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基于batman-tcm平台探讨刘尚义国医大师抗瘤四味方干预前列腺癌机制

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中华中医药学刊 2020年第10期38卷 131-133,I0041页

作者：孙波李文秦忠陈云志贵州中医药大学第一附属医院贵州贵阳550001 贵州中医药大学基础医学院贵州贵阳550025

目的通过网络药理学方法探讨国医大师刘尚义教授抗瘤四味方干预前列腺癌的的机制。方法运用在线batman-tcm平台对抗瘤四味方干预前列腺癌进行网络药理学分析。结果抗瘤四味方含78种化合物,其中预测对前列腺癌靶标基因12个,涉及跨膜转运... 详细信息

目的通过网络药理学方法探讨国医大师刘尚义教授抗瘤四味方干预前列腺癌的的机制。方法运用在线batman-tcm平台对抗瘤四味方干预前列腺癌进行网络药理学分析。结果抗瘤四味方含78种化合物,其中预测对前列腺癌靶标基因12个,涉及跨膜转运、细胞信号转导、生物合成过程、分解代谢过程、应激反应等细胞生理病理过程。结论抗瘤四味方具有通过调节雄激素受体、维生素D受体等环节发挥抗前列腺癌的作用机制。

关键词： batman-tcm 国医大师前列腺癌分子机制生物信息

基于batman-tcm在线分析平台的浙贝母-瓜蒌配伍治疗慢性阻塞性肺病的网络药理学研究

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山东科学 2021年第1期34卷 10-20页

作者：曹铭晨徐龙辛兆洋方孟香邢晓敏陈萧汪川魏欣欣任炜青岛大学附属医院山东青岛266000 西海岸新区第二中医院山东青岛266400

基于中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,batman-tcm)挖掘浙贝母-瓜蒌治疗慢性阻塞性肺病的分子作用机制。应用batman-tcm预测浙贝母-瓜蒌的潜在靶点,GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺病的靶点;应用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-疾病-靶点相互作用网络、蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析。结果筛选得到浙贝母-瓜蒌中21种活性成分,基于STRING构建的浙贝母-瓜蒌靶点PPI网络包含131个节点和236条相互作用关系,关键节点包括ANXA1、EDN1、HDAC1、RXRA、ADRA2A、OXT、RXRB等。GO富集分析途径主要涉及离子门控通道活性、底物特异性通道活性、被动跨膜转运活性、细胞外配体门控离子通道活性、神经递质受体活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通道分析主要涉及神经活动配体-受体相互作用、cAMP信号通路、钙离子信使通路、类胆碱能突触、逆行内源性大麻素信号传导、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等途径。研究结果提示浙贝母-瓜蒌关键的作用靶点包括ANXA1、HDAC1等,信号通路方面涉及类胆碱能、5-羟色胺、多巴胺等神经受体相关通路,体现了中药复方的整体性特点,为进一步研究浙贝母-瓜蒌的分子作用机制提供了新思路。

关键词：浙贝母-瓜蒌 batman-tcm GO KEGG 网络药理学慢性阻塞性肺病

基于batman-tcm平台探析小活络丹治疗冻结肩机制的网络药理学研究

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山西中医药大学学报 2023年第3期24卷 291-298页

作者：郭慧胡晓丽刘剑锋白雪婷辽宁中医药大学辽宁沈阳110032 辽宁中医药大学附属医院辽宁沈阳110847 贵州中医药大学贵州贵阳550002 辽宁中医药大学杏林学院辽宁沈阳110016

目的:通过网络药理学方法探析小活络丹治疗冻结肩的作用机制。方法:运用中药分子机制的生物信息学分析工具(a Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine,batman-tcm)提取小活络丹的药物... 详细信息

目的:通过网络药理学方法探析小活络丹治疗冻结肩的作用机制。方法:运用中药分子机制的生物信息学分析工具(a Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine,batman-tcm)提取小活络丹的药物有效成分以及潜在基因靶点,利用GeneCards平台检索冻结肩的作用靶点,对二者的检测结果提取交集靶点,构架蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析、基因本体功能富集分析(gene ontology,GO)以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and gnomes,KEGG)生物通路富集分析,构建“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络。结果:筛选出小活络丹有效活性成分43个,涉及基因靶点346个,冻结肩疾病靶点1382个,药物与疾病交集靶点83个;PPI网络分析共获得83个节点,386条边,平均节点度值9.3,磷酸肌醇3激酶调控亚基(PIK3R1)、整联蛋白β2(ITGβ2)、组蛋白脱乙酰基酶2(HDAC2)等13个关联性最强的靶点可能是治疗冻结肩的核心靶点;GO功能分析中涉及生物过程(biological process,BP)的有238条,细胞组成(cellular component,CC)60条,分子功能(molecular function,MF)54条;KEGG通路富集分析出79条信号通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用、c AMP信号通路等;复杂网络分析共有417个节点,935条边,平均度值4.48,度值最高的成分是没药中的肉桂醛和丁香酚,可能是小活络丹治疗冻结肩发挥关键作用的活性成分。结论:小活络丹治疗冻结肩具有多成分、多途径、多靶点的作用特点,为临床治疗冻结肩进一步提供理论依据。

关键词：冻结肩 batman-tcm 小活络丹网络药理学

多元统计及“成分-靶点-疾病”在线关联分析脑心通胶囊中质量标志物

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中草药 2018年第12期49卷 2775-2785页

作者：刘妍如唐志书宋忠兴刘峰陈衍斌胡梅玲阮增娥史鑫波吕杨段金廒陕西中医药大学陕西省中药资源产业化协同创新中心陕西省创新药物研究中心陕西咸阳712083 陕西步长制药有限公司陕西西安710075 南京中医药大学江苏省方剂高技术研究重点实验室江苏省中药资源产业化过程协同创新中心江苏南京210023

目的基于质量标志物(Q-marker)概念,通过筛选脑心通胶囊Q-markers,构建活性化合物-靶点网络,建立脑心通的整体质控方法。方法采用多元统计方法找到多批次脑心通胶囊的特异性成分,运用基于batman-tcm网络药理学计算平台构建"Q-markers-靶... 详细信息

目的基于质量标志物(Q-marker)概念,通过筛选脑心通胶囊Q-markers,构建活性化合物-靶点网络,建立脑心通的整体质控方法。方法采用多元统计方法找到多批次脑心通胶囊的特异性成分,运用基于batman-tcm网络药理学计算平台构建"Q-markers-靶点-通路-疾病"网络,并进行生物学信息注释。进一步建立超高效液相色谱法(UPLC)同时质控Q-markers的分析方法。结果多元统计分析将桑皮苷A、羟基红花黄色素A、芍药苷、阿魏酸、毛蕊异黄酮苷、迷迭香酸、丹酚酸B、芒柄花素和丹参酮IIA 9种成分初步确定为脑心通胶囊整体质控的Q-markers。通过靶点网络构建和拓扑学分析结果推测,Q-markers主要作用于PTGIS、PTGS2、CHRNA10、ENPP1和ADORA2A 5个关键靶点。针对Q-markers建立的UPLC质控方法,线性关系良好(r<0.999),重复性、稳定性、精密度试验RSD均<3%。结论基于多元统计,网络药理学和UPLC多成分定量测定技术的Q-markers辨析方法,可以初步建立有效成分群多角度的分析方法,并用于脑心通胶囊的质量控制。

关键词：脑心通胶囊质量标志物多元统计分析 batman-tcm 桑皮苷A、羟基红花黄色素A、芍药苷、阿魏酸、毛蕊异黄酮苷、迷迭香酸、丹酚酸B、芒柄花素、丹参酮ⅡA

国医大师徐景藩治疗溃疡性结肠炎的用药规律分析和分子靶点预测

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中国中药杂志 2018年第5期43卷 1042-1048页

作者：宁丽琴叶柏沈洪陆为民徐丹华严晶谭唱唐德才南京中医药大学附属医院

溃疡性结肠炎（ulcerative colitis，UC）是一种主要累及直肠、结肠黏膜的慢性非特异性炎症，严重影响患者的身体健康和生活质量，被世界卫生组织列为现代难治性疾病之一。国医大师徐景藩教授对于对溃疡性结肠炎的治疗积累了丰富经验。... 详细信息

溃疡性结肠炎（ulcerative colitis，UC）是一种主要累及直肠、结肠黏膜的慢性非特异性炎症，严重影响患者的身体健康和生活质量，被世界卫生组织列为现代难治性疾病之一。国医大师徐景藩教授对于对溃疡性结肠炎的治疗积累了丰富经验。该研究通过收集徐老治疗溃疡性结肠炎的77例医案，通过数据挖掘，分析常用中药的使用频率和中药类别，应用系统聚类的方法探讨其用药规律。研究结果显示药物使用频率最高的是清热药，其次是止血药、利水渗湿药等。同时挖掘出常用药对和药物组合。最后，通过batman。tcm生物信息学分析工具对高频中药进行GO富集分析和KEGG分子信号通路富集分析，预测其可能的分子作用靶点，结果表明中药复方可能通过活化PPAR-γ通路调节肠道炎症从而发挥治疗uc的作用。确切机制需要通过后续分子生物学实验加以验证。

关键词：溃疡性结肠炎中医传承用药规律分子靶点 batman-tcm

Mechanism analysis of Traditional Chinese Medicine in treatment of Diabetic Nephropathy based on network pharmacology and Traditional Chinese Medicine inheritance support system

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TMR Modern Herbal Medicine 2019年第2期2卷 64-73页

作者： Yu-hui Ma Li-na Zhang Qian Cui Lin-feng Li Guo-wei Zhang College of Chinese Medicine Hebei University Baoding Hebei China

Diabetic nephropathy is one of the most serious complications of diabetes mellitus. In the early stage, edema and proteinuria are the main clinical manifestations. In the later stage, glomerulosclerosis and interstitial fibrosis will occur. And the prognosis is poor. Nowadays, traditional Chinese medicine has a remarkable curative effect in the treatment of diabetic nephropathy. There are more and more studies on the treatment of diabetic nephropathy with traditional Chinese medicine, but most of them focus on the syndromes of diabetic nephropathy, which are short of in-depth research and summary on the mechanism of Chinese herbal prescriptions. In this paper, the traditional Chinese medicine inheritance support system and network pharmacology batman-tcm software were used to collect and analyze the relevant literature. It was found that the core compatibility of Shanzhuyu, Fuling and Shuyu in the treatment of diabetic nephropathy is closely related to the signal transduction pathway and target of diabetic nephropathy, and has a positive effect on the improvement of clinical symptoms such as proteinuria, glycometabolism disorder, edema, etc. This paper explores the core compatibility of Shanzhuyu, Fuling and Shuyu on diabetic nephropathy, in order to provide reference for clinical treatment.

关键词： diabetic nephropathy traditional Chinese medicine (tcm) network pharmacology tcm inheritance support system batman-tcm

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荣筋拈痛方对骨关节炎作用靶点的分析及验证

中华中医药杂志 2019年第8期34卷 3743-3746页

作者：林洁赵忠胜黄艳峰付长龙叶锦霞陈俊吴广文福建中医药大学中西医结合研究院福州350122 福建省中西医结合老年性疾病重点实验室福州350122

目的:batman-tcm分析工具及R语言分析荣筋拈痛方对骨关节炎(OA)的作用及靶点并进行动物实验验证。方法:batman-tcm分析工具预测荣筋拈痛方潜在作用靶点、发挥作用的方式途径及可能作用的疾病。R语言分析出OA模型大鼠与正常大鼠膝关节软... 详细信息

目的:batman-tcm分析工具及R语言分析荣筋拈痛方对骨关节炎(OA)的作用及靶点并进行动物实验验证。方法:batman-tcm分析工具预测荣筋拈痛方潜在作用靶点、发挥作用的方式途径及可能作用的疾病。R语言分析出OA模型大鼠与正常大鼠膝关节软骨组织的差异基因。韦恩图分析荣筋拈痛方潜在作用靶点与软骨组织差异基因的交集,选择靶点分子进行动物实验验证。将2月龄大鼠随机分为空白组、模型组、荣筋拈痛方组,空白组和模型组予0.9%氯化钠溶液灌胃,荣筋拈痛方组予荣筋拈痛方水提溶液灌胃。各组干预12周后,对关节软骨组织进行HE染色观察及Western Blot检测。结果:荣筋拈痛方具有632个化学成分,其中440个化学成分预测到1 787个潜在作用靶点,其通过多途径发挥作用,能治疗疼痛性疾病、心血管疾病、肾脏疾病、免疫性疾病、关节炎性疾病等多种疾病。OA大鼠软骨组织中差异表达的基因共226条。荣筋拈痛方潜在作用靶点与软骨组织差异基因相同的指标有34个,其中选择CXCR4进行验证。动物实验中HE染色及Western Blot检测显示,模型组软骨组织损伤且CXCR4蛋白表达升高(P<0.05),荣筋拈痛方组软骨组织损伤减轻且CXCR4蛋白表达降低(P<0.01)。结论:荣筋拈痛方能延缓OA软骨组织退变,作用机制与调节CXCR4表达有关。

关键词：荣筋拈痛方生物信息学 batman-tcm R语言骨关节炎

基于对枸杞、姜黄、甘草的生物信息学分析探究GRIN3A在前列腺癌中的治疗意义

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实用药物与临床 2020年第1期23卷 14-20页

作者：王庆哲张恩崇宋永胜盘锦市人民医院泌尿外科辽宁盘锦124000 中国医科大学附属盛京医院泌尿外科辽宁沈阳110004

目的综合分析枸杞、姜黄、甘草在前列腺癌中的治疗作用,发掘新的靶向治疗基因。方法batman-tcm数据库预测3类药材靶向蛋白基因,使用TCGA数据库筛选出差异表达基因。在Cytoscape中选择候选核心基因,通过生存分析确定最终核心基因。对核... 详细信息

目的综合分析枸杞、姜黄、甘草在前列腺癌中的治疗作用,发掘新的靶向治疗基因。方法batman-tcm数据库预测3类药材靶向蛋白基因,使用TCGA数据库筛选出差异表达基因。在Cytoscape中选择候选核心基因,通过生存分析确定最终核心基因。对核心基因进行单基因GSEA分析以及COX回归分析。结果3类药材共同靶向基因180个,其中在TCGA数据库前列腺肿瘤组织与正常组织间差异表达的基因有11个。Cytoscape中筛选出候选差异基因PTGS2、GRIN3A、CACNA1D。生存分析显示,仅GRIN3A与患者不良预后相关。单基因GSEA提示,GRIN3A相关的生物学活动对前列腺癌的发生发展具有促进作用。单因素及多因素COX回归提示,GRIN3A为疾病的独立预后因素。结论GRIN3A在枸杞、姜黄、甘草对前列腺癌的治疗机制中发挥重要作用,该基因具有成为前列腺癌靶向治疗位点的潜能。

关键词： GRIN3A基因前列腺癌中药 TCGA batman-tcm

通过网络药理学探究四君子汤在前列腺癌治疗中的机制

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实用药物与临床 2020年第4期23卷 299-304页

作者：王庆哲张恩崇鞠培新宋永胜盘锦市人民医院泌尿外科辽宁盘锦124000 中国医科大学附属盛京医院泌尿外科辽宁沈阳110004

目的探索四君子汤在前列腺癌治疗中的机制。方法 batman-tcm数据库预测四君子汤成分及靶蛋白基因,使用TCGA数据库筛选出差异表达基因。构建PPI网络筛出候选关键基因,GEPIA数据库验证表达量,确定关键基因。生存分析和tdROC曲线验证关键... 详细信息

目的探索四君子汤在前列腺癌治疗中的机制。方法 batman-tcm数据库预测四君子汤成分及靶蛋白基因,使用TCGA数据库筛选出差异表达基因。构建PPI网络筛出候选关键基因,GEPIA数据库验证表达量,确定关键基因。生存分析和tdROC曲线验证关键基因对前列腺癌的意义。结果四君子汤靶蛋白基因共1 622个,其中在TCGA数据库前列腺癌组织与正常组织间差异表达的基因有69个。PPI网络中候选关键基因为UGT1A1、ALB、PTGS2、CYP19A1和ADCY8。经GEPIA数据库表达量验证,PTGS2为关键基因。生存分析提示该基因表达量增高可改善预后。tdROC曲线表明PTGS2对预后具有良好的预测作用。结论四君子汤可通过靶向PTGS2基因加强表达,从而逆转前列腺癌的发生发展。

关键词： PTGS2基因前列腺癌中药 TCGA batman-tcm