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重庆医科大学学报 2022年第9期47卷 1025-1029页

作者：吴爽罗文依杨健余佳王东生川北医学院基础医学院南充637000 川北医学院医学检验系南充637000 中国医学科学院基础医学研究所北京100000 四川省肿瘤医院研究所检验科成都610000

目的:研究RNA结合蛋白abcf1在人急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生发展过程中的功能。方法:以临床初诊的AML患者为实验组,正常人为对照组,采用RT-qPCR检测abcf1 mRNA在正常人外周血中单个核细胞(peripheral blood mononuc... 详细信息

目的:研究RNA结合蛋白abcf1在人急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生发展过程中的功能。方法:以临床初诊的AML患者为实验组,正常人为对照组,采用RT-qPCR检测abcf1 mRNA在正常人外周血中单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)和AML患者骨髓有核细胞中的表达;用针对abcf1的2个shRNA慢病毒颗粒感染人单核细胞白血病细胞株THP-1,用CCK-8法检测THP-1细胞的增殖,用PI、Annexin V染色结合流式细胞仪检测细胞凋亡和细胞周期。利用ss-m^(6)A和ss-A探针进行RNA pull-down实验,分析abcf1与m^(6)A的结合能力。结果:abcf1在实验组AML患者中的表达明显高于对照组(P1),在THP-1细胞中抑制内源abcf1的表达能够促进细胞凋亡(P1),同时明显减少S期细胞的比例。与ss-A探针相比,abcf1蛋白具有特异的m^(6)A结合能力。结论:abcf1在AML细胞来源的THP-1细胞中发挥原癌基因作用,调控THP-1细胞的生理功能。

关键词： RNA结合蛋白 abcf1 急性髓系白血病细胞增殖

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基于生物信息学挖掘abcf1在膀胱癌发生发展和预后中的作用及机制研究

基于生物信息学挖掘ABCF1在膀胱癌发生发展和预后中的作用及机制...

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作者：范家文南昌大学

学位级别：硕士

背景:膀胱癌作为最常见的尿路上皮肿瘤,其排在全球第十大最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率仍然处于一个较高的水平。随着研究的不断深入,发现膀胱癌的发生发展是一个多机制的过程,目前对于其发生发展的分子机制仍不明确。ATP结合... 详细信息

背景:膀胱癌作为最常见的尿路上皮肿瘤,其排在全球第十大最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率仍然处于一个较高的水平。随着研究的不断深入,发现膀胱癌的发生发展是一个多机制的过程,目前对于其发生发展的分子机制仍不明确。ATP结合盒亚家族F成员1(ATP-binding cassette subfamily F member1,abcf1)是ATP结合盒转运蛋白家族的一员,既往研究发现其在多种恶性肿瘤组织中高表达,参与肿瘤发生发展的过程。然而,abcf1在膀胱癌中的作用尚不清楚。在本研究中,我们通过生物信息学分析和外部实验探讨了abcf1在膀胱癌中的表达及临床意义,对于发现针对膀胱癌治疗新靶点和预测膀胱癌预后新标志物有重要意义,为膀胱癌的精准诊疗提供新思路。方法:本研究首先收集了癌症基因图谱(TCGA)的19个正常膀胱组织和414个膀胱癌组织的基因表达数据和基因表达综合数据库(GEO)的GSE13507数据集。通过Wilcoxon秩和检验分析abcf1在膀胱癌组织和正常组织的表达差异;并通过实时荧光实时定量PCR(q RT-PCR)和蛋白质免疫印迹(WB)进一步在膀胱癌细胞水平验证abcf1在细胞系中的差异表达。通过人类蛋白质图谱(HPA)数据库探究abcf1在膀胱癌组织中的表达模式;通过免疫组化(IHC)在我院组织中进一步验证,并评估abcf1在膀胱癌组织和正常膀胱组织中的表达差异。利用TCGA数据集的表达数据及随访信息分析abcf1表达水平和膀胱癌患者预后的相关性;并通过我院60例膀胱癌患者资料进一步验证。通过基因富集分析(GSEA)来确定abcf1潜在的相关信号通路,探索abcf1在膀胱癌发生发展的机制。通过GSE13507数据集分析abcf1表达与膀胱癌进展的关系。结果:在本研究中,我们发现abcf1在膀胱癌组织中高表达(P1)。abcf1的表达量在女性膀胱癌患者中更高(P=0.00056),在病理分级高的膀胱癌患者中abcf1的表达量较病理分级低的更高(P=0.00049),在膀胱癌患者的临床T分期中肌层浸润性膀胱癌(T2-T4)的abcf1表达量较非肌层浸润性膀胱癌(Ta和T1)的更高(P=0.00007)、在N分期中存在淋巴结转移的膀胱癌患者abcf1表达量较无转移的膀胱癌患者更高(P=0.0076)。abcf1高表达与膀胱癌患者预后不良呈正相关(P1)。此外,单因素和多因素Cox回归分析显示abcf1高表达是膀胱癌患者预后不良的独立危险因素。q RT-PCR和WB表明在膀胱癌细胞系中高表达,IHC表明在膀胱癌组织中abcf1表达增高,生存分析表明abcf1的高表达患者预后更差。结论:研究结果表明,abcf1在膀胱癌组织中高表达,其表达量与患者临床分期分级相关,并且与膀胱癌患者预后不良呈正相关。因此abcf1在膀胱癌进展发挥重要作用,是预测膀胱癌预后不良的指标和潜在的治疗靶点。

关键词：膀胱癌 abcf1 生物信息学预后

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猪FRZB、abcf1基因多态性与生长性状的关联分析

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中国畜牧杂志 2018年第1期54卷 38-41,46页

作者：杨华徐珍陈佳姜佳佳毛翠毛慧敏左波徐在言湖北省生猪健康养殖协同创新中心农业部动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点实验室华中农业大学湖北武汉430070 湖北省畜禽育种中心湖北武汉430070 山东省荣成市俚岛镇俚岛畜牧兽医站山东荣成264317 浙江天蓬集团有限公司浙江江山324111

FRZB基因通过抑制Wnt信号途径调控细胞生长,abcf1(也称为ABC50)结合e IF2,在翻译起始中发挥着重要的作用,可作为猪生长性状相关的候选基因。本研究采用直接测序法检测FRZB基因和abcf1基因5'非翻译区中单核苷酸多态性(SNPs)基因型分布,... 详细信息

FRZB基因通过抑制Wnt信号途径调控细胞生长,abcf1(也称为ABC50)结合e IF2,在翻译起始中发挥着重要的作用,可作为猪生长性状相关的候选基因。本研究采用直接测序法检测FRZB基因和abcf1基因5'非翻译区中单核苷酸多态性(SNPs)基因型分布,并分析基因型与生长性状的相关性。结果表明:在美系大白猪中,FRZB基因位点ins(A-532G)多态性与背膘厚呈极显著相关(P1),与体长接近显著水平(P=0.05);abcf1基因254A/G多态性与背膘厚、左乳头数和右乳头数均呈显著相关(Pabcf1基因254A/G多态性与初生重呈显著相关(Pabcf1基因是潜在的影响猪生长性状的候选基因。

关键词： FRZB abcf1 多态性生长性状关联分析猪

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RNA结合蛋白abcf1在急性髓系白血病发生发展过程中的功能研究

RNA结合蛋白ABCF1在急性髓系白血病发生发展过程中的功能研究

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作者：吴爽川北医学院

学位级别：硕士

目的:通过检测正常人和急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中RNA结合蛋白abcf1的表达及敲低人单核细胞白血病细胞株THP-1中abcf1的表达来探索abcf1在AML发生和发展过程中的作用及可能的分子机制。方法:以临床初诊的AML患... 详细信息

目的:通过检测正常人和急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中RNA结合蛋白abcf1的表达及敲低人单核细胞白血病细胞株THP-1中abcf1的表达来探索abcf1在AML发生和发展过程中的作用及可能的分子机制。方法:以临床初诊的AML患者为实验组,正常健康人做为对照组,分离正常人外周血中单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)和AML患者骨髓有核细胞,利用Trizol试剂提取RNA,RT-qPCR检测abcf1 mRNA水平的表达。同时利用Bloodspot数据分析abcf1在不同核型异常AML患者中的表达情况。设计针对abcf1的2个shRNA序列,构建目的质粒并使用慢病毒颗粒感染人单核细胞白血病细胞株THP-1细胞,利用RTq-PCR和western blot技术检测shRNA转染对abcf1基因和蛋白表达的干扰效率;通过CCK-8法检测THP-1细胞增殖;PI和Annexin V染色方法结合流式细胞仪检测细胞凋亡和细胞周期。最后,为探索abcf1是否与m6A之间有相互作用,利用ss-m6A和ss-A探针进行RNA pull-down实验,验证abcf1与m6A的结合情况。结果:我们收集了 16例正常人和16例AML患者的骨髓单个核细胞,RT-qPCR检测发现,abcf1 mRNA在AML患者中的表达量显著高于正常对照组,差异具有统计学意义(P1)。利用Bloodspot数据进一步分析发现,与正常组织相比,除了在t(15:17)即M3型中表达下调之外,abcf1在其他三种核型异常AML患者中表达均上调且在t(8;21)即M2型,MLL易位的AML(包括M4和M5型)中显著上调。在THP-1细胞中构建的两条位点特异性的shRNA在RNA和蛋白水平均能显著抑制abcf1的表达(P1)。CCK-8和流式细胞术检测结果显示,与对照组相比,在THP-1细胞中抑制内源abcf1的表达能够显著抑制细胞增殖(P1)和促进细胞凋亡(P1在THP-1细胞中的表达显著减少细胞在S期中的比例。最后,经RNA pull-down实验检测发现,与ss-A探针相比,abcf1蛋白可以特异性结合m6A,提示在AML中,abcf1可能通过m6A相互作用,参与AML的发生和发展。结论:abcf1在AML患者中的表达量较健康对照组显著升高且在不同核型异常AML患者(M2,M4和M5)中均表达上调。降低abcf1在人单核细胞白血病细胞株THP-1细胞的表达可显著抑制细胞增殖、促进细胞凋亡和诱导细胞周期S期阻滞,提示靶向abcf1的表达有可能成为治疗AML的一个潜在有效途径。

关键词： RNA结合蛋白 abcf1 急性髓系白血病细胞增殖

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ATP结合人abcf1的晶体结构显示ABC蛋白的独特构象

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科学新闻 2019年第2期 136-136页

作者： Lu Qu Yan Jiang Chongyun Cheng Dong Wu Bing Meng Zhenrong Chen Yanping Zhu Neil Shaw 欧阳松应刘志杰福建师范大学生命科学学院昆明医科大学

文章简介abcf1具有两个序列相似的结构域,且构象非常活跃且不稳定,解析其结构的难度相对较大。为获得ABC家族蛋白ATP结合中间态的结构,课题组针对abcf1的柔性进行了多轮克隆和结晶条件的设计和筛选,从而获得了abcf1与ATP结合的中间状态... 详细信息

文章简介abcf1具有两个序列相似的结构域,且构象非常活跃且不稳定,解析其结构的难度相对较大。为获得ABC家族蛋白ATP结合中间态的结构,课题组针对abcf1的柔性进行了多轮克隆和结晶条件的设计和筛选,从而获得了abcf1与ATP结合的中间状态结构复合物晶体,进而解释了abcf1在镁离子充足的情况下

关键词：晶体结构 ATP abcf1

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