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基于16s rrna基因测序技术分析原发性胆汁性胆管炎伴抑郁小鼠粪便样本中肠道菌群的变化

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胃肠病学 2024年第2期29卷 86-94页

作者：陶理任永青张紫阳王晶内蒙古科技大学包头医学院研究生院 014040 国药北方医院感染科赤峰学院附属医院消化内科内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院消化内科

背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16s rrna基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照... 详细信息

背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16s rrna基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照组、胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组。对照组小鼠给予正常饲料和水喂养;胆汁淤积组小鼠采用含0.1%DDC的饲料连续喂养2周构建胆汁淤积模型;胆汁淤积+抑郁组小鼠先采用慢性温和不可预期应激方式刺激2周,再以含0.1%DDC的饲料喂养2周构建胆汁淤积+抑郁模型;治疗组小鼠在构建胆汁淤积+抑郁模型的基础上,腹腔注射盐酸氯米帕明(7.5 mg·kg^(-1)·d^(-1))2周。造模期间观察小鼠的行为学变化。造模结束后各组小鼠称重,行负重游泳试验、强迫游泳试验、悬尾试验和肝组织HE染色;采集新鲜粪便,基于16s rrna基因测序技术分析小鼠肠道菌群的变化。结果:与对照组相比,胆汁淤积组和胆汁淤积+抑郁组小鼠体质量明显减轻(P测序抽平处理后获得个5491个操作分类单元(OTU),4组共有的OTU为162个。对照组与胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠粪便中微生物多样性和群落组成存在较大差异。在门水平上,胆汁淤积组厚壁菌门(Firmicutes)丰度明显升高;胆汁淤积+抑郁组变形菌门(Proteobacteria)丰度明显升高;治疗组厚壁菌门和变形菌门丰度均明显升高,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显下降。对组间差异显著的物种行LEfse分析发现,LDA值>4的微生物类群有38个。结论:PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群结构和多样性均发生显著变化,抗抑郁治疗能改善肠道菌群的丰度和多样性,通过调节肠道菌群治疗PBC伴抑郁有可能成为一种新的治疗策略。

关键词：原发性胆汁性胆管炎胆汁淤积抑郁 16s rrna基因测序技术肠道菌群

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基于16s rrna基因测序技术研究不同病理阶段慢性胃炎的舌苔微生物特征

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基于16S rRNA基因测序技术研究不同病理阶段慢性胃炎的舌苔微生物...

作者：李娜上海中医药大学

学位级别：硕士

目的:寻找慢性胃炎不同病理发展阶段的差异菌群,探索舌苔微生物与慢性胃炎不同病理发展时期患者临床特征之间的关联性。方法:(1)收集慢性胃炎患者及正常人的舌苔样本264例后剔除无胃镜或病理报告等,175例有效舌苔样本进行16s r RNA基因... 详细信息

目的:寻找慢性胃炎不同病理发展阶段的差异菌群,探索舌苔微生物与慢性胃炎不同病理发展时期患者临床特征之间的关联性。方法:(1)收集慢性胃炎患者及正常人的舌苔样本264例后剔除无胃镜或病理报告等,175例有效舌苔样本进行16s r RNA基因测序,最后纳入分析的舌苔样本数为120例,其中正常组44例,炎症组30例、萎缩伴肠化组30例、单纯性萎缩组16例。对基因测序数据进行OTU聚类及过滤分析、物种组成分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种差异分析等;(2)采用VIF方差膨胀因子分析、Mental分析、Ma As Lin分析等多种统计方法将反映菌群结构变化的舌苔微生态数据与临床特征及舌的特征数据进行关联分析,寻找反映疾病不同发展阶段的临床特征的特定菌群。结果:(1)慢性胃炎组与正常组的舌苔菌群差异分析:(1)群落结构组成:正常组比慢性胃炎组拥有更多的菌门,其中Omnitrophica、p＿BRC1、Parcubacteria、纤维杆菌门是其独有菌门,但是两者的优势菌门构成相同;(2)群落微生物的相对丰度:两组共有15个菌门发生显著性改变,其中优势菌门中有3个,他们分别是厚壁菌门、梭杆菌门和saccaribacteria;在属水平上,两组共有246个菌属发生显著性差异;(2)慢性胃炎不同病理分组患者的舌苔菌群差异分析:(1)群落结构组成:三组的优势菌门组成相同,但萎缩伴肠化组有8个特有菌门,分别是脱铁杆菌门、Cloacimonetes、Latescibacteria、Ignavibacteriae、TM6＿Dependentiae、绿菌门、Marinimicrobia＿sAR406lade、Deinococcus-Thermus;(2)群落微生物的相对丰度:正常组和慢性胃炎不同病理阶段四组间共有8个菌门发生显著性改变,优势菌门只有厚壁菌门;在属水平上,四组共有177个菌属发生显著性差异;(3)慢性胃炎不同病理阶段舌苔菌群与临床症状之间的关联分析显示:(1)口苦、口黏、口甜等口腔症状与舌苔菌群整体之间具有关联性;苔色、厚苔、腻苔、滑苔等舌苔特征与舌苔菌群整体之间具有关联性;胃痛、胃胀、反酸呕吐等胃部症状与舌苔菌群之间关联性不明确;舌色、齿痕舌、裂纹舌、点刺舌等舌体症状与舌苔菌群之间无明确关联关系。(2)胃痛与软壁菌门和蓝细菌呈正相关关系,相关系数分别为0.0093和0.0032。胃胀与绿弯菌门和蓝细菌呈正相关关系,相关系数分别为0.00443和0.00327,与拟杆菌门和saccharibacteria呈负相关关系,相关系数分别为-0.05764和-0.02712。恶心呕吐与sR1-Absconditabacteria呈正相关关系,相关系数为0.01639。反酸与酸杆菌门和绿弯菌门呈正相关关系,相关系数分别为0.00165和0.00288。嗳气与梭杆菌门呈正相关关系,相关系数为0.03646,与厚壁菌门呈负相关关系,相关系数为-0.0441。口苦与蓝细菌呈正相关关系,相关系数为0.00398。口甜与拟杆菌门呈正相关关系,相关系数为0.20433,与saccharibacteria呈负相关关系,相关系数为-0.07271。舌色与绿弯菌门呈正相关关系,相关系数为0.00455,与sR1-Absconditabacteria呈负相关关系,相关系数为-0.01597。腻苔与蓝细菌、绿弯菌门和酸杆菌门呈正相关关系,相关系数分别为0.00689、0.00492和0.00181,与saccharibacteria呈负相关关系,相关系数为-0.0371。滑苔与绿弯菌门、蓝细菌、螺旋菌门呈正相关关系,相关系数分别为0.02379、0.01962和0.02366。结论:(1)慢性胃炎患者的舌苔微生物群落结构和相对丰度发生改变,这可能与慢性胃炎病情的发生发展有关联,提示疾病状态下具有的特异性差异特点的舌苔微生物可能是构成“邪气所生”异常舌苔的物质基础;(2)不同病理阶段的慢性胃炎舌苔特征与舌苔特定微生物关系密切,特定舌苔微生物结构可以反映特定舌苔特征,从而说明舌苔的变化可以阐释慢性胃炎临床不同病理阶段的发展变化,对指导临床诊疗具有一定意义。

关键词：慢性胃炎舌诊 16s rrna基因测序技术舌苔微生态

基于16s rrna基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病大鼠的肠道菌群

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中国肝脏病杂志（电子版） 2023年第4期15卷 39-46页

作者：李晓玲孙凤霞张莹雪郭雨菲门秋爽首都医科大学附属北京中医医院肝病科北京100010

目的基于16s rrna基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的肠道菌群。方法以sPF级sD大鼠为实验对象,随机分为普通饮食组(对照组)和高脂饮食组(模型组)。高脂饮食组通过进食高脂饲料8周诱... 详细信息

目的基于16s rrna基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的肠道菌群。方法以sPF级sD大鼠为实验对象,随机分为普通饮食组(对照组)和高脂饮食组(模型组)。高脂饮食组通过进食高脂饲料8周诱发NAFLD模型。8周后检测大鼠血清丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,AsT)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、甘油三酯(triglyceride,TG)和总胆固醇(total cholesterol,TC)水平,取肝组织进行HE及油红O染色,采集大鼠新鲜粪便通过高通量测序法对肠道粪便细菌16s rrna的V3-V4区进行基因测序。利用UPARsE软件进行类单元(operational taxonomic unit,OTU)聚类,采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,并在门、纲、目、科、属、种等水平上进行注释其群落的物种信息。基于OTU聚类结果,利用mothur软件和Qimme(V.1.8)进行Alpha多样性分析和Beta多样性分析,并通过LEfse软件进行组间菌落差异分析。结果与正常组相比,模型组大鼠AsT [(23.63±4.82)U/L vs (10.61±1.17)U/L]、ALT [(9.98±2.27)U/L vs(3.40±0.81)U/L]、LDL-C [(0.69±0.11)mmol/Lvs(0.34±0.10)mmol/L]、TG [(0.90±0.24)mmol/L vs (0.33±0.13)mmol/L]及TC [(5.69±0.72)mmol/L vs(2.10±0.42)mmol/L]水平均显著升高,HDL-C [(0.62±0.14)mmol/L vs (1.07±0.17)mmol/L]水平显著降低,差异均有统计学意义(P均168个,两组共享OTU为1988个。随样本量增加物种累积曲线趋于平缓,表明样本量充分。在Alpha多样性指数中,模型组的香农指数(7.0673±0.4812 vs 6.1695±0.7165)、物种个数[(968.6250±233.0221)个vs (1155.9500±129.0011)个]和PD_Whole_Tree指数(69.3449±14.2872vs82.0219±10.2012)显著低于对照组,差异有统计学意义(P均s 1599.1725±100.1048),但差异无统计学意义(P>0.05)。采用主成分分析、主坐标分析、层次聚类分析、偏最小二乘法判别分析和非度量多维尺度法等Beta多样性分析方法均能将模型组与对照组大鼠完全区分开来,进一步说明二者间的菌群有明显区别。采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,结果表明,从门水平分析,NAFLD大鼠厚壁菌门和放线菌门丰度增加,其中放线菌门丰度显著增加,拟杆菌门和变形菌门的丰度降低。从纲水平分析,NAFLD大鼠放线菌纲和丹毒丝菌纲相对丰度显著升高,而杆菌纲相对丰度显著下降。从目水平分析,NAFLD大鼠红椿菌目和丹毒丝菌目相对丰度显著升高,而乳杆菌目和酸微菌目相对丰度显著降低。从科水平分析,NAFLD大鼠毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcus)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)等增加,其中双歧杆菌科、肽链球菌科显著增加,乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和拟杆菌目s24-7组比例下降,其中乳酸杆菌科显著性减少。采用LEfse对组间差异显著的物种分析,结果表明两组间差异起重要作用的肠道微生物类群共126个,LDA值大于3.6的微生物类群共24个。结论与普通饮食组相比,高脂饮食组干预8周后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

关键词：脂肪性肝病非酒精性大鼠 16s rrna基因测序技术肠道菌群

基于16s rrna基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群

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胃肠病学和肝病学杂志 2024年第1期33卷 34-39页

作者：黄一曼孙凤霞李晓玲北京中医药大学北京100029 首都医科大学附属北京中医医院肝病科

目的探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法以sPF级的sD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组... 详细信息

目的探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法以sPF级的sD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16s rrna的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDs分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfse对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

关键词：急性肝内胆汁淤积大鼠 16s rrna基因测序技术肠道菌群

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宫腔微生态的研究进展

中国微生态学杂志 2023年第4期35卷 494-496,F0003页

作者：杨玉婷周明张帝开深圳市罗湖区人民医院妇科广东518001

女性生殖道微生态的研究已经显示,阴道存在多种微生物并具有生理和病理作用。阴道微生物群失调直接导致炎症、不孕和肿瘤等妇产科相关疾病。在检测女性上、下生殖道包括阴道、宫腔和输卵管等部位的特定微生物群时,高通量测序技术比传统... 详细信息

女性生殖道微生态的研究已经显示,阴道存在多种微生物并具有生理和病理作用。阴道微生物群失调直接导致炎症、不孕和肿瘤等妇产科相关疾病。在检测女性上、下生殖道包括阴道、宫腔和输卵管等部位的特定微生物群时,高通量测序技术比传统的细菌培养技术效率更高,成本更低。大多数宫腔微生态的研究认为乳杆菌是宫腔内的优势菌群。生殖道微生物及其代谢产物与宿主细胞间相互作用,在胚胎着床和妊娠等生理过程发挥重要作用,并且参与妇产科相关疾病的发生发展。统一的生殖道微生态评价标准,不仅可以指导临床使用抗生素,而且可以有效地评价益生菌的治疗效果。

关键词：宫腔微生态 16s rrna基因测序技术高通量测序技术

博来霉素诱导系统性硬化病小鼠肠道菌群改变及醋酸泼尼松龙的干预作用

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中国免疫学杂志 2023年第11期39卷 2255-2264页

作者：张羽周雪艳赵亮娟李凯吕军影(指导) 广西医科大学第一临床医学院南宁530021 广西医科大学第一附属医院中医科南宁530021

目的:运用16s rrna基因测序技术探讨博来霉素诱导的系统性硬化病(ssc)模型小鼠肠道菌群改变及醋酸泼尼松龙的干预作用。方法:博来霉素诱导建立ssc小鼠模型,醋酸泼尼松龙干预治疗28 d,设正常对照组。观察各组小鼠生存状态,天狼星染色观... 详细信息

目的:运用16s rrna基因测序技术探讨博来霉素诱导的系统性硬化病(ssc)模型小鼠肠道菌群改变及醋酸泼尼松龙的干预作用。方法:博来霉素诱导建立ssc小鼠模型,醋酸泼尼松龙干预治疗28 d,设正常对照组。观察各组小鼠生存状态,天狼星染色观察组织病理改变及检测胶原纤维含量。利用16s rrna基因测序技术对各组小鼠粪便DNA进行肠道菌群高通量测序分析。结果:与对照组比较,模型组小鼠出现精神萎靡,背部皮肤变硬、结痂,粘连皮下组织,皮肤及肺组织胶原纤维含量明显增多(Pssc小鼠生存状态,明显下调皮肤及肺组织胶原纤维含量(P0.05);逆转了普雷沃氏菌科、文肯菌属、瘤球菌科_UCG-005丰度变化趋势(Pssc小鼠肠道不同分类水平细菌丰富度、谱系多样性及菌群结构明显改变。ssc主要治疗药物糖皮质激素(GCs)醋酸泼尼松龙有限度地影响了ssc小鼠肠道菌群,但改善作用不明显。

关键词：系统性硬化病 16s rrna基因测序技术肠道菌群醋酸泼尼松龙

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Cardiobacterium valvarum临床分离株的生物学特性研究及16s rrna鉴定

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中国人兽共患病学报 2022年第7期38卷 614-618页

作者：徐晓涵孙铭艳刘言霞王楠陶元勇潍坊医学院医学检验学院潍坊261053 潍坊医学院附属医院检验科潍坊261031

目的采用不同的方法描述Cardiobacterium valvarum(***)临床分离株的生物学特性,利用16s rrna基因测序技术进行分子鉴定。方法转种阳性血培养标本到血琼脂平板上进行细菌培育,革兰染色涂片镜检,用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定分析... 详细信息

目的采用不同的方法描述Cardiobacterium valvarum(***)临床分离株的生物学特性,利用16s rrna基因测序技术进行分子鉴定。方法转种阳性血培养标本到血琼脂平板上进行细菌培育,革兰染色涂片镜检,用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定分析仪对临床分离株进行细菌鉴定,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-Ms)对分离株的蛋白质进行高通量测定,E-test法对分离株作药敏试验。提取分离株的DNA,采用16s rrna基因测序技术对PCR的产物进行测序,在NCBI的BLAsT网站上与GenBank数据库上的序列做相似性比较,用MEGA7.0.26软件构建该分离株的系统进化树。结果经细菌培养发现小而圆、光滑、不透明,灰色的菌落;经革兰染色后镜下见到小、两端圆形、革兰阴性的多形性杆菌;VITEK 2 Compact上机、MALDI-TOF-Ms技术均未得到该分离株的鉴定结果;16s rrna基因测序技术测得该菌株基因全序列约为1450 bp,与*** F0432的16s rrna同源性为99.59%,鉴定为***。结论该菌的形态、生化反应均无代表性,采用16s rrna基因测序技术可以对***进行鉴定,对该疾病的诊断具有重要意义。

关键词：心杆菌属人心杆菌 C.valvarum 16s rrna基因测序技术

中蒙两国慢性萎缩性胃炎患者不同病理阶段舌苔菌群的结构分布和多样性

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中华中医药杂志 2021年第10期36卷 6101-6105页

作者：巴图巴雅尔·乌云毕力格李可歆郭元怡李萍娜日满达呼图里嘎丁霞北京中医药大学东直门医院北京100700 蒙古国第一综合医院乌兰巴托14210 蒙古国医科大学医学科学研究所乌兰巴托16081 北京中医药大学中医学院北京100029

目的:通过16s rrna基因高通量测序技术分析中蒙两国慢性萎缩性胃炎(CAG)患者不同病理阶段舌苔菌群的结构分布和多样性。方法:分别选取中蒙两国CAG患者18例(萎缩、肠上皮化生、异型增生各6例)作为病例组,中蒙两国健康人群各6例作为对照组... 详细信息

目的:通过16s rrna基因高通量测序技术分析中蒙两国慢性萎缩性胃炎(CAG)患者不同病理阶段舌苔菌群的结构分布和多样性。方法:分别选取中蒙两国CAG患者18例(萎缩、肠上皮化生、异型增生各6例)作为病例组,中蒙两国健康人群各6例作为对照组,采用16s rrna基因高通量测序技术检测病例组和对照组的舌苔菌群,统计分析舌苔菌群的结构分布和多样性。结果:从不同病理阶段舌苔菌群属水平分布发现,萎缩和异型增生病理阶段蒙古国的物种总数及特有物种总数均高于中国,但健康人和肠上皮化生阶段中国的物种总数及特有物种总数均高于蒙古国;中国异型增生组的Neisseria(奈瑟菌属)相对丰度明显高于中蒙两国健康组及蒙古国异型增生组,中蒙两国异型增生组的Leptorichia(纤毛菌属)相对丰度高于中蒙两国健康组(Ps(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Actinobacteria(放线菌门)、Proteobacteria(变形菌门)、Fusobacteria(梭杆菌门)和Patescibacteria。中国健康组和异型增生组的Fusobacteria(梭杆菌门)相对丰度显著高于蒙古国的健康组和异型增生组(P<0.05)。结论:中蒙两国CAG患者不同病理阶段舌苔菌群存在结构差异,舌苔菌群与CAG密切关联。

关键词：慢性萎缩性胃炎舌苔菌群 16s rrna基因测序技术病理

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慢性胃炎不同病理阶段对舌苔菌门的影响

中华中医药杂志 2021年第8期36卷 4964-4968页

作者：李莉王慧雯丛军顾志坚郭春荣蒋海洋李娜孙祝美上海中医药大学附属曙光医院消化科上海200021 上海中医药大学基础医学院上海201203

目的:探讨慢性胃炎不同病理阶段对舌苔菌门的影响。方法:采用16s rrna基因测序技术对慢性胃炎患者舌苔菌门进行研究,实验分为炎症组(30例)、单纯萎缩组(20例)和萎缩伴肠化组(30例)。结果:与其他两组比较,萎缩伴肠化组Alpha指数sobs、Ace... 详细信息

目的:探讨慢性胃炎不同病理阶段对舌苔菌门的影响。方法:采用16s rrna基因测序技术对慢性胃炎患者舌苔菌门进行研究,实验分为炎症组(30例)、单纯萎缩组(20例)和萎缩伴肠化组(30例)。结果:与其他两组比较,萎缩伴肠化组Alpha指数sobs、Ace、Chao均显著升高(Psaccharibacteria)基本相似。与其他两组比较,萎缩伴肠化组特有微量菌门较多;在舌苔菌门的相对丰度方面,3组优势菌门中厚壁菌门相对丰度有显著性差异(P<0.05),而6种微量菌门(软壁菌门、酸杆菌门、蓝细菌门、绿弯菌门、疣微菌门、芽单胞菌门)在3组中存在显著性差异(P<0.05);舌苔微生物构成的网络在3组之间也存在差异:炎症组舌苔菌群整体网络是不连通的,可形成局部小的网络连接,而单纯萎缩组能形成一个相对松散的网络结构,萎缩伴肠化组参与网络构建的微量菌门增加,网络更加趋于密集。结论:慢性胃炎不同病理阶段对舌苔菌门具有一定的影响,特别在萎缩伴肠上皮化生阶段,舌苔菌群生物多样性和微量菌门数目显著增多,这说明随着疾病的发生发展,患者的舌苔菌群也发生相应的改变,提示舌苔菌群与胃部病理变化关系密切,口腔-胃在人体形成微生物共生的微环境,为舌苔-口腔菌群-肠道菌群的联系提供支持。

关键词：慢性胃炎舌苔菌群 16s rrna基因测序技术病理阶段菌门