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人肠道病毒D68型5′utr间隔区域对下游基因表达的影响

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微生物学通报 2020年第12期47卷 4196-4204页

作者：唐弘杨春康月茜田耘博何永林徐蕾张光媛唐霞卢楠重庆医科大学基础医学院微生物教研室重庆400016 陆军军医大学第二附属医院麻醉科重庆400037 绵阳市第三人民医院四川省精神卫生中心检验科四川绵阳621000 重庆市血液中心重庆400015

【背景】人肠道病毒D68型(EV-D68)属于小RNA病毒科肠道病毒属人肠道病毒D组,在2014年8月至2015年1月间,该病毒引起的感染在北美显著增多,我国也出现流行。相对于原始的Fermon毒株,流行株5′utr区域几乎都存在一两处缺失,在起始密码子AT... 详细信息

【背景】人肠道病毒D68型(EV-D68)属于小RNA病毒科肠道病毒属人肠道病毒D组,在2014年8月至2015年1月间,该病毒引起的感染在北美显著增多,我国也出现流行。相对于原始的Fermon毒株,流行株5′utr区域几乎都存在一两处缺失,在起始密码子ATG前还存在两处ataaca重复序列,这两处位点的功能尚未见报道。【目的】探讨流行株5′utr区域的缺失对下游基因表达的影响,以及ataaca重复序列的功能。【方法】通过序列比对分析现阶段流行株与原始毒株Fermon株5′utr的差异以及保守区域,利用分子生物学方法缺失上述区域后,利用双荧光素酶报告系统分析5′utr中上述区域对下游报告基因的影响。【结果】序列比对分析发现,目前流行的EV-D68毒株在对应于Fermon株基因组5′utr的685-707区域发生了23个碱基的缺失,而部分毒株还在718-729区域发生了第二处缺失。荧光素酶结果显示,仅第一处缺失可以极大地提高下游基因的表达量,同时具有两处缺失则与野生型几乎相当,而仅缺失第二段序列则降低了下游基因的表达量。此外,还发现第一处缺失中的序列可能对下游基因表达起到了抑制作用,而靠近起始密码子的ataaca序列作用尚不明确。【结论】目前流行的EV-D68毒株在5′utr区域大多出现了一两处缺失,第一处缺失极大地增强了下游报告基因的表达,而第二处缺失具有相反的功能,这一现象可能与起始密码子前的两处ataaca重复序列有关。

关键词：人肠道病毒D68型 5′utr 双荧光素酶报告系统

鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq与oppA mRNA 5′ utr结合位点的预测与验证分析

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中国兽医学报 2023年第7期43卷 1434-1441,1449页

作者：张家莉潘永杨阳令狐远凤杨琦贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学动物疫病研究所贵州贵阳550025 贵州省动物疫病研究室贵州贵阳550025 贵州省农业科学院畜牧兽医研究所贵州贵阳550025

OppA与鼠伤寒沙门菌氨基酸和肽的摄取有着重要的关系,oppA mRNA是已验证受Hfq伴侣蛋白依赖型小RNA GcvB转录后调控的靶标,GcvB与oppA mRNA的作用机制已经确认,但Hfq与oppA mRNA之间的互作机制尚未明确。为明确Hfq与oppA mRNA潜在的作用... 详细信息

OppA与鼠伤寒沙门菌氨基酸和肽的摄取有着重要的关系,oppA mRNA是已验证受Hfq伴侣蛋白依赖型小RNA GcvB转录后调控的靶标,GcvB与oppA mRNA的作用机制已经确认,但Hfq与oppA mRNA之间的互作机制尚未明确。为明确Hfq与oppA mRNA潜在的作用位点,分析Hfq与oppA mRNA (ARN)n基序的作用关系。本研究利用5′-RACE验证oppA mRNA转录起始位点和oppA mRNA 5′utr,使用Mfold软件预测oppA mRNA部分序列的二级结构并根据(ARN)n基序的特征筛查oppA mRNA 5′utr的ARN基序,利用λ-Red同源重组技术构建oppA mRNA不同(ARN)n基序敲除和突变的lacZ基因融合菌株,通过qRT-PCR试验和β-半乳糖苷酶试验的检测oppA的转录水平和蛋白表达量的变化。经验证oppA mRNA 5′utr长度为159 bp,在oppA mRNA 5′utr中预测到2个Hfq结合偏好型基序ARN-1和ARN-2。对ARN-1和ARN-2基序分别或同时敲除或点突变,oppA mRNA的转录水平和蛋白水平的变化呈现相似的结果。与Western blot相比,oppA基因转录和蛋白水平总体呈下调趋势。综上所述,经预测的ARN-1和ARN-2基序与Hfq转录后负调控oppA mRNA的作用机制无明显的关联,推测其为oppA mRNA翻译所需元件。

关键词：鼠伤寒沙门菌 Hfq 5′utr oppA

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HSV-1即刻早期基因的5′utr对报告基因mRNA翻译的影响

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云南大学学报（自然科学版） 2024年第5期46卷 980-992页

作者：徐朗希李丹丹李恒郑惠文彭沙沙张莹于丽廖芸刘龙丁李琦涵中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南昆明650118 昆明医科大学云南昆明650500

mRNA疫苗的5′非翻译区(5’untranslated regions,5′utr)对其表达起着重要作用,报告基因增强绿色荧光蛋白基因(enhanced green fluorescent protein,EGFP)用于检测5′utr调控mRNA表达已经是一个较为成熟的实验方法.为研究单纯疱疹病毒1... 详细信息

mRNA疫苗的5′非翻译区(5’untranslated regions,5′utr)对其表达起着重要作用,报告基因增强绿色荧光蛋白基因(enhanced green fluorescent protein,EGFP)用于检测5′utr调控mRNA表达已经是一个较为成熟的实验方法.为研究单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus 1,HSV-1)即刻早期基因的5′utr作为报告基因EGFP mRNA的5′utr对其翻译的影响,本研究将4个即刻早期基因的5’utr以及表达能力较强的人β珠蛋白基因(humanβGlobin,hBg)5′utr插入报告基因EGFP 5’端,通过观察绿色荧光强度研究不同即刻早期基因5′utr对mRNA翻译的影响.结果表明:经mRNA转染试剂和纳米脂质体颗粒分别递送进293T细胞和小鼠体内;RL2的5′utr作为报告基因EGFP 5′utr的表达水平与hBg 5′utr相近,RS1、US1、US12表达水平明显弱于hBg 5′utr.因此,RL2基因的5′utr有潜力作为mRNA疫苗的5′utr.

关键词：单纯疱疹病毒1型 5′utr mRNA 蛋白表达水平

谷氨酸棒杆菌中基于5′utr及其下游序列的增强型表达载体构建

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生物学杂志 2021年第5期38卷 43-47页

作者：方求武高雄孙曼曼刘秀霞李业杨艳坤白仲虎江南大学粮食发酵工艺与技术国家工程实验室无锡214122 江南大学工业生物技术教育部重点实验室无锡214122 江南大学生物工程学院无锡214122

从谷氨酸棒杆菌CGMCC1.15647基因组中鉴定蛋白丰度最高基因的5′utr(5′-untranslated region)及其下游序列,并利用这些5′utr及其下游序列与两种高强度启动子P H36和P tac组合分别构建一系列单顺反子和双顺反子表达载体。5′utr及其下... 详细信息

从谷氨酸棒杆菌CGMCC1.15647基因组中鉴定蛋白丰度最高基因的5′utr(5′-untranslated region)及其下游序列,并利用这些5′utr及其下游序列与两种高强度启动子P H36和P tac组合分别构建一系列单顺反子和双顺反子表达载体。5′utr及其下游序列显著提升启动子的表达强度,其中表达强度最高的pTac-B2826-EGFP荧光强度是阳性对照pTac-Positive的3.6倍。使用筛选的增强型表达载体在谷氨酸棒杆菌中成功地表达VHH蛋白(variable domain of heavy chain of heavy-chain antibody),在摇瓶发酵水平,VHH的分泌表达量达到85.4 mg/L。筛选的双顺反子载体可成为谷氨酸棒杆菌内源基因过表达和重组蛋白生产的有利工具。

关键词：谷氨酸棒杆菌 5′utr 双顺反子表达载体 VHH

食源性肥胖小鼠IRX3基因5′utr区甲基化率研究

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湖北农业科学 2019年第20期58卷 170-173页

作者：袁明铭周静侯开领四川省中医药科学院

为了研究食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织中IRX3基因5′utr区甲基化情况及IRX3基因mRNA表达情况,将雄性C57BL/6J小鼠进行食源性肥胖造模,采用RT-qPCR法检测IRX3 mRNA表达情况,BSP(Bisulfite sequencing PCR,BSP)法检测IRX3基因5′utr区甲基... 详细信息

为了研究食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织中IRX3基因5′utr区甲基化情况及IRX3基因mRNA表达情况,将雄性C57BL/6J小鼠进行食源性肥胖造模,采用RT-qPCR法检测IRX3 mRNA表达情况,BSP(Bisulfite sequencing PCR,BSP)法检测IRX3基因5′utr区甲基化情况。结果表明,肥胖组小鼠腹部脂肪组织IRX3基因相对表达量极显著高于对照组(P5′utr区甲基化率差异不显著,但有2个位点(-128 bp和-116 bp处)和1个位点(-182 bp处)的甲基化率在所有肥胖小鼠中分别达到62.5%、62.5%和75.0%,极显著高于其他位点。小鼠发生食源性肥胖,IRX3基因mRNA表达上调;食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织IRX3基因表达上调与其5′utr区甲基化率无关;食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织IRX3基因5′utr区3个特异位点的甲基化,可能参与了肥胖的发生。

关键词：食源性肥胖 IRX3基因相对表达量 5′utr 甲基化

Antibody upstream sequence diversity and its biological implications revealed by repertoire sequencing

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Journal of Genetics and Genomics 2021年第10期48卷 936-945页

作者： Yan Zhu Xiujia Yang Cuiyu Ma Haipei Tang Qilong Wang Junjie Guan Wenxi Xie Sen Chen Yuan Chen Minhui Wang Chunhong Lan Deqiang Sun Lai Wei Caijun Sun Xueqing Yu Zhenhai Zhang State Key Laboratory of Organ Failure Research National Clinical Research Center for Kidney DiseaseDivision of NephrologyNanfang HospitalSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Department of Bioinformatics School of Basic Medical SciencesSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Center for Precision Medicine Guangdong Provincial People's HospitalGuangdong Academy of Medical SciencesGuangzhou 510080China Guangdong-Hong Kong Joint Laboratory on Immunological and Genetic Kidney Diseases Guangdong Provincial People's HospitalGuangdong Academy of Medical SciencesGuangzhou 510080China Key Laboratory of Mental Health of the Ministry of Education Guangdong-Hong Kong-Macao Greater Bay Area Center for Brain Science and Brain-Inspired IntelligenceSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Department of Nephrology Hainan Affiliated Hospital of Hainan Medical CollegeHaikou 570311China Department of Nephrology Hainan General HospitalHaikou 570311China Department of Center Laboratory The Fifth Affiliated Hospital of Guangzhou Medical UniversityGuangzhou 510700China State Key Laboratory of Ophthalmology Zhongshan Ophthalmic CenterSun Yat-sen UniversityGuangzhou 510060China School of Public Health Sun Yat-sen UniversityShenzhen 510006China Division of Nephrology Guangdong Provincial People's HospitalGuangdong Academy of Medical SciencesGuangzhou 510080China

The sequence upstream of the antibody variable region(antibody upstream sequence[AUS])consists of a 5′untranslated region(5′utr)and a preceding leader *** sequence variations in AUS affect antibody engineering and PCR based antibody quantification and may also be implicated in mRNA transcription and ***,the diversity of AUSs remains *** 5′rapid amplification of cDNA ends and high-throughput antibody repertoire sequencing technique,we acquired full-length AUSs for human,rhesus macaque,cynomolgus macaque,mouse,and *** designed a bioinformatics pipeline and identified 3307 unique AUSs,corresponding to 3026 and 1457 unique sequences for 5′utr and leader region,*** analysis indicated that 928(63.69%)leader sequences are novel relative to those recorded in the international ImMunoGeneTics information ***,leader sequences are more conserved than 5′utr and seem to coevolve with their downstream V ***,single-nucleotide polymorphisms are position dependent for leader regions and may contribute to the functional reversal of the downstream V ***,the AUGs in AUSs were found to have little impact on gene *** together,our findings can facilitate primer design for capturing antibodies efficiently and provide a valuable resource for antibody engineering and molecule-level antibody studies.

关键词： Antibody upstream sequences 5′utr Leader sequences Antibody repertoire sequencing Antibody repertoire

β-1,3-葡聚糖酶在枯草芽孢杆菌中的表达与性质

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食品与生物技术学报 2022年第2期41卷 29-36页

作者：张佳妮徐岩喻晓蔚江南大学工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 江南大学生物工程学院江苏无锡214122

藤黄节杆菌(Athrobacter luteu)β-1,3-葡聚糖酶(βglⅠ)能够特异性的作用于β-葡聚糖中的β-1,3-糖苷键,在酵母裂解活性上具有突出优势,但是βglⅠ在生产上存在表达低、生产成本高的问题。作者利用无缝克隆技术构建表达载体,实现了βg... 详细信息

藤黄节杆菌(Athrobacter luteu)β-1,3-葡聚糖酶(βglⅠ)能够特异性的作用于β-葡聚糖中的β-1,3-糖苷键,在酵母裂解活性上具有突出优势,但是βglⅠ在生产上存在表达低、生产成本高的问题。作者利用无缝克隆技术构建表达载体,实现了βglⅠ在枯草芽孢杆菌中的分泌表达,并通过比较不同Tat类型和Sec类型信号肽、RBS、5′utr等表达元件来提高βglⅠ的胞外产量。结果表明,信号肽SPLipA使得βglⅠ表达水平提高了0.4倍,在此信号肽基础上继续比较各RBS和5′utr序列,其中cry3A 5′utr使βglⅠ产量高出出发菌株1.2倍。此外,利用Ni2+亲和层析柱纯化βglⅠ并对其酶学性质进行研究,结果表明该酶的最适反应温度为50℃,最适反应pH为6.0,在0~45℃、pH 4.0~9.0的范围内稳定性较好,比活为973 U/mg。

关键词： βglⅠ 枯草芽孢杆菌分泌表达信号肽 RBS 5′utr

猪繁殖与呼吸综合征病毒5′非翻译区一茎环结构的功能解析

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畜牧兽医学报 2010年第11期41卷 1428-1434页

作者：陆嘉琦高飞刘萍袁世山中国农业科学院上海兽医研究所/中国动物卫生与流行病学中心上海分中心猪传染病研究室农业部动物寄生虫病重点实验室上海200241

以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR将5′非翻译区(5′utr)中部分一级序列进行系列突变,以改变5′utr二级结构中的一保守茎部结构,从而解析PRRSV5′utr中结构与功能的关系。通过DNA转... 详细信息

以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR将5′非翻译区(5′utr)中部分一级序列进行系列突变,以改变5′utr二级结构中的一保守茎部结构,从而解析PRRSV5′utr中结构与功能的关系。通过DNA转染MARC-145细胞观察突变体克隆的感染性,并通过免疫荧光及Northern blot来研究拯救后突变病毒的复制、转录特性,以及通过空斑形态学分析突变病毒的生长特性。结果表明,PRRSV5′utr中保守茎部结构的二级结构与病毒的拯救无直接关系,但其一级核苷酸序列却是PRRSV病毒复制所必需的,作者还找到直接调控病毒复制的核心位点。由此证实了5′utr中调控PRRSV复制过程的必需序列,为进一步解析PRRSV复制过程的调控元件奠定了基础。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒 5′utr 高级结构与功能病毒复制基因表达调控

猪内源性反转录病毒5′非编码区启动子活性的分析

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中国农业科学 2007年第2期40卷 379-384页

作者：丁芳吕茂民马玉媛吴健敏田克恭毕丁仁章金刚华中农业大学动物医学院军事医学科学院野战输血研究所农业部兽医诊断中心

【目的】构建以缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′utr)为启动子的萤光素酶表达载体,分析5′utr的转录调控规律。【方法】将含有不同功能域的PERV的utr克隆至萤光素酶表达载体上,转染瞬时表达细胞Cos-7,检测萤光... 详细信息

【目的】构建以缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′utr)为启动子的萤光素酶表达载体,分析5′utr的转录调控规律。【方法】将含有不同功能域的PERV的utr克隆至萤光素酶表达载体上,转染瞬时表达细胞Cos-7,检测萤光素酶的表达。【结果】缺失R区的5′utr显示出很强的启动子活性,U3重复区序列缺失的5′utr启动子活性显著下降。utr显示出较之LTR强的启动子活性。缺失整个U3区的utr比仅缺失U3重复区的utr启动子活性强。【结论】在R区有转录因子的结合位点可引起转录活性下降;U3重复区序列表现出增强子的活性。在5′utr的下游序列中,包括引物结合区(PBS)和前导序列(Leader)可能有某些转录因子的结合位点引起转录增强,同时在U3重复区的上游和下游序列可能存在某些转录因子的结合位点可减少5′utr的转录活性。

关键词：中国五指山猪猪内源性反转录病毒 5′utr 启动子活性