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Transcriptome and Regulatory Network Analyses of CD19-CAR-T Immunotherapy for b-all

Genomics, Proteomics & bioinformatics 2019年第2期17卷 190-200页

作者： Qiong Zhang Hui Hu Si-Yi Chen Chun-Jie Liu Fei-Fei Hu Jianming Yu Yaohui Wu An-Yuan Guo Hubei bioinformatics and Molecular Imaging Key Laboratory Department of Bioinformatics and Systems Biology Key Laboratory of Molecular Biophysics of the Ministry of Education College of Life Science and Technology Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430074 China Institute of Hematology Union Hospital Tongji Medical College Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430022 China

Chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy has exhibited dramatic anti-tumor effi-cacy in clinical trials. In this study,we reported the transcriptome profiles of bone marrow cells in four b cell acute lymphoblastic leukemia (b-all) patients before and after CD19-specific CAR-T therapy. CD19-CAR-T therapy remarkably reduced the number of leukemia cells,and three patients achieved bone marrow remission (minimal residual disease negative). The efficacy of CD19-CAR-T therapy on b-all was positively correlated with the abundance of CAR and immune cell subpopulations,e.g.,CD8+T cells and natural killer (NK) cells,in the bone marrow. Additionally,CD19-CAR-T therapy mainly influenced the expression of genes linked to cell cycle and immune response pathways,including the NK cell mediated cytotoxicity and NOD-like recep-tor signaling pathways. The regulatory network analyses revealed that microRNAs (e.g.,miR-148a-3p and miR-375),acting as oncogenes or tumor suppressors,could regulate the crosstalk between the genes encoding transcription factors (TFs,e.g.,JUN and FOS) and histones (e.g.,HIST1H4A and HIST2H4A) involved in CD19-CAR-T therapy. Furthermore,many long non-coding RNAs showed a high degree of co-expression with TFs or histones (e.g.,FOS and HIST1H4b) and were associated with immune processes. These transcriptome analyses provided important clues for fur-ther understanding the gene expression and related mechanisms underlying the efficacy of CAR-T immunotherapy.

关键词： CAR-T b-all Transcriptome profile lncRNA Regulatory network

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b-all患儿VDLP化疗缓解后髓源抑制性细胞的水平变化及其与免疫系统的关系

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中国实验血液学杂志 2017年第6期25卷 1611-1614页

作者：郭雪梅方拥军吕成兰王永韧孙晓燕南京医科大学附属儿童医院血液肿瘤科江苏南京210008 南京大学附属鼓楼医院血液科江苏南京210008

目的:观察并研究外周血髓系来源的抑制性细胞在b系急性淋巴细胞白血病(b-all)患儿经长春地辛、柔红霉素、培门冬酶和强的松(Vindesine、Daunorubicin、Pegaspargase、Prednisone,VDLP)方案化疗缓解后的变化并分析其与免疫系统的可能关... 详细信息

目的:观察并研究外周血髓系来源的抑制性细胞在b系急性淋巴细胞白血病(b-all)患儿经长春地辛、柔红霉素、培门冬酶和强的松(Vindesine、Daunorubicin、Pegaspargase、Prednisone,VDLP)方案化疗缓解后的变化并分析其与免疫系统的可能关系。方法:选取我院2015年8月至2016年8月期间收治的30例经VDLP方案化疗后缓解的b-all患儿为b-all组,选取30例正常健康儿童为对照组,分别抽取2组的外周血,采用流式细胞术检测并计算其外周血CD33^+细胞和CD33^+HLA-DR^-、CD14^+CD33^+HLA-DR^-、CD15^+CD33^+HLA-DR^-骨髓源抑制性细胞的比例,分析其在b-all患儿经VDLP方案化疗缓解后的变化及其与免疫系统的关系。结果:治疗后b-all组和对照组外周血CD33^+细胞比例无明显差异(P>0.05);治疗后b-all组外周血患儿CD33^+细胞比例显著高于治疗前(Pb-all组患儿外周血CD33^+HLA-DR^-、CD14^+CD33^+HLA-DR^-、CD15^+CD33^+HLA-DR^-髓系来源抑制性细胞比例均显著低于对照组健康儿童(P=0.02,P=0.02,P=0.04)。治疗后b-all组患儿外周血CD33^+HLA-DR^-、CD14^+CD33^+HLA-DR^-、CD15^+CD33^+HLA-DR^-骨髓源抑制性细胞比例均高于治疗前,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论:外周血骨髓源的抑制性细胞在b-all患儿行VDLP方案化疗后完全缓解期比例高于治疗前,显著低于正常值,这可能与化疗后患儿免疫系统还未完全恢复有关。

关键词：外周血髓系抑制性细胞 b-all VDLP方案免疫系统

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成人b-all患者基因突变及对临床预后影响的分析

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中国实验血液学杂志 2020年第6期28卷 1867-1872页

作者：邓梅左文丽张春蕾魏旭东李小雨郑州大学附属肿瘤医院河南省肿瘤医院血液内科河南郑州450000 郑州市中心医院血液内科河南郑州450000

目的:探讨成人急性b淋巴细胞白血病(b-all)患者基因突变体征及对临床预后的影响。方法:回顾性分析本院2011年8月-2018年2月收治的226例成人b-all患者的临床资料,检测基因突变发生情况,分析突变基因对临床预后的影响,同时采用Cox回归模... 详细信息

目的:探讨成人急性b淋巴细胞白血病(b-all)患者基因突变体征及对临床预后的影响。方法:回顾性分析本院2011年8月-2018年2月收治的226例成人b-all患者的临床资料,检测基因突变发生情况,分析突变基因对临床预后的影响,同时采用Cox回归模型评价预后独立影响因素。结果:226例患者中发生基因突变208例,占总数92.04%;中位突变数量为2(0-8)种,其中存在14种及以上基因突变54例,占总数23.89%;突变发生率前5位分别为SF1、FAT1、MPL、PTPNII和N-RAS。226例患者中位OS时间为27.0(5.5-84.0)个月,中位RFS时间为22.5(0-81.0)个月。Ph-b-all患者中合并JAK1和JAK2突变患者OS和RFS时间均显著短于未合并者(Pb-all患者中合并JAK-STAT信号通路活性增高患者OS和RFS时间均显著短于未合并者(Pb-all患者中合并表观遗传学相关基因突变患者OS和RFS时间均显著短于未合并者(PbC水平是成人b-all患者总生存时间和无复发生存时间的独立影响因素(PbC水平是成人Ph-b-all患者总生存时间和无复发生存时间的独立影响因素(Pb-all中患者基因突变发生较为普遍,其中合并JAK和表观遗传学相关基因突变患者的临床预后更差;同时WbC水平与该类患者临床预后密切相关。

关键词：成人 b-all 基因突变临床预后

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CD19CAR-T细胞治疗难治复发性急性b-all的研究进展

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中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生 2023年第10期 219-222页

作者：董文铮王小超右江民族医学院广西百色533000

近年来,难治性和复发性急性白血病生存率低、预后差,其治疗成为国内外一大难题,随着免疫治疗的问世,多项临床研究结果显示嵌合抗原受体T细胞免疫疗法(CAR-T)在复发难治性急性b淋巴细胞白血病(b-all)的效果显著,CAR-T细胞治疗被认为是最... 详细信息

近年来,难治性和复发性急性白血病生存率低、预后差,其治疗成为国内外一大难题,随着免疫治疗的问世,多项临床研究结果显示嵌合抗原受体T细胞免疫疗法(CAR-T)在复发难治性急性b淋巴细胞白血病(b-all)的效果显著,CAR-T细胞治疗被认为是最具有潜力的新型免疫疗法,然而,也出现一系列并发症,严重限制了CD19CAR-T细胞的临床应用。本文综述了近年来CD19 CAR-T细胞治疗b-all的临床研究进展、一系列并发症及改进策略。

关键词： CD19CAR-T细胞 b-all 复发性急性

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CD-_(10)的b-all和NHL以及CLL免疫表型检测结果分析

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上海医学 2000年第6期23卷 354-356页

作者：王也飞倪麟陈松立胡翊群上海第二医科大学瑞金临床医学院医学检验系 200025

目的　比较急性b淋巴细胞性白血病 (b all) ,非霍奇金淋巴瘤 (NHL)和慢性淋巴细胞性白血病(CLL)免疫表型表达的区别。方法　采用AbC AP法结合多种b淋巴细胞相关单克隆抗体 ,对 78例初发b all(均为CD-10 的病例 )、2 1例初发NHL和 2 5例... 详细信息

目的　比较急性b淋巴细胞性白血病 (b all) ,非霍奇金淋巴瘤 (NHL)和慢性淋巴细胞性白血病(CLL)免疫表型表达的区别。方法　采用AbC AP法结合多种b淋巴细胞相关单克隆抗体 ,对 78例初发b all(均为CD-10 的病例 )、2 1例初发NHL和 2 5例初发CLL患者进行免疫表型检测。结果　CD-10 的b all患者的白血病细胞以CD19和HLA DR呈高阳性率表达 ;NHL患者的肿瘤细胞以CD2 0 和HLA DR呈高阳性率表达 ;CLL患者的白血病细胞除CD+ 19、CD+ 2 0 、CD+ 2 2 和HLA DR+ 等b淋巴细胞相关抗体表达外 ,主要还对CD5有很高的阳性率表达。结论　利用细胞免疫表型检测 ,对于临床上症状相似而仅以细胞形态学检查无法明确诊断的急性淋巴细胞性白血病、恶性淋巴瘤或慢性淋巴细胞性白血病 ,可能起到区别细胞类型。

关键词： b-all 血白病免疫表型 NHL 淋巴瘤 CLL白血病

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CD19 CAR-T细胞治疗复发/难治性b-all后细胞因子水平变化及其临床意义

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中国免疫学杂志 2019年第19期35卷 2385-2390页

作者：张秋叶王极宇张家奎王会平陶千山翟志敏安徽医科大学第二附属医院血液科

目的:探索CD19 CAR-T细胞治疗复发/难治性b-all后细胞因子水平的变化及其临床意义。方法:选取2015年8月至2018年2月我院血液科接受CD19 CAR-T细胞治疗的复发/难治性b-all患者23例,应用CbA技术和免疫比浊法检测输注前后血清中IL-6、IFN-... 详细信息

目的:探索CD19 CAR-T细胞治疗复发/难治性b-all后细胞因子水平的变化及其临床意义。方法:选取2015年8月至2018年2月我院血液科接受CD19 CAR-T细胞治疗的复发/难治性b-all患者23例,应用CbA技术和免疫比浊法检测输注前后血清中IL-6、IFN-γ、IL-10、TNF-α和CRP水平。然后根据CTCAE v4.0将发生CRS的患者分为轻度CRS组(1~2级)和重度CRS组(3~5级),比较两组细胞因子水平的差异及治疗反应。结果:①CD19 CAR-T细胞输注前后患者血清中IL-6(2.00~28.50 vs 34.50~112.00)、IFN-γ(2.13~3.12 vs 4.35~10.07)、IL-10(1.00~1.80 vs 4.01~39.92)、TNF-α(2.91~4.60 vs 4.99~40.18)差异均具有统计学意义(P=0.000,0.000,0.001,0.002);②轻度CRS组和重度CRS患者相比,血清中IL-6(28.75~61.25 vs 91.00~1 074.00)、IFN-γ(3.93~7.28 vs 12.53~15.30)、IL-10(3.13~7.47 vs 39.92~84.97)、TNF-α(4.60~15.77 vs 40.18~62.51)和CRP(4.95~46.86 vs 37.81~120.17)差异均具有统计学意义(P=0.004、0.004、0.003、0.000、0.045);③CD19 CAR-T治疗后完全缓解(包括血象未完全恢复患者)组与未缓解组间上述细胞因子与CRP水平均差异无统计学意义;④IL-6显著升高的重度CRS患者,应用IL-6受体拮抗剂治疗后均好转。结论:IL-6、IFN-γ、IL-10、TNF-α细胞因子的水平可作为判断CRS严重程度的实验室参考指标,并可指导临床靶向选择细胞因子拮抗剂,但对CD19 CAR-T疗效预测价值有待进一步验证。

关键词：细胞因子释放综合征细胞因子嵌合抗原受体T细胞复发/难治 b-all CD19

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正常幼儿与b-all患儿b细胞表面抗原检测比较

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上海医学 1998年第5期21卷 48-49页

作者：倪麟曹晔戴薇薇余文红王鸿利上海第二医科大学瑞金医院临床医学院检验系

近年来，随着单克隆抗体（ＭｃＡｂ）免疫标记技术在急性白血病诊断中的运用，不但能提高诊断的准确性，而且能指导临床治疗及判断预后。本文作者用亲和素－生物素－碱性磷酸酶（ＡＢＣ－ＡＰ）酶标法和ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、... 详细信息

近年来，随着单克隆抗体（ＭｃＡｂ）免疫标记技术在急性白血病诊断中的运用，不但能提高诊断的准确性，而且能指导临床治疗及判断预后。本文作者用亲和素－生物素－碱性磷酸酶（ＡＢＣ－ＡＰ）酶标法和ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２及ＨＬＡ－ＤＲ等单抗，对５...

关键词：细胞表面正常幼儿患儿 b-all 抗原检测

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5-Aza-CdR对b-all细胞系NALM-6的作用及其对miRNA影响的研究

5-Aza-CdR对B-ALL细胞系NALM-6的作用及其对miRNA影响的研究

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作者：石懿玉山西医科大学

学位级别：硕士

背景 b系急性淋巴细胞白血病（all）是儿童最常见的恶性肿瘤，近年来儿童all的长期无事件生存率已达到70%-80%，但确切的分子机制仍不清楚。许多研究表明，人类DNA异常甲基化和miRNA异常表达是肿瘤发生的一个共同特征。抑癌基因启动子... 详细信息

背景 b系急性淋巴细胞白血病（all）是儿童最常见的恶性肿瘤，近年来儿童all的长期无事件生存率已达到70%-80%，但确切的分子机制仍不清楚。许多研究表明，人类DNA异常甲基化和miRNA异常表达是肿瘤发生的一个共同特征。抑癌基因启动子区过度甲基化导致了其表达水平降低或沉默，诱导细胞发生癌变。miRNA可降解靶基因mRNA或抑制其翻译，广泛地抑制靶基因的表达和抑制靶蛋白的翻译，从而参与调控细胞凋亡、增殖及分化等生命活动。5-氮杂-2’-脱氧胞苷（5-Aza-CdR）是DNA甲基转移酶的抑制剂，本研究利用5-Aza-CdR处理b-all细胞系NALM-6，以降低细胞整体DNA甲基化水平，在此基础上探讨miRNA的改变。以期为b-all发生过程中DNA甲基化与miRNA的相关性提供理论基础，为后续治疗提供新的思路。研究目的 1、探索5-Aza-CdR对NALM-6细胞增殖、细胞凋亡的影响，以及对细胞中Dnmts表达水平的影响。 2、筛查NALM-6细胞去甲基化作用下表达量发生改变的miRNA;3、预测发生改变的miRNA靶基因。研究方法 1、MTT法检测不同浓度5-Aza-CdR作用不同时间对NALM-6细胞增殖的作用。流式细胞术检测不同浓度5-Aza-CdR对细胞凋亡的影响。采用荧光定量RT-PCR检测5-Aza-CdR处理后细胞Dnmts基因mRNA表达水平变化。 2、采用miScript miRNA PCR Array芯片检测去甲基化后细胞中表达量发生改变的miRNA。 3、通过PicTar、TargetScan、MiRDb和miRTarbase4种软件预测发生改变的miRNA靶基因。结果 1、NALM-6细胞经不同浓度5-Aza-CdR处理不同时间后，细胞生长受抑，并出现早期凋亡，当浓度加大时，早期凋亡减少，晚期凋亡或死亡数增加。 2、5-Aza-CdR作用浓度与Dnmts基因mRNA表达水平呈反比。 3、miScript miRNA PCR Array筛出3个miRNA（miR-184，miR-23a-3p，miR-34a-5p）与DNA甲基化相关。 4、软件预测得到9个上述miRNA的靶基因。结论 1、5-Aza-CdR能够抑制b-all细胞NALM-6的增殖，促进该细胞早期凋亡。 2、5-Aza-CdR通过下调Dnmts基因表达发挥去甲基化作用。 3、miR-184，miR-23a-3p和miR-34a-5p在b-all的发生发展中与DNA甲基化相关。 4、CXCL12，POU4F2，IL6R，PDGFRA，MAP2K1，FOXP1，NUS1，SF1，EPb41L5这9个基因可能通过甲基化的作用方式与b-all相关。

关键词： DNA甲基化 miRNA b-all 5-Aza-CdR

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作者：蒲莲芳安徽医科大学

学位级别：硕士

背景Micro RNAs(mi RNAs)是长度为20-22个核苷酸的单链非编码小分子RNA,在真核生物细胞中广泛表达,通过与靶基因m RNA结合诱导其降解或阻遏翻译过程以调控靶基因表达。mi RNA在细胞生长发育过程起着重要的作用,参与细胞的增殖、分化、... 详细信息

背景Micro RNAs(mi RNAs)是长度为20-22个核苷酸的单链非编码小分子RNA,在真核生物细胞中广泛表达,通过与靶基因m RNA结合诱导其降解或阻遏翻译过程以调控靶基因表达。mi RNA在细胞生长发育过程起着重要的作用,参与细胞的增殖、分化、凋亡等过程。mi RNA还可以通过不同的调节途径参与肿瘤的形成,其异常表达与人类肿瘤的发生、发展密切相关。近年来研究也表明,mi RNA不仅在调节造血干/祖细胞增殖、分化及凋亡过程中起着重要作用,还参与了白血病的发生与发展。急性淋巴细胞白血病(Acute lymphoblastic leukemia,all)是起源于淋巴细胞系(前体b、T或成熟b淋巴细胞)的恶性克隆性疾病,是血液系统常见的恶性肿瘤之一。儿童急性白血病中all约占80%,高发年龄段是2-5岁,成人急性白血病中all约占20%,高发年龄段是50岁以后,85%的儿童all与75%的成人all是b-all。随着治疗方案的不断改善,b-all的缓解率大大提高,儿童患者多数可以达到完全缓解。bCR/AbL融合基因是由9号染色体上的原癌基因AbL,易位至22号染色体的bCR区,形成t(9;22)(q34;q11),即bCR/AbL融合基因。它是b-all染色体异常的一种类型,称为bCR/AbL融合基因阳性的b-all。尽管随着新技术和新药物等诊断和治疗方法应用于临床,使得b-all的早期诊断和预后有了很大提高,但bCR/AbL融合基因阳性的b-all患者完全缓解困难或完全缓解后易复发,该类患者预后差,死亡率高的情况仍未改善,3-5年的无病生存期(disease-free survival,DFS)bCR/AbL融合基因阳性b-all致病机制进行进一步深入研究,对其诊疗、预后判断,甚至对靶向治疗药物的设计均有重要意义。虽然已有文献报道参与bCR/AbL融合基因阳性的b-all的发生发展的重要基因和通路,但大多数集中于编码基因编码蛋白质的分子网络研究,对于非编码基因mi RNAs参与该类b-all的作用研究鲜见。目的通过高通量深度测序及荧光定量PCR技术分析和发现bCR/AbL阳性b-all相关或特异mi RNAs,初步明确其对该类高危急性白血病的作用性质;生物信息学分析和寻找这些mi RNAs关系密切的靶基因,为bCR/AbL阳性b-all发生发展的致病机制研究,以及诊断、治疗、预后分析提供理论基础和新的思路。方法共收集139例住院患者的骨髓标本,其中初诊b-all患者68例为实验组;初诊CML患者7例,初诊APL患者11例为疾病对照组;正常对照组患者53例。通过多重巢式PCR结合细胞学、免疫学及细胞遗传学技术确诊bCR/AbL阳性或阴性b-all及其他白血病;流式细胞分选bCR/AbL阳性及阴性b-all白血病细胞;提取总RNA,行mi RNAs深度基因测序,筛选差异表达mi RNAs;荧光定量PCR进行大临床样本的进一步验证和发现bCR/AbL阳性b-all相关mi RNAs;选取部分bCR/AbL阳性b-all相关mi RNAs,电转染其模拟物至bCR/AbL阳性及阴性b-all白血病细胞株,CCK-8检测这些相关mi RNAs对bCR/AbL阳性b-all白血病细胞生长的影响,明确其初步的生物学功能;生物信息学分析和寻找这些相关mi RNAs的靶基因,分析和探讨其与bCR/AbL融合基因及其他基因的调控作用和结合位点。结果***/AbL阳性b-all中存在差异性表达的mi RNAs,这些mi RNAs在正常对照组及正常核型b-all中的表达水平亦存在差异。***/AbL阳性b-all中差异性表达的mi RNAs在不同类型的白血病中的表达水平也存在差异。*** R-183、4485、5008、5582等相关mi RNAs在bCR/AbL阳性及阴性b-all细胞株中也存在差异性表达。*** R-183,4485、5008、5582等bCR/AbL阳性b-all相关mi RNAs在bCR/AbL阳性b-all细胞株中的过表达可抑制bCR/AbL阳性b-all细胞增殖。***/AbL阳性b-all相关mi RNAs在bCR、AbL及bCR/AbL融合基因中可能存在直接作用靶点,从而直接或间接参与bCR/AbL阳性b-all的发生发展。结论bCR/AbL阳性b-all存在低水平表达的mi R-183、4485、5008、5582等mi RNAs,这些bCR/AbL阳性b-all相关的mi RNAs可负性调控bCR/AbL阳性b-all细胞的生长,进而可能参与该类b-all的发生、发展过程;此外,这些mi RNAs在bCR、AbL特别是bCR/AbL融合基因中可能存在直接作用靶点,从而

关键词：急性白血病 b-all bCR/AbL融合基因微小RNA 作用机制

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基因扫描分析b-all的IgH基因克隆性及临床意义

基因扫描分析B-ALL的IgH基因克隆性及临床意义

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作者：赵子年大理学院

学位级别：硕士

研究目的：利用基因扫描技术分析初诊及诱导治疗后完全缓解的（CR）b-all的IgH克隆性及探讨检测b-all的IgH克隆性的临床意义。研究方法：选取195例b-all患儿的骨髓标本（初诊的b-all73例，诱导治疗后完全缓解的b-all122例），所有骨髓... 详细信息

研究目的：利用基因扫描技术分析初诊及诱导治疗后完全缓解的（CR）b-all的IgH克隆性及探讨检测b-all的IgH克隆性的临床意义。研究方法：选取195例b-all患儿的骨髓标本（初诊的b-all73例，诱导治疗后完全缓解的b-all122例），所有骨髓均经骨髓形态学和流式细胞术免疫分型确诊，39例感染性疾病、贫血类疾病、健康人骨髓作为对照,提取所有骨髓标本的淋巴细胞的DNA，经RT-PCR方法扩增所有标本的淋巴细胞DNA的IgH，扩增后的PCR产物纯化，纯化后的PCR产物进行基因扫描，获取数据，分析其克隆性。结果：1、73例初发b-all中66例（90.4%）基因扫描后的图像呈一主峰图像，呈单克隆重排，5例（6.9%）基因扫描后图像呈一主峰和少数小峰图像，呈寡克隆重排，2例（2.7%）基因扫描后呈多峰图像，提示多克隆重排，经X2检验，Pb-all的危险度、性别、年龄、初诊时白细胞数无明显相关性;5、追踪检测29例初发的b-all IgH基因重排呈单克隆重排，诱导治疗完全缓解后其中7例（24.1%）IgH基因重排仍呈单克隆重排，以上这7例，其中2例最终选择危险度升级化疗，1例复发，较临床复发提前2月，1例IgH重排始终呈单克隆重排的患者化疗效果欠佳，最终放弃治疗。 6、追踪检测5例初发的b-all IgH基因重排呈寡克隆重排，其中2例化疗效果尚可，1例在化疗的第15周出现中枢神经系统的浸润，放弃治疗，2例始终未能完全缓解，其中1例选择骨髓移植，1例放弃治疗。结论：基因扫描可简便、快捷地分析IgH基因重排的克隆性，在检测初发b-all的IgH克隆性时敏感度高、特异性强，简单直观，可选择其中单克隆或寡克隆者作为微小残留白血病(MRD)动态监测的目标，其可作为指导治疗、监测复发和判断预后的有效方法。

关键词： b-all 基因扫描免疫球蛋白重链微小残存病变

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