检索结果-南通市图书馆

作者：李诗哲锦州医科大学

学位级别：硕士

目的本研究通过多种生物学技术在临床标本、细胞及蛋白表达等多个层面,探究arhgap44基因在骨肉瘤中的表达情况,以及如何通过调控p53/C-myc/Cyclin D1信号通路影响骨肉瘤细胞的增殖、侵袭与迁移,为骨肉瘤的靶向治疗提供新的治疗思路与理... 详细信息

目的本研究通过多种生物学技术在临床标本、细胞及蛋白表达等多个层面,探究arhgap44基因在骨肉瘤中的表达情况,以及如何通过调控p53/C-myc/Cyclin D1信号通路影响骨肉瘤细胞的增殖、侵袭与迁移,为骨肉瘤的靶向治疗提供新的治疗思路与理论基础。方法本研究首先利用GEO数据库与临床标本的免疫组织化学染色检测arhgap44基因在骨肉瘤中的表达水平,并分析其与肿瘤预后的关系。随后构建arhgap44基因敲减的细胞模型(MG63与HOS细胞系)并使用q RT-PCR技术验证敲低效率后,通过CCK-8实验、克隆形成实验、Transwell侵袭实验以及Wound healing划痕实验等细胞实验探究arhgap44基因对骨肉瘤细胞增殖、侵袭与迁移的影响。此外,使用Western Blot技术检测arhgap44基因和p53、C-myc及Cyclin D1在骨肉瘤中的蛋白表达情况,进一步明确arhgap44基因与p53/C-myc/Cyclin D1通路的调控逻辑关系。结果GEO数据库数据的结果表明arhgap44基因在骨肉瘤中呈高表达,且与骨肉瘤患者的预后呈负相关(p=0.011),与p53的表达呈负相关(parhgap44基因在肿瘤组织中的表达明显升高。CCK-8实验与克隆形成实验的结果表明下调arhgap44表达可明显降低MG63与HOS细胞系的增殖能力(parhgap44基因的表达下调后,MG63与HOS骨肉瘤细胞系的侵袭能力明显减小(parhgap44基因下调后,MG63与HOS骨肉瘤细胞系的迁移能力显著减弱(parhgap44基因的表达下调后,p53在MG63与HOS骨肉瘤细胞系的表达水平相较于对照组明显升高,而C-myc与Cyclin D1的表达则明显降低(parhgap44可能通过调控p53/C-myc/Cyclin D1信号通路,对骨肉瘤细胞的增殖、侵袭与迁移产生抑制。结论本研究发现arhgap44基因在骨肉瘤呈高表达,且与骨肉瘤的预后存在负相关性。arhgap44的表达下调可降低骨肉瘤增殖、侵袭与迁移能力。此外,研究结果提示下调arhgap44可能通过调控p53/C-myc/Cyclin D1信号通路对骨肉瘤的恶性进展产生抑制作用。arhgap44基因可能是骨肉瘤靶向治疗的潜在靶点。

关键词： arhgap44 骨肉瘤 p53 增殖侵袭迁移

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多数据库分析arhgap44在结直肠癌中的表达及临床意义

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重庆医科大学学报 2022年第1期47卷 97-104页

作者：姜小叶姜钟翔向丽莼吴焦陈雪诺姜政重庆医科大学附属第一医院消化内科重庆400016

目的:探讨多个数据集中结直肠组织的Rho GTP酶活化蛋白44(Rho GTPase activating protein 44,arhgap44)表达情况及其与结直肠癌临床病理特征和预后的关系。方法:利用基因表达汇编(the gene expression omnibus,GEO)及癌症和肿瘤基因表... 详细信息

目的:探讨多个数据集中结直肠组织的Rho GTP酶活化蛋白44(Rho GTPase activating protein 44,arhgap44)表达情况及其与结直肠癌临床病理特征和预后的关系。方法:利用基因表达汇编(the gene expression omnibus,GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据集汇总结直肠癌相关数据,分析arhgap44表达及其与结直肠癌临床病理学的关系,用Kaplan-Meier分析和Cox回归模型评价其预后价值。采用RT-qPCR方法检测临床样本中arhgap44基因表达情况,之后使用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测通路,并使用单样本基因集富集分析(single-sample gene-set enrichment analysis,ssGSEA)算法,计算arhgap44与免疫细胞浸润之间的关联。结果:在TCGA、GEO数据集及临床样本中,arhgap44表达在肿瘤中降低(Parhgap44的低表达是结直肠癌患者总体生存(overall survival,OS)的独立危险因素(HR=0.44,P=0.02)。GSEA结果显示,arhgap44高表达样本中富集了结直肠癌通路、Notch通路、T细胞受体、B细胞受体等基因集。arhgap44的表达与macrophages、T helper cells、肿瘤浸润淋巴细胞(tumorinfiltrating lymphocytes,TIL)和typeⅠIFNresponse等免疫信号成负相关(cor=-0.35、-0.37、-0.33、-0.35、-0.23、-0.32,P=0.008、0.006、0.027、0.021、0.041、0.021)。结论:arhgap44的表达在结直肠癌中被下调,可作为独立的预后生物标记物,且在肿瘤免疫学中具有潜在作用。

关键词：结直肠癌 arhgap44 预后免疫

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基于生物信息学的结直肠癌免疫相关标志物的研究

基于生物信息学的结直肠癌免疫相关标志物的研究

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作者：姜小叶重庆医科大学

学位级别：硕士

第一部分结肠癌细胞溶解活性相关基因预后模型的构建与验证目的:细胞溶解活性（cytolytic activity,CYT）是一种新的免疫治疗生物标志物,能够表征细胞毒性T细胞和巨噬细胞的抗肿瘤免疫活性。在本研究中,我们建立了一个与CYT相关的预后... 详细信息

第一部分结肠癌细胞溶解活性相关基因预后模型的构建与验证目的:细胞溶解活性（cytolytic activity,CYT）是一种新的免疫治疗生物标志物,能够表征细胞毒性T细胞和巨噬细胞的抗肿瘤免疫活性。在本研究中,我们建立了一个与CYT相关的预后模型。方法:建立基于CYT相关基因的预后模型后,我们采用逆转录定量聚合酶链反应（Reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction,RT-q PCR）和免疫组化（Immunohistochemistry,IHC）检测构建预后模型基因的表达。接下来,我们分析了该模型与结肠癌（Colon cancer,CC）微环境中T细胞浸润的相关性。肿瘤免疫功能障碍和排除（The Tumor Immune Dysfunction and Exclusion,TIDE）算法和亚类映射算法用于预测免疫检查点抑制剂的临床反应。结果:基于CYT相关基因建立预后模型（包括HOXC8和MS4A2）。并通过测试集对模型进行验证。基因集富集分析（Gene set enrichment analysis,GSEA）和其他分析显示,低风险指数肿瘤患者的免疫浸润和抗肿瘤免疫激活水平高于高风险指数肿瘤患者。低风险指数的CC患者对抗免疫检查点疗法的疗效更佳。结论:该模型可以准确预测CC的整体生存,反映CC微环境中抗肿瘤免疫活性的强弱。此外,该模型可能能预测免疫检查点抑制剂的疗效。第二部分多数据库分析arhgap44在结直肠癌中的表达及临床意义目的:探讨多个数据集中结直肠组织的Rho GTP酶活化蛋白44（Rho GTPase activating protein 44,arhgap44）表达情况及其与结直肠癌临床病理特征和预后的关系。方法:利用基因表达汇编（The gene expression omnibus,GEO）及癌症和肿瘤基因表达图谱（The cancer genome atlas,TCGA）数据集汇总结直肠癌相关数据,分析arhgap44表达及其与结直肠癌临床病理学的关系,用Kaplan-Meier分析和Cox回归模型评价其预后价值。采用RT-q PCR方法检测临床样本中arhgap44基因表达情况,之后使用基因集富集分析（Gene set enrichment analysis,GSEA）预测通路,并使用单样本基因集富集分析（Single-sample gene-set enrichment analysis,ss GSEA）算法,计算arhgap44与免疫细胞浸润之间的关联。结果:在TCGA、GEO数据集及临床样本中,arhgap44表达在肿瘤中降低（P＜0.001）,且与T分期、N分期及TNM分期有关（P＜0.05）。arhgap44的低表达是结直肠癌患者总体生存（overall survival,OS）的独立危险因素（HR=0.44,P=0.02）。GSEA结果显示,arhgap44高表达样本中富集了结直肠癌通路、Notch通路、T细胞受体、B细胞受体等基因集。arhgap44的表达与macrophages、T helpercells、肿瘤浸润淋巴细胞（tumor-infiltrating lymphocytes,TIL）和typeⅠIFN response等免疫信号成负相关（cor=-0.35、-0.37、-0.33、-0.35、-0.23、-0.32,P=0.008、0.006、0.027、0.021、0.041、0.021）。结论:arhgap44的表达在结直肠癌中下调,可作为独立的预后生物标记物,且在肿瘤免疫学中具有潜在作用。

关键词：预后模型免疫结肠癌 GTEx TCGA 结直肠癌 arhgap44 预后

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