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肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道和肝胰腺菌群的影响

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水生生物学报 2024年第2期48卷 315-323页

作者：李舢舢赵晨曦吴波郑侠飞戴文芳林志华柳敏海浙江万里学院宁海海洋生物种业研究院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室宁波315000

利用16s rrna高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性。结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾。在属水平上,健康对虾和... 详细信息

利用16s rrna高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性。结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾。在属水平上,健康对虾和发病对虾的肠道及肝胰腺中的优势细菌组成及丰度存在明显不同,其中健康对虾肠道中的优势菌属主要为埃希杆菌-志贺菌属(Escherichia-shigella)和海绵菌属(spongiimonas),而发病对虾肠道中的优势菌属则为希瓦式菌属(shewanella)、巨球型菌属(Megasphaera)和克雷伯氏菌属(Klebsiella);健康对虾肝胰腺中的优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)和汉氏盐单胞菌(Halomonas),而发病对虾肝胰腺中的优势菌属则为贪铜菌属(Cupriavidus)。Tax4Fun2预测显示,健康对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能分别与发病对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能有明显差异。研究有助于了解肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道及肝胰腺细菌群落的影响,并为凡纳滨对虾的健康管理和养殖提供依据。

关键词：肠道菌群 16s rrna测序功能预测凡纳滨对虾

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胃癌新辅助化疗不同应答肿瘤微生物组学的改变及其临床意义

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中华胃肠外科杂志 2024年第7期27卷 702-710页

作者：张鹏徐剑飞周岩冰青岛大学附属医院胃肠外科青岛266003

目的:探究胃癌新辅助化疗不同应答肿瘤微生物组学的改变。方法:采用回顾性观察性研究的方法,收集2017年1月至2023年1月期间,青岛大学附属医院胃肠外科肿瘤样本库中病理确诊为胃腺癌、无转移及术前仅接受新辅助化疗并成功接受胃癌根治术... 详细信息

目的:探究胃癌新辅助化疗不同应答肿瘤微生物组学的改变。方法:采用回顾性观察性研究的方法,收集2017年1月至2023年1月期间,青岛大学附属医院胃肠外科肿瘤样本库中病理确诊为胃腺癌、无转移及术前仅接受新辅助化疗并成功接受胃癌根治术的31例胃癌患者术后新鲜冷冻标本;排除出现转移或其他原发肿瘤病灶和术前1个月内接受过其他转化治疗包括免疫治疗、靶向治疗和益生菌的患者。采用第8版美国癌症联合委员会(AJCC)分期系统和美国病理学家协会肿瘤消退分级系统(TRG)对患者进行分级和分组,TRG 0~1级、ypT0~1和ypN0被归类为新辅助化疗有反应组(12例),而TRG 2~3级和ypT2~4或ypN+则被归类为新辅助化疗无反应组(19例)。采用16s rrna测序技术对新鲜冷冻样本进行处理和分析。使用QIIME2的Q2-diversity插件进行Alpha多样性和Beta多样性分析,使用sTAMP找出默认参数和两组之间的差异富集细菌类群。通过效应大小线性判别分析进行高维类比较,使用PICRUsT2(v2.3.0-b)软件预测微生物组的潜在功能分布。结果:新辅助化疗有反应组与无反应组胃癌患者在性别、年龄、体质指数、吸烟史、肿瘤位置、新辅助化疗前的肿瘤cTNM分期和新辅助化疗方案方面比较,差异没有统计学意义(均 P>0.05),但两组的肿瘤长径和新辅助化疗后的肿瘤ypTNM分期差异均具有统计学意义(均 P=0.001)。胃部微生态的Alpha和Beta多样性结果显示,两组Alpha多样性差异没有统计学意义( P>0.05),而两组Beta多样性差异却有统计学意义( P=0.004)。红螺菌科( Coriobacteriaceae)、瘤胃球菌科( Ruminococcaceae)、韦荣球菌科( Veillonellaceae)和毛螺菌科( Lachnospiraceae)等4种科水平细菌分类群在新辅助化疗有反应组患者中富集,而以 Proteobacteria(变形菌门)为主的4种细菌分类群在新辅助化疗无反应组患者中富集。柠檬酸循环和丙氨酸等在内的各种氨基酸的代谢通路被发现具有潜在预测意义。结论:不同新辅助化疗反应结果的胃癌患者在胃部微生态的丰度和组成方面存在差异。

关键词：胃肿瘤胃部微生态新辅助化疗 16s rrna测序

不同生活环境下小熊猫皮质醇和肠道微生物的变化规律

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兽类学报 2024年第4期44卷 427-435页

作者：赵星马锐吴蔚李明喜陈超周延山洪明生齐敦武西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室南充637002 成都大熊猫繁育研究基地四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610081

肠道微生物群落易受环境压力的影响,其结构的相对稳定对维持动物机体健康至关重要。皮质醇作为一种应激激素不仅能反映动物应激状况还影响动物的肠道微生物结构,然而小熊猫肠道菌群和粪便皮质醇之间的共变机制尚未被研究。为此,我们通... 详细信息

肠道微生物群落易受环境压力的影响,其结构的相对稳定对维持动物机体健康至关重要。皮质醇作为一种应激激素不仅能反映动物应激状况还影响动物的肠道微生物结构,然而小熊猫肠道菌群和粪便皮质醇之间的共变机制尚未被研究。为此,我们通过比较不同生活环境下(圈养、散养和野生)小熊猫粪便皮质醇和肠道微生物结构的差异,以期阐明其皮质醇和肠道微生物的变化规律。结果发现:(1)圈养环境下皮质醇浓度最低(71.1±21.6)ng/g,散养环境下其浓度为(111.3±5.6)ng/g,而野生环境下最高,为(5094.8±5383.9)ng/g。同时,散养环境下的小熊猫肠道微生物shannon指数最高(6.178),其次是野生环境下(5.535),圈养环境下最低(3.449)。(2)圈养小熊猫皮质醇浓度与大肠杆菌志贺氏菌属(Escherichia⁃shigella)呈显著负相关(Pstridium_sensu_stricto_1)呈显著正相关(P<0.001)。综上所述,不同生活环境显著影响小熊猫的肠道微生物组成和粪便皮质醇浓度,减少环境的变化频率和强度能有效降低其应激性,维持肠道菌群的健康稳定,这将为小熊猫种群的健康管理提供技术支撑。

关键词：小熊猫肠道微生物 16s rrna测序皮质醇应激

无佐剂卵清蛋白致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化

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食品与生物技术学报 2024年第3期43卷 14-25页

作者：孟潇刘成龙陈晨谢强付文慧薛文通中国农业大学食品科学与营养工程学院北京100083

研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过... 详细信息

研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过敏反应。通过16s rrna扩增子测序法进行肠道菌群分析,包括多样性分析、物种组成分析和功能预测。结果表明,OVA致敏组过敏症状评分、血清总IgE、OVA特异性IgE及结肠组织HE染色结果均出现显著变化,表明模型构建成功。肠道菌群分析结果显示:致敏组菌科水平的Pseudomonadaceae丰度显著上升,Lachnospirales-Lachnospiraceae与Desulfovibrionales-Desulfovibrionaceae丰度显著下降;菌属水平的Pseudomonas丰度显著上升,Lachnospiraceae NK4A136 group丰度显著下降,推测Bacteroidales可作为OVA过敏的特征菌群。

关键词：食物过敏卵清蛋白 16s rrna测序肠道菌群

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从肠道微生物源性细胞外囊泡角度探究电针对营养型肥胖小鼠肠道菌群结构及功能的影响

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肠外与肠内营养 2024年第2期31卷 65-72页

作者：王显云司原成高璐琪李志菊康朝霞贵州中医药大学针灸推拿学院贵州贵阳550025

目的:从肠道微生物源性的细胞外囊泡探讨电针对食源性肥胖小鼠肠道菌群的调控作用。方法:建立营养性肥胖模型,将造模成功的肥胖鼠随机分成模型组和电针组各10只,电针组针刺中脘、关元、天枢及足三里四个穴位。干预结束后取各组小鼠粪便... 详细信息

目的:从肠道微生物源性的细胞外囊泡探讨电针对食源性肥胖小鼠肠道菌群的调控作用。方法:建立营养性肥胖模型,将造模成功的肥胖鼠随机分成模型组和电针组各10只,电针组针刺中脘、关元、天枢及足三里四个穴位。干预结束后取各组小鼠粪便,采用超速离心法分离细胞外囊(EV)。透射电镜鉴定EV,提取EV中微生物DNA,通过16s rrna的测序技术对其关联的肠道菌群进行分析。结果:电针干预治疗后肥胖鼠体质量及Lee’s指数显著下降(P 16s rrna测序分析显示在门水平上,模型组变形菌门细菌相对丰度显著高于正常组(P 16s rrna测序分析表明,肠道微生物源性EV中微生物DNA反映了肠道微生物群的组成,电针治疗肥胖不仅与调控肠道菌群有关,还与肠道微生物源性EV密切相关。

关键词：电针肥胖细胞外囊泡肠道菌群 16s rrna测序

紫苏汤对抗生素诱导的肠道菌群失调小鼠菌群多样性及结构的影响

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中成药 2024年第6期46卷 2079-2085页

作者：席素曼王亚静赵鑫苗小雨张紫千赵森天津中医药大学现代中药发现与制剂技术教育部工程研究中心天津301617 天津中医药大学方剂学教育部重点实验室天津301617

目的探讨紫苏汤对肠道菌群失调小鼠多样性及组成的影响。方法将小鼠随机分为正常组、模型组及紫苏汤低、高剂量组,每组8只。除正常组外,其余组连续灌胃给予抗生素8 d后,再分别灌胃给予等量无菌水和紫苏汤溶液1.82、3.64 g/kg 8 d,记录... 详细信息

目的探讨紫苏汤对肠道菌群失调小鼠多样性及组成的影响。方法将小鼠随机分为正常组、模型组及紫苏汤低、高剂量组,每组8只。除正常组外,其余组连续灌胃给予抗生素8 d后,再分别灌胃给予等量无菌水和紫苏汤溶液1.82、3.64 g/kg 8 d,记录小鼠体质量、摄食量、饮水量的变化。收集各组新鲜粪便样本,进行16s rrna高通量测序,对肠道菌群多样性、物种差异性进行分析。结果抗生素干预8 d后,小鼠精神状态较萎靡,有稀便现象出现,摄食量减少,饮水量增多;而停用抗生素后,小鼠摄食量增多,饮水量减少;紫苏汤可使小鼠精神状态恢复,减轻稀便,改善摄食量和饮水量。肠道菌群多样性分析显示,抗生素干预后,小鼠肠道菌群多样性降低,而紫苏汤可使小鼠肠道菌群丰富度和多样性增加,菌群结构向对照组靠近。门水平分析显示,紫苏汤干预后,小鼠肠道中厚壁菌门丰度增加,变形菌门和疣微菌门丰度降低。属水平分析显示,紫苏汤干预后,小鼠肠道中乳杆菌属丰度增加,克雷伯氏菌属、埃希氏-志贺氏菌属及韦荣氏球菌属丰度降低。结论紫苏汤对肠道菌群失调有积极作用,可改善小鼠的肠道菌群结构,抑制致病菌并促进有益菌。

关键词：紫苏汤肠道菌群 16s rrna测序

干旱胁迫下2个扁蓿豆品种根际细菌多样性及土壤灭菌对其生长的影响

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草业学报 2024年

作者：邢静范文强王佳妮石凤翎内蒙古农业大学草原与资源环境学院

干旱作为一种严重影响植物生长发育和作物生产的环境因素之一，需要一种高效但不会对环境造成影响的方法来缓解其对植物带来的危害。通常土壤微生物被认为可以与植物进行互作从而改善环境带来的不良影响，但仍需验证在植物受到干旱胁迫... 详细信息

干旱作为一种严重影响植物生长发育和作物生产的环境因素之一，需要一种高效但不会对环境造成影响的方法来缓解其对植物带来的危害。通常土壤微生物被认为可以与植物进行互作从而改善环境带来的不良影响，但仍需验证在植物受到干旱胁迫时土壤微生物是否可以发挥关键性作用？通过对蒙农2号、蒙农1号扁蓿豆进行灭菌和未灭菌处理，测定其生长表型与生理特性的变化，以揭示土壤微生物在扁蓿豆应对胁迫时所发挥的作用，同时对正常浇水及干旱胁迫后的根际土壤进行16s rrna高通量测序分析，以期明晰品种介导的扁蓿豆根际微生物对干旱胁迫的响应变化规律，并探究发挥关键作用的菌群。结果表明，干旱胁迫下未灭菌处理显著提高了蒙农2号和蒙农1号扁蓿豆的株高增量、地上干重、地下干重，同时显著降低了脯氨酸（Pro）与丙二醛（MDA）含量，增强了过氧化氢酶（CAT）活性。正常浇水条件下，蒙农2号与蒙农1号扁蓿豆其根际细菌中变形菌门占比分别为72.83%、67.65%，根瘤菌占比分别为5.28%、3.65%；干旱胁迫后蒙农2号与蒙农1号扁蓿豆根际细菌中变形菌门相对丰度下降了8.42%、4.76%，而根瘤菌相对丰度增加了1.69%和2.35%。同时推测根瘤菌为扁蓿豆抗旱相关的核心微生物，并且蒙农2号扁蓿豆在水分充足的情况下根际富集了比蒙农1号更多的根瘤菌，这使得其在受到干旱胁迫时能够更加快速地做出反应。总而言之，研究证明土壤微生物在植物抵抗干旱胁迫中发挥了积极作用，根际微生物可以提高扁蓿豆对干旱胁迫的耐受能力，微生物组成和丰度受干旱胁迫和植物宿主的调节，且各自效果差异较大，进一步说明微生物的富集过程与植物基因型密切相关。

关键词：扁蓿豆干旱胁迫根际细菌植物-微生物相互作用 16s rrna测序

不同多年生稻品种内生细菌群落多样性比较分析

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生物技术通报 2024年第5期40卷 225-236页

作者：孔德婷齐笑含刘兴蕾李丽萍胡凤益黄立钰秦世雯云南大学农学院农业农村部多年生稻生物学与种质创新重点实验室昆明650500

【目的】为了解多年生稻内生细菌微生态的结构和潜在功能,探究多年生稻内生细菌与寄主优良性状的关系。【方法】通过16s rrna扩增子测序技术比较分析了不同多年生稻品种(PR23、PR25和PR107)内生细菌多样性、物种组成和代谢功能。【结果... 详细信息

【目的】为了解多年生稻内生细菌微生态的结构和潜在功能,探究多年生稻内生细菌与寄主优良性状的关系。【方法】通过16s rrna扩增子测序技术比较分析了不同多年生稻品种(PR23、PR25和PR107)内生细菌多样性、物种组成和代谢功能。【结果】不同基因型的多年生稻具有不同的内生细菌群落,三者β多样性存在显著差异。多年生稻地下和地上部组织分化形成了不同的内生细菌群落,其地下部内生细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等组成,而地上部内生细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等组成。不同多年生稻内生细菌特有扩增子序列变体(amplicon sequence variants,AsVs)数量较多,且具有不同的优势内生细菌属和生物标记物种类。多年生稻内生细菌的代谢功能主要为生物合成、生物降解与利用、解毒、代谢产物前体和能量的产生、甘氨酸途径、大分子修饰和代谢簇。品种间内生细菌的差异代谢功能主要涉及酯类、醇类、糖类等物质的生物合成和降解。【结论】寄主基因型和组织分化影响了多年生稻内生细菌的群落结构、物种组成和代谢功能。

关键词：多年生稻内生细菌群落结构 16s rrna测序

宁夏荒漠草原典型灌丛根际土壤细菌群落结构与功能分析

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生态学报 2024年

作者：姚佳妮代金霞刘爽张钧杰胡明珠宁夏大学生命科学学院

土壤微生物群落组成和功能特性对维持生态系统功能至关重要，明确荒漠土壤微生物群落结构、群落功能及其环境响应特征对维持生态系统稳定性及多样性保护具有重要意义。对宁夏白芨滩荒漠草原内柠条（Caragana spp．）、沙冬青（Ammopipta... 详细信息

土壤微生物群落组成和功能特性对维持生态系统功能至关重要，明确荒漠土壤微生物群落结构、群落功能及其环境响应特征对维持生态系统稳定性及多样性保护具有重要意义。对宁夏白芨滩荒漠草原内柠条（Caragana spp．）、沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）、毛刺（Caragana tibetica）和猫头刺（Oxytropis aciphylla）4种典型豆科灌丛不同发育期根际土壤样品进行了16s rrna和宏基因组高通量测序，研究了荒漠草原生境下豆科灌丛根际土壤细菌群落结构与功能和根际碳、氮循环特征，并分析了影响微生物群落的关键环境因子。结果表明：4种灌丛果实期根际土壤细菌群落的丰富度和多样性较高，而不同灌丛之间无显著差异。放线菌门、变形菌门和酸杆菌门等优势类群相对丰度在灌丛间有差异但差异不显著。其中放线菌门（32.98%—44.53%）是根际最优势门类，其次为变形菌门、酸杆菌门和绿弯菌门；共有322个核心细菌属，多样性较为丰富。节杆菌属、红色杆菌属和微枝杆菌属为可定义的优势属。根际土壤微生物功能途径因灌丛种类和发育期的不同而有差异。蛋白质直系同源簇数据库（COG,Cluster of Orthologous Groups of Proteins）和京都基因与基因组百科全书（KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）功能注释表明，4种灌丛根际土壤中仍存在大量未知的功能类群有待挖掘，参与能量生成和转化、碳水化合物转运代谢和信号转导等功能群落在4种土壤间具有显著差异。在KEGG level 1水平下与代谢相关的功能类群丰度最高，平均占比73.05%。碳、氮循环特征分析表明，碳固定中还原性柠檬酸循环途径相关基因丰度较高，氮循环中有机氮代谢途径相关基因丰度较高。柠条根际土壤微生物参与碳、氮固定的基因丰度较其它3种土壤高。冗余分析（RDA,Redundancy Analysis）表明，放线菌门、厚壁菌门与土壤TN、NH4+-N、TP和AP，变形菌门与pH显著正相关，酸杆菌门与AP、AK和pH显著负相关；碳固定途径与土壤氮、磷元素均显著正相关；NH4+-N、NO2--N和TP与固氮途径，NO3--N与有机氮代谢和反硝化途径显著正相关。本研究结果为了解荒漠草原生境中植物根际土壤微生物多样性及其基因资源、土壤微生物群落的环境响应特征及其适应机制奠定基础。

关键词：豆科灌丛 16s rrna测序宏基因组测序根际土壤细菌多样性碳循环基因氮循环基因