁潘丽娟陈娜许静赵旭红梁成伟迟晓元青岛科技大学生物工程学院山东青岛266042 山东省花生研究所山东青岛266100 临邑县农业技术推广中心山东临邑251500

花生种皮颜色是花生重要性状,同时种皮颜色和黄酮类化合物例如花青素的含量有着密切关联。定位与种皮颜色相关的基因对培育和开发新品种,提高花生营养成分有重要作用。本研究以紫色种皮花生‘T371’和粉色种皮花生‘T34’为亲本进行杂... 详细信息

花生种皮颜色是花生重要性状,同时种皮颜色和黄酮类化合物例如花青素的含量有着密切关联。定位与种皮颜色相关的基因对培育和开发新品种,提高花生营养成分有重要作用。本研究以紫色种皮花生‘T371’和粉色种皮花生‘T34’为亲本进行杂交并构建F_2分离群体。基于高通量测序技术,在亲本和分离群体中获得了312.96 G高质量的Clean Reads数据,采用bsa-seq方法定位到1个SNPs和InDels关联区域交集,区间长度为7.61 Mb,位于12号染色体上,区间内有675个基因,其中非同义突变基因14个,移码突变基因3个。根据基因注释结果推测***8J、arahy.26781N、***76T0、arahy.1KM4NQ、arahy.X3FWT9可能是调控种皮颜色的候选基因。本研究为挖掘花生种皮颜色遗传相关基因和开发新品种提供了一定的理论基础。

关键词：花生 bsa-seq 种皮颜色基因定位

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于bsa-seq发掘水稻抽穗期相关QTLs及候选基因

引用

中国农业科技导报 2024年第9期26卷 12-24页

作者：魏荣华尹明王文生崔彦茹河北农业大学农学院河北保定071001 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

抽穗期作为水稻重要的性状之一,不仅与水稻生育时期密切相关,还与水稻产量、品质和抗逆性密切相关,决定了水稻品种的种植地区和季节适应性,因此,定位水稻抽穗期相关基因在水稻生产中有着重要的作用。利用HQ20和金23B及其杂交构建的F4群... 详细信息

抽穗期作为水稻重要的性状之一,不仅与水稻生育时期密切相关,还与水稻产量、品质和抗逆性密切相关,决定了水稻品种的种植地区和季节适应性,因此,定位水稻抽穗期相关基因在水稻生产中有着重要的作用。利用HQ20和金23B及其杂交构建的F4群体为试验材料,根据群体中水稻抽穗期划分3个等级:抽穗期早、抽穗期适中、大青棵(不抽穗),并构建早、中、青3个混池,采用bsa-seq(bulked-segregant analysis sequencing)方法挖掘水稻抽穗期基因。结果表明,bsa-seq结果与参考基因组比对率在94%以上,4×基因组覆盖率在80%以上;基于此,在置信度为0.95时,经SNP-index算法获得位于4条染色体(6、7、8和9号)的17个SNPs与Indels一致的关联区间,进一步分析区域内的候选基因,发现61个基因存在非同义突变。GO与KEGG富集分析表明,与水稻抽穗期密切相关的途径有UDP-糖基转移酶活性、细胞周期G2/M期转变的正向调控和植物激素信号转导等。结合3K水稻数据库中的单倍型分析与已公布的表达量数据,挖掘出3个抽穗期关键候选基因:LOC_Os07g22720、LOC_Os07g23740、LOC_Os08g07200。以上结果为开展水稻抽穗期性状遗传改良以及遗传基础解析奠定了基础。

关键词：水稻抽穗期 bsa-seq 候选基因

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：