检索结果-南通市图书馆

作者：刘夏辽宁师范大学

学位级别：硕士

氢键在生命活动中扮演着重要角色。生命体系是一个水溶液体系，研究生物分子与水分子间的氢键是十分必要的。在abeemσπ/mm浮动电荷模型下，为了防止电荷过度极化，提高力场的准确性，我们引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作... 详细信息

氢键在生命活动中扮演着重要角色。生命体系是一个水溶液体系，研究生物分子与水分子间的氢键是十分必要的。在abeemσπ/mm浮动电荷模型下，为了防止电荷过度极化，提高力场的准确性，我们引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用。本文选取了8个模型小分子二聚体，通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头计算方法下的结合能，来拟合abeemσπ/mm方法下的氢键拟合函数。应用该氢键拟合函数在abeemσπ/mm方法下计算小分子二聚体的结合能，与从头算方法得到的结合能有很好的一致性。与此同时，将在abeemσπ/mm方法下优化的小分子二聚体的氢键键长与键角与从头算结果进行了比较，以进一步检验所拟合的氢键拟合函数的适用性。键长与键角的均方根偏差均在合理范围内。为说明这些函数具有良好的可转移性，本文还对具有同样类型氢键的其他二聚体的结合能、氢键键长和键角进行了计算，所得结果与从头算结果相差不大。对于每一种类型的氢键，都有其相对应的一套氢键拟合函数的参数。为使一套氢键拟合函数的参数能够计算几种类型的氢键，本文对这些参数进行调整，得到简化的氢键拟合函数的参数。在abeemσπ/mm模型下，应用简化的氢键拟合函数对二聚体进行优化与计算。二聚体的结合能与从头算结果相近，优化构型中的氢键键长与键角与从头算结果同样符合良好。因此，简化的氢键拟合函数具有良好的适用性。

关键词：氢键拟合函数 abeemσπ/mm 从头算模型小分子二聚体结合能

应用abeemσπ/mm方法探究天门冬氨酸二肽和三肽的稳定构象

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应用ABEEMσπ/MM方法探究天门冬氨酸二肽和三肽的稳定构象

作者：张诗爰辽宁师范大学

学位级别：硕士

本论文主要从以下两个方面进行论述。第一方面:本文应用Gaussian09程序包对天门冬氨酸二肽、三肽分子的骨架二面角进行扫描,以寻找最适合的方法基组与扫描步长,从而得到天门冬氨酸的稳定构象。对天门冬氨酸在气相与液相下带电的与电中... 详细信息

本论文主要从以下两个方面进行论述。第一方面:本文应用Gaussian09程序包对天门冬氨酸二肽、三肽分子的骨架二面角进行扫描,以寻找最适合的方法基组与扫描步长,从而得到天门冬氨酸的稳定构象。对天门冬氨酸在气相与液相下带电的与电中性的天门冬氨酸二肽分子分别进行扫描,探究环境对天门冬氨酸二肽分子稳定构象的影响,发现在扫描得到的构象中稳定的是在分子内构成了氢键。为了进一步证实这个结论,本文对同为酸性氨基酸的谷氨酸二肽的骨架二面角进行扫描,同样发现了最稳定构象中形成的氢键。第二方面:应用abeemσπ/mm浮动电荷极化力场方法,对天门冬氨酸二肽和三肽结构进行扫描优化,并对其构象进行总结分类,得到其相应的9组二肽和50组三肽的稳定构象。结果表明,abeemσπ/mm方法与从头算B3LYP/6-311++G(d,p)方法基组计算结果有很好的一致性。不仅可以准确找到所有构象,而且优化得到的天门冬氨酸二肽、三肽的骨架二面角的平均绝对偏差MAD(average absolute deviation)很小,仅为2.29和2.76。力场的计算效率明显高于从头算计算方法。与其它力场相比,abeemσπ/mm方法所获得的结果优于固定电荷力场OPLS/AA,AMBER99sb和CHARmm27方法计算所得的结果,此外abeemσπ/mm方法获得的稳定构象的数目大于AMOEBA极化力场计算得到的数目,并且abeemσπ的计算速度快,但我们方法获得的MAD比AMOEBA极化力场稍大一些。同时研究发现,对氨基酸二肽或者多肽进行构象的扫描时,步长越小扫描得到的稳定构象越精准。以上研究表明,abeemσπ/mm方法可以快速且精准的对氨基酸分子构象进行扫描,为大分子蛋白质稳定构象的扫描打下了基础。

关键词：从头计算 abeemσπ/mm 稳定构象天门冬氨酸二肽和三肽势能面扫描

应用abeemσπ/mm和分子形貌理论对金属离子与水及氮—甲基乙酰胺相互作用的理论研究

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应用ABEEMσπ/MM和分子形貌理论对金属离子与水及氮—甲基乙酰胺...

作者：任伟贺辽宁师范大学

学位级别：硕士

金属离子的重要性及多样性在生命体活动中起着不容小觑的作用,比如在维持多相体系的渗透平衡、生物分子构象的稳定性等方面上。除此外,许多酶类的催化活性,除了蛋白质部分外,还需要金属离子作为酶活性中心的组成部分,关于金属离子在生... 详细信息

金属离子的重要性及多样性在生命体活动中起着不容小觑的作用,比如在维持多相体系的渗透平衡、生物分子构象的稳定性等方面上。除此外,许多酶类的催化活性,除了蛋白质部分外,还需要金属离子作为酶活性中心的组成部分,关于金属离子在生命过程中的作用受到科学家们的关注。因此,从理论上探究金属离子与H2O及NMA(氮-甲基乙酰胺)相互作用具有重要的科学和实际意义。本文的研究分为两部分:首先选取[M(H2O)n]+/2+(n=1-6;M=Li,Na,K,Be,Mg,Ca)体系作为研究对象,采用分子形貌理论(MFT)考察其形状、金属与配位分子的成键和复合物表面的电荷分布;其次对[Na/K(N/L)n]+(n=3-8;N=H2O,L=NMA)和[NaNnLm]+(n+m=4;N=H2O,L=NMA)及[KNn Lm]+(n+m=6;N=H2O,L=NMA)复合物,采用高水平量子化学方法和原子-键电负性均衡浮动电荷模型(abeemσπ/mm)对体系的结构、结合能和电荷分布等性质进行探究。对于分子形貌理论(MFT)研究的体系,首先在MP2/6-311++G(d,p)理论水平下对其进行结构优化以及频率、结合能和第一电离能的计算,然后再利用MELD精密从头算及自编程序,采用CISD/6-31G方法计算分子中的单电子作用势及由分子形貌确定的体积和表面积。对于abeemσπ/mm模型研究的体系,由于体系较大,采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法对其结构进行优化及频率的计算,并通过MP2/6-311++G(2d,2p)的方法对体系进行结合能的计算。在abeemσπ/mm非键模型下,以HF/STO-3G方法计算得到的电荷为基准,拟合确定相关参数,构建描述以[Na/K(N/L)n]+(n=3-8;N=H2O,L=NMA)等体系相互作用的势能函数,计算结果表明:当Na+/K+与水及NMA分子相互作用时,若结合的配体相同,则Na+表现出来的结合能力要强于K+;对于Na+和K+形成的复合物,其abeem电荷与QM电荷的线性相关系数分别为0.9739和0.9633。

关键词： Na+ K+ 氮-甲基乙酰胺分子形貌 abeemσπ/mm

应用abeemσπ/mm研究钾离子与氮—甲基乙酰胺和水以及卤素离子与水之间的相互作用

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应用ABEEMσπ/MM研究钾离子与氮—甲基乙酰胺和水以及卤素离子与...

作者：姚菁菁辽宁师范大学

学位级别：硕士

一价离子在许多生命过程中起着决定性作用,从理论上准确模拟含离子的电解质水溶液和生物分子等复杂体系的结构和性质仍然是一项挑战性的难题。本文基于高水平从头算方法的结果,发展和应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(abeemσ... 详细信息

一价离子在许多生命过程中起着决定性作用,从理论上准确模拟含离子的电解质水溶液和生物分子等复杂体系的结构和性质仍然是一项挑战性的难题。本文基于高水平从头算方法的结果,发展和应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(abeemσπ/mm),进一步优选相关参数,研究[K(HO)]、[K(NMA)]和[K(HO)(NMA)](n+m=6)团簇体系的结构、能量和电荷分布等性质,结果表明,abeemσπ/mm与QM结果具有较好的一致性,键长、键角、结合能的平均绝对偏差(AAD)分别小于0.03?、2.1°和9.5 kcal/mol,相对均方根偏差(RRMSD)分别小于1.9%、1.6%和14.8%,电荷分布的线性相关系数R大于0.94。应用abeemσπ/mm进行氮-甲基乙酰胺(NMA)无机盐水溶液的分子动力学模拟,结果表明,K与NMA和水中氧原子之间径向分布函数(RDF)的第一峰位于3.00?;在纯水、4M、6M和8M的NMA水溶液中,K第一配位层的配位数分别为5.7、6.7、8.8和11.0。采用B3LYP、B3PW91、M062X和MP2等4种量子化学方法研究水合卤素团簇体系[X(HO)](X=F,Cl,Br,I)的结构、结合能和电荷分布。基于QM的计算结果,进一步优选卤素离子与水之间相互作用的abeemσπ势能函数的相关参数,即卤素离子的abeemσπ电荷参数、力场参数。结果表明,abeemσπ/mm与QM具有较好的一致性,键长、键角、结合能的AAD分别小于0.05?、0.6°和12.8 kcal/mol,RRMSD分别小于2.6%、0.5%和22.3%,电荷分布的线性相关系数R大于0.97。尝试应用abeemσπ/mm进行F、Cl和Br水溶液的分子动力学模拟,初步研究结果表明,F、Cl和Br与水中氢原子之间RDF的第一峰分别位于2.20、2.70和2.75?,F、Cl和Br与水中氧原子之间RDF的第一峰分别位于3.00、3.65和3.70?;在216/500个水分子的模拟体系中,F、Cl、Br第一配位层的配位数分别为3.8/3.9、4.6/5.0和4.0/4.5。

关键词：钾离子氮-甲基乙酰胺卤素离子 abeemσπ/mm 分子间相互作用

半胱氨酸二肽与三肽分子在abeemσπ/mm力场中稳定构象的研究

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半胱氨酸二肽与三肽分子在ABEEMσπ/MM力场中稳定构象的研究

作者：刘星辽宁师范大学

学位级别：硕士

天然氨基酸在生物体内有着重要的生理作用,生物中的天然氨基酸往往以某些特定的稳定结构存在于自然条件下,因此探究天然氨基酸多肽分子的构象是具有非常重要意义的。本文应用浮动电荷极化力场abeemσπ/mm,以天然氨基酸中半胱氨酸二肽... 详细信息

天然氨基酸在生物体内有着重要的生理作用,生物中的天然氨基酸往往以某些特定的稳定结构存在于自然条件下,因此探究天然氨基酸多肽分子的构象是具有非常重要意义的。本文应用浮动电荷极化力场abeemσπ/mm,以天然氨基酸中半胱氨酸二肽、三肽模型分子为例对其稳定构象进行探究。首先运用B3LYP/6-311++G(d,p)高水平从头算对势能面扫描,得到二维、三维扫描图像,从而得到所有能量极小值点的结构。通过进一步的优化和频率计算,可以获得半胱氨酸二肽共十六类稳定构象。浮动电荷力场abeemσπ/mm同样可以获得半胱氨酸二肽全部的十六类稳定构象。而三种固定电荷力场OPLS/AA、AMBER99sb与CHARmm27分别只优化出十二类、十二类和八类半胱氨酸二肽的稳定构象,并且半胱氨酸二肽的骨架二面角(φ,ψ)在各个力场中的平均绝对偏差(MAD)为7.7°、32.7°、21.5°和24.2°。本文以半胱氨酸二肽、三肽为例调节了此模型分子中支链二面角参数V、V与V,V、V与V对于骨架二面角(φ,ψ)的影响依次递减,经过反复调节,以从头算的计算结果为作为参照进行对比,再把调节后的参数应用到半胱氨酸三肽的计算中。文中所得的二十七类半胱氨酸三肽稳定构象,是由半胱氨酸二肽的十六组稳定构象通过排列组合并逐一优化的方法得到的。abeemσπ/mm力场可以像B3LYP/6-311++G(d,p)一样,获得全部二十七类半胱氨酸三肽的稳定构象,而OPLS/AA、AMBER 99sb、CHARmm27方法分别只能获得十二类、十六类、十类稳定构象,最后统计半胱氨酸三肽分子的骨架二面角(φ,ψ)(φ,ψ),平均绝对偏差分别是4.8°、14.2°、21.1°和18.7°。由此证明,abeemσπ/mm方法能够在保证精度的同时,更加快速地获得半胱氨酸二肽、三肽的稳定构象,从而为探究生物大分子中天然氨基酸的稳定构象奠定了基础。

关键词：天然氨基酸 abeemσπ/mm 骨架二面角稳定构象半胱氨酸多肽

应用abeemσπ/mm方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量

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应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量

作者：赵洪伟辽宁师范大学

学位级别：硕士

生物体中的肽具有极其重要的生理功能,在细胞内发挥一定的生物活性,因此研究肽的性质是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同构象的总能量。本文把原子-键电负性均衡方法(abeemσπ)和分子力场(mm)结合在一起,采用abeemσπ/M... 详细信息

生物体中的肽具有极其重要的生理功能,在细胞内发挥一定的生物活性,因此研究肽的性质是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同构象的总能量。本文把原子-键电负性均衡方法(abeemσπ)和分子力场(mm)结合在一起,采用abeemσπ/mm方法的分子总能量计算方法,计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量。首先,通过计算模型分子的总能量调节不同类型的原子价态能量参数,进而计算小分子肽的总能量。把所得的分子总能量结果与从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法计算的结果相比,得出小分子肽总能量的绝对偏差小于9.0000kcal/mol,相对偏差小于19.0000×10-6,且均方根偏差3.4500 kcal/mol,相对均方根偏差6.9190×10-6。其次,又对二肽分子不同构象的总能量进行了计算,所得的分子总能量结果与从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法计算的结果相比,得出二肽分子不同构象总能量的绝对偏差小于2.0000 kcal/mol,相对偏差小于4.0000×10-6,且均方根偏差1.0647 kcal/mol,相对均方根偏差2.7016×10-6。以上结果表明,abeemσπ/mm方法计算的分子总能量结果与从头算(MP2/6-31 1++G(d,p))方法计算的结果具有较好的一致性,同时,也说明所调的原子价态能量参数具有很好的可转移性。此外,应用abeemσπ/mm方法计算分子总能量远远快于从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法。这些工作为以后计算更大的生物肽分子总能量及其相关性质等奠定了良好的基础。

关键词： abeemσπ/mm 小分子肽分子能量价态能量参数二肽

应用abeemσπ/mm研究磷脂分子的结构和性质

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应用ABEEMσπ/MM研究磷脂分子的结构和性质

作者：田博辽宁师范大学

学位级别：硕士

磷脂分子作为生物膜的重要组成成分,在许多生命活动过程中起着重要作用。因为生物膜中的许多分子细节难以在实验中获得,所以分子动力学模拟已成为生物膜结构和动力学信息的重要来源。本文基于量子化学从头算(QM)方法的结果,应用和发展原... 详细信息

磷脂分子作为生物膜的重要组成成分,在许多生命活动过程中起着重要作用。因为生物膜中的许多分子细节难以在实验中获得,所以分子动力学模拟已成为生物膜结构和动力学信息的重要来源。本文基于量子化学从头算(QM)方法的结果,应用和发展原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(abeemσπ/mm),建立磷脂分子的可极化力场。对磷脂分子进行分层次参数化,首先优选代表脂质官能团的片段小分子的参数,之后将它们逐步应用于较大的模型化合物和磷脂中。其中,磷脂的极性头基以四甲基铵(TMA)离子和磷酸二甲酯(DMP)为模型分子,酯化甘油骨架以乙酸甲酯(MAS)为模型分子,脂肪族脂肪烃尾部以短直链烷烃和烯烃为模型分子。对上述模型分子先进行QM计算,构建磷脂分子的abeemσπ/mm浮动电荷势能函数,确定相关的键长、键角、二面角和电荷参数。之后应用该势能函数对二棕榈酰磷脂酰胆碱(1,2-dipalmitoyl-sn-phosphatidylcholine,DPPC)分子的结构、能量和电荷分布等性质进行计算。结果表明,abeemσπ/mm与QM得到的结果具有很好的一致性,键长、键角、二面角的平均绝对偏差(AAD)分别仅为0.00001?、0.01°、0.01°,相对均方根偏差(RRMSD)分别仅为0.01%、0.01%、0.01%,电荷分布的线性相关系数为0.96,当其头基分别与1、2、3个水分子结合,体系结合能的均方根偏差(RMSD)分别为0.69 kcal/mol、0.18 kcal/mol、0.26 kcal/mol,RRMSD分别为4.65%、0.68%、1.14%。进一步对1,2-二肉豆蔻酰基-sn-磷脂酰胆碱(1,2-dimyristoyl-sn-phosphatidylcholine,DMPC),1,2-二月桂酰基-sn-磷脂酰胆碱(1,2-dilauroyl-sn-phosphatidylcholine,DLPC),1-棕榈酰-2-油酰基-sn-磷脂酰胆碱(1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-phosphatidylcholine,POPC),1,2-二油酰基-磷脂酰胆碱(1,2-dioleoyl-sn-phosphatidylcholine,DOPC)和1,2-二油酰基-磷脂酰乙醇胺(1,2-dioleoyl-sn-phosphatidylethanolamine,DOPE)等5种磷脂分子的结构、能量和电荷分布等性质进行计算,并与QM结果相比较,来测试力场参数的可靠性和可转移性。结果表明,abeemσπ/mm与QM计算结果吻合良好。两种方法计算5种磷脂分子的键长、键角、二面角的RMSD分别均小于0.01?、1.63°和4.86°,RRMSD分别均不超过1.14%、1.49%和4.40%。磷脂头基与1～3个水分子相结合的结合能的RMSD不超过0.69 kcal/mol,RRMSD不超过4.65%,电荷分布的线性相关系数R均大于0.96。

关键词：极化力场磷脂分子电荷分布 abeemσπ/mm

应用abeemσπ/mm方法探讨甘氨酸和苏氨酸二肽、三肽分子的稳定构象

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应用ABEEMσπ/MM方法探讨甘氨酸和苏氨酸二肽、三肽分子的稳定构...

作者：孙婷婷辽宁师范大学

学位级别：硕士

多肽是一类重要的生物分子,一些多肽经过加工和变形构成了蛋白质。对于多肽稳定构象的研究在实际生活中具有很重要的意义。为了更好地探究多肽分子稳定构象的性质,本文探索了甘氨酸和苏氨酸二肽及三肽分子的稳定构象,这些为探究生物大... 详细信息

多肽是一类重要的生物分子,一些多肽经过加工和变形构成了蛋白质。对于多肽稳定构象的研究在实际生活中具有很重要的意义。为了更好地探究多肽分子稳定构象的性质,本文探索了甘氨酸和苏氨酸二肽及三肽分子的稳定构象,这些为探究生物大分子的构象打下了良好的根基。本文应用Gaussian09量子化学软件和GaussView5.0可视化软件在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对甘氨酸二肽及苏氨酸二肽在气相和水相中的势能面进行扫描与分子结构优化,并将气相和水相条件下得到的结果进行了比较。对于三肽的研究,本文分别将甘氨酸二肽五组稳定构象和苏氨酸二肽十组稳定构象的(φ,ψ)进行两两排列组合,从而得到初始三肽构象,即二十五类、一百类。然后使用相同的方法基组进行优化和频率计算,从而得到二十五类甘氨酸三肽和四十类苏氨酸三肽的稳定构象。接下来本文应用abeemσπ/mm、OPLS/AA、AMBER99sb和CHARmm27等不同力场方法探究甘氨酸与苏氨酸对应二肽、三肽的稳定构象。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)计算的稳定构象为基准,只有abeemσπ/mm可以获得与从头算相同数量的对应二肽、三肽的稳定构象,而且算得的甘氨酸二肽和苏氨酸二肽骨架二面角的平均绝对偏差MAD分别是2.0°和4.6°,均方根偏差RMSD分别为2.3°和6.2°;甘氨酸三肽和苏氨酸三肽的MAD分别是11.8°和5.2°,RMSD分别为13.4°和7.7°。而固定电荷OPLS/AA、AMBER99sb和CHARmm27力场获得的稳定构象数均少于从头算,而且骨架二面角偏差也比较大,不能很好地重复从头算的结果。基于上述研究结果,我们以abeemσπ/mm扫描甘氨酸、苏氨酸二肽的极小值点所对应的构象为初始结构,通过进一步优化,得到了与从头算相近的结果。因此,在寻找甘氨酸、苏氨酸稳定构象方面,采用abeemσπ/mm方法代替从头算是可行的,这有宜于提高研究效率,也为研究大分子体系打下了基础。

关键词：从头算方法 abeemσπ/mm 甘氨酸多肽苏氨酸多肽

应用abeemσπ/mm方法探讨寡肽的稳定构象

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应用ABEEMσπ/MM方法探讨寡肽的稳定构象

作者：姚远辽宁师范大学

学位级别：硕士

生物多肽(如抗体)作为一类极具医学价值的生物分子,针对于多种疾病的诊断和治疗均有益处。多肽通常为两个或两个以上的氨基酸通过肽键相连而成的化合物,十分益于人体脏器的健康。其中具有活性的多肽更具研究价值,被称为活性肽。对于肽... 详细信息

生物多肽(如抗体)作为一类极具医学价值的生物分子,针对于多种疾病的诊断和治疗均有益处。多肽通常为两个或两个以上的氨基酸通过肽键相连而成的化合物,十分益于人体脏器的健康。其中具有活性的多肽更具研究价值,被称为活性肽。对于肽类分子稳定构象的研究,在实际生活中具有深远的意义。为了更好地探究肽类分子稳定构象,本文着重探索了甘氨酸(Gly)、苏氨酸(Thr)二肽、Gly-Thr和Thr-Gly三肽分子以及生物大分子的稳定构象及相关性质,以建立一种快速准确地验证稳定构象在生物大分子中重要地位的方法。首先,本文采用Gaussian09和GaussView5.0软件,应用B3LYP/6-311++G(d,p)将优化得到Gly-Thr、Thr-Gly三肽作为研究对象,应用abeemσπ/mm、OPLS/AA、AMBER99sb、CHARmm 27和AMOEBA bio09等力场探究以上三肽的稳定构象及相对能量。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)结果为基准,对比分析发现应用abeemσπ/mm可以获得与B3LYP相同数量的稳定构象,拟合度最好,准确度最佳。其次,以相同方法基组所得的甲硫氨酸-脑啡肽作为研究对象,对其进行骨架二面角和相对能量的计算。应用abeemσπ/mm、OPLS/AA、AMBER 99sb、CHARmm 27和AMOEBA bio09力场方法探究该分子的性质。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)结果为基准,对比分析发现应用abeemσπ/mm可以获得与B3LYP相同数量的稳定构象(甲硫氨酸-脑啡肽六肽通过abeemσπ/mm可以找到更多的稳定构象数目),吻合度较高,偏差较小。而固定电荷力场OPLS/AA、AMBER 99sb和CHARmm 27以及极化力场AMOEBA bio09只能部分地重复从头算的结果,其中极化力场结果更具优势。对于AMOEBA bio09力场方法耗时较长,用时约为abeemσπ/mm时间的5倍,故abeemσπ/mm的计算效率较高。利用abeemσπ/mm得到模型分子的结构和性质结果表明,abeemσπ/mm不但可以通过扫描优化之后所得到构象的时间最短,还可以找到从头算方法所得的所有稳定构象,而且结果偏差较小。

关键词：从头算方法 abeemσπ/mm 甘氨酸多肽苏氨酸多肽甲硫氨酸-脑啡肽

应用abeemσπ/mm方法计算一些有机分子及寡肽分子的总能量

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应用ABEEMσπ/MM方法计算一些有机分子及寡肽分子的总能量

作者：李辉辽宁师范大学

学位级别：硕士

本文应用abeemσπ/mm方法计算了环烷烃CnH2（nn=6～12）、醇CnH2n+1OH（n=1～8）、醛CnH2nO（n=1～8）和羧酸CnH2n+1COOH（n=0～8）分子的总能量。将计算结果与从头算(MP2/6-311+G(d,p))方法计算所得的结果相比，绝对偏差最小的是0.000... 详细信息

本文应用abeemσπ/mm方法计算了环烷烃CnH2（nn=6～12）、醇CnH2n+1OH（n=1～8）、醛CnH2nO（n=1～8）和羧酸CnH2n+1COOH（n=0～8）分子的总能量。将计算结果与从头算(MP2/6-311+G(d,p))方法计算所得的结果相比，绝对偏差最小的是0.0000kal/mol，最大的是9.0601kal/mol;相对偏差最小的是0.0000，最大的是3.1134×10-5;环烷烃、一元醇、醛、酸的均方根偏差（RMSD）分别为1.3068kal/mol，1.8952kal/mol，2.3504kal/mol和3.1269kal/mol，相对均方根偏差分别为0.3211×10-5，0.5650×10-5，0.7769×10-5和0.7715×10-5;两种方法计算能量的线性相关系数都为1.0000。可见应用abeemσπ/mm方法计算分子的能量是十分准确的。将该方法应用到大的体系（甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸、亮氨酸二肽到八肽）中，计算了这些分子在反β-折叠和α-右手螺旋构象下分子的总能量。将计算结果与从头算(MP2/6-311++G(d,p))方法计算所得的结果相比，在反β-折叠构象下，绝对偏差均小于1.7893kcal/mol，相对偏差均小于0.4828×10-5;均方根偏差和相对均方根偏差分别为1.0554kcal/mol和0.1170×10-5;线性相关系数均为1.0000。在α-右手螺旋构象下，绝对偏差均小于5.1523kcal/mol，相对偏差均小于0.6016×10-5;均方根偏差和相对均方根偏差分别为2.6671kcal/mol和0.1695×10-5;线性相关系数均为1.0000。上述结果表明，abeemσπ/mm方法能够快速、准确地计算分子的总能量，尤其对于大分子体系，更体现了速度快的优势，同时也验证了参数具有很好的可转移性。说明abeemσπ/mm方法是快速、准确计算分子总能量的好方法，是值得信赖和发展的。

关键词： abeemσπ/mm 原子价态能量参数分子总能量有机分子寡肽