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新疆细毛羊2倍基因组bac文库PCR筛选系统的构建与使用

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分子细胞生物学报 2006年第6期39卷 489-494页

作者：李谨杨公社陈创夫刘海波马润林王金富石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100 中国科学院遗传与发育研究所北京100101

本研究所构建的bac文库覆盖了8倍新疆细毛羊的基因组，平均插入片段的大小为133kb．同时文库92．5％的克隆插入片段大于100kb，而且有部分克隆甚至大于300kb，假定绵羊的基因组含有3×10^6kb，根据文库的平均插入片段大小为133kb，从文... 详细信息

本研究所构建的bac文库覆盖了8倍新疆细毛羊的基因组，平均插入片段的大小为133kb．同时文库92．5％的克隆插入片段大于100kb，而且有部分克隆甚至大于300kb，假定绵羊的基因组含有3×10^6kb，根据文库的平均插入片段大小为133kb，从文库筛选到目的片段的概率为98．208％。为了验证文库有较好的覆盖率．构建了2倍基因组文库PCR筛选系统，并对位于新疆细毛羊20号染色体MHC基因邻近区段的DMB_EX2、MCMA36、CP73和BM12584个分子标记进行了筛选．得到的平均阳性克隆数为1．5个，从筛选结果来看，这与文库插入片段估计的8倍基因组覆盖率相当接近并且没有偏向，这使得本文库成为研究绵羊的功能基因、位置克隆和完善基因组物理图谱的极为有用的资源。

关键词：新疆细毛羊基因组 bac文库插入片段 PCR筛选系统

PCR筛选bac文库和直接bac末端测序方法的建立(英文)

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Acta Genetica Sinica 2004年第11期31卷 1262-1267页

作者：何聪芬小松田隆夫北京工商大学北京市植物资源研究开发重点实验室北京100037 日本农业生物资源研究所遗传多样性实验室日本筑波305-8602

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦bacDNA文库和直接对bacDNA进行末端测序的方法。用PCR技术进行大麦bacDNA文库 (含 816个平板 ,每个平板含 384个克隆 )的筛选分 4步进行。在实验中 ,建立了两个水平的bacDNA池 (一级池和... 详细信息

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦bacDNA文库和直接对bacDNA进行末端测序的方法。用PCR技术进行大麦bacDNA文库 (含 816个平板 ,每个平板含 384个克隆 )的筛选分 4步进行。在实验中 ,建立了两个水平的bacDNA池 (一级池和二级池 )。一个二级池由一个平板 (含有 384个克隆 )的DNA组成 ,一个一级池由连续 10个稀释 10 0倍的二级池的DNA混合而成 (如 1～ 10 ,11～ 2 0等 ) ,共 82个一级池。bacDNA文库筛选的第一步是对 82个一级池的筛选。得到阳性一级池后 (如 2号一级池 ) ,对其所含的 10个二级池 (从 11～ 2 0 )进行第二步筛选。得到阳性二级池后 ,培养相应的阳性平板的所有克隆 (384个 ) ,从头开始 (左上侧 ) ,每相邻的 4个克隆为一组 ,在 96孔板上 (4X 96 =384 )进行第三轮PCR反应 ;之后对筛选结果为阳性的 4个克隆分别进行菌落PCR(第四轮 )得到单一阳性克隆。根据bacDNAHindIII酶切指纹图谱 ,对同一引物筛选的bacs进行重叠群作图 (Contig)。对代表contig的两端的bacDNA直接进行末端测序并对测序结果Blast,以检测其在大麦中是否属于单拷贝序列。根据测序和Blast结果设计引物 ,用中国春附加系 (附加大麦染色体 )对来自bac克隆的引物进行染色体定位并用分离群体进行遗传学作图 ,以确定是否?

关键词： bac文库 PCR法筛选指纹图谱重叠群

奶牛瘤胃微生物bac文库中ACCase基因的筛选与生物信息学分析

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中国农业科学 2011年第5期44卷 1015-1021页

作者：赵圣国王加启卜登攀刘开朗朱雅新周凌云中国农业科学院北京畜牧兽医研究所/动物营养学国家重点实验室中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室

【目的】从奶牛瘤胃微生物bac文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物bac文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统... 详细信息

【目的】从奶牛瘤胃微生物bac文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物bac文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相似度,编码蛋白分子量为17.89 kD,等电点为5.27,在距离Acc-32上游的33 kb区域,发现一段能编码ACCase连接酶的基因。Acc-32的结合位点氨基酸残基为GQVICVIEAMKVFNELKA,系统发育分析表明Acc-32属于ε-变形菌纲。【结论】得到了含有ACCase基因的序列片段,并且ACCase基因具有新的结构特征。

关键词：瘤胃微生物 bac文库乙酰CoA羧化酶基因注释生物信息学

琯溪蜜柚bac文库的构建和汁胞粒化相关基因的筛选

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中国农业科学 2010年第18期43卷 3791-3797页

作者：潘腾飞潘东明姜翠翠陈桂信郭志雄福建农林大学园艺产品贮运保鲜研究所福建农林大学园艺学院

【目的】构建琯溪蜜柚bac文库,利用该文库筛选与汁胞粒化相关的基因。【方法】用温和的物理方法获得高分子量DNA,部分酶切后进行回收、连接、转化,超低温保存阳性克隆。构建DNA样品混合样,PCR法筛选文库,生物信息学分析DNA序列。【结果... 详细信息

【目的】构建琯溪蜜柚bac文库,利用该文库筛选与汁胞粒化相关的基因。【方法】用温和的物理方法获得高分子量DNA,部分酶切后进行回收、连接、转化,超低温保存阳性克隆。构建DNA样品混合样,PCR法筛选文库,生物信息学分析DNA序列。【结果】改进了适合琯溪蜜柚bac文库构建的方法;构建的琯溪蜜柚bac文库含有26112个单克隆,空载率小于1%,叶绿体DNA的污染率不超过1%,插入片段平均大小大约120kb,覆盖8倍的琯溪蜜柚基因组。利用与琯溪蜜柚汁胞粒化相关的EST序列设计PCR引物筛选文库,得到一段大小为1088 bp的DNA序列,该序列含有两段大小分别为122bp和172bp的内含子,经同源比对发现,该序列中部分序列与蓖麻(Ricinus communis)、杨树(Populus trichocarpa)多铜氧化酶(multicopper oxidase)cDNA序列分别有85%和71%的同源性;与毛叶番荔枝(Annona cherimola)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)果胶酯酶(pectinesterase)cDNA序列分别有76%和73%的同源性。【结论】本研究构建的bac文库适用于琯溪蜜柚功能基因组的研究,从bac文库筛选获得的DNA序列与汁胞粒化相关的基因有高度同源性。

关键词：琯溪蜜柚 bac文库粒化文库筛选

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新疆军垦型细毛羊基因组bac文库的构建

中国生物化学与分子生物学报 2006年第11期22卷 880-885页

选用新疆特有的军垦型细毛羊为材料,构建了含有190464个克隆的全基因组bac文库.文库的平均插入片段大小为133kb,同时文库92.5%克隆插入片段大于100kb,而且有部分克隆甚至大于300kb,这将满足大多数基因筛选的要求.假定绵羊的基因组含有3... 详细信息

选用新疆特有的军垦型细毛羊为材料,构建了含有190464个克隆的全基因组bac文库.文库的平均插入片段大小为133kb,同时文库92.5%克隆插入片段大于100kb,而且有部分克隆甚至大于300kb,这将满足大多数基因筛选的要求.假定绵羊的基因组含有3×106kb,根据文库的平均插入片段大小为133kb,计算的文库基因组覆盖率为8倍.因此,从文库筛选到目的片段的概率为98.208%.该文库中插入的外源片段来自新疆军垦型细毛羊的基因组,这对于研究新疆军垦型细毛羊的特殊性状的基因与其它绵羊品种和物种之间的差异,以及构建其全基因组物理图谱和基因图谱的完善是非常有利的.

关键词：新疆军垦型细毛羊基因组 bac文库插入片段覆盖率

芥菜型油菜品种四川黄籽的bac文库构建与分析

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华中农业大学学报 2019年第5期38卷 43-49页

作者：罗松予罗美中刘忠松湖南农业大学油料作物研究所长沙410128 华中农业大学生命科学技术学院武汉430070

为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量bac文库。该文库由82944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基... 详细信息

为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量bac文库。该文库由82944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基因组1000Mb计算,文库覆盖度约为油菜基因组的11.6倍。bac末端序列比对分析结果显示,克隆被均匀比对到芥菜型油菜的18条染色体上,并且无任何叶绿体、线粒体和细菌基因组DNA污染。

关键词：芥菜型油菜黄籽大片段DNA制备 bac文库质粒酶切

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栉孔扇贝bac文库的构建及质量评价

中国海洋大学学报（自然科学版） 2013年第11期43卷 57-63页

作者：赵柏淞程洁陈亮于娜黄晓婷包振民中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003

本研究构建了栉孔扇贝3个bac文库，分别为BamHI文库，HindⅢ文库和Sau3AI，其中BamHI文库包含34560个克隆，平均插入片段为98kb，未发现空载；HindⅢ文库包含132480个克隆，平均插入片段为106kb，空载率为1．67％；Sau3AI文库包含23040... 详细信息

本研究构建了栉孔扇贝3个bac文库，分别为BamHI文库，HindⅢ文库和Sau3AI，其中BamHI文库包含34560个克隆，平均插入片段为98kb，未发现空载；HindⅢ文库包含132480个克隆，平均插入片段为106kb，空载率为1．67％；Sau3AI文库包含23040个克隆，平均插入片段为53kb，空载率为3．33％。3个文库总共由190080个克隆组成，平均插入片段为98kb，覆盖栉孔扇贝基因组的15．4倍。通过对随机挑选bac克隆100代的继代培养，未发现插入片段的丢失或重排现象，说明所构建的bac文库是稳定的。将所有克隆进行超级池及二级池的构建，筛选了3个基因及遗传图谱上的7个微卫星标记，阳性克隆数在6～18之间，表明这3个文库可以在目的基因或标记的筛选、物理图谱的构建及大规模基因组的测序中发挥重要作用。

关键词：栉孔扇贝 bac文库基因组

云南紫稻细胞质雄性不育系和保持系线粒体基因组bac文库的构建

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武汉大学学报（理学版） 2008年第4期54卷 479-484页

作者：严志祥余金洪丁毅武汉大学生命科学学院/植物发育生物学教育部重点实验室湖北武汉430072

以云南紫稻细胞质无花粉型水稻樱香不育系和保持系为材料，构建了不育系和保持系的线粒体基因组bac文库．每个文库均保存2304个菌落，外源插入片段介于10～20kb之间．将两个文库的2304个克隆分别集中于96孔板中，根据已发表的水稻线粒... 详细信息

以云南紫稻细胞质无花粉型水稻樱香不育系和保持系为材料，构建了不育系和保持系的线粒体基因组bac文库．每个文库均保存2304个菌落，外源插入片段介于10～20kb之间．将两个文库的2304个克隆分别集中于96孔板中，根据已发表的水稻线粒体序列对atp6、atp9、cob、cox2等4个基因设计特定引物，对96孔板中的菌落进行了PCR鉴定，均能筛选得到阳性克隆，通过对96孔板中阳性克隆的位置进行推导，可以得到文库中含有相应基因克隆的大致位置及数目．PCR筛选结果显示两个文库均包含用于检测的目的线粒体基因，说明文库典型性良好，并且PCR法用于文库基因筛选具有快速简便的优点．

关键词：细胞质雄性不育线粒体 bac文库 PCR筛选

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新疆野生油菜bac文库的构建

中国油料作物学报 2010年第1期32卷 14-19页

作者：薄存沛闫晓红徐有明胡琼伍晓明魏文辉华中农业大学园艺林学学院湖北武汉430070 中国农业科学院油料作物研究所基因组学与分子生物学研究室农业部油料作物生物学重点开放实验室湖北武汉430062

本实验以新疆野生油菜18号的基因组DNA为材料构建了其bac(bacterial artificial chromosome)文库。该文库共有14592个克隆,插入片段在50-300kb之间,平均插入片段105kb,空载率低于5%,覆盖了新疆野生油菜基因组约4.0倍。新疆野生油菜基因... 详细信息

本实验以新疆野生油菜18号的基因组DNA为材料构建了其bac(bacterial artificial chromosome)文库。该文库共有14592个克隆,插入片段在50-300kb之间,平均插入片段105kb,空载率低于5%,覆盖了新疆野生油菜基因组约4.0倍。新疆野生油菜基因组bac文库的构建,为进一步研究其基因组结构及功能基因的利用等奠定了基础。

关键词：新疆野生油菜 bac文库基因组功能基因