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肝细胞癌进展过程中的关键基因atp1b3和ENAH的筛选与鉴定:基于数据挖掘和临床验证

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南方医科大学学报 2022年第6期42卷 815-823页

作者：杨雪佳李玉杰吴登强马义丽周素芳国家生物靶向诊治国际联合研究中心//广西生物靶向诊治重点实验室//广西肿瘤靶向诊治协同创新中心//广西生物靶向诊治研究人才小高地基础医学院生物化学与分子生物学教研室广西医科大学广西南宁530021

目的筛选与肝细胞癌(HCC)预后、进展和临床诊断相关标记物。方法分析来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达综合(GEO)的TCGA-LIHC、GSE84432、GSE14323和GSE63898数据集。利用GEO_(2)R和edge R包获得各疾病类型之间共同差异基因(DE... 详细信息

目的筛选与肝细胞癌(HCC)预后、进展和临床诊断相关标记物。方法分析来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达综合(GEO)的TCGA-LIHC、GSE84432、GSE14323和GSE63898数据集。利用GEO_(2)R和edge R包获得各疾病类型之间共同差异基因(DEG),并对DEG进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。将DEG在TCGALIHC中正常和癌组织进行差异表达验证分析,挑选在HCC中上调基因。利用R语言进行生存分析、受试者工作特征(ROC)曲线分析、基因与患者临床特征关系分析。再通过RT-qPCR验证15对临床HCC和癌旁组织中基因的差异表达。结果数据库挖掘共获得118个共同DEG,挑选出2个基因:atp酶Na+/K+转运亚基beta 3(atp1b3)和肌动蛋白调节器(ENAH),其表达随疾病进展升高。结合TCGA-LIHC数据集生存分析发现两者高表达与HCC患者不良预后显著相关(Patp1b3和ENAH的AUC值分别是0.821和0.933。atp1b3高表达与晚期病理T分期、Stage和Grade相关(Patp1b3和ENAH在临床HCC组织中表达上调(PatpIb3和ENAH有望成为肝脏疾病恶化和肝细胞癌的不良预后标志物。

关键词：肝纤维化肝硬化肝细胞癌 atp1b3 ENAH

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atp1b3在神经胶质瘤中表达及其对细胞增殖和迁移的影响

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海南医学院学报 2024年第6期30卷 435-441页

作者：严其康扈清云孙权王彩霞朱金玲佳木斯大学基础医学院黑龙江佳木斯154007 佳木斯大学第一附属医院黑龙江佳木斯154007

目的:探讨atp1b3在神经胶质瘤细胞(U87MG)中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响。方法:利用在线数据库CGGA及TCGA分析atp1b3在不同级别神经胶质瘤细胞中差异表达,及其与患者生存、预后的关系;利用siRNA干扰技术瞬时敲减神经胶质瘤细胞系U... 详细信息

目的:探讨atp1b3在神经胶质瘤细胞(U87MG)中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响。方法:利用在线数据库CGGA及TCGA分析atp1b3在不同级别神经胶质瘤细胞中差异表达,及其与患者生存、预后的关系;利用siRNA干扰技术瞬时敲减神经胶质瘤细胞系U87MG中atp1b3的表达水平,通过RT-qPCR和western blot方法检测敲减效率;用CCK-8、transwell实验检测敲减atp1b3后神经胶质瘤细胞增殖及迁移能力变化;western blot实验检测敲减atp1b3后P-MTOR、MTOR蛋白的表达变化。结果:数据库分析表明atp1b3的表达量与恶神经胶质瘤恶性程度成正相关,且与患者的预后生存成负相关。敲减atp1b3后其mRNA和蛋白表达水平后明显降低,敲减组细胞增殖及迁移能力显著低于对照组(P1);敲减atp1b3影响P-MTOR的表达水平,P-MTOR/MTOR比值降低。结论:atp1b3高表达与胶质瘤恶性程度相关且不利于患者的生存预后。在神经胶质瘤细胞内atp1b3可调控MTOR细胞增殖生长信号通路,敲减atp1b3基因能有效抑制神经胶质瘤细胞的增殖和迁移,因此atp1b3基因可能是一个潜在神经肿瘤标志物和治疗的分子靶点。

关键词：神经胶质瘤 atp1b3 细胞增殖细胞迁移

肝细胞癌中atp1b3基因表达及功能的生物信息学分析

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安徽医药 2022年第2期26卷 315-321页

作者：吕学宁叶必成王昌成徐州医科大学附属淮安医院消化科江苏淮安223002

目的探讨atp1b3基因在肝细胞癌中的表达以及临床价值,预测atp1b3基因在肝细胞癌发生发展中的作用。方法通过Oncomine及TIMER数据库分析atp1b3 mRNA在不同肿瘤中的表达水平的差异性。利用HCCDb、Oncomine以及TCGA等数据库,分析atp1b3 mRN... 详细信息

目的探讨atp1b3基因在肝细胞癌中的表达以及临床价值,预测atp1b3基因在肝细胞癌发生发展中的作用。方法通过Oncomine及TIMER数据库分析atp1b3 mRNA在不同肿瘤中的表达水平的差异性。利用HCCDb、Oncomine以及TCGA等数据库,分析atp1b3 mRNA在肝细胞癌和正常肝组织中的表达情况,并分析atp1b3的表达与临床病理特征及预后的关系。使用GSEA法对atp1b3的正负相关基因进行富集分析。通过TIMER及GFPIA数据库分析肝细胞癌中atp1b3的表达与免疫浸润程度的相关性。利用WebGestalt数据库对atp1b3为核心的基因网络分析预测atp1b3的靶向药物。结果atp1b3 mRNA在肝细胞癌中的表达高于正常肝组织(Patp1b3在不同肿瘤分级、分期中的表达差异有统计学意义(PbMI、有无血管浸润及癌组织有无周围炎症等中的表达差异无统计学意义(P>0.05)。atp1b3高表达组的总生存期及疾病特异性生存期均低于低表达组(Patp1b3高表达是影响肝细胞癌病人总体生存预后的独立危险因素(Patp1b3正负相关基因进行富集分析得出:atp1b3基因高表达的样本存在于核糖体、剪接体并影响RNA转运、MAPK信号通路等生物过程(P1,FDRatp1b3基因的表达与免疫浸润相关(cor>0,Patp1b3基因互作网络预测强心苷类药物可能是atp1b3的靶向药物。结论atp1b3可能是肝细胞癌潜在的致癌基因,其表达上调在肝细胞癌的发生发展过程发挥重要作用,并可能成为判断肝细胞癌病人预后的重要的生物学指标。

关键词：癌,肝细胞 atp1b3 生物信息学