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基于16s rrna测序比较探讨气虚证患者与健康人的肠道菌群的结构特征

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世界科学技术-中医药现代化 2021年第5期23卷 1347-1354页

作者：江毅李非洲左刚郑桃云王平湖北中医药大学老年医学研究所武汉430065 湖北中医药大学基础医学院武汉430065 劲牌持正堂药业有限公司黄石435000 湖北省中药配方颗粒工程技术研究中心黄石435000

目的采用16s rrna测序技术,检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象,以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪... 详细信息

目的采用16s rrna测序技术,检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象,以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA,对V3-V4区进行PCR扩增,再进行文库构建和Illumina Miseq测序。最后对数据进行生物信息学分析,探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征。结果本研究共得到534个OTU。物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足。HG和QD两组alpha指数不存在明显差异(P>0.05)。通过beta多样性分析可见,HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异。此外,QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高。相较于HG,g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_streptophyta在QD中显著富集(P<0.05)。结论气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异。在气虚证的发生发展中,肠道菌群的改变可能起到了重要作用。

关键词：气虚证肠道菌群临床研究 16s rrna测序

16s rrna靶向测序联合荧光定量PCR对血流感染人型支原体的鉴定

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中国病原生物学杂志 2021年第4期16卷 478-481页

作者：曾童徐畅贺文文刘罗根周琳琳张小团刘卓然南华大学附属第二医院检验科湖南衡阳421001 南华大学附属第二医院临床研究所

目的对南华大学附属第二医院产妇血培养"假阳性"标本进行微生物学分子检测,以进一步明确导致孕妇产后不明原因发热的病原谱,并指导临床诊治。方法对患者报阳性的需氧和厌氧血培养瓶培养物涂片后革兰染色镜检,进行细菌形态学初级检查,同... 详细信息

目的对南华大学附属第二医院产妇血培养"假阳性"标本进行微生物学分子检测,以进一步明确导致孕妇产后不明原因发热的病原谱,并指导临床诊治。方法对患者报阳性的需氧和厌氧血培养瓶培养物涂片后革兰染色镜检,进行细菌形态学初级检查,同时转种普通培养基培养;根据初级结果及临床特征对血培养物做支原体培养及药敏试验;采用16s rrna靶向测序技术鉴定血培养物中可能存在的病原菌,根据测序结果进行人型支原体荧光定量PCR作进一步证实,同时验证荧光定量PCR法检测血培养物的可行性。结果将源于同一患者的两瓶"假阳性"瓶内血样进行病原学鉴定。涂片染色后镜下观察,未见典型细菌。转种普通培养至哥伦比亚血琼脂平板、麦康凯平板等细菌培养平板48 h后未见菌落生长。将血培养物集菌后进行支原体培养,结果亦呈阴性。随后进行16s rrna基因测序鉴定,显示此产妇血液中存在人型支原体(序列相似度99.93%),荧光定量PCR证实血培养物中的病原体为人型支原体。结论造成该孕妇产后持续性高热的原因为人型支原体血流感染,采用荧光定量PCR法检查结果可靠。对于产科不明原因发热送检的血培养"假阳性瓶",采用16s rrna测序和/或联合荧光定量PCR可提高支原体血流感染的检出效率。

关键词：荧光定量PCR 16s rrna测序血流感染人型支原体

基于16s rrna测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

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中国畜牧兽医 2021年第9期48卷 3293-3302页

作者：张玉莹刘书杰冯宇哲张晓卫崔占鸿青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 青海省牦牛工程技术研究中心西宁810016 青海省高原放牧家畜动物营养与饲料科学重点实验室西宁810016

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份... 详细信息

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16s rrna测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P<0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P<0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P<0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P<0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。

关键词：牦牛犊牛腹泻粪便细菌区系 16s rrna测序

基于16s rrna测序揭示杜洛克猪早期体重与肠道微生物的关系

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中国畜牧兽医 2021年第1期48卷 190-199页

作者：司景磊黄叶陈奎蓉吕冬玲程峰田威龙刘笑笑梁靓李月月奉玲丽高久昱莫家远梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院南宁530004

本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16s rrna基因V3-V4区测序,分析了HBW... 详细信息

本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16s rrna基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。

关键词：肠道微生物断奶仔猪体重 16s rrna测序

基于16s rrna测序技术对不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系的比较分析

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中国畜牧兽医 2021年第10期48卷 3614-3624页

作者：郭文杰刘书杰崔占鸿孙璐青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 青海省牦牛工程技术研究中心西宁810016 青海省高原放牧家畜动物营养与饲料科学重点实验室西宁810016

试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16s rrna测序技术对不同年龄牦牛肠道... 详细信息

试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16s rrna测序技术对不同年龄牦牛肠道细菌区系进行测序分析。使用Qiime软件进行Alpha多样性和Beta多样性分析,用R软件绘制PCoA图,使用Anosim函数进行组间差异显著性检验,利用Mothur方法与sILVA132的ssUrrna数据库进行物种注释分析,并利用Tax4Fun对肠道细菌进行功能预测。结果表明,年龄对肠道细菌区系操作分类单元(OTUs)数目和simpson指数有显著影响(Psimpson指数在Cc组最低;Beta多样性分析结果显示,Cc分别与Ac、Dc组之间、Ac与Dc组之间有显著差异(P0.05)。综上,随着年龄增长,放牧公牦牛肠道细菌区系多样性发生变化;2.5岁牦牛肠道细菌区系的变化提示此阶段牦牛的蛋白质消化代谢和免疫能力较高,为育肥饲养提供了良好的基础。

关键词： 16s rrna测序放牧牦牛肠道细菌区系功能预测

16s rrna测序技术分析茅台白酒糟发酵前后微生物多样性的变化

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16S rRNA测序技术分析茅台白酒糟发酵前后微生物多样性的变化

基于16s rrna测序对树鼩自发性肿瘤与肠道菌群的分析研究

中国畜牧兽医学会动物营养学分会第十二次动物营养学术研讨...

作者：姬玉娇张婷谢培峰吕亮刘建忠孔祥峰中国科学院亚热带农业生态研究所湖南省畜禽健康养殖工程技术研究中心农业部中南动物营养与饲料科学观测实验站路德生物环保技术有限公司

本研究旨在比较茅台白酒糟发酵前后微生物多样性的变化。采用QIAamp DNA stool Mini Kit提取微生物总DNA,使用无菌水稀释至10 ng/μL备用。利用稀释后的总DNA作为模板,使用细菌通用引物515F(5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′)和909R(5′-CCC... 详细信息

本研究旨在比较茅台白酒糟发酵前后微生物多样性的变化。采用QIAamp DNA stool Mini Kit提取微生物总DNA,使用无菌水稀释至10 ng/μL备用。利用稀释后的总DNA作为模板,使用细菌通用引物515F(5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′)和909R(5′-CCCCGYCAATTCMTTTRAGT-3′)对16s rrna基因V45区域片段进行PCR扩增,使用真菌通用引物IsT4(5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′)和ITs3 KYO2(5′-GATGAA GAACGYAGYRAA-3′)扩增16s rrna V4高变区域。将PCR扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳进行检测,使用Gene JET胶回收试剂盒回收产物。取纯化后的PCR产物,用Illumina Miseq平台测序。结果表明:1)发酵前后白酒糟样品测序条数为24 760条,测序深度分别为0.986和0.985;在门水平上分析发现,发酵前后白酒糟中优势菌门均为Actinobacteria、Firmicutes和Proteobacteria,发酵后Actinobacteria的相对丰度由8.92%降至3.97%、Firmicutes由53.38%降至34.55%,而Proteobacteria则由37.63%升高至60.49%;在属水平上分析发现,发酵前后白酒糟中优势菌属均为Acetobacter、Bacillus和Lactobacillus,发酵前白酒糟中Thermoactinomyces相对丰度也较高,而发酵后Acetobacter由30.53%升高至49.68%、Bacillus由6.69%升高至18.58%,而Lactobacillus则由10.84%降低至3.90%。2)发酵前后白酒糟样品测序条数为24 760条;在门水平上分析发现,发酵前后白酒糟优势菌门均为Ascomycota、Basidiomycota和Zygomycota,发酵后Ascomycota由94.79%降至74.81%,而Basidiomycota由2.74%升高至7.19%、Zygomycota由2.41%升高至6.77%;在属水平上分析发现,发酵前白酒糟优势菌属为Aspergillus、Penicillium和Pichia,而发酵后白酒糟优势菌属为Lichtheimia、saccharomyces和Trichosporon。结论:发酵前后白酒糟中所含细菌与真菌种类基本相同,而在数量组成上发生较大变化。

关键词：白酒糟酵母发酵细菌真菌 16s rrna测序

来源： cnki会议评论

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基于16S rRNA测序对树鼩自发性肿瘤与肠道菌群的分析研究

作者：黄鑫昆明医科大学

学位级别：硕士

[目的]目前,肿瘤研究已成为生物医学领域的重要内容之一,动物模型被广泛应用于肿瘤发生、发展、治疗及抗肿瘤药物研发。研究发现,树鼩基因组中约含22063个蛋白编码基因,基因数目比其他实验动物更接近于人类,并且与啮齿类实验动物相比较... 详细信息

[目的]目前,肿瘤研究已成为生物医学领域的重要内容之一,动物模型被广泛应用于肿瘤发生、发展、治疗及抗肿瘤药物研发。研究发现,树鼩基因组中约含22063个蛋白编码基因,基因数目比其他实验动物更接近于人类,并且与啮齿类实验动物相比较,树鼩与灵长类实验动物的亲缘关系更近。灵长类实验动物与人类之间的基因同源性较高,可以更好的模拟出人类机体疾病病理生理过程。已经有相关研究发现实验诱导的树鼩导管内乳头状瘤和浸润性导管癌均为人类共有的肿瘤病理类型,而树鼩自发性肿瘤模型能够更好的模拟出人类肿瘤的病理生理学特征。目前,罕有对于树鼩肠道微生物与肿瘤疾病之间的相关性研究。本文通过对树鼩两种自发性肿瘤的肠道菌群进行高通量测序平台分析,对树鼩自发性高级别肉瘤和自发性乳腺导管内乳头状瘤与肠道菌群的相关性进行初步探索,为肿瘤的发生与肠道菌群结构的相关性提供基础资料。[方法]本实验根据对树鼩肿瘤组织HE病理染色结果进行分组,并选取3例患有自发性高级别肉瘤树鼩为CA1组、4例患有乳腺导管内乳头状瘤树鼩为CA2组,以及6例健康树鼩为健康对照NO组。采集各组实验动物新鲜粪便样本进行DNA的提取,对肠道菌群的16srrna的V3+4片段进行扩增,通过对读长（Reads）进行剪切过滤,OTUs聚类,经过数据库比对,然后对物种进行注释以及相对丰度分析,得到各组树鼩肠道菌群结构、相对丰度及物种多样性。[结果]CA1组树鼩的肠道菌群OTUs有494种,CA2组有449种,NO组有640种。健康树鼩的OTUs多样性高于CA1组和CA2组。变形菌门（Proteobacteria）,厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）是CA1组、CA2组丰度较高的门类。NO组分别与CA1组和CA2组进行比较,多样性指数Chao1指数值、ACE指数值、shannon指数值、simpson指数值差异均无统计学意义（P＞0.05）。CA1组的生物标识为乳杆菌目（lactobacillales）。CA2组中生物标识主要为黄杆菌科（Flavobacteria）,γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）,假单胞菌目（Pseudomonadales）和莫拉菌科（Moraxellaceae）。[结论]树鼩自发性肿瘤的发生多集中于5～7岁;患有自发性高级别肉瘤和自发性乳腺导管内乳头状瘤树鼩肠道菌群结构丰度和多样性均略低于健康对照组树鼩,且两种肿瘤的生物标识各不相同,提示肠道菌群中这些结构和丰度的变化与高级别肉瘤和乳腺导管内乳头状瘤的发生发展密切相关。

关键词：肠道菌群高级别肉瘤乳腺导管内乳头状瘤 16s rrna测序树鼩

肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道和肝胰腺菌群的影响

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水生生物学报 2024年第2期48卷 315-323页

作者：李舢舢赵晨曦吴波郑侠飞戴文芳林志华柳敏海浙江万里学院宁海海洋生物种业研究院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室宁波315000

利用16s rrna高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性。结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾。在属水平上,健康对虾和... 详细信息

利用16s rrna高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性。结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾。在属水平上,健康对虾和发病对虾的肠道及肝胰腺中的优势细菌组成及丰度存在明显不同,其中健康对虾肠道中的优势菌属主要为埃希杆菌-志贺菌属(Escherichia-shigella)和海绵菌属(spongiimonas),而发病对虾肠道中的优势菌属则为希瓦式菌属(shewanella)、巨球型菌属(Megasphaera)和克雷伯氏菌属(Klebsiella);健康对虾肝胰腺中的优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)和汉氏盐单胞菌(Halomonas),而发病对虾肝胰腺中的优势菌属则为贪铜菌属(Cupriavidus)。Tax4Fun2预测显示,健康对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能分别与发病对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能有明显差异。研究有助于了解肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道及肝胰腺细菌群落的影响,并为凡纳滨对虾的健康管理和养殖提供依据。

关键词：肠道菌群 16s rrna测序功能预测凡纳滨对虾

无佐剂卵清蛋白致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化

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食品与生物技术学报 2024年第3期43卷 14-25页

作者：孟潇刘成龙陈晨谢强付文慧薛文通中国农业大学食品科学与营养工程学院北京100083

研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过... 详细信息

研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过敏反应。通过16s rrna扩增子测序法进行肠道菌群分析,包括多样性分析、物种组成分析和功能预测。结果表明,OVA致敏组过敏症状评分、血清总IgE、OVA特异性IgE及结肠组织HE染色结果均出现显著变化,表明模型构建成功。肠道菌群分析结果显示:致敏组菌科水平的Pseudomonadaceae丰度显著上升,Lachnospirales-Lachnospiraceae与Desulfovibrionales-Desulfovibrionaceae丰度显著下降;菌属水平的Pseudomonas丰度显著上升,Lachnospiraceae NK4A136 group丰度显著下降,推测Bacteroidales可作为OVA过敏的特征菌群。

关键词：食物过敏卵清蛋白 16s rrna测序肠道菌群

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