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基于16s rdna测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

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畜牧与兽医 2024年第3期56卷 99-105页

作者：刘剑华张光际袁橙卢妍彤江苏农牧科技职业学院动物医学院江苏泰州225300 泰州职业技术学院医学院江苏泰州225300

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16s rdna测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16s rdna测序结果显示,... 详细信息

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16s rdna测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16s rdna测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P164.38,可以抵抗柔嫩艾美耳球虫的感染。以上结果表明,柔嫩艾美耳球虫感染破坏了原始肠道菌群,鸡盲肠的组成和结构被改变,促进了以埃希菌-志贺菌为代表的致病菌快速生长和定殖,而正常鸡肠道内存在益生菌,可保护机体对抗柔嫩艾美耳球虫感染。

关键词：鸡柔嫩艾美耳球虫肠道菌群 16s rdna测序粪菌移植

基于16s rdna测序探析早发性卵巢功能不全肾虚肝郁证患者肠道菌群的特征

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新中医 2024年第4期56卷 80-86页

作者：黄旭春陆岩曹晓静宋雷成芳平王小云广州中医药大学第二附属医院广东广州510180 广州中医药大学广东广州510405

目的:基于16s rdna测序探讨早发性卵巢功能不全(POI)肾虚肝郁证患者肠道菌群的群落结构变化。方法:纳入POI肾虚肝郁证患者60例(POI组),招募健康志愿者30例(健康对照组)。通过16s rdna高通量测序分析POI肾虚肝郁证患者及健康志愿者的肠... 详细信息

目的:基于16s rdna测序探讨早发性卵巢功能不全(POI)肾虚肝郁证患者肠道菌群的群落结构变化。方法:纳入POI肾虚肝郁证患者60例(POI组),招募健康志愿者30例(健康对照组)。通过16s rdna高通量测序分析POI肾虚肝郁证患者及健康志愿者的肠道菌群特征,并进行对比分析。结果:与健康对照组比较,在门水平上POI组拟杆菌门等相对丰度升高,而厚壁菌门、放线菌门等相对丰度降低,在属水平上POI组普雷沃氏菌属、拟杆菌属和梭状芽胞杆菌属XIVa等相对丰度升高,而粪杆菌属等相对丰度降低。结论:POI患者与健康人群在肠道菌群上存在差异,肠道菌群之间的比例失调可能引起机体内环境紊乱,诱导POI发生。

关键词：早发性卵巢功能不全肾虚肝郁证肠道菌群 16s rdna测序

基于16s rdna测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响

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贵州农业科学 2024年第3期52卷 86-96页

作者：姜玲玲许浩翔周景瑞雷露李婷张亚楠余波贵州省畜牧兽医研究所贵州贵阳550005 广东省现代农业装备研究所广东广州510635

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药... 详细信息

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16s rdna测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。

关键词：小鼠腹泻指数石苦秦散盲肠菌群 16s rdna测序

基于16s rdna测序分析脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化

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中华危重病急救医学 2022年第1期34卷 28-34页

作者：李弘毅翟瑞卿梁火燕朱彦辉闫岩王诚扬丁显飞宋高飞孙同文郑州大学第一附属医院综合ICU 河南省重症医学重点实验室河南省重症医学工程研究中心郑州市脓毒症重点实验室郑州450052 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院黑龙江哈尔滨150081

目的通过16s rdna测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性sD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术(CLP)组和假手术组(sham组),每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型;sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后... 详细信息

目的通过16s rdna测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性sD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术(CLP)组和假手术组(sham组),每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型;sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血,其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验(ELIsA)检测血清肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平;对粪便样本进行16s rdna测序,利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元(OTU)信息进行多样性分析(α多样性和β多样性)、主坐标分析及线性判别分析效应量分析(LEfse),观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果制模后24 h,CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现,且血清TNF-α水平较sham组显著升高(ng/L:43.95±9.05比11.08±3.27,Psham组大鼠全部存活,而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示,sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量(个):520.00±52.15比492.25±86.61,Chao1丰富度估计量:707.25±65.69比668.93±96.50,shannon指数:5.74±0.42比5.79±0.91,simpson指数:0.93±0.03比0.94±0.05,均P>0.05〕;β多样性分析显示,无论是否根据OTU加权,组间差异均大于组内差异(丰度加权矩阵:R=0.23,P=0.04;丰度不加权矩阵:R=0.32,P=0.01)。门水平差异菌群分析显示,与sham组相比,CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%(15.271%,26.665%)比6.974%(2.854%,9.764%),0.125%(0.027%,0.159%)%比0.018%(0.008%,0.021%),均Psham组显著升高〔5.090%(1.812%,6.598%)比0.083%(0.034%,0.198%),0.244%(0.116%,0.330%)比0.016%(0.008%,0.029%),0.006%(0.003%,0.010%)比0.001%(0%,0.003%),0.094%(0.035%,0.430%)比0.007%(0.003%,0.030%),均Psham组显著降低〔7.345%(3.662%,11.546%)比22.504%(14.403%,26.928%),0.113%(0.047%,0.196%)比1.229%(0.809%,2.290%),均Pse分析结果显示,厚壁菌门所属益生菌在sham组显著富集,罗姆布茨菌是富集最显著的菌种;而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集,螺杆菌_NGsU_2015为富集最显著的菌种。结论脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变,主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低,螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

关键词：肠道菌群脓毒症盲肠结扎穿孔术 16s rdna测序

16s rdna测序研究高脂饮食诱导的高脂血症大鼠肠道菌群变化

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中国微生态学杂志 2022年第3期34卷 257-261页

作者：赵嘉梁法勇蒙宏匡荣浙江省食品药品检验研究院药理毒理所浙江杭州310052

目的通过高脂饮食诱导大鼠高脂血症,采用16s rdna测序检测高脂血症大鼠肠道菌群变化情况。方法sD大鼠20只(清洁级),按体质量随机分为模型组和对照组,对照组大鼠给予维持饲料,模型组大鼠给予高脂饲料。1周后检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘... 详细信息

目的通过高脂饮食诱导大鼠高脂血症,采用16s rdna测序检测高脂血症大鼠肠道菌群变化情况。方法sD大鼠20只(清洁级),按体质量随机分为模型组和对照组,对照组大鼠给予维持饲料,模型组大鼠给予高脂饲料。1周后检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平。采集大鼠粪便,采用16s rdna测序法对大鼠肠道菌群进行分析,考察高脂血症大鼠肠道菌群变化情况。结果高脂血症大鼠肠道菌群生物多样性(Alpha多样性和Beta多样性)发生显著变化,肠型与对照组差异明显,在门、科、属等多个水平差异均具有统计学意义。其中,厚壁菌门(Firmicutes)和念珠菌门(Candidatus saccharibacteria)数量显著下降,拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)数量显著升高。结论高脂饮食诱导的高脂血症可引起大鼠肠道菌群发生显著变化。

关键词：高脂血症肠道菌群 16s rdna测序

基于16s rdna测序的巢湖流域水体粪便污染溯源

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农业环境科学学报 2023年第5期42卷 1128-1138页

作者：祁钊赵相龙桑金慧何振杰傅丹丹岳振宇宋祥军安徽农业大学信息与计算机学院合肥230036 安徽省动物性食品质量与生物安全工程实验室合肥230036

排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术(Community-based microbial source tracking)以及高通量DNA测序技术(Nextgeneration ... 详细信息

排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术(Community-based microbial source tracking)以及高通量DNA测序技术(Nextgeneration sequencing,NGs),对污染源中微生物和环境样本中的微生物群落进行比较分析,进而对水体中粪便污染来源进行预测。本文利用16s rdna测序,系统分析与比较了巢湖流域水体、沉积物样本与广泛的潜在污染源(包括村庄与养猪场污水,野生水鸟粪便,人类与家禽、家畜粪便)的细菌群落组成,同时,利用基于机器学习的溯源软件FEAsT与sourcetracker,对水体、沉积物样本的潜在污染源进行了预测。结果表明:水体与沉积物样本的微生物多样性显著高于粪便样本,其中巢湖水体与河流沉积物样本具有最高的物种多样性,同时样本中也存在大量未分类物种。变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes)广泛分布于所有样本中。溯源分析结果表明,村庄排污口与污水处理厂排污口样本是河水样本最主要的污染来源,沉积物与湖水样本则预测存在猪场排污水与野生水鸟粪便的污染,所有样本未检测到来自人粪与鸡粪的污染。

关键词： 16s rdna测序微生物群落水体污染微生物溯源

基于16s rdna测序研究白酒对大鼠肠道菌群的影响

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食品与生物技术学报 2023年第12期42卷 98-105页

作者：梁金辉陈文迪吴翠芳刘玉婷陆玮智楠楠刘国英桂双英刘青阳梁娟安徽古井贡酒股份有限公司安徽亳州236800 安徽中医药大学药学院安徽合肥230012 中药复方安徽省重点实验室安徽合肥230012 药物制剂技术与应用安徽省重点实验室安徽合肥230012

为探究浓香型白酒对sD大鼠肠道微生态的影响,通过连续8周灌胃适当剂量乙醇,建立sD大鼠慢性酒精性肝损伤模型,同时,灌胃相同剂量的白酒,考察白酒和乙醇对sD大鼠血脂、肝脏指标的影响及造成的肠道菌群变化。结果显示,连续8周灌胃乙醇造成s... 详细信息

为探究浓香型白酒对sD大鼠肠道微生态的影响,通过连续8周灌胃适当剂量乙醇,建立sD大鼠慢性酒精性肝损伤模型,同时,灌胃相同剂量的白酒,考察白酒和乙醇对sD大鼠血脂、肝脏指标的影响及造成的肠道菌群变化。结果显示,连续8周灌胃乙醇造成sD大鼠一定程度的酒精性肝损伤,而白酒组的肝损伤程度显著低于乙醇组。多样性分析表明乙醇组sD大鼠肠道菌群丰富度和多样性降低,而白酒的摄入可以回调这种现象。菌群结构分析表明乙醇干预和白酒干预之间存在显著差异,其中白酒干预组物种组成与对照组更加接近。差异性分析筛选出白酒组和乙醇组的3个潜在差异微生物标志物,分别为g_Eubacterium_rumminantium_group、g_U29-B03和g_unclassified_f_Oscillospiraceae。该研究结果表明白酒可能通过调节肠道微生态来减轻乙醇诱导的轻度肝损伤。

关键词： 16s rdna测序白酒酒精性肝损伤肠道菌群大鼠肠道

基于16s rdna测序探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群特征

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中国全科医学 2023年第20期26卷 2496-2502页

作者：张玉双孔令洋管佳畅李建波王一然王瑜李晶河北医科大学第四医院中医科河北省石家庄市050011 河北医科大学中西医结合学院河北省石家庄市050011

背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细... 详细信息

背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群基本特征。方法纳入2022年4—8月就诊于河北医科大学第四医院未经任何抗肿瘤治疗的食管鳞状细胞癌患者35例作为食管癌组,健康志愿者35例作为对照组。收集两组人群粪便标本,应用16s rdna技术检测肠道菌群,根据检测结果物种注释情况分析两组人群肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性〔主坐标分析(PCoA)〕及菌群物种差异性〔线性判别分析及影响因子(LEfse)分析〕。结果两组人群肠道菌群Alpha多样性香农(shannon)、辛普森(simpson)、Chao1、ACE及Goods_coverage指数比较均无明显差异(P>0.05);而PCoA图显示两组样本整体上相距较远,群落结构存在差异(t=10.837,Pst检验结果在属水平共有16类菌属的丰度存在明显差异,相对丰度较高的前8位菌属中,食管癌组栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)丰度低于对照组,乳杆菌属(Lactobacillus)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、瘤胃球菌属组(Ruminococcus_torques_group)、肠杆菌属(Intestinibacter)、土杆菌属(Turicibacter)丰度高于对照组(Pse分析结果显示14种肠菌丰度存在差异,在属及种水平上与对照组相比,食管癌组Faeculibacterium及普拉梭菌(Faecalibacterium-prausnitzii)丰度降低,Romboutsia及Rombutsia-ilealis丰度升高(Psnitzii、Romboutsia及Rombutsia-ilealis可能是食管癌特异性改变物种,与食管癌发生密切相关。

关键词：食管肿瘤食管鳞状细胞癌肠道菌群 16s rdna测序 Alpha多样性 Beta多样性 LEfse分析

16s rdna测序检测海南地区腹泻型肠易激综合征患者肠道菌群的变化

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胃肠病学和肝病学杂志 2022年第11期31卷 1225-1233页

作者：王嫣汤净陈卜钰曹艳慧海南医学院第一附属医院消化内科海南海口570000

目的观察海南地区腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome-diarrhea,IBs-D)患者肠道菌群变化。方法收集2020年10月至2021年10月在海南医学院第一附属医院消化内科就诊,符合罗马Ⅳ标准确诊为IBs-D患者30例作为IBs-D组,招募30名健... 详细信息

目的观察海南地区腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome-diarrhea,IBs-D)患者肠道菌群变化。方法收集2020年10月至2021年10月在海南医学院第一附属医院消化内科就诊,符合罗马Ⅳ标准确诊为IBs-D患者30例作为IBs-D组,招募30名健康体检者作为健康对照组。比较两组一般资料、症状严重程度量表(IBs-sss)评分、宗氏焦虑自评量表(Z-sAs)评分及宗氏抑郁自评量表(Z-sDs)评分,粪便细菌涂片检查球杆比例,应用16s rdna测序对比IBs-D患者与健康对照组肠道菌群差异。结果两组一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05);两组IBs-sss评分、焦虑/抑郁自评量表评分、粪便细菌涂片检查球杆比例比较,差异有统计学意义(P16s rdna测序检测肠道菌属水平,瘤胃球菌(Ruminococcus_gnavus)丰度增加,普氏栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罕见小球菌属(subdoligranulum)、直肠无杆菌属(Agathobacter)、毛螺杆菌科(Lachnospiraceae)、丹毒丝菌属(Erysipelotrichaceae)、罗斯氏菌属(Roseburia)、粪球菌属(Coprococcus)丰度减少,差异有统计学意义(Ps-D患者菌群优势菌减少,条件致病菌增加。

关键词：腹泻型肠易激综合征肠道菌群 16s rdna测序