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扩增共有序列遗传标记(acgm)及其在植物中的应用价值

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遗传 2009年第9期31卷 913-920页

作者：何俊平阮松林祝水金马华升浙江大学农业与生物技术学院杭州310029 杭州市农业科学研究院生物技术研究所杭州310024

扩增共有序列遗传标记(Amplified consensus genetic markers,acgm)是建立在亲缘关系较近的物种间同源基因中编码序列(外显子)存在高度保守性,而非编码区(内含子)存在潜在多态性基础之上的一种基于PCR的新型DNA分子标记技术。随着比较... 详细信息

扩增共有序列遗传标记(Amplified consensus genetic markers,acgm)是建立在亲缘关系较近的物种间同源基因中编码序列(外显子)存在高度保守性,而非编码区(内含子)存在潜在多态性基础之上的一种基于PCR的新型DNA分子标记技术。随着比较基因组学和生物信息学的迅猛发展,acgm技术已成为物种间同源基因比较、系统发生关系分析和感兴趣基因定位的有效工具。文章就acgm技术尤其是它在芸薹属和禾本科物种中的应用研究做详细介绍。同时,对acgm技术可能的应用前景进行了展望。

关键词： acgm 基因组进化基因定位

基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记

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中国农业科学 2006年第3期39卷 433-439页

作者：卢泳全汪旭升黄伟素肖天霞郑燕吴为人哈尔滨150086 杭州310029 福建农林大学作物科学学院浙江大学农业与生物技术学院浙江大学农业与生物技术学院杭州310029 黑龙江省农业科学院生物技术研究中心福州350002

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(acgm)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科acgm的可行性。【方法】根据水稻两... 详细信息

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(acgm)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科acgm的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对acgm引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型acgm是可行的。

关键词：扩增共有序列遗传标记内含子长度多态性 acgm 禾本科

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利用分子标记评价光皮桦种质园的遗传多样性

生物技术 2011年第2期21卷 50-53页

作者：李海英梁志伟陈冲黄华宏童再康卢泳全浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地浙江临安311300

目的:对种子园的62份光皮桦样本的遗传多样性进行早期评价,为其种质资源保存及杂交育种中的亲本选配提供理论依据。方法:利用新开发的光皮桦acgm分子标记研究光皮桦的遗传多样性。结果:该群体的Nei遗传多样性指数和多态位点百分数分别为... 详细信息

目的:对种子园的62份光皮桦样本的遗传多样性进行早期评价,为其种质资源保存及杂交育种中的亲本选配提供理论依据。方法:利用新开发的光皮桦acgm分子标记研究光皮桦的遗传多样性。结果:该群体的Nei遗传多样性指数和多态位点百分数分别为0.2138和54.74%。结论:安徽(pop9)居群的观测等位基因数Na、有效等位基因数Ne、Nei基因多样性H和多态位点百分率P%最小,分别为1.1022、1.0723、0.0423和10.22%。临安(pop1)居群的观测等位基因数Na、有效等位基因数Ne、Nei基因多样性H和多态位点百分率P%最大,分别为1.4307、1.3125、0.1741和43.07%。

关键词：光皮桦 acgm 种质资源遗传多样性

几种DNA分子标记技术及其在茶树种质资源研究中的应用

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生物技术通报 2013年第1期29卷 63-67页

作者：晏嫦妤李家贤黄华林吴华玲乔小燕何玉媚广东省农业科学院茶叶研究所广州510640 广东省茶树资源创新利用重点实验室广州510640 华南农业大学食品学院广州510642

对近年来发展的几种DNA分子标记技术acgm、SRAP、TRAP、SCAR、RSAP及SCoT的原理、特点进行介绍,综述这些DNA分子标记技术在茶树种质资源研究中的应用,并对其在茶树种质资源研究中的应用前景进行了分析。

关键词： acgm SRAP TRAP SCAR RSAP ScoT 分子标记茶树种质资源

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利用acgm标记发掘杉科功能基因

湖北农业科学 2012年第1期51卷 177-181页

作者：贾庆童再康卢泳全浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地浙江临安311300

利用4对日本柳杉(Cryptomeria japonica)的扩增共有序列遗传标记(Amplified Consensus Genetic Marker,acgm)引物,在杉科7个属的11份材料中扩增出了25个PCR产物,测序、BLAST比对和联配结果表明,4对引物的扩增产物分别与拟南芥和日本柳杉... 详细信息

利用4对日本柳杉(Cryptomeria japonica)的扩增共有序列遗传标记(Amplified Consensus Genetic Marker,acgm)引物,在杉科7个属的11份材料中扩增出了25个PCR产物,测序、BLAST比对和联配结果表明,4对引物的扩增产物分别与拟南芥和日本柳杉的4个基因(MYB基因、CCCH-型锌指蛋白基因、查尔酮合成酶基因、抗冻相关基因COR47)具有较高的相似度性,推测这些PCR产物为这4个基因在杉科物种中的同源基因片段。研究结果表明acgm标记可被用于发掘其他物种的功能基因片段。

关键词： acgm 杉科功能基因同源基因

利用acgm和EST-SSR标记对云贵高原野生山蚂蝗属种质的遗传多样性分析

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草业学报 2008年第6期17卷 102-111页

作者：贺欣刘国道刘迪秋罗富成黄必志云南省肉牛与牧草研究中心云南昆明650212 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所海南儋州571737 昆明理工大学生命科学与技术学院云南昆明650224

山蚂蝗属野生种质是一个具有巨大经济价值的资源。本研究利用基于基因表达序列数据库开发的2种分子标记acgm和ESTSSR共85对引物对山蚂蝗属9个种46个野生种质资源进行多样性分析。结果显示，acgm引物中有扩增产物的引物比例为86．49％，... 详细信息

山蚂蝗属野生种质是一个具有巨大经济价值的资源。本研究利用基于基因表达序列数据库开发的2种分子标记acgm和ESTSSR共85对引物对山蚂蝗属9个种46个野生种质资源进行多样性分析。结果显示，acgm引物中有扩增产物的引物比例为86．49％，远高于EST—SSR引物的54．17％。同时，acgm的多态性比率也大于EST-SSR，可见acgm在山蚂蝗属野生种质中的转移性优于EST—SSR。通过acgm和EST—SSR分析得到的遗传相似性系数为0．523-0．967，平均相似系数为0．703，这表明山蚂蝗属野生种质资源间存在较高的遗传多样性。此外，acgm分析能有效区分46个山蚂蝗属种质基因型，而EST—SSR只能区分绝大多数山蚂蝗属基因型。在UPGMA聚类图上46个供试材料被分成9组，与传统分类结果不完全一致。说明基于禾本科和豆科基因表达序列开发的分子标记能用于山蚂蝗属植物的遗传分析，同时这也为其他野生种质资源的遗传多样性研究提供了有益的借鉴。

关键词：山蚂蝗属遗传多样性 acgm EST—SSR

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杉科acgm标记的开发及应用研究

杉科ACGM标记的开发及应用研究

作者：贾庆浙江农林大学

学位级别：硕士

利用日本柳杉的表达序列标签（Expressed Sequence Tags, ESTs）开发杉科（Taxodiaceae）的acgm（Amplified Consensus Genetic Markers, acgm）标记，然后选取部分PCR片段进行测序，以验证所开发标记对保守序列锚定的可靠性。然后，筛... 详细信息

利用日本柳杉的表达序列标签（Expressed Sequence Tags, ESTs）开发杉科（Taxodiaceae）的acgm（Amplified Consensus Genetic Markers, acgm）标记，然后选取部分PCR片段进行测序，以验证所开发标记对保守序列锚定的可靠性。然后，筛选有重要功能的基因片段，克隆基因长，为进一步研究奠定基础。主要结论如下： 1．通过e-PCR，共得到了237对能获得单一条带的引物。随机选取其中的110对引物，在日本柳杉中进行扩增，其中有106对引物能得到稳定清晰的条带。然后利用这106对引物在其他10种杉科植物材料中进行PCR扩增。结果显示，在这10种不同杉科植物中，扩增出稳定清晰条带的引物数量范围为49-103个（46.2-97.2%），其中106对引物在柳杉中通用性最高达97.2%，在水杉中的通用性最低为46.2%，每个引物在这十种材料中平均扩增出的条带数为1.06-1.15条。这说明大部分的acgm引物在这10种植物中能够获得单一的条带。2．选取开发的acgm引物中4对引物的25个PCR产物进行测序。结果显示所得片段为所预测基因的上的片段。说明acgm标记可以有效地锚定同源基因序列。3．在测序的PCR产物中选MYB和CHS基因的片段进行基因克隆，共克隆出12个基因全长，并对其结构与功能进行了分析。

关键词：杉科 acgm 基因克隆 MYB CHS

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甘蓝型油菜始花期的遗传分析和QTL定位

甘蓝型油菜始花期的遗传分析和QTL定位

作者：娄延脂华中农业大学

学位级别：硕士

油菜是全世界广泛种植的重要油料作物,开花的早晚或开花时间的长短会影响植物果实的成熟、收获时间和产量。植物的开花时间是一个遗传基础十分复杂的数量性状,它受到植物内部开花基因、激素水平、生理生化过程及外部环境因素(主要是光... 详细信息

油菜是全世界广泛种植的重要油料作物,开花的早晚或开花时间的长短会影响植物果实的成熟、收获时间和产量。植物的开花时间是一个遗传基础十分复杂的数量性状,它受到植物内部开花基因、激素水平、生理生化过程及外部环境因素(主要是光周期和温度)等的综合调控,由多基因控制,存在位点的多态性。研究油菜开花时间多态性及相应控制基因有助于培育适应不同季节和轮作方式的品种。本研究以06-6-7003和06-6-657组配得到的F分离群体(184个体)为基础,通过2个环境下的田间试验,考察开花时间性状,结合分子标记分析,对开花时间性状进行了QTL定位。主要结果如下: 1.利用BLASTn寻找与拟南芥开花时间相关基因同源的甘蓝型油菜、甘蓝和白菜型油菜的序列,根据同源区序列设计了29对acgm引物,其中24对引物在亲本基因组中能扩增出清晰、明亮的带型,7对多态性引物产生了8个多态性位点,分别位于N6,N12,N13上。 2.以119个SSR标记、131个AFLP标记、35个SRAP标记和8个acgm标记进行连锁遗传分析,选取LOD≥3.0,有214个标记进入连锁群,得到一张包含23个连锁群的甘蓝型油菜分子遗传图谱。该图谱总长1865.00 cM,标记间平均图距为8.45cM,与甘蓝型油菜通用图谱进行了初步对应。 3.29个标记(13.6%)表现极显著偏分离(P＜0.01),其中SSR标记13个,AFLP标记13个,SRAP标记2个,acgm标记1个。偏分离标记中,有11个(37.9%)偏向母本(晚花亲本)。 4.两个坏境下开花时间性状均表现为正态分布,在家系间的基因型差异达到显著水平,变异非常丰富,环境方差分量明显大于基因型方差分量,广义遗传力为43.8%。不同地点开花时间性状存在极显著正相关性。 5.应用复合区间作图法对2个环境下的F家系进行全基因组开花时间QTL扫描,甘肃和政和湖北武汉各检测到7个QTL,其中有2个QTL被重复检测到。

关键词：甘蓝型油菜开花时间性状 acgm 遗传图谱 QTL定位

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人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位

人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位

作者：李霞华中农业大学

学位级别：硕士

在相同遗传背景下,黄籽油菜与黑籽相比：油份和蛋白质含量高,种皮薄,油质清澈透明,饼粕纤维素含量低。因此,基于黄籽性状的诸多优点,对甘蓝型油菜黄籽性状的研究正成为现代油菜品质育种的热点。本研究以人工合成甘蓝型黄籽油菜为研究对... 详细信息

在相同遗传背景下,黄籽油菜与黑籽相比：油份和蛋白质含量高,种皮薄,油质清澈透明,饼粕纤维素含量低。因此,基于黄籽性状的诸多优点,对甘蓝型油菜黄籽性状的研究正成为现代油菜品质育种的热点。本研究以人工合成甘蓝型黄籽油菜为研究对象,以两个近等基因系为材料,充分利用拟南芥和白菜基因组序列已知信息,对人工合成甘蓝型黄籽油菜种皮色泽相关基因进行精细定位。主要研究结果如下：1)利用集团分析法(BSA)与AFLP技术相结合筛选与种皮色泽相关基因连锁的分子标记,人工合成甘蓝型黄籽油菜近等基因系群体中共获得20个差异片段,其中EA15MG9与目标基因距离1.2cM。白菜型油菜群体共获得52个差异片段。2)对其中8个AFLP标记进行回收、克隆、测序,根据测序结果,对其中5个差异片段设计特异引物,进行SCAR标记转化,结果表明：成功转化其中两个,分别命名为S159和S615,其中S159来自甘蓝型油菜群体AFLP标记EA15MG9,S615来自白菜型油菜群体AFLP标记EA6MG15。3)将上述AFLP标记序列提交http://***/进行BLAST分析,依据比对结果设计SSR引物,在两个群体中共获得42个差异标记,并把目标基因都定位在A基因组第九连锁群。4)根据第九连锁群对已发表的分子标记遗传连锁图谱进行搜集,整理,筛选了35对引物,获得10对差异标记。5)依据拟南芥信息设计acgm引物25对,在甘蓝型油菜群体内未表现出差异,在白菜型油菜群体内有5对引物表现出差异。同时利用拟南芥TT基因设计acgm标记,在白菜群体中也获得了两个差异标记,其中一个群体验证为共分离标记。

关键词：人工合成甘蓝型黄籽油菜种皮色泽基因 AFLP SSR acgm 分子标记