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Bacterial biota in reflux esophagitis and Barrett's esophagus

World Journal of Gastroenterology 2005年第46期11卷 7277-7283页

作者： Zhiheng Pei Liying Yang Richard M Peek Jr steven M Levine David T Pride Martin J Blaser Departments of Pathology and Medicine New York University School of Medicine New York NY 10016 the United States of America and Department of Veterans Affairs New York Harbor Health System New York NY 10010United States Department of Pathology New York University School of Medicine New York NY 10016 United States Jr Department of Medicine Vanderbilt University School of Medicine Nashville TN 37212United States Department of Medicine New York University School of Medicine New York NY 10016 United States Departments of Medicine and Microbiology New York University School of Medicine New York NY 10016United States Departments of Medicine and Microbiology New York University School of Medicine New York NY 10016the United States of America and Department of Veterans AffairsNew York Harbor Health System New York NY 10010 United States

AIM： To identify the bacterial flora in conditions such as Barrett＇s esophagus and reflux esophagitis to determine if they are similar to normal esophageal flora. METHODs： Using broad-range 16s rdna pcr, esophageal biopsies were examined from 24 patients [9 with normal esophageal mucosa, 12 with gastroesophageal reflux disease （GERD）, and 3 with Barrett＇s esophagus]. Two separate broad-range pcr reactions were performed for each patient, and the resulting products were cloned. In one patient with Barrett＇s esophagus, 99 pcr clones were analyzed. REsULTs： Two separate clones were recovered from each patient （total = 48）, representing 24 different species, with 14 species homologous to known bacteria, 5 homologous to unidentified bacteria, and 5 were not homologous （〈97% identity） to any known bacterial 16s rdna sequences. seventeen species were found in the reflux esophagitis patients, 5 in the Barrett＇s esophagus patients, and 10 in normal esophagus patients. Further analysis concentrating on a single biopsy from an individual with Barrett＇s esophagus revealed the presence of 21 distinct bacterial species. Members of four phyla were represented, including Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, and Actinobacteria. Microscopic examination of each biopsy demonstrated bacteria in intimate association with the distal esophageal epithelium, suggesting that the presence of these bacteria is not transitory. CONCLUsION： These findings provide evidence for a complex, residential bacterial population in esophageal reflux-related disorders. While much of this biota is present in the normal esophagus, more detailed comparisons may help identify potential disease associations.

关键词： Bacterial biota Esophagus 16s rdna pcr

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产黑色素类杆菌在感染根管内的研究

产黑色素类杆菌在感染根管内的研究

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作者：刘海霞中南大学

学位级别：硕士

目的:了解感染根管内产黑色素类杆菌（BPB）的定植情况,进一步探讨BPB与慢性根尖周炎临床症状的相关性。方法:1、感染根管内BPB定植的研究:采用16s rdnapcr技术检测五种BPB在50颗牙髓炎、慢性根尖周炎患牙感染根管内的定植情况。二项分... 详细信息

目的:了解感染根管内产黑色素类杆菌（BPB）的定植情况,进一步探讨BPB与慢性根尖周炎临床症状的相关性。方法:1、感染根管内BPB定植的研究:采用16s rdnapcr技术检测五种BPB在50颗牙髓炎、慢性根尖周炎患牙感染根管内的定植情况。二项分布分析五种BPB在感染根管内检出率的差异。单因素比值比分析五种BPB菌种间的相互关系。χ检验分析BPB在20颗牙髓炎、30颗慢性根尖周炎患牙检出率的差异。2、BPB与慢性根尖周炎临床症状相关性的研究:采用16s rdnapcr技术检测30颗慢性根尖周炎患牙感染根管内五种BPB的定植情况,单因素比值比统计分析五种BPB与慢性根尖周炎临床症状的相关性。结果:1、BPB在感染根管内的检出情况:BPB在感染根管内的检出率为60%,其中牙髓卟啉单胞菌（P.e）、变黑普氏菌（P.n）、牙龈卟啉单胞菌（P.g）、产黑普氏菌（P.m）、中间普氏菌（P.i）的检出率分别为38%、32%、30%、18%、14%。P.e、P.n的检出率均明显高于P.m、P.i,差异有统计学意义（P＜0.05）。P.g/P.e、P.g/P.n、P.e/P.n间存在正相关。2、BPB在牙髓炎和慢性根尖周炎的检出情况:P.e在慢性根尖周炎组的检出率（50%）比牙髓炎组检出率（36.67%）高,有明显的统计学差异（P＜0.05）。P.n、P.g、P.i和P.m在慢性根尖周炎组的检出率（43.33%、36.67%、16.67%、16.67%）与牙髓炎组检出率（20%、20%、10%、15%）的差异无统计学意义（P＞0.05）。3、BPB与慢性根尖周炎临床症状的相关性:P.g、P.e与慢性根尖周炎的疼痛、肿胀呈正相关（OR＞2）,差异有统计学意义（P＜0.05）,与叩痛、瘘道无相关性;P.n与慢性根尖周炎的叩痛、肿胀呈正相关（OR＞2）,差异有统计学意义（P＜0.05）,与疼痛、瘘道无相关性;P.i和P.n与慢性根尖周炎的疼痛、叩痛、瘘道和肿胀均无相关性。结论:1、BPB是感染根管内的优势菌群之一,其中P.e、P.n的检出率均明显高于P.m、P.i,P.g/P.e、P.g/P.n、P.e/P.n之间存在正相关。五种BPB中仅P.e在牙髓炎和根尖周炎感染根管内的定植存在差异,牙髓炎和根尖周炎有共同的致病菌。2、BPB是慢性根尖周炎的致病菌之一,P.g、P.e与慢性根尖周炎的疼痛和肿胀密切相关,P.n与叩痛肿胀密切相关,具体机制需进一步研究。尚未发现P.i和P.m与慢性根尖周炎临床症状的相关性。

关键词：感染根管产黑色素类杆菌 16s rdna pcr

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益生菌的分离鉴定及其与人参皂苷Rb1相互作用的探究

益生菌的分离鉴定及其与人参皂苷Rb1相互作用的探究

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作者：李思璇吉林大学

学位级别：硕士

人参皂苷是人参中发挥主要作用的活性物质,近年来,由于认识到其在多个应用领域(如化妆品,饮料,营养食品和酒)中的潜在应用价值,人参相关的功能性食品已占据市场主导地位。相较于高含量的主要人参皂苷,稀有人参皂苷往往具有更高的活性,... 详细信息

人参皂苷是人参中发挥主要作用的活性物质,近年来,由于认识到其在多个应用领域(如化妆品,饮料,营养食品和酒)中的潜在应用价值,人参相关的功能性食品已占据市场主导地位。相较于高含量的主要人参皂苷,稀有人参皂苷往往具有更高的活性,但其含量在自然环境中却极少或几乎没有,所以目前大多稀有人参皂苷需要通过高含量皂苷经由脱糖基作用,工业生产得到。相较于条件严苛的酸碱水解及高成本的酶催化,使用微生物酶系统的生物转化显示出巨大的前景;然而,微生物转化使用的大多菌株都是非食品级。由于稀有人参皂苷的商业生产主要是应用于保健品、药品及食品,所以发酵后需要对稀有皂苷再次进行分离纯化,复杂了整个工艺过程,提高了生产的难度,同时存在非食品级微生物污染最终产品的风险,已经成为技术发展的障碍,若能克服,将带来巨大的经济回报。所以,目前需要寻找并筛选出能够高效率完成人参皂苷转化的食品级微生物,以简单且经济的方式丰富营养成分,同时具有高安全度,省去后续的分离,在工业生产中精简工艺,带来较大的商业价值。益生菌作为食品级微生物,主要定居在肠道,一方面,能够直接参与人体的营养吸收,影响糖尿病及肥胖等代谢性疾病,维持肠道屏障功能,防止病原体入侵;另一方面,可以释放相应的信号分子,这些小分子可以伴随血液循环,作用于远端器官,提高免疫力,并形成脑肠轴,调控神经性疾病。在本研究中,我们尝试筛选合适的益生菌菌株完成对人参皂苷Rb1的生物转化,主要的研究内容与结果展示如下:益生菌菌株的分离及16s rdna pcr的鉴定。本研究中利用三区划线法,把相关药品中的混合菌株一一分离,并基于16s rdna高变区的序列,针对鼠李糖乳杆菌,嗜热乳杆菌,植物乳杆菌,唾液乳杆菌,罗伊氏乳杆菌等五株菌设计了相应的特异性引物。用菌液pcr对分离得到的菌株进行初步的鉴定,通过DNA凝胶电泳进行检测,如使用特异性引物得到目的条带,则可以根据条带大小完成初步判定;为避免假阳性的结果,把初步判定的菌株16s rdna全长进行测序,构建系统发育进化树,进一步对特异性16s rdna pcr的结果起支持作用。在本部分的研究工作中,我们设计得到针对上述五种菌的特异性引物,也完成了这五种菌株的分离鉴定工作。益生菌与人参皂苷Rb1相互作用的探究。本部分内容分两方面进行探究。一方面,我们进行了人参皂苷Rb1对益生菌生长影响的实验,选定了唾液乳杆菌亚株JCM 1231、发酵乳杆菌亚株NBRC 15885、鼠李糖乳杆菌亚株JCM 1136、嗜热链球菌亚株ATCC 19258、粪肠球菌亚株DsM 20477作为实验菌株,用人参皂苷Rb1作为添加剂,发现人参皂苷Rb1对实验菌株无太大影响,既不能促进菌株的生长繁殖,也没有抑制作用;从侧面反应了人参皂苷Rb1的摄入,不会影响实验选取的五株菌在肠道中的定植。另一方面,用人参皂苷Rb1做底物,分别用实验菌株对其进行发酵转化,并选用正丁醇作为萃取剂,分离回收发酵产物。采用高效液相色谱作为主要检测方法,首先通过外标法测定底物(人参皂苷Rb1)的出峰时间,峰面积与底物浓度的标准曲线;之后对各组共发酵结果进行检测,在相同的色谱条件下,观测有无新峰的出现,同时通过各组峰面积计算底物的减少量。经检测与计算,虽然部分菌株的底物量有所减少,但是均无新皂苷的生成。结合相关文献参考,我们对这次转化结果进行了初步讨论分析,对没有皂苷转化的原因,做了以下几种推测;1)同一株菌株下的不同亚株之间基因会存在些微的差异,这些差异导致其在性状上有着巨大的区别,实验菌株没有转化的一个原因,可能是实验选取亚株不能产生相关酶,对人参皂苷Rb1并没有转化能力;2)发酵所用培养基(MRs培养基),由于高浓度的葡萄糖含量,抑制相关酶的表达及活性;从而导致转化的失败。

关键词：益生菌人参皂苷生物转化 16s rdna pcr

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上面发酵小麦啤酒有害菌鉴定

上面发酵小麦啤酒有害菌鉴定

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作者：王爱萍齐鲁工业大学

学位级别：硕士

随着社会的进步和经济的不断发展,人们对于啤酒品质的要求也越来越高,上面发酵小麦啤酒以其独特的风味受到消费者的青睐。上面发酵小麦啤酒中的有害菌鉴定有利于实际生产中做出针对性的预防,减少生产损失,同时可以针对其中经常出现的有... 详细信息

随着社会的进步和经济的不断发展,人们对于啤酒品质的要求也越来越高,上面发酵小麦啤酒以其独特的风味受到消费者的青睐。上面发酵小麦啤酒中的有害菌鉴定有利于实际生产中做出针对性的预防,减少生产损失,同时可以针对其中经常出现的有害菌设计简便快捷的检测方法。因此,上面发酵小麦啤酒中有害菌的鉴定对提升啤酒产品质量和及时准确地反馈啤酒生产过程中的微生物情况具有重要意义。本文研究的重点就是通过生理生化特性分析和16s rdna pcr的方法来鉴定上面发酵小麦啤酒中的有害菌。首先,从2吨中试规模上面发酵小麦啤酒酿造过程中取冷麦汁、发酵液、未杀菌的成品啤酒和酵母泥,从中分离筛选出十株啤酒有害菌。然后,对筛选出来的有害菌进行通过生理生化分析及16s rdna基因序列同源分析,确定十株菌是短乳杆菌(Lactobacillus brevis),林德奈氏乳杆菌(Lactobacillus lindneri),干酪乳杆菌(Lactobacillus casei),棒状乳杆菌(Lactobacillus coryniformis),类丘状乳杆菌(Lactobacillus paracollinoides)植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),意外片球菌(Pediococcus inopinatus),有害片球菌(Pediococcus damnosus),Pediococcus claussenii,嗜啤酒梳状菌(Pectinatus cerevisiiphilus)。最后,研究筛选出的十种菌株在不同条件、不同啤酒有害菌培养基上的生长情况,六种乳杆菌结果基本一致,在MRs培养基上生长最好,最适温度为35℃,最适pH为5,其中短乳杆菌(Lactobacillus brevis)和林德奈氏乳杆菌(Lactobacillus lindneri)在MRs培养基和NBB培养基上生长状况相当;嗜啤酒梳状菌(Pectinatus cerevisiiphilus)在MRs培养基和NBB培养基上生长状况相当,最适温度35℃,最适pH为6;三种片球菌(Pediococcus)在NBB培养基上生长最好,最适温度为25℃,在pH在5和6时生长较好。

关键词：上面发酵小麦啤酒有害菌生理生化特性 16s rdna pcr 培养基温度 pH

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四川部分水体光合细菌的分离及特性研究

四川部分水体光合细菌的分离及特性研究

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“环境与健康”学术研讨会

作者：徐雪陈强蒋玮四川农业大学动物科技学院四川农业大学资源环境学院

对从四川不同地方的水样中富集分离获得了10株光合细菌,对其主要生理特性进行了测定,进而应用 BOXAIR-pcr 和16s rdna pcr-RFLP 技术分析了供试菌株的遗传多样性。结果表明,在81.8%相似水平处,BOXAIR-pcr 将供试菌株分成4个遗传群;16s r... 详细信息

对从四川不同地方的水样中富集分离获得了10株光合细菌,对其主要生理特性进行了测定,进而应用 BOXAIR-pcr 和16s rdna pcr-RFLP 技术分析了供试菌株的遗传多样性。结果表明,在81.8%相似水平处,BOXAIR-pcr 将供试菌株分成4个遗传群;16s rdna pcr-RFLP 则将供试菌株分为5个群。这表明四川不同水体中的光合细菌存在明显的遗传多样性。

关键词：光合细菌生理特性 BOX-pcr 16s rdna pcr RFLP

来源： cnki会议评论

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