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大麝鼩韩国种群与俄罗斯远东种群之间的遗传分化:基于线粒体Cyt b基因的分析(英文)

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兽类学报 2014年第4期34卷 381-386页

作者： KOH Hung Sun SHEREMETIEVA Irina JO Jae Eun SIN Dong Soen KIM Jin Seong AN Na Hyeon Department of biology Chungbuk National UniversityCheongju 361-763Korea Institute of biology and Soil Science Russian Academy of SciencesVladivostok 690022Russia

为重新分析韩国大麝鼩种群与相邻的俄罗斯远东种群之间的遗传分化情况,我们获得9条来自韩国4个地点和俄罗斯3个地点的大麝鼩线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列,并将其与来自Gen bank的4条Cyt b全序列和4条Cyt b部分序列进行比较。结果... 详细信息

为重新分析韩国大麝鼩种群与相邻的俄罗斯远东种群之间的遗传分化情况,我们获得9条来自韩国4个地点和俄罗斯3个地点的大麝鼩线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列,并将其与来自Gen bank的4条Cyt b全序列和4条Cyt b部分序列进行比较。结果发现韩国的大麝鼩并非只有一种基因型,因此,在利用Cyt b部分序列进行种群遗传学分析时需格外注意。基于Cyt b全序列分析,发现韩国的大麝鼩与俄罗斯远东地区的大麝鼩之间存在1.08%的平均JC距离和7个位点的差异,推测韩国的大麝鼩与俄罗斯远东地区的大麝鼩在包括末次冰盛期在内的很长时期都没有进行过遗传交流。目前的测序结果不支持当前认为大麝鼩为单系群的亚种分类理论,支持韩国大麝鼩是***亚种的分类理论,但还需进一步对中国东北地区的样品进行测序分析后才能最终确认。

关键词：生物地理学 DNA系统分类学 Cyt b基因大麝鼩韩国俄罗斯远东地区

基于线粒体Cyt b基因的龙头鱼群体遗传结构分析

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水生生物学报 2019年第5期43卷 945-952页

作者：郭易佳杨天燕孟玮韩志强高天翔浙江海洋大学水产学院舟山316022 浙江省海洋水产研究所舟山316021

在我国黄海、东海和南海海岸带上,选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象,通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因序列,共检测到32个变异位点,其中... 详细信息

在我国黄海、东海和南海海岸带上,选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象,通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因序列,共检测到32个变异位点,其中单变异位点27个,简约信息位点1个。164条序列定义了29个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.3026±0.0479和0.000371±0.000379,其中泉州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低。分析比较了不同龙头鱼群体间遗传变异情况,发现群体间平均遗传距离为0.00035,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有发生明显的遗传分化。AMOVA分析结果显示龙头鱼群体遗传差异主要来源于群体内个体间的变异。中性检验的Tajima’s D和Fu’s Fs统计值均为负值且显著偏离中性,核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布,表明龙头鱼历史上经历了群体扩张事件,参考已知海洋鱼类Cyt b基因2%每百万年的进化速率,估算群体扩张发生的时间大约在0.08—0.32百万年前的第四纪更新世中晚期。

关键词：龙头鱼 Cyt b基因遗传多样性遗传分化

4.1b 基因降低乳腺癌细胞系MDA-Mb-231侵袭能力

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中华病理学杂志 2011年第2期40卷 108-109页

作者：安超陈勃孙翠翠杜红禹高志安辽宁医学院病理学教研室第一附属医院病理科锦州121001 中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所细胞生物学系

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,其发生侵袭转移的具体机制仍不清楚.4.1蛋白超家族是一组和红细胞膜蛋白4.1R结构类似的蛋白质.我们将4.1b基因稳定整合到4.1b 缺失的乳腺癌细胞系MDA-Mb-231,探讨其对乳腺癌细胞增殖和侵袭能力的影响.

关键词： MDA-Mb-231 乳腺癌细胞系侵袭能力 b基因红细胞膜蛋白癌细胞增殖恶性肿瘤侵袭转移

PDGF-b基因表达在组织工程化皮肤移植后血管重建中的作用

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中华整形外科杂志 2004年第6期20卷 447-450页

作者：谭谦陈曦梁志为黄培林周宏礽杨定文林子豪江华南京大学医学院附属鼓楼医院整形烧伤科南京210008 东南大学医学院第二军医大学附属长征医院

目的构建含有血小板衍化生长因子b(PDGFb)基因的组织工程化皮肤,进行动物移植实验,研究PDGFb基因表达在真皮血管重建中的作用。方法构建PDGFb真核表达质粒,用脂质体LipofectAMINE介导转染成纤维细胞。分别构建3种不同类型的组织工程化... 详细信息

目的构建含有血小板衍化生长因子b(PDGFb)基因的组织工程化皮肤,进行动物移植实验,研究PDGFb基因表达在真皮血管重建中的作用。方法构建PDGFb真核表达质粒,用脂质体LipofectAMINE介导转染成纤维细胞。分别构建3种不同类型的组织工程化皮肤角质形成细胞+脱细胞猪真皮基质(A组),角质形成细胞+脱细胞猪真皮基质+成纤维细胞(b组),角质形成细胞+脱细胞猪真皮基质+PDGFb基因转染的成纤维细胞(C组),分别移植于大鼠背部创面,观察术后2、4、6周真皮血管重建情况。结果术后2周C组真皮浅层内可见较多新生毛细血管长入,b组次之,A组毛细血管长入较少(Pb、A两组(Pb基因在组织工程化皮肤移植后早期真皮血管重建中发挥了重要的作用,为移植后皮片成活提供了保障。

关键词：组织工程化皮肤血管重建毛细血管真皮移植后 b基因 PDGF-b 转染真核表达质粒成纤维细胞

蕲蛇药材及其市售混淆品的Cyt b基因序列与分析

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中草药 2006年第12期37卷 1862-1865页

作者：宋文成宋社吾刘道芳刘海兵宋礼华安徽大学生命科学学院安徽合肥230001 安徽省生物研究所安徽合肥230088

目的分析薪蛇药材正品及其市场收集样品的Cyt6基因序列，为蕲蛇药材分子鉴别提供依据。方法利用Cyt6基因，对蕲蛇药材及其市场收集样品进行了序列测定和分析。结果蕲蛇药材存在着混杂现象；蕲蛇药材正品与其市售混淆品的Cyt6基因序... 详细信息

目的分析薪蛇药材正品及其市场收集样品的Cyt6基因序列，为蕲蛇药材分子鉴别提供依据。方法利用Cyt6基因，对蕲蛇药材及其市场收集样品进行了序列测定和分析。结果蕲蛇药材存在着混杂现象；蕲蛇药材正品与其市售混淆品的Cyt6基因序列有着显著差异，该序列在蕲蛇种内差异率为0%～0.91％，与混淆品间的差异率为18．57%～23．78％。结论 Cyt6基因序列是一种鉴别蕲蛇药材与其混淆品较好的分子遗传标记。

关键词：蕲蛇 Cyt b基因分子鉴别

基于线粒体COⅠ和Cyt b基因的粉蝶亚科及黄粉蝶亚科(粉蝶科)部分类群的分子系统发生

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动物分类学报 2007年第4期32卷 842-850页

作者：许丽郝家胜朱国萍殷先兵潘鸿春黄敦元张小平安徽师范大学生命科学学院分子进化与生物多样性实验室芜湖241000

测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从Genbank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结... 详细信息

测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从Genbank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结果表明,经比对和处理后的序列总长度为1111bp,其中变异位点478个,简约位点382个,碱基T、C、A、G平均含量为39.9%、16.9%、30.9%、12.3%,A+T含量和C+G含量分别为70.8%和29.2%。分子系统树显示:黄粉蝶亚科不是单系群,但其中迁粉蝶属和豆粉蝶属在不同的分析方法中均聚合在一起。粉蝶亚科形成一个独立的支系,其中,襟粉蝶族为并系群;粉蝶族的粉蝶属、飞龙粉蝶属和云粉蝶属具有较近的亲缘关系。

关键词：粉蝶亚科黄粉蝶亚科 COⅠ基因 Cyt b基因分子系统发生

基于线粒体Cyt b基因和CO I基因序列研究豹蛱蝶亚科(鳞翅目,蛱蝶科)10属间的系统发生关系

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动物分类学报 2009年第3期34卷 522-530页

作者：张大秀郝家胜邹方振朱国萍潘鸿春张小平安徽师范大学生命科学学院分子进化与生物多样性研究室安徽芜湖241000

测定了国产豹蛱蝶亚科10属共10个代表种的Cytb基因和COI基因的部分序列。结合从Genbank中获得的3个种类COI基因的同源序列,以锯眼蝶亚科2个物种为外群,通过遗传分析软件对COI、Cytb独立基因序列和联合基因序列以及编码的氨基酸序列进行... 详细信息

测定了国产豹蛱蝶亚科10属共10个代表种的Cytb基因和COI基因的部分序列。结合从Genbank中获得的3个种类COI基因的同源序列,以锯眼蝶亚科2个物种为外群,通过遗传分析软件对COI、Cytb独立基因序列和联合基因序列以及编码的氨基酸序列进行了比较分析,同时用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(bI)重建分子系统树,分析了该亚科10个属之间的系统发生关系。结果显示:1)联合基因序列的A+T平均含量为71.9%,具A、T偏倚性,其编码的357个氨基酸中没有半胱氨酸,变异率为11.5%;2)豹蛱蝶亚族为单系群;3)青豹蛱蝶属和豹蛱蝶属间、黄襟蛱蝶属和珐蛱蝶属间具有较近的亲缘关系;4)支持将文蛱蝶属、襟蛱蝶属和珐蛱蝶属从豹蛱蝶亚科中分离出来。

关键词：豹蛱蝶亚科 Cyt b基因 CO I基因系统树系统发生关系

凹耳蛙MHCII类b基因第二外显子多态性分析

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生物多样性 2012年第2期20卷 184-192页

作者：李方疏义林吴海龙安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室芜湖241000

两栖类正经历全球范围内的种群衰退,很多两栖动物集群灭绝事件与环境病原体(如壶菌(batrachochytrium dendrobatidis)的侵扰有关。MHC基因的表达产物在有颌脊椎动物免疫应答过程中起关键作用,其多态性通常与动物对疾病的抗性或易感性密... 详细信息

两栖类正经历全球范围内的种群衰退,很多两栖动物集群灭绝事件与环境病原体(如壶菌(batrachochytrium dendrobatidis)的侵扰有关。MHC基因的表达产物在有颌脊椎动物免疫应答过程中起关键作用,其多态性通常与动物对疾病的抗性或易感性密切相关,因而被认为是研究动物适应性进化的最佳候选基因之一。本文对中国特有的无尾两栖动物凹耳蛙(Odorrana tormota)MHC II类b基因多态性进行初步研究。首先,利用1对通用引物扩增出凹耳蛙MHC II类b基因exon2长约180bp的DNA片段。在此基础上,利用ligation-mediated PCR进一步获取侧翼未知序列,序列拼接后长2,030bp,包含exon2以及intron1和intron2的部分序列。基于上述序列设计出凹耳蛙b基因exon2特异性引物(IIQ1bU/IIQ1bD),对该物种黄山种群32个样品进行PCR扩增和克隆测序,共获得34个不同的等位基因,等位基因序列核苷酸和氨基酸变异位点的比例分别为16.17%(33/204)和26.87%(18/67),大多数氨基酸变异位点位于推测的抗原结合位点(antigen binding sites,AbS)。每个样品包含2-5个等位基因,结合等位基因序列特征以及cDNA表达分析结果,推测凹耳蛙至少拥有3个可表达的b基因座位。与文献报道的蛙科其他物种比较后发现,尽管凹耳蛙目前的分布区非常狭窄,但其MHC II类b基因多态性明显高于蛙科其他动物。等位基因碱基替换模式提示凹耳蛙MHC II类b基因曾经历过强烈的正选择作用,AbS区的dN值显著大于dS(Pbayesian Em-pirical bayes)共检测出5个显著受正选择作用的氨基酸位点。贝叶斯系统树的拓扑结构显示,无尾两栖类不同科的等位基因分别形成单系群,但蛙科不同属的等位基因未能形成单系群,蛙属绿池蛙(Rana clamitans)的1个等位基因与臭蛙属凹耳蛙的部分等位基因享有共同的谱系关系,提示蛙科不同属间的b基因存在跨种多态性。

关键词： Odorrana tormota MHC b基因两栖类正向选择跨物种进化

扬子鳄MHCⅡ类b基因第二外元的克隆及序列分析

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Zoological Research 2004年第5期25卷 415-421页

作者：史燕吴孝兵晏鹏陈壁辉安徽师范大学生命科学学院重要生物资源保护与利用安徽省重点实验室安徽芜湖241000

3头扬子鳄血样取自宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHCⅡ类b基因第二外元的部分片段进行扩增 ;通过克隆、单链构象多态性分析、测序 ,并将测得序列与下载的 8个物种MHC序列比对 ,确定序列差异和变异位点 ;利用MEGA软... 详细信息

3头扬子鳄血样取自宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHCⅡ类b基因第二外元的部分片段进行扩增 ;通过克隆、单链构象多态性分析、测序 ,并将测得序列与下载的 8个物种MHC序列比对 ,确定序列差异和变异位点 ;利用MEGA软件构建NJ树 ,PAUP4 0构建MP树。结果得到 10种不同的序列 ,片段长 16 6bp。核苷酸序列中有 38个变异位点 ,氨基酸序列中有 2 3个变异位点 ;推定的抗原结合位点非同义替换 (dN)明显高于同义替换 (dS)。 10种序列的NJ树和MP树极为相似 ,均为A、b两个分支 ,两个分支明显的特异性位点核苷酸序列中有 9个 ,氨基酸序列中有 7个。表明扬子鳄MHCⅡ类b基因第二外元有较高的多态性 ,有利于扬子鳄饲养种群的遗传保护。

关键词： MHCⅡ 异位 b基因 MP 克隆单链构象多态性分析抗原扬子鳄氨基酸序列简并引物