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猪繁殖与呼吸综合征病毒3’-utr碱基缺失对病毒复制影响的初步研究

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中国预防兽医学报 2019年第8期41卷 783-788页

作者：熊俊垚赵款于芳杨勇博田志军蔡雪辉安同庆中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)3’-非编码区(utr)在病毒复制过程中具有重要作用,本研究经序列比对发现,与经典PRRSV相比,高致病性PRRSV(HP-PRRSV)3’-utr中第17位碱基G(鸟嘌呤)发生缺失。为进一步探究3’-utr中该碱基缺失对3’-utr二... 详细信息

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)3’-非编码区(utr)在病毒复制过程中具有重要作用,本研究经序列比对发现,与经典PRRSV相比,高致病性PRRSV(HP-PRRSV)3’-utr中第17位碱基G(鸟嘌呤)发生缺失。为进一步探究3’-utr中该碱基缺失对3’-utr二级结构和PRRSV复制效率的影响,本研究在HP-PRRSV HuN 4感染性克隆株的基础上,将缺失碱基补平,得到突变病毒HuN 4-3’-utr-(17+G)。复制动力学结果显示突变病毒HuN 4-3’-utr-(17+G)在48 h和96 h病毒滴度均较亲本病毒HuN 4株显著降低(p3’-utr第17位碱基G的缺失增强了HP-PRRSV的复制能力;同时第17位碱基对应的茎环区域的缺失不影响病毒拯救,其还可以作为标记疫苗的分子标签。本研究结果为进一步探究PRRSV复制的分子机制奠定了基础。

关键词：高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 3’-utr 复制缺失

荒漠甲虫光滑鳖甲和小胸鳖甲抗冻蛋白基因及其3'-utr的序列分析

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应用昆虫学报 2013年第5期50卷 1219-1229页

作者：侯小娟梁娜邱立明马纪新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室乌鲁木齐830046

拟步甲科昆虫光滑鳖甲Anatolica polita Kaszab和小胸鳖甲Microdera punctipennis Kaszab分别是新疆准噶尔盆地荒漠地区的广布种和特有种。它们的生活习性有很大差异,光滑鳖甲白天活动,且活动范围广,而小胸鳖甲喜阴避光夜晚活动,活动范... 详细信息

拟步甲科昆虫光滑鳖甲Anatolica polita Kaszab和小胸鳖甲Microdera punctipennis Kaszab分别是新疆准噶尔盆地荒漠地区的广布种和特有种。它们的生活习性有很大差异,光滑鳖甲白天活动,且活动范围广,而小胸鳖甲喜阴避光夜晚活动,活动范围小,但在两者体内都发现有多拷贝的抗冻蛋白基因,并且抗冻蛋白基因在夏季也有表达。为了比较这两种昆虫的抗冻蛋白序列以及不同时期表达的抗冻蛋白序列的差异情况,本研究分别以光滑鳖甲和小胸鳖甲的过冬和夏季成虫为材料,根据已克隆的抗冻蛋白基因序列设计通用引物,扩增新的抗冻蛋白基因及其3'-非翻译区(3'-utr)。序列分析结果表明,无论是冬季还是夏季表达的抗冻蛋白在两种昆虫中都具有拟步甲科昆虫抗冻蛋白的特点,即含有不同数量的"TCTXSXXCXXAX"12个氨基酸的重复序列;光滑鳖甲抗冻蛋白基因的变异性大于小胸鳖甲,并且在重复基序的保守位点都有突变现象。小胸鳖甲抗冻蛋白在C末端有较大变异。光滑鳖甲抗冻蛋白基因的3'-utr区变异较大,而小胸鳖甲抗冻蛋白基因的3'-utr区几乎没有变异。推测两种昆虫抗冻蛋白及抗冻蛋白基因3'-utr的变异性可能与抗冻蛋白的表达调控以及昆虫对微环境的适应性有关。

关键词：光滑鳖甲小胸鳖甲抗冻蛋白 3’-utr 微环境

四个绵羊品种BMPR-IB基因3'-utr区多态性及其与胎产羔数的相关分析

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农业生物技术学报 2020年第4期28卷 702-710页

作者：孙渭博张利平郎侠张筱艳靳继鹏张紫奇肖帆雷志惠甘肃农业大学动物科学技术学院甘肃省农业科学院畜草与绿色农业研究所

为探究骨形态发生受体蛋白IB基因（bone morphogenetic protein receptor IB, BMPR-IB）非编码区多态性对绵羊（Ovis aries）繁殖性能的遗传效应,本实验以湖羊多羔母羊（Multiple Hu Sheep, HM）、蒙古羊单羔母羊（Singletons Mongolian... 详细信息

为探究骨形态发生受体蛋白IB基因（bone morphogenetic protein receptor IB, BMPR-IB）非编码区多态性对绵羊（Ovis aries）繁殖性能的遗传效应,本实验以湖羊多羔母羊（Multiple Hu Sheep, HM）、蒙古羊单羔母羊（Singletons Mongolian Sheep, MS）和双羔母羊（Twins Mongolian Sheep, MT）、欧拉羊单羔母羊（Singletons Oula Sheep, ZS）和双羔母羊（Twins Oula Sheep, ZT）、澳洲白绵羊单羔母羊（Singletons Australian White Sheep, AS）为研究对象,利用DNA直接测序法检测BMPR-IB基因3’-非编码区（3’-untranslated region, 3’-utr） SNPs,并分析其与胎产羔数（后简称产羔数）之间的相关性。结果表明:在3’-utr区1 145～1 500 bp检测到1339（G/A）和1354（A/G）两个突变位点,对3’-utr区1354位点（对应BMPRIB基因m RNA序列NM;01009431.1中3019位点）进一步分析,表明在MT和ZT中检测到野生AA型、杂合突变AG型和纯合突变GG型,优势等位基因均为A;在MS、ZS及AS中检测到野生AA型和杂合突变AG型,优势等位基因均为A;在HM中检测到杂合突变AG型和纯合突变GG型,优势等位基因为G;经多态信息含量（polymorphism information content, PIC）分析可知:HM、MT、MS、ZS及AS处于低度多态（PIC3’-utr区1354位点突变在产多羔、双羔群体与产单羔群体间存在显著差异（P<0.05）。AG、GG基因型对湖羊、产双羔的蒙古羊和欧拉羊实验群体的产羔数有显著影响,故该位点可作为产多羔及产双羔绵羊产羔性状的分子遗传标记位点。本研究为选育高繁殖力绵羊提供理论科学依据。

关键词：绵羊骨形态发生蛋白受体-IB基因(BMPR-IB) 3’-utr 多态性

T细胞CD3ζ3'-utr区域突变类型的特点

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暨南大学学报（自然科学与医学版） 2017年第1期38卷 46-50页

作者：罗伟峰赵素文肖彦恺郭理杏廖紫薇邬明娟方苏李琰李萡广州血液中心广东广州510095 暨南大学再生医学教育部重点实验室暨南大学医学院血液病研究所广东广州510632

目的:分析CD3ζ3'-utr区域的突变/SNP的类型情况,深入了解中国汉族健康人CD3ζ3'-utr的突变/SNP特点.方法:利用RT-PCR,T载体克隆以及核苷酸测序等技术分析20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-utr突变/SNP突变类型等情况.结果:20例健... 详细信息

目的:分析CD3ζ3'-utr区域的突变/SNP的类型情况,深入了解中国汉族健康人CD3ζ3'-utr的突变/SNP特点.方法:利用RT-PCR,T载体克隆以及核苷酸测序等技术分析20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-utr突变/SNP突变类型等情况.结果:20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-utr区域共检出21种突变/SNP.CD3ζ3'-utr区域的腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶均发生不同频率的突变,依次为37.36%,16.48%,40.66%和5.50%.腺嘌呤的突变频率显著高于胸腺嘧啶和胞嘧啶(P均为0.00);鸟嘌呤的突变频率显著高于胸腺嘧啶和胞嘧啶(P均为0.00);胸腺嘧啶的突变频率显著高于胞嘧啶(P=0.02).CD3ζ3'-utr区域缺失、转换和颠换突变检出频率依次为21.98%,35.16%和42.86%,缺失突变的频率显著低于转换和置换突变(P=0.05,P=0.02),转换/颠换比值为0.82.结论:首次报道中国健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-utr区域突变类型特点,T>C转换突变在中国汉族健康人CD3ζ3'-utr区域的高频出现影响转换/颠换比.

关键词： CD3ζ基因 3’-utr 单核苷酸多态性突变

Overexpression of a reversion-related protein in the revertant RR cells

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Science China(Life Sciences) 1996年第3期39卷 300-309页

作者：刘定干李载平 Shizuo Akira Tadamitsu Kishimoto Shanghai Institute of Biochemistry Chinese Academy of Sciences Shanghai 200031 China) Institute for Molecular and Cellular Biology Osaka University Osaka Japan)

The cDNA insert of the plasmid p14-6[1] is found to be the 3’-untranslatcd region (3’-utr) of the transcription factor for human interleukin-6, NF-IL6. This 3’ -DTK is actively transcribed in the revertant cell line RR, which contains the p14-6 plasmid integrated into its genomic DNA. Simultaneously a protein specifically bound to this 3’-utr is expressed in significantly larger amounts. Its overexpression is apparently related to the reversion of the malignant cellular phenotype. The properties of this protein, named BNF, and possible reasons for its overexpression are discussed, and hypothesis on the mechanism of reversion of the RR cells is proposed.

关键词： NF-IL6 3’-utr BNF protein RNA-protein binding reversion.

Gene cloning and sequence analysis of antifreeze protein from Anatolica polita

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Gene cloning and sequence analysis of antifreeze protein fro...

基因编辑酪氨酸酶(TYR)基因不同功能区对鱼类体色的影响

2011 World Congress on Engineering and Technology(CET 2011)

作者： HOU Xiaojuan LIANG Na QIU Liming MA Ji Xinjiang Key Laboratory of Biological Resources and Genetic Engineering College of Life Science and Technology Xinjiang University Urumqi Xinjiang 830046 China

In this study,the difference between antifreeze protein genes （Apafps） from the desert beetle Anatolica polita expressed in winter and summer was compared by isolating total RNA.Primers were designed according to previously cloned insect afps to amplify new antifreeze protein genes （Apafps） with cDNA and genomic DNA as templates respectively.The sequences of these genes were analyzed.In addition,the 3’-utr of Apafps were amplified by using 3’RACE technology with the cDNA as the template.Sequence analysis showed that the 3’-utr were significantly different among different isforms,which was speculated to be responsible to the expression and regulation of the antifreeze proteins.

关键词： Anatolica polita Antifreeze protein 3’-utr

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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上海海洋大学学报 2020年第6期29卷 811-819页

作者：许细丹陈红林 MANDAL Biplab Kumar 司周旋王军王成辉上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心上海201306

以AB系斑马鱼(Danio rerio)为研究对象,应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,对纯合亲鱼受精卵进行显微注射,通过编辑损坏Tyr基因的CDS区第二外显子和3′-utr非poly-A加尾信号区,使基因发生突变,检测基因不同功能区经编辑后对鱼类体色的影响。... 详细信息

以AB系斑马鱼(Danio rerio)为研究对象,应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,对纯合亲鱼受精卵进行显微注射,通过编辑损坏Tyr基因的CDS区第二外显子和3′-utr非poly-A加尾信号区,使基因发生突变,检测基因不同功能区经编辑后对鱼类体色的影响。结果显示:Tyr基因在野生型斑马鱼胚胎的各个发育时期均能正常表达,眼睛出现黑色素时的表达量最高;编辑损坏Tyr基因的CDS区后,突变型斑马鱼的胚胎和仔鱼均未出现黑色素细胞,表现为体表白化,而成鱼会再度出现黑色素细胞,表现为体表黑色条纹断裂。编辑损坏Tyr基因的3′-utr非poly-A加尾信号区后,突变型胚胎、仔鱼和成鱼均未出现黑色素减褪,黑色素合成未受影响。研究表明,编辑损坏基因的CDS区会对生物表型产生显著影响,而编辑损坏3′-utr非poly-A加尾信号区对生物表型的影响有限。

关键词： Tyr 基因编辑 CDS 3’-utr 黑色素 CRISPR/Cas9

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大鼠基因组中硒蛋白的信息学研究

计算机与应用化学 2005年第4期22卷 261-264页

作者：赵光山罗开昆黄开勋华中科技大学化学系湖北武汉430074

UGA码具有双重功能。通常情况下是蛋白质合成的终止码,当mRNA下游链上出现硒代半胱氨酸插入元件时(SE CIS),UGA码就可能成为指导硒代半胱氨酸(Sec)直接进入蛋白质的密码子。SECIS是mRNA链上的一种特殊的二级结构, 在原核生物和真菌中出... 详细信息

UGA码具有双重功能。通常情况下是蛋白质合成的终止码,当mRNA下游链上出现硒代半胱氨酸插入元件时(SE CIS),UGA码就可能成为指导硒代半胱氨酸(Sec)直接进入蛋白质的密码子。SECIS是mRNA链上的一种特殊的二级结构, 在原核生物和真菌中出现在紧邻UGA码的下游,而在真核生物中它则是出现在UGA码所在阅读框后面的3′-非翻译区(3′- utr)。根据SECIS特征序列中3个腺嘌呤位置不同可以将其分为Ⅰ型和Ⅱ型。用Genetool、SECISearch、RNADraw以及Dnas sist等计算机软件可以对已测序的生物物种基因组进行处理从中找出和发现硒蛋白基因。

关键词：硒代半胱氨酸硒蛋白 SECIS 3’-utr 生物信息学

MyD88基因3'-utr多态性与鸡白痢沙门氏菌抗性关联性分析

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MyD88基因3'-UTR多态性与鸡白痢沙门氏菌抗性关联性分析

作者：刘显庆四川农业大学

学位级别：硕士

鸡白痢沙门氏菌是现代养禽业中最普遍的细菌性疾病之一。目前,控制鸡白痢感染的手段主要有接种疫苗,药物控制和消除净化,但这些方法都有短板。随着抗病育种工作的开展,通过与分子标记联合选育品种的手段,从遗传水平上筛选先天抗病能力... 详细信息

鸡白痢沙门氏菌是现代养禽业中最普遍的细菌性疾病之一。目前,控制鸡白痢感染的手段主要有接种疫苗,药物控制和消除净化,但这些方法都有短板。随着抗病育种工作的开展,通过与分子标记联合选育品种的手段,从遗传水平上筛选先天抗病能力强的群体是对抗病原菌感染最深入有效的方法之一。机体感染鸡白痢沙门氏菌会触发先天性免疫通路。其中MyD88作为TLR家族信号转导通路上最重要的一个衔接蛋白,在抗菌感染相关的研究中受到广泛关注。有研究表明,鸡群在感染鸡白痢沙门氏菌后,MyD88基因表达水平上调,但其mRNA转录后调控的机制并未见报道。3’-utr中的AREs是调控基因转录后表达的功能性元件。AREs通过调节1mRNA稳定性和翻译效率来调控蛋白的生物学活性是近年的研究热点。而MyD88基因的3’-utr与机体是否易感鸡白痢沙门氏菌的关系尚未见报道。为了探索MyD88基因的3，-utr中单核苷酸多态性是否与抗鸡白痢沙门氏菌感染相关,我们对优质SD鸡连续两个世代,SD04世代和SD05世代进行了遗传关联研究。两个世代共4,400只300日龄种母鸡经全血平板凝集检验鸡白痢沙门氏菌后,将阳性个体集成2个病例组,分别包含SD04世代81例,SD05世代61例;阴性个体集成2个对照组,分别包含SD04世代90例,SD05世代66例。所有样本血样静脉翅下采取,然后采用苯-氯仿萃取法提取全基因DNA,扩增样本MyD88基因的3，-utr区域片段,测序后筛选单核苷酸多态性位点。通过R软件对同世代SNP进行卡方检验,对比两个世代间位点、等位基因频率和基因型频率在病例-对照组中分布的差异性。同时,对SNP位点构建的单倍型进行关联鸡白痢抗病性分析。结果发现：1.两个世代共筛选出13个SNP,其中10个SNP符合哈迪-温伯格平衡。SD04世代中SNP4 (g.4810293 C31-0.9759,说明该位点对感染鸡白痢沙门氏菌有抵抗作用。SD05世代中只有SNP13等位基因在病例对照组之间分布存在显著差异(p3的OR值为1.8012,95%CI为1.0247-1.4827,说明SNP13对鸡白痢沙门氏菌易感。2.SD04世代中SNP1、SNP2(g.4810266 A>G,g.4810372 C>T)组成的单倍型GG,AA,以及SD05世代中SNP1、SNP2和SNP11组成的单倍型GTG、ACA、GCG、ACG和GCA,在病例对照中分布不存在显著差异(p>0.05)。但SD04世代中位点g.4810266 A>G与g.4810372 C>T;位点SNP5(g.4810191 A>G)和SNP6(g.4810253 A>G)与位点SNP7(g.4810276 C3 C352 C3’-utr中单核苷酸多态性位点与鸡白痢沙门氏菌感染有一定关联性,在进行分子辅助标记选种时,本试验数据中位点可提供参考。

关键词：优质SD鸡鸡白痢沙门氏菌 MyD88 3’-utr 抗性