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现代农业 2016年第12期 96-96页

作者：王凤梅包头轻工职业技术学院

酵母菌传统的分类鉴定方法操作繁琐,且费时、费力,随着分子生物学的发展,分子鉴定酵母菌技术越来越完善。该文针对26s rDNA D1/D2区与5.8s-ITs rDNA序列分析法在酵母菌鉴定中的应用进行了阐述。

关键词：酵母鉴定 26s 5.8s

Preliminary Identification of Three New Isolates in Genus Alexandrium(Dinophyceae) from China sea Area

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Journal of Ocean University of China 2007年第1期6卷 33-39页

作者： FAN Lijing sUI Zhenghong MAO Yunxiang GUO Hao Division of Life science and Technology Ocean University of ChinaQingdao 266003P.R.China National Marine Environmental Monitoring Center State Oceanic AdministrationDalian 116023P.R.China

The 5.8 s ribosomal DNA sequences (5.8s rDNA) and their flanking regions, internal transcribed spacer 1 and spacer 2 (ITs1 and ITs2) of three new isolates in genus Alexandrium (Alexandrium sp. qd1, Alexandrium sp. qd2, Alexandrium sp. gz) from China were amplified, sequenced, and subjected to phylogenetic analysis. Alexandrium sp. gz and Alexandrium sp. qd1 were grouped with high bootstrap values with four strains/species, i.e., A. catenella south Korea strain, A. catenella Japan strain, and two from China, Alexandrium sp. AC03 and Alexandrium sp. AN01 being proposed to be A. catenalla in a previous study. Then Alexandrium sp. gz and Alexandrium sp. qd1 were identified as Alexandrium catenella. As A. catenella was isolated from Qingdao and Guangzhou sea areas, it supposedly distributed at least in these two areas and was genetically different. Alexandrium sp. qd2 differed greatly from species in Alexandrium. It clustered with symbiodinium californium, symbiodinium sp. G15 and Gymnodinium sp. Zhao 01 with 100% bootstrap value; so Alexandrium sp. qd2 affiliates to genus symbiodinium, and is probably a free-living symbiodinium species.

关键词： Alexandrium Gymnodinium symbiodinium ITs 5.8s rDNA-ITs phylogeny

11种鲈形目鱼类的核糖体基因GC含量及其与硬骨鱼类的特征比较

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中国水产科学 2017年第4期24卷 657-668页

作者：司李真武宝生孔晓瑜杨敏龚理时伟中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院大学

核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18s,5.8s,28s)和两个间隔区ITs1(internal transcribed spacer 1)和ITs2(internal transcribed spacer 2)。目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及... 详细信息

核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18s,5.8s,28s)和两个间隔区ITs1(internal transcribed spacer 1)和ITs2(internal transcribed spacer 2)。目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道。为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)5科11种鱼类5个片段的核糖体基因进行研究,包括尖吻鲈科(Latidae)、射水鱼科(Toxotidae)、军曹鱼科(Rachycentridae)、剑鱼科(Xiphiidae)、鲹科(Carangidae)。获得了1651个单克隆序列,通过分析并比较已有的其他硬骨鱼序列片段的GC含量变化特征,结果发现:本研究鱼类的18s的GC含量为52.6%~57.1%(平均54.6%),5.8s为55.6%~58.9%(平均57.4%),28s为64.2%~65.8%(平均64.6%),ITs1为56.5%~73.0%(平均65.0%),ITs2为62.3%~77.5%(平均69.1%)。编码区的GC含量相对较保守,变异范围较小,18s和5.8s变化范围明显小于间隔区,28s则位于间隔区的最低值和最高值之间。因此,我们发现硬骨鱼核糖体ITs高于60%的GC含量是该类群的一个特征,并且高GC含量的ITs1和ITs2序列中不存在明显的高GC富集区,其含量高低的变化与序列长度也没有相关性。本研究11种鱼类的ITs1和ITs2的GC含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相似性,因此GC平衡现象只存在部分种类中。本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供科学依据。

关键词：编码基因间隔区 18s 5.8s ITs1 ITs2

帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文)

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Acta Genetica sinica 2006年第8期33卷 702-710页

作者：程汉良夏德全吴婷婷孟学平吉红九董志国南京农业大学无锡渔业学院无锡214081 淮海工学院江苏省海洋生物重点建设实验室无锡214081 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心连云港222005 江苏省海洋水产研究所南通226007

根据18srDNA、5.8srDNA和28srDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITs1)和第二内转录间隔区(ITs2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITs1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITs1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITs1序列有个体差异;ITs2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITs2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITs2序列有个体差异。4种蛤ITs1和ITs2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITs2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITs1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITs1和ITs2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITs1和ITs2序列的组装获得了4种蛤5.8srRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8srRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8srRNA基因序列完全相同。以ITs2序列(包含5.8srRNA和28srRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。

关键词：帘蛤科核糖体DNA 内转录间隔区 5.8s rRNA基因系统发育分析物种鉴定

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITs序列分子系统学分析

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中山大学学报（自然科学版） 2012年第4期51卷 97-105页

作者：李婷婷陈斌陈省平刘翠姚雪陈伟洲赖学文刘涛中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中山大学中山医学院广东广州510080 汕头大学广东汕头515063 汕头市水产研究所广东汕头515000

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITs(含5.8s rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITs序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海... 详细信息

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITs(含5.8s rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITs序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITs序列长度在893～1 5.8 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITs系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8s序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITs序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。

关键词：江蓠科江蓠属龙须菜属 ITs 5.8s rDNA 系统发育

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产胞外多糖酵母菌株的筛选鉴定及发酵产糖

微生物学报 2010年第2期50卷 278-283页

作者：包怡红梁雪李锐达秦蕾东北林业大学林学院哈尔滨150040

【目的】微生物胞外多糖大多具有良好的功能和特性,但对酵母胞外多糖的研究甚少。本研究从自然界中筛选出产胞外多糖的酵母菌株,并对其发酵产糖条件进行初步研究。【方法】利用平板涂布法从自然界中分离得到酵母菌株,苯酚硫酸法测定菌... 详细信息

【目的】微生物胞外多糖大多具有良好的功能和特性,但对酵母胞外多糖的研究甚少。本研究从自然界中筛选出产胞外多糖的酵母菌株,并对其发酵产糖条件进行初步研究。【方法】利用平板涂布法从自然界中分离得到酵母菌株,苯酚硫酸法测定菌株胞外多糖的产量,筛选出胞外多糖高产菌株,并对其进行5.8srDNA分类鉴定,最后优化其产糖培养基组成。【结果】对从葡萄、蜜枣、土壤样品中分离得到的132株酵母进行筛选,最终得到3株高产胞外多糖的酵母菌株Z14、Z20和L25。经5.8s rDNA序列测定及系统发育分析,从左优红葡萄中分离得到的Z14和Z20与东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)处于同一分支,相似性达到99%以上;从落叶松近表层土壤分离得到的L25与土生隐球酵母(Cryptococcus humicolus)处于同一分支,相似性为98.8%。经优化,利于Z20胞外多糖合成的最优发酵培养基配方为:葡萄糖8%,(NH4)sO40.2%,KH2PO40.1%,酵母浸粉0.1%,CaCl20.01%。在初始pH6.0,发酵温度28℃,摇床转数160 r/min条件下,在此培养基中发酵4 d后胞外多糖产量可达2.046 g/L,比复筛时的产量1.137 g/L提高了79.9%。【结论】文献已报道某些属的酵母可以生产胞外多糖,经本文研究发现Issatchenkia属的酵母也可以合成胞外多糖,并且改变基础产糖培养基的成分可以显着提高Z20胞外多糖的产量。

关键词：酵母胞外多糖 5.8s rDNA 培养基优化

小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)内生真菌的培养与鉴定

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生态学报 2009年第1期29卷 53-58页

作者：卢萍 Dennis Child 赵萌莉 Dale R Gardener 吕桂芬韩国栋内蒙古师范大学生命科学与技术学院呼和浩特010022 美国科罗拉多州立大学自然资源学院内蒙古农业大学生态环境学院呼和浩特010018 美国农业部有毒植物实验室

小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）是内蒙古草原上的重要毒草,实验结合微生物学和分子生物学手段进行了其内生真菌研究。结果表明：体外培养的小花棘豆内生真菌生长缓慢,呈圆形、隆起、边缘整齐、辐射状生长的白色菌落,后菌体分泌黑褐... 详细信息

小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）是内蒙古草原上的重要毒草,实验结合微生物学和分子生物学手段进行了其内生真菌研究。结果表明：体外培养的小花棘豆内生真菌生长缓慢,呈圆形、隆起、边缘整齐、辐射状生长的白色菌落,后菌体分泌黑褐色的色素物质,分生孢子近圆柱形,有粗且比孢子壁厚的暗色横隔膜,隔膜数1-5个。10个菌株的5.8s rDNA/ITs序列与内生真菌Embellisia sp.L12株的序列高度相似。推测该内生真菌属于Embellisia。

关键词：小花棘豆内生真菌 5.8s rDNA/ITs 分生孢子

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链格孢菌菌株致病性及其遗传差异性

应用与环境生物学报 2005年第4期11卷 486-489页

作者：常缨王义权强胜南京农业大学杂草研究室南京210095 厦门大学生物系福建厦门361005

对分离自紫茎泽兰的19个链格孢菌菌株的致病性进行了比较研究,并对这19个菌株和其它来源的3个菌株的5.8srDNA及其两侧的ITs1区和ITs2区进行了序列分析.结果显示,链格孢菌菌株的致病性差异明显;21株链格孢菌菌株在5.8srDNA及其两侧的转... 详细信息

对分离自紫茎泽兰的19个链格孢菌菌株的致病性进行了比较研究,并对这19个菌株和其它来源的3个菌株的5.8srDNA及其两侧的ITs1区和ITs2区进行了序列分析.结果显示,链格孢菌菌株的致病性差异明显;21株链格孢菌菌株在5.8srDNA及其两侧的转录间区(ITs区)的序列无差异,而与百日草链格孢菌(Alternariazinniae)的序列差异显著,表明21株链格孢菌菌株属种内变异.采用AFLP分子标记技术对21株链格孢菌的DNA扩增片段长度多态性进行了分析,结果表明,链格孢菌自然变异群体内存在很高的遗传多样性.链格孢菌菌株的相似性与菌株的地理来源有一定的相关性,但基于AFLP标记划分的AFLP类群与基于寄主病情指数划分的致病力类群间关系不相一致;起始菌株与变异菌株相似性显著,但二者和致病性的关系不显著.

关键词：链格孢菌 ITs区 5.8s rDNA AFLP

鱿鱼丝加工中真菌菌相变化规律及优势真菌的分离鉴定

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现代食品科技 2016年第5期32卷 98-103,111页

作者：黄鹏晓吴祖芳沈飚翁佩芳刘茜宁波大学海洋学院应用海洋生物技术教育部重点实验室浙江宁波315211

为减少鱿鱼丝加工过程中真菌污染,提高鱿鱼丝产品的质量,将传统的微生物鉴定技术与5.8s r DNA-ITs序列分析法相结合,并通过系统发育树分析,探索鱿鱼丝加工过程中真菌菌相变化规律及优势菌株。结果表明,在鱿鱼丝加工过程中,不同阶段样品... 详细信息

为减少鱿鱼丝加工过程中真菌污染,提高鱿鱼丝产品的质量,将传统的微生物鉴定技术与5.8s r DNA-ITs序列分析法相结合,并通过系统发育树分析,探索鱿鱼丝加工过程中真菌菌相变化规律及优势菌株。结果表明,在鱿鱼丝加工过程中,不同阶段样品中真菌数量差异显著(psp.)、隐球酵母属(Cryptococcus sp.)、座囊菌属(Dothideomycetes sp.)、胶红酵母属(Rhodotorula sp.)、丝孢酵母属(Trichosporon sp.)、茎点霉属(Phoma sp.)、青霉属(Penicillium sp.)、曲霉属(Aspergillus sp.)、枝孢霉属(Cladosporium sp.)。其中,青霉菌(M-03)和假丝酵母菌(Y-04)为鱿鱼丝加工过程中的优势菌,在加工终点时的数量分别为1.85 log cfu/g和2.15 log cfu/g。

关键词：鱿鱼丝真菌发育树 5.8s rDNA-ITs 聚合酶链式反应(PCR)

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黄淮海地区夏玉米纹枯病菌的融合群鉴定

菌物学报 2008年第3期27卷 360-367页

作者：夏海波伍恩宇于金凤山东农业大学植物病理学系泰安271018

从黄淮海地区采集玉米纹枯病标样250余份,分离得到176个丝核菌菌株。融合群测定及5.8srDNA-ITs区序列分析结果表明,这些菌株分别属于多核丝核菌的AG1-IA、AG1-IB、AG4-HG-I、AG-5、WAG-Z融合群及双核丝核菌的AG-A、AG-Ba融合群。其中AG1... 详细信息

从黄淮海地区采集玉米纹枯病标样250余份,分离得到176个丝核菌菌株。融合群测定及5.8srDNA-ITs区序列分析结果表明,这些菌株分别属于多核丝核菌的AG1-IA、AG1-IB、AG4-HG-I、AG-5、WAG-Z融合群及双核丝核菌的AG-A、AG-Ba融合群。其中AG1-IA是优势融合群,占分离菌株总数的64.20%,其次是AG-Ba,占12.50%,再依次分别是WAG-Z(10.23%)、AGI-IB(5.11%)、AG-4-HG-I(3.98%)、AG-5(2.27%)和AG-A(1.70%)。其中AG-Ba融合群是国内首次在玉米上分离得到。从各融合群中选取代表性的菌株进行5.8s rDNA-ITs区序列分析结果表明,隶属不同融合群或亚群的菌株其5.8s rDNA-ITs区序列存在较大的差异,而相同融合群(或亚群)不同菌株之间其序列的一致性可高达97%-100%。

关键词：立枯丝核菌融合群 5.8s rDNA-ITs区序列分析