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运用affymetrix网上分析中心初步分析EGCG作用肝癌细胞SMMC-7721前后差异表达基因数据

医学信息（西安上半月） 2007年第1期20卷 5-8页

作者：容敏华何敏黄千贻广西医科大学环境卫生与劳动卫生学教研室广西南宁530021 广西医科大学医学科学实验中心广西南宁530021 广西医科大学第一附属医院生殖医学研究中心广西南宁530021

目的探索如何运用affymetrix网上分析中心对affymetrix基因芯片数据进行分析,挖掘其中相关的生物学信息。方法登陆affymetrix网站,运用BatchQuery(批量查询)、QuickQuery(快速查询)、Intersection(交集)等查询和分析功能,对用affymetrix... 详细信息

目的探索如何运用affymetrix网上分析中心对affymetrix基因芯片数据进行分析,挖掘其中相关的生物学信息。方法登陆affymetrix网站,运用BatchQuery(批量查询)、QuickQuery(快速查询)、Intersection(交集)等查询和分析功能,对用affymetrixU133A2.0人基因表达谱芯片检测的经没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)作用肝癌细胞系SMMC-7721前后的196个表达差异基因进行不同的逻辑运算。结果得到按功能分类的EGCG作用肝癌细胞系SMMC-7721后表达差异基因信息列表6个。分别是细胞周期进展相关基因列表、细胞增殖相关基因列表、能量代谢相关基因列表、凋亡关基因和细胞生长抑制基因列表、免疫应答相关基因列表、信号转导相关基因列表。每个列表包含了每个基因对应的探针序列信息、基因符号、基因功能及参与的生物学过程等一系列生物学信息。结论运用在线、整合的affymetrix网上分析中心,可快速、并行地操作大量的基因芯片原始数据,实现对差异基因初步的功能归类和生物信息学分析。

关键词： affymetrix网上分析中心基因芯片

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