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基于28srdna的蝗总科部分种类的分子系统发育研究

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陕西师范大学学报（自然科学版） 2012年第2期40卷 67-70,75页

作者：张小静郑哲民赵玲孙慧敏许姝娟李鑫陕西师范大学动物研究所陕西西安710062

基于分子系统学方面对蝗总科7科20种昆虫的系统发育进行了探讨.采用PCR产物直接测序法测定了该20种昆虫的核基因28srdna的部分片段序列,并从GenBank中下载的摩门螽蟖和变色乌蜢作为外群,采用最大简约法(MP)构建了分子系统树.在获得的50... 详细信息

基于分子系统学方面对蝗总科7科20种昆虫的系统发育进行了探讨.采用PCR产物直接测序法测定了该20种昆虫的核基因28srdna的部分片段序列,并从GenBank中下载的摩门螽蟖和变色乌蜢作为外群,采用最大简约法(MP)构建了分子系统树.在获得的504bp序列中,有340个保守位点,161个变异位点,45个简约信息位点;G+C约占69.8%,A+T约占30.2%.分子系统树表明:蝗总科7科中槌角蝗科、网翅蝗科和剑角蝗科的分类地位有待进一步的研究,而其他科的分类地位基本与形态学分类一致.

关键词：蝗总科 28srdna 分子系统树系统发育

大豆食心虫28srdna基因的克隆及表达分析

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东北农业大学学报 2012年第7期43卷 13-17页

作者：李冬梅孟凡立王志坤臧振源孙晶李文滨东北农业大学农学院大豆生物学教育部重点实验室哈尔滨150030

文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorellaMatsumurav)28S核糖体RNA基因(28srdna)全序列。系统进化树分析表明,大豆食心虫28srdna与其他鳞翅目昆虫的28srdna同源性较高。利用荧光定量PCR对28srdna在大豆食心虫不同... 详细信息

文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorellaMatsumurav)28S核糖体RNA基因(28srdna)全序列。系统进化树分析表明,大豆食心虫28srdna与其他鳞翅目昆虫的28srdna同源性较高。利用荧光定量PCR对28srdna在大豆食心虫不同生育时期和幼虫不同组织的表达量进行分析。结果表明,28srdna基因在成虫期表达量最高,卵中表达量最低;在幼虫脂肪体和睾丸的表达量最高,中肠和卵巢的表达量最低。为进一步干扰大豆食心虫28srdna基因表达,将28srdna序列片段亚克隆到RNAi载体L4440中,经PCR和酶切鉴定证明,成功构建表达大豆食心虫28srdna dsRNA的RNAi载体L4440-28srdna。

关键词：大豆食心虫 28srdna 基因克隆 RNA干扰

基于28srdna和COI基因序列的蝗总科部分种类分子系统学研究

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基于28SrDNA和COI基因序列的蝗总科部分种类分子系统学研究

作者：张小静陕西师范大学

学位级别：硕士

蝗总科是直翅目中分布最广的一个类群,是重要的农林害虫,具有十分重要的经济意义。关于蝗总科(Acridoidea)昆虫的科级分类一直是一个存在争议的问题,也是直翅目(Orthoptera)昆虫系统发育研究中的一个热点。虽然前人从形态学、细胞学、... 详细信息

蝗总科是直翅目中分布最广的一个类群,是重要的农林害虫,具有十分重要的经济意义。关于蝗总科(Acridoidea)昆虫的科级分类一直是一个存在争议的问题,也是直翅目(Orthoptera)昆虫系统发育研究中的一个热点。虽然前人从形态学、细胞学、发音机制、分子生物学等角度对此作了研究,但是总体上研究的不够深入,依然存在许多分歧。本研究基于分子系统学方面对蝗总科7科15属35种昆虫的系统发育进行了探讨。采用PCR产物直接测序法测定了该35种昆虫的线粒体基因COI及核基因28srdna的部分片段序列,并以摩门螽蟖和变色乌蜢作为外群(28srdna构建的贝叶斯树以日本蚱和瘤脊蚱作为外群),采用CLUSTALX1.81、MEGA4.1、PAUP4.0及MrBayesV3.1等系统发育分析相关软件对序列进行了比对、碱基组成、碱基替换、遗传距离等分析,并通过碱基替换饱和性分析、gl及PTP检验等方法对序列进行了系统发育信号检测,结果显示所测定的序列具有较强的系统发育信号。采用最大似然法(ML)、贝叶斯推论法(BI)、最大简约法(MP)及邻接法(NJ)重建蝗总科7科部分种类的系统发育关系,得出以下结论: 1.所研究昆虫线粒体COI基因序列中,碱基A+T,平均含量为65.5%(不含外群);碱基G+C,平均含量为34.5%(不含外群),表现出明显的A+T含量偏向性。核基因28srdna基因很保守,不含外群时,全部504个位点有339个保守位点,162个变异位点。其A+T含量只有30%,其中G的含量高达34.7%,这与线粒体基因之间存在着明显的区别。 2.线粒体COI基因序列转换/颠换值平均为1.04,转换几乎等于颠换。在系统发育分析前对序列进行了替换饱和性分析,结果显示碱基替换没有明显的饱和趋势。碱基替换中转换的发生以T与C之间为主,颠换以T与A之间为主。核基因28srdna基因序列转换/颠换值平均为1.23,转换略大于颠换。碱基替换饱和分析显示转换和颠换的趋势线均为一条直线,说明28srdna基因不存在替换饱和现象,可以用于系统发育分析。 3.33种蝗虫的COI基因的遗传距离在0.000-0.194之间,科间的遗传距离介于0.100-0.200之间。35种蝗虫的28srdna基因的遗传距离在0.000-0.019之间,科间的遗传距离介于0.000-0.100之间,可见序列相当保守。 4.采用四种方法对线粒体基因COI、核基因28srdna以及COI&28srdna联合基因三个数据集分别构建MP、ML、NJ、BI树,比较它们之间的差异,结果表明所构建的树在拓扑结构上差异不大,简约法、距离法及似然法的拓扑结构基本一致,贝叶斯法构建的三个数据集的树基部均分为三支,构成并系,其余的拓扑结构基本和其他三种方法所建的树一致。 5.根据各种系统发育树综合得出的结果如下:(1)槌角蝗科、网翅蝗科和剑角蝗科(中华蚱蜢除外)聚在一起,三科亲缘关系相对较近,这与传统的分类观点基本一致。我们所构建的几乎所有的分子系统树中,以红拟棒角蝗为代表的槌角蝗科与网翅蝗科中的华北雏蝗、辽宁雏蝗及黑翅雏蝗聚住一起,以日本鸣蝗和长白山金色蝗为代表的剑角蝗科也和网翅蝗科的部分种类聚在一起。(2)剑角蝗科在蝗总科进化过程中的位置不确定。剑角蝗科中的中华蚱蜢在几种系统发育树中,均没能和该科中的日本鸣蝗及长白山金色蝗聚在一起。(3)从所构建的分子系统树上看,癞蝗科与锥头蝗科有的聚在一起构成姊妹群,有的各形成一个单系群。(4)在我们所构建的分子系统树中,所有的斑腿蝗科种类聚在一起,形成一单系群,大多数的斑翅蝗科聚住一起形成单系群。本文是针对蝗总科7个科进行的一次较大规模的线粒体基因和核基因序列分析,该工作在一定程度上可为蝗总科的科级分类提供分子生物学方面的理论和实验依据,更加深入的研究还有待今后工作的充实和完善。在进一步的研究中,应增加样本的种类和数量,使分类单元更具代表性,同时延长序列的长度,使其包含更大的遗传信息。

关键词：蝗总科 COI 28srdna 分子系统树系统发育

两株泰山蝉虫草菌的28srdna序列比对及其对黄粉虫的侵染性研究

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两株泰山蝉虫草菌的28SrDNA序列比对及其对黄粉虫的侵染性研究

浒苔(Ulva prolifera)核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析

中国菌物学会2009学术年会

作者：韩玉梅金莹李安娜安秀荣丁爱云山东农业大学植物保护学院山东黄岛检验检疫局北京林业大学生物科学与技术学院山东泰安市农科院

本研究经多年对泰山蛹虫草进行调查,采集、分离泰山虫草菌7株。其中白色泰山虫草C-2菌株是从同翅目昆虫的蛹上分离得到的,目前国内未见报道。经培养性状、形态学观察等实验结果表明,白色泰山虫草菌C-2的无性型特征与Samson描述的Paecilo... 详细信息

本研究经多年对泰山蛹虫草进行调查,采集、分离泰山虫草菌7株。其中白色泰山虫草C-2菌株是从同翅目昆虫的蛹上分离得到的,目前国内未见报道。经培养性状、形态学观察等实验结果表明,白色泰山虫草菌C-2的无性型特征与Samson描述的Paecilomyces suffultu基本相同,初步确定白色泰山蛹虫草菌C-2无性型为:Paecilomyces suffultus（Petch）Samson。橘黄色泰山虫草菌CH-3的形态特征与刘波描述的泰山虫草形态特征一致。对两株虫草菌28srdna的序列比对分析,用DNAMAN比对了它们与其它虫草属真菌关系的结果表明,泰山白色虫草C-2菌株与Cordyceps militaris的亲缘性在98%以上,与子囊菌肉座菌目的其它菌株相关性在97%以上;橘黄色泰山虫草菌CH-3菌株与虫草属真菌的同源性达89%。对泰山白色虫草分生孢子对黄粉虫的侵染性的研究结果表明,泰山白色虫草分生孢子能成功的侵染活体黄粉虫,在虫体上长出的子实体。泰山虫草的寄主不是专一的,可侵染不同目的昆虫。

关键词：泰山虫草鉴定 28srdna 黄粉虫

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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海洋科学进展 2019年第3期37卷 487-494页

作者：沈伟杰缪晓翔何渊韩红宾王宗灵穆新武沈颂东苏州大学基础医学与生物科学学院江苏苏州215123 自然资源部第一海洋研究所山东青岛266061 中国海洋大学海洋环境与工程学院山东青岛266061 江苏省骆马湖渔业管理委员会江苏宿迁223800

核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全... 详细信息

核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18srdna1760bp,28srdna3259bp,ITS1205bp,5.8srdna160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18srdna和28srdna序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。

关键词：浒苔 18srdna 28srdna ITS1 ITS2 5.8srdna IGS 核糖体基因簇

聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳分析在毒死蜱胁迫下土壤真菌群落结构演替

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浙江大学学报（农业与生命科学版） 2013年第4期39卷 381-386页

作者：李艳丽陈列忠浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所浙江省植物有害生物防控重点实验室--省部共建国家重点实验室培育基地杭州310021

为评价毒死蜱施用后对土壤真菌群落结构的影响,将农田土壤用终质量分数5mg/kg毒死蜱处理,同时以不施用毒死蜱为对照,定期采集土样进行毒死蜱残留测定并提取土壤DNA,采用基于染色体内转录间隔区(internaltranscribed spacers,ITS)ITS1f-G... 详细信息

为评价毒死蜱施用后对土壤真菌群落结构的影响,将农田土壤用终质量分数5mg/kg毒死蜱处理,同时以不施用毒死蜱为对照,定期采集土样进行毒死蜱残留测定并提取土壤DNA,采用基于染色体内转录间隔区(internaltranscribed spacers,ITS)ITS1f-GC/ITS2和28srdna U1-GC/U2引物对进行聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳,获得的指纹图谱利用Quantity One软件进行数字化分析,计算样品的多样性指数(H),并用Matlab软件进行主成分分析.ITS1f-GC/ITS2和U1-GC/U2扩增区域分析结果表明,毒死蜱施用后第7～60天内土壤真菌群落结构与对照相比发生很大改变,且毒死蜱处理样品真菌群落结构保持基本稳定,多样性指数明显提高;主成分分析显示,毒死蜱处理样品与对照明显分在2个不同的区域,充分表明毒死蜱对土壤真菌群落结构影响迅速且持久.

关键词：毒死蜱聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳真菌群落结构内转录间隔区 28srdna

基于28S rDNA序列构建侧耳属系统发育树

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菌物学报 2004年第3期23卷 345-350页

作者：李雪玲姚一建中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室北京100080

通过对侧耳属18个分类单元的28S rDNA序列进行分析,构建了侧耳属较为完整的系统发育树。分子系统学资料显示:Coremiopleurotus组和侧耳属内单、二系菌丝系统分别为多系起源的;Pleurotus组单系菌丝种类、被划分在Tuberregium组的具核侧耳... 详细信息

通过对侧耳属18个分类单元的28S rDNA序列进行分析,构建了侧耳属较为完整的系统发育树。分子系统学资料显示:Coremiopleurotus组和侧耳属内单、二系菌丝系统分别为多系起源的;Pleurotus组单系菌丝种类、被划分在Tuberregium组的具核侧耳和Lentodiellum组的P. levis能够分别与侧耳属内其他成员进行区分;红侧耳、P. calyptratus、P. opuntiae三者关系密切,而金顶侧耳应作为白黄侧耳的种下分类单元。

关键词：分子系统学 28srdna 侧耳科侧耳属系统发育真菌

不同覆土基质微生物结构特征研究及其对双孢蘑菇产量的影响

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菌物学报 2014年第2期33卷 425-432页

作者：冯伟林金群力范丽军刘佳楠沈颖越宋婷婷田芳蔡为明浙江省农业科学院园艺研究所浙江杭州310021

覆土是影响双孢蘑菇产量、质量和出菇整齐度的重要因子,利用现代分子生态学的方法快速、准确地对不同覆土基质微生物结构特征进行检测,以进一步了解微生物群落与双孢蘑菇相互作用关系。测定了不同覆土的理化特性,应用PCR技术对不同覆土... 详细信息

覆土是影响双孢蘑菇产量、质量和出菇整齐度的重要因子,利用现代分子生态学的方法快速、准确地对不同覆土基质微生物结构特征进行检测,以进一步了解微生物群落与双孢蘑菇相互作用关系。测定了不同覆土的理化特性,应用PCR技术对不同覆土材料提取总DNA,扩增细菌16S rDNA和真菌28S rDNA,运用变性梯度凝胶电泳技术对PCR产物进行分析,研究双孢蘑菇不同覆土基质微生物结构特征。结果表明:不同处理的覆土材料微生物群落的基因具有多样性,其中细菌群落基因多样性存在差异,使用纯泥炭与粉碎稻草处理差异最大,相似性仅为62%;通过真菌28S rDNA变性梯度凝胶电泳结果显示,粉碎稻草处理多样性指数最高,达3.576,但随着泥炭比例的提高,覆土处理中真菌群落的多样性相对减少;栽培试验发现,双孢蘑菇子实体形成量、总产量可能与覆土中的真菌群落多样性呈负相关。

关键词：覆土微生物群落 16srdna 28srdna 变性梯度凝胶电泳

树木溃疡病病原真菌类群分子遗传多样性研究Ⅱ——Botryosphaeria属28S rDNA-PCR-RFLP和RAPD解析

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林业科学 2000年第2期36卷 75-81页

作者：张星耀赵仕光吕全贾秀贞刘会香中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所北京100091 山东农业大学林学院泰安271000

*** .(无性阶段是DothiorellaSacc .)属病原真菌能引起多种林木溃疡病的发生 ,在我国分布区域十分广泛。病原菌因较大的寄主范围和地理分布区域表现出明显的分子遗传分化 ,通过对来自 5个区 1 4个寄主种 (品种 )的 30个菌株进行 2 8SrDN... 详细信息

*** .(无性阶段是DothiorellaSacc .)属病原真菌能引起多种林木溃疡病的发生 ,在我国分布区域十分广泛。病原菌因较大的寄主范围和地理分布区域表现出明显的分子遗传分化 ,通过对来自 5个区 1 4个寄主种 (品种 )的 30个菌株进行 2 8srdna PCR RFLP和RAPD解析 ,结果表明 ,所有供试菌株都能扩增出稳定一致的 2 8srdna条带 ,6种内切酶不能区分该属内部的 2 8srdna差异。RAPD结果表现出该属丰富的多样性 (92 81 % ) ,在 0 845相似系数的水平上所有菌株被识别为 1 3类 ,其中有地理分化、寄主分化的表现 ,也有不表现地理、寄主分化的。从DNA水平上证实引起雪松溃疡病的病原为B .dothidea ,表明B .dothidea不仅能够寄生被子植物 ,还能寄生裸子植物 ,有非常宽阔的寄主范围。随机扩增引物K1 6和R1 4可以作为陕西菌株和湖南菌株与其它地区菌株区别的鉴别性引物。传统上认为苹果轮纹病菌 (B .*** .piricola (Nose)KoganezawaetSakuma)为苹果干腐病菌 (B .berengerianabeNot.)的专化型 ,它们与杨树溃疡病原分属两个种。本试验分析表明这种分类较为合理。

关键词： Botryosphaeria属树木溃疡病原真菌 28srdna