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基于16S rRNA测序探讨特应性皮炎湿证特征与皮肤菌群的相关性

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中华中医药杂志 2023年第11期38卷 5504-5509页

作者：林颖刘颖瑶张彩云郑敏玲罗晓晴董雷刘俊峰屈平华广东省中医药防治难治性慢病重点实验室广州510120 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广州510120 广州中医药大学第二临床医学院广州510120 广东省妇幼保健院广州510010 中山大学生命科学学院广州510275 粤港澳中医药与免疫疾病研究联合实验室广州510120

目的:探讨特应性皮炎(AD)湿证特征与皮肤菌群的相关性,为提高中医辨证治疗的疗效和探索AD治疗的新策略、新方法提供理论依据。方法:纳入广东省中医院大学城医院皮肤科就诊的24例AD患者以及33名健康人进行肘部的皮肤样本采集。提取样本D... 详细信息

目的:探讨特应性皮炎(AD)湿证特征与皮肤菌群的相关性,为提高中医辨证治疗的疗效和探索AD治疗的新策略、新方法提供理论依据。方法:纳入广东省中医院大学城医院皮肤科就诊的24例AD患者以及33名健康人进行肘部的皮肤样本采集。提取样本DNA,对细菌16s rrna基因V4区进行扩增,Illumina Miseq2平台进行序列测定。Qiime 2(v2020.2.0)软件按照99%的相似水平对测序序列进行OTU聚类分析和比对注释、Lefse(LDA Effect size)分析和Metastats差异分析,并采用统计软件stata 13.1分析样本在属水平上的差异。按《中医湿证评估量表》对所有湿证条目进行评分,剔除2名湿证信息不全或模糊的健康人,分为湿证和非湿证,分析AD的湿证特征以及湿证与非湿证的皮肤微生态结构差异。结果:AD组湿证9例,非湿证15例,健康组湿证4名,非湿证27名,AD组湿证比例显著大于健康组(P=0.013)。AD患者出现湿证条目频率最高的是倦怠思睡和舌苔厚腻,其次为面色秽浊如有污垢、面部/头发油腻、口黏腻、渴不欲饮水。AD湿证组的显著物种是葡萄球菌属;AD非湿证组的显著物种是双歧杆菌属和甲基杆菌属;健康湿证组的显著物种是金黄杆菌属;健康非湿证组的显著物种是不动杆菌属、短波单胞菌属等。湿证和非湿证组间有显著差异的优势菌属为棒状杆菌属(P=0.038)、不动杆菌属(P=0.037)、金黄杆菌属(P=0.013)。AD湿证组和AD非湿证组差异较明显的优势菌属为不动杆菌属(P=0.095)、短波单胞菌属(P=0.094),但差异无统计学意义。AD非湿证组和健康非湿证组组间差异较明显的优势菌属为短波单胞菌属(P=0.00048)、莫拉菌属(P=0.022)、副球菌属(P=0.0013)、皮肤杆菌属(P=0.015)、葡萄球菌属(P=0.0000042)。结论:湿证是AD发病以及病情加重的主要证候,皮肤菌群的改变可能作为湿证症状的客观评价指标以及中药治疗的靶点,值得关注和进一步深入探讨。

关键词：特应性皮炎湿证皮肤菌群 16S rRNA测序

基于16S rRNA测序分析CRE定植对ICU患者肠道微生物的影响

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中国感染控制杂志 2023年第10期22卷 1239-1245页

作者：康佳赵志军贾伟宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750000 宁夏病原微生物重点实验室宁夏银川750000

目的采用16S rRNA测序方法分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)定植对重症监护病房(ICU)患者肠道微生物的影响。方法收集ICU患者新鲜粪便或肛拭子标本,接种于含有2μg/mL厄他培南的MacConkey平板上培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质... 详细信息

目的采用16S rRNA测序方法分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)定植对重症监护病房(ICU)患者肠道微生物的影响。方法收集ICU患者新鲜粪便或肛拭子标本,接种于含有2μg/mL厄他培南的MacConkey平板上培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF Ms)对菌株进行鉴定,纸片扩散法对菌株进行药敏分析,采用聚合酶链式反应(PCR)对初步筛查出的CRE菌株进行16s rDNA片段扩增,采用微量肉汤稀释法进一步确定CRE。最后,分别提取CRE定植组与非定植组患者的粪便或肛拭子标本基因组DNA在Hiseq平台进行16S rRNA测序分析。结果共收集ICU患者粪便或肛拭子标本241份,其中CRE阳性标本17份。16s扩增子V3~V4区测序共分离到726 OTUs, CRE未定植组有631 OTUs, CRE定植组有480 OTUs,两组间共有385 OTUs。这些共有OTUs绝大多数属于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门及放线菌门。在纲水平上,CRE定植前后γ-变形菌纲(W=193.000,P<0.001,FDR=0.004)和互营养菌(W=37.500,P=0.001,FDR=0.018)相对丰度差异有统计学意义。在种水平上,两组间肺炎克雷伯菌(W=195.000,P<0.001)、解糖肠球菌(W=153.000,P=0.038)及弯曲杆菌(W=63.500,P=0.050)比较差异有统计学意义。未发现肠道CRE定植对ICU患者肠道微生物KEGG功能通路有显著影响。结论 CRE定植会降低ICU患者肠道微生物的多样性,CRE定植组在肺炎克雷伯菌、解糖肠球菌及弯曲杆菌的丰度上与非定植组存在显著差异。

关键词：肠道微生物 CRE 定植 16S rRNA测序重症监护病房 ICU

16s rrna基因测序分析犬骨癌的癌内菌群特征

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中国兽医学报 2022年第10期42卷 2071-2079页

作者：李晔张玉珠霍俊元唐明瑞蔡桦林孙真真刘祥雨谢光洪刘云东北农业大学动物医学学院黑龙江哈尔滨150030 吉林大学动物医学学院吉林长春130062

本研究旨在分析患骨癌犬的癌组织的菌群特征及其与癌旁组织菌群的构成差异,进而探究癌内菌群对犬骨癌发生发展的影响。提取癌组织与癌旁组织菌群的基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析两者的菌群特征,并利用Tax4Fun对其菌群进行功... 详细信息

本研究旨在分析患骨癌犬的癌组织的菌群特征及其与癌旁组织菌群的构成差异,进而探究癌内菌群对犬骨癌发生发展的影响。提取癌组织与癌旁组织菌群的基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析两者的菌群特征,并利用Tax4Fun对其菌群进行功能预测。结果发现,2组菌群的丰富度指数(Ace、Chao1)和多样性指数(shannon、simpson)无显著性差异(P>0.05)。相对丰度方面,2组样本在门水平的菌群主要是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门,其中癌组织的拟杆菌门(t=0.114,P=0.039)、广古菌门(t=0.067,P=0.017)、脱硫菌门(t=0.019,P=0.002)以及螺旋菌门(t=0.021,P=0.072)显著高于癌旁组织;在属水平上主要由绿脓杆菌属、乳杆菌和链球菌属等组成,其中癌组织的甲烷杆菌属(t=0.495,P=0.02)、互营杆菌属(t=0.495,P=0.004)以及sarcina属(t=0.436,P=0.011)显著高于癌旁组织,且癌旁组织中不含有sarcina属。PCoA图提示2组肠道菌群有显著性差异;LDA差异贡献分析发现2组之间共有27个物种存在显著性差异,其中影响较大的有硝化螺旋菌属(t=0.159,P=0.003)、反刍甲烷杆菌(t=0.495,P=0.029)、拟杆菌门(t=0.114,P=0.039)、Exilispira (t=0.495,P=0.022)、假单胞菌科(t=0.296,P=0.032)、假单胞菌目(t=0.284,P=0.032);功能预测结果表明,2组的代谢功能具有最高的相对丰度,在2组中相对丰度均超过45%,其中癌组织明显升高的代谢通路有氨基酸代谢、能量代谢、核苷酸代谢以及辅助因子和维生素的代谢等(P<0.05)。综上,犬骨癌的癌变部位与癌旁部位组织中均存在特异的微生物菌群。

关键词：犬骨癌癌内菌群癌旁菌群 16S rRNA测序

应用16S rRNA测序技术分析冷暖季节放牧牦牛瘤胃细菌区系特征的研究

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饲料研究 2023年第3期46卷 1-6页

作者：崔占鸿杨得玉焦洋青海大学畜牧兽医科学院青海省牦牛工程技术研究中心青海省高原放牧家畜动物营养与饲料科学重点实验室青海西宁810016

试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公... 详细信息

试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、BT组(冷季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、DO组(暖季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)和DT组(冷季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)。结果表明,在门水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中拟杆菌门、软壁菌门丰度在冷季明显高于暖季,而厚壁菌门和互养菌门的丰度在暖季明显高于冷季。在属水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中产酸糖酵菌属、Papillibacter的菌属丰度在冷季明显高于暖季,而未分类-普雷沃氏菌属和欧氏菌属丰度明显降低。功能预测中显示,在冷季时期1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃微生物区系中的聚糖生物合成与代谢功能、酶家族和脂质代谢和运输和分解代谢功能等相关基因的表达量明显高于暖季,而翻译功能相关的基因表达量明显低于暖季。研究表明,暖季放牧牦牛瘤胃水解产物降解菌群在种类、数量、能量代谢等方面均高于冷季,表明暖季放牧更有利于牦牛瘤胃细菌区系的生长发育。

关键词：放牧牦牛冷暖季节瘤胃细菌 16S rRNA测序

基于16S rRNA测序研究芍药甘草汤对支气管哮喘小鼠肠道菌群的影响

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北京中医药大学学报 2022年第5期45卷 492-499页

作者：陈思敏吴秀艳彭桂英王天芳张佩佩李娴娇刘燕葛东宇董瑞娟北京中医药大学中医学院北京100029

目的研究芍药甘草汤对支气管哮喘小鼠肠道菌群结构的调节作用。方法将50只sPF级BALB/c雌性小鼠随机分为正常组、模型组、醋酸地塞米松组、芍药甘草汤1∶1组、芍药甘草汤2∶1组。通过卵白蛋白致敏、雾化激发建立肠道菌群紊乱模型。从实验... 详细信息

目的研究芍药甘草汤对支气管哮喘小鼠肠道菌群结构的调节作用。方法将50只sPF级BALB/c雌性小鼠随机分为正常组、模型组、醋酸地塞米松组、芍药甘草汤1∶1组、芍药甘草汤2∶1组。通过卵白蛋白致敏、雾化激发建立肠道菌群紊乱模型。从实验第15天开始,雾化前30 min灌胃,连续灌胃14 d。正常组、模型组给予等量蒸馏水,醋酸地塞米松组(0.676 mg/kg)、芍药甘草汤1∶1组(6.01 g/kg)、芍药甘草汤2∶1组(6.01 g/kg)给予相应的药物灌胃。实验第29天采集各组结肠组织及粪便样本,观察分析小鼠的一般状态、哮喘典型症状和结肠组织病理改变,各组随机选取6只小鼠进行16S rRNA测序分析肠道菌群多样性和物种丰富度的变化。结果醋酸地塞米松组、芍药甘草汤1∶1组、芍药甘草汤2∶1组小鼠的一般状态和哮喘典型症状得到明显改善。病理组织检测显示:正常组结肠组织清晰,结构完整,模型组结肠黏膜及黏膜下层有大量炎性细胞和肿大淋巴结,醋酸地塞米松组充血水肿情况改善,芍药甘草汤1∶1组仍可见炎性细胞浸润,芍药甘草汤2∶1组结构较完整,黏膜及黏膜下层偶见散在炎性细胞。16S rRNA测序结果显示:与正常组比较,模型组Chao1指数、PD指数降低(Pserved species指数降低(Pserved species指数升高(P<0.05)。肠道菌群菌属水平显示:与正常组相比,模型组毛螺菌属丰度增加(P<0.05),罗斯氏菌属丰度增加(P<0.01),拟普雷沃菌属丰度减少(P<0.05);与模型组相比,芍药甘草汤1∶1组毛螺菌属丰度降低(P<0.05);与醋酸地塞米松组相比,芍药甘草汤1∶1组拟普雷沃菌属、拟杆菌属、乳杆菌属、罗斯氏菌属丰度增加(P<0.01),芍药甘草汤2∶1组罗斯氏菌属丰度降低(P<0.01);与芍药甘草汤1∶1组相比,芍药甘草汤2∶1组乳杆菌属、罗斯氏菌属丰度降低(P<0.01)。结论芍药甘草汤可改善哮喘小鼠的典型症状、结肠组织病理情况等,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关。

关键词：芍药甘草汤支气管哮喘肠道菌群 16S rRNA测序小鼠

基于RNA测序与16S rRNA测序技术探究急性溃疡性结肠炎模型小鼠生物学基础

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中药药理与临床 2022年第2期38卷 206-212页

作者：周平吴建明邓君竹胡海洋邹文俊成都中医药大学成都610075 西南医科大学泸州646000

目的:探讨葡聚糖硫酸钠(Dss)诱导的急性溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠基于RNA测序与16s rrna(small subunit ribosomal RNA)测序技术的生物学基础。方法:将C57BL/6J小鼠随机分为正常对照组、模型对照组,采用Dss诱导建立急性溃疡性结肠炎小... 详细信息

目的:探讨葡聚糖硫酸钠(Dss)诱导的急性溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠基于RNA测序与16s rrna(small subunit ribosomal RNA)测序技术的生物学基础。方法:将C57BL/6J小鼠随机分为正常对照组、模型对照组,采用Dss诱导建立急性溃疡性结肠炎小鼠模型,自由饮用2.5%的Dss水溶液8 d后,通过体质量、疾病活动指数(DAI)、结肠长度、苏木素-伊红(HE)染色评估造模情况;小鼠结肠组织进行高通量RNA测序,分析筛选核心关键信号通路并进行Western blot验证;收集肠道内容物进行16s rrna基因测序并探究对肠道微生物结构和功能潜在改变的影响;采用spearman等级相关系数方法对肠道微生物群与免疫炎症因子之间进行相关分析。结果:与正常对照组相比,模型对照组小鼠体质量、结肠长度均显著降低(P测序结果,富集到NF-κB、TNF等关键信号通路,模型对照组与正常对照组相比NF-κB(p65)、IL-6、TNF-α和TLR4蛋白表达明显上调(P测序结果表达趋势基本一致;与正常对照相比,模型对照组小鼠肠道菌群的群落多样性和丰富性均明显降低,有益菌如乳酸杆菌、毛螺科等被耗竭,而埃希氏-志贺氏菌、葡萄球菌等有害菌大量富集(Pss可能是通过激活TLR/NF-κB信号通路、TNF信号通路,改变肠道微生物群的组成而诱导小鼠患病,且免疫炎症因子的表达与肠道微生物群之间存在一定的关联性。

关键词：溃疡性结肠炎 RNA测序 16S rRNA测序急性溃疡性结肠炎模型相关性分析

基于16S rRNA测序的食管鳞癌瘤内微生物组学分析及临床相关性研究

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基于16S rRNA测序的食管鳞癌瘤内微生物组学分析及临床相关性研究

作者：李顺嘉山东大学

学位级别：硕士

研究背景食管癌是一种常见的上消化道恶性肿瘤,新发病例居恶性肿瘤第7位,死亡病例居恶性肿瘤第6位,其中食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,EsCC)和食管腺癌(esophageal adenocarcinoma,EAC)是主要的组织学病理类型。E... 详细信息

研究背景食管癌是一种常见的上消化道恶性肿瘤,新发病例居恶性肿瘤第7位,死亡病例居恶性肿瘤第6位,其中食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,EsCC)和食管腺癌(esophageal adenocarcinoma,EAC)是主要的组织学病理类型。EsCC是亚洲地区最常见的病理类型,具有发病率高、恶性程度高、易复发及预后差等特点,严重威胁我国人民生命健康。然而,EsCC的肿瘤微环境复杂,具体发病原因不明,因此深入探究EsCC的发病机制,寻找新的治疗靶点已成为研究热点。有研究发现,肿瘤组织中除了肿瘤实质和其对应的微环境外,还存在菌群。食管菌群在食管癌中具有重要作用,菌群失调可能会导致食管癌的发生,然而两者之间的具体关系仍有待进一步阐明。本研究将更详细的展示“食管-菌群”网络及其互作关系,为EsCC的基础研究和临床治疗提供重要的理论支持。研究目的1.比较EsCC患者癌组织及癌旁组织的菌群差异,筛选出差异核心菌属作为区分良、恶性组织的菌群标志物。2.进行癌组织菌群信息与EsCC患者基本临床特征、血化验指标、术后病理信息、免疫指标结果之间的相关性分析。3.寻找与EsCC患者术后复发的相关的菌群标志物。资料及研究方法1.收集36名EsCC患者的癌组织和配对的癌旁组织进行16S rRNA测序,比较癌组织及癌旁组织菌群差异,进而筛选出差异核心菌属,作为区分良、恶性组织的菌群标志物。2.结合癌组织菌群信息与EsCC患者基本临床特征、血化验指标、术后病理信息、免疫指标结果进行相关性分析,寻找与癌组织菌群相关的临床指标。3.结合患者随访信息,寻找癌组织中与EsCC患者术后复发的相关的菌群标志物。研究结果1.EsCC患者的癌组织与癌旁组织的菌群在物种阿尔法多样性上无明显差异,但根据贝塔多样性结果显示,两组间的菌群有明显差异。尽管两组间菌群有相似的物种构成,但物种差异分析显示两组间存在差异物种。根据受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic,ROC)结果显示,在属水平上不动杆菌属(Acinetobacter)、弧菌属(Vibrio)、梭杆菌属(Fusobacterium)和普雷沃氏菌属(Prevotella)可以作为区分癌组织与癌旁组织的菌群标志物。2.弯曲杆菌属(Campylobacter)在男性EsCC患者及有吸烟史的EsCC患者中丰度富集,约翰森氏菌属(Johnsonella)在有饮酒史的EsCC患者中富集。小单孢菌属(Parvimonas)的相对丰度与中性粒细胞-淋巴细胞比率(r=0.335,P=0.046)呈正相关,水栖菌属(Enhydrobacter)与血小板-淋巴细胞比率(r=0.339,P=0.043)呈正相关,鞘脂菌属(sphinggobium)的丰度与CYFRA21-1呈正相关(r=0.402,P=0.015)。癌组织内微生物群不动杆菌属(Acinetobacter)(r=-0.436,P=0.008)和肠杆菌属(Enterobacter)(r=-0.481,P=0.003)的相对丰度与CD8+T细胞数量呈负相关。3.LEfse分析及Kaplan-Meier生存分析显示,癌组织内梭杆菌属(Fusobacterium)、纤毛菌属(Leptotrichia)和浮霉菌纲(Planctomycetacia)可以作为预测EsCC患者术后复发的菌群标志物。研究结论本研究表明EsCC患者癌组织与癌旁组织的菌群结构存在差异,菌群失调可能是EsCC发生的一个风险因素。某些细菌种属与EsCC患者的血化验指标、术后病理信息、免疫指标结果以及复发和转移之间具有相关性。总之,本研究结果为EsCC的诊治提供了新的研究思路。

关键词：食管鳞状细胞癌微生物群 16S rRNA测序梭杆菌属

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

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黑龙江畜牧兽医 2022年第23期 115-120,137,138页

作者：曹东辛金鸽曾燕倪学勤四川农业大学动物医学院成都611130

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结... 详细信息

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明:雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae_Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(streptococcus,3.74%)、sMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(Pstreptomyces)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)及拟杆菌属的丰度显著高于雌性(Pscolarctobacterium)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、L7A_E11及p_75_a5的丰度显著高于雄性(P<0.05)。此外,未发现雌性和雄性之间有显著差异的代谢通路。说明雄性和雌性巴马小型猪粪便微生物的Alpha多样性无显著差异,但在门和属水平上部分菌群的丰度存在显著差异。

关键词：巴马小型猪性别肠道微生物 16S rRNA测序多样性

基于16S rRNA测序技术解析绵羊瘤胃微生物区系特征及其与剩余采食量的关系研究

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基于16S rRNA测序技术解析绵羊瘤胃微生物区系特征及其与剩余采食...

作者：张煜坤甘肃农业大学

学位级别：硕士

反刍动物瘤胃被认为是自然界中微生物定植密度最高的生态系统之一,在机体营养物质的吸收、转化、分配以及宿主神经、免疫调节等诸多方面发挥着重要的作用。剩余采食量是衡量动物饲料效率的重要指标,而绵羊瘤胃微生物与剩余采食量的关系... 详细信息

反刍动物瘤胃被认为是自然界中微生物定植密度最高的生态系统之一,在机体营养物质的吸收、转化、分配以及宿主神经、免疫调节等诸多方面发挥着重要的作用。剩余采食量是衡量动物饲料效率的重要指标,而绵羊瘤胃微生物与剩余采食量的关系尚不明确。本研究测定了1150只80～180日龄湖羊公羔的剩余采食量(residual feed intake,RFI)、饲料转化率(feed conversion ratio,FCR)、平均日采食量(average daily feed intake,ADFI)、平均日增重(average daily gain,ADG)等饲料效率及其相关性状,采集瘤胃内容物样品进行了16s rrna(16s ribosomal RNA)扩增子测序,从瘤胃微生物多样性、优势菌群、核心微生物和功能预测等方面系统研究了湖羊瘤胃微生物区系特征,使用肠菌力(microbiability,m)概念剖分RFI的瘤胃微生物效应并利用两部分线性模型鉴定与湖羊剩余采食量关联的瘤胃微生物标记,以期为绵羊剩余采食量的改良和高饲料效率微生态制剂的开发提供新思路。研究结果如下:(1)湖羊饲料效率性状具有时序性特征,随日龄增长而逐渐降低。80～180日龄湖羊FCR为5.94±0.63,变异系数为0.11;RFI的变异范围为-0.26～0.27 kg/d,与FCR和ADFI均呈显著正相关,与初始体重、末期体重和日增重等生长性状无显著相关。(2)本研究使用Illumina Nova seq测序平台对绵羊瘤胃微生物进行16S rRNA测序,共获得68,370,589条高质量reads,下机处理后共获得11,976个AsVs(amplicon sequence variants,AsVs)并分配到33个门,87个纲,191个目,319个科和639个属。样本内多样性分析(alpha-diversity)表明绵羊瘤胃菌群高度复杂且多样化,shannon和Gini-simpson指数平均值分别为5.3732和0.9862。湖羊瘤胃优势菌门为Bacteroidota、Firmicutes、spirochaetota、Fibrobacterota和Proteobacteria;优势菌属为Prevotella、Treponema、Rikenellaceae RC9 gut group、Fibrobacter和F082。在门水平上,鉴定到Bacteroidota、Firmicutes和Fibrobacterota3个核心微生物门;在属水平上,鉴定到Eubacterium coprostanoligenes group、Lachnospiraceae ND3007 group、Clostridia UCG-014、Erysipelatoclostridiaceae UCG-004、Eubacterium ruminantium group等43个核心细菌属。湖羊瘤胃菌群功能主要集中在翻译、核糖体结构和生物合成、氨基酸转运和代谢、细胞壁/膜/包膜生物合成、碳水化合物转运和代谢、转录、辅酶转运与代谢和能量产生和转换等方面。(3)湖羊瘤胃菌群可解释至少18%的RFI变异,高饲料效率绵羊瘤胃微生物群落多样化程度较高,鉴别到18种影响湖羊80～180日龄RFI的关键瘤胃菌属,其中Trichococcus、Ahniella、KD4-96、Youngiibacter、sporacetigenium、Coriobacteriaceae UCG-002、Fibrobacter和Oscillospiraceae等8个菌属与RFI呈显著正相关,Lactococcus、Leuconostoc、F082、UCG-004、Flexilinea、NK4A214group、Incertae sedis、UCG-001、Muribaculaceae和UCG-010等10个菌属均与RFI呈显著负相关。

关键词：绵羊剩余采食量饲料效率 16S rRNA测序瘤胃微生物