检索结果-南通市图书馆

作者：袁璐兰州大学

学位级别：硕士

目的:口腔微生物对口腔健康甚至全身健康有着至关重要的意义,16s核糖DNA(Ribosomal DNA,rdna)测序技术可以直接而全面地分析细菌的组成和多样性,使研究口腔环境中不可培养的微生物成为可能。本研究旨在应用16S rDNA测序技术探究五种常... 详细信息

目的:口腔微生物对口腔健康甚至全身健康有着至关重要的意义,16s核糖DNA(Ribosomal DNA,rdna)测序技术可以直接而全面地分析细菌的组成和多样性,使研究口腔环境中不可培养的微生物成为可能。本研究旨在应用16S rDNA测序技术探究五种常用口腔修复材料治疗后口腔微生物群落结构多样性和功能的变化,为口腔修复材料对口腔微生物群落的影响以及长期安全性提供实验依据。方法:实验一:选取兰州大学口腔医院口腔修复科2020年12月至2021年9月就诊的18～60岁第一磨牙缺失行全冠修复治疗的患者作为实验组,并随机分为烤瓷冠组和全瓷冠组,将未行修复治疗的患者记为对照组,共纳入受试者9例。在修复治疗后3至6个月收集受试者的龈上菌斑共9个。实验二:选取兰州大学口腔医院综合科和牙体牙髓科2020年12月至2021年9月就诊的18-60岁龋齿累及龈下的患者作为实验组,将其随机分为3组:流动树脂组、复合树脂组和玻璃离子组,分别在治疗前、治疗后48小时和治疗后1个月收集龈上菌斑和龈沟液,收集受试牙对侧同名健康牙的龈上菌斑和龈沟液作为阴性对照组,选取3名口腔健康人群作为空白对照组,实验共纳入12名受试者,共采集39个龈上菌斑样本和15个龈沟液样本。应用16s rdna高通量测序技术对所有样本DNA进行测序,通过Qiime软件、R软件和PICRUst2软件对测序数据进行生物信息学分析。结果:1.实验一9个龈上菌斑样本共获得110,209条有效序列,归属于1个界、11个门、23个纲、44个目、74个科、120个属、188个种。在门和属水平上,三组检出率最高的是放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、变形菌门和罗氏菌属、卟啉单胞菌属、普氏菌属、链球菌属、韦荣氏菌属、纤毛菌属、奈瑟菌属、柠檬酸菌属、假单胞菌属。与对照组相比,全冠修复治疗的受试者口腔中的嗜血杆菌属、韦荣氏菌属、纤毛菌属、柠檬酸菌属和假单胞菌属显著增加。功能潜能预测分析表明,与对照组相比,全冠修复后微生物的细胞运动功能增加,而复制和修复、翻译功能降低。2.实验二39个龈上菌斑样本共获得660,204个有效序列,归属于1个界、15个门、29个纲、54个目、90个科、162个属、293个种。按充填材料分组,五组样本在门和属水平上检出率最高的是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、放线菌门、螺旋体门和奈瑟菌属、嗜血杆菌属、弯曲杆菌属、劳特罗普氏菌属、普氏菌属、碳酸噬胞菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、韦荣氏菌属、月形单胞菌属、梭杆菌属、纤毛菌属、放线菌属、罗氏菌属、密螺旋体属。玻璃离子组绿弯菌门和拟杆菌属、卡氏菌属、消化链球菌属、约翰森氏菌属、产丝菌属、消化球菌属、脱硫弧菌属、Flexilinea显著增加;复合树脂组奈瑟菌属、Parascardovia显著增加。功能潜能预测分析表明玻璃离子组微生物的细胞运动功能增加,膜转运功能降低;流动树脂组微生物的细胞运动功能降低,但是翻译、复制和修复以及辅助因子和维生素的代谢功能显著升高;复合树脂组微生物的碳水化合物代谢功能显著增高。按时间分组,五组样本在门和属水平上检出最高的细菌有变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、放线菌门、螺旋体门和奈瑟菌属、嗜血杆菌属、弯曲杆菌属、普氏菌属、卟啉单胞菌属、碳酸噬胞菌属、劳特罗普氏菌属、链球菌属、韦荣氏菌属、月形单胞菌属、梭杆菌属、纤毛菌属、放线菌属、密螺旋体属。治疗前普雷沃氏菌属和丙酸杆菌属显著增高,治疗后1个月放线菌属和阿托波氏菌属显著增高。功能潜能预测分析表明治疗前微生物膜转运功能降低;治疗后48小时微生物细胞运动功能升高,而翻译、转录、复制和修复、折叠、分类和降解以及辅助因子和维他命代谢功能降低。15个龈沟液样本共获得184,902个有效序列,归属于1个界、15个门、30个纲、51个目、86个科、165个属、283个种。按充填材料分组,五组样本在门和属的水平上检出率最高的是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、放线菌门、螺旋体门和奈瑟菌属、嗜血杆菌属、弯曲杆菌属、普氏菌属、拟普雷沃菌属、链球菌属、梭杆菌属和纤毛菌属。复合树脂组慢生根瘤菌属、双歧杆菌属显著增高,玻璃离子组梭杆菌属和帕鲁丁杆菌属显著增高,流动树脂组伯杰菌属和乏养菌属显著增高。功能潜能预测分析表明,流动树脂组和复合树脂组微生物的翻译、复制和修复功能显著降低,而其他氨基酸的代谢和异生素生物降解和代谢功能显著增高;流动树脂组和阴性对照组微生物的膜转运功能显著增高。按时间分组,在门和属水平上检出率最高的是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、放线菌门、螺旋体门和奈瑟菌属、嗜血杆菌属、弯曲杆菌属、普氏菌属、卟啉单胞菌属、拟普雷沃菌属、链球菌属、梭杆菌属、韦荣氏菌属和纤毛菌属。功能潜能预测分析表明,治疗前和阴性对照组微生物的膜转运功能增高;治疗后48小时和治疗后1个月微生物的脂质代谢、氨基酸代谢功能较其他组高,而聚糖生物合成和代谢功能降低。结论:三

关键词：口腔微生物修复材料群落多样性 16S rDNA测序技术

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基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征研究

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中国妇幼保健 2023年第12期38卷 2292-2296页

作者：褚魏巍林冠斌王志余海平宁波市北仑区人民医院浙江宁波315800

目的基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征。方法临床标本收集及处理:收集医院新生儿败血症手术患儿及确诊的新生儿败血症非手术患儿粪便(肠内容物),同时搜集匹配对照患儿粪便(肠内容物),采用基于细菌16s rdna高通量测序... 详细信息

目的基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征。方法临床标本收集及处理:收集医院新生儿败血症手术患儿及确诊的新生儿败血症非手术患儿粪便(肠内容物),同时搜集匹配对照患儿粪便(肠内容物),采用基于细菌16s rdna高通量测序的方法分析两组患儿细菌组成差异;利用PICRUst技术对两组患儿肠道菌群功能进行预测;采用LC-Ms与GC-Ms平台对两组患儿细菌代谢产物进行分析。结果新生儿败血症肠道菌群发生变化,变形菌门增加,厚壁菌门减少;基因功能预测结果显示患儿脂类物质(尤其是丙酸及丁酸)合成能力以及有害异物代谢能力不如对照组患儿,差异有统计学意义(Ps代谢组学分析结果证实败血症患儿与对照组患儿肠内容物代谢产物有明显差异,差异最显著通路为丁酸酯类物质的合成。GC-Ms靶向代谢组学结果进一步证实败血症患儿肠道乙酸(371.4μg/g)及丁酸(49.3μg/g)含量低于对照组患儿的乙酸(1242.9μg)及丁酸(107.9μg)含量,两组比较差异均有统计学意义(均P16s rdna高通量测序技术为研究肠道菌群铺平了道路,通过PCR扩增将所有含有保守序列的微生物片段进行扩增、捕获,再根据细菌的变异序列(即每种细菌所特有的序列)进行测序分析及比对,以确定细菌的种属;相较于DGGE技术,高通量测序对样本DNA含量要求更低。

关键词： 16S rDNA测序技术新生儿早发败血症多因子检测

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16S rDNA测序技术分析患子宫炎奶牛阴道细菌的组成

16S rDNA测序技术分析患子宫炎奶牛阴道细菌的组成

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作者：王雨青岛农业大学

学位级别：硕士

子宫炎是奶牛常见多发病,也是造成奶牛不孕的重要原因之一,占奶牛疾病20%～30%,严重影响了养牛业的发展。近年来有文献报道,奶牛阴道微生态体系与生殖系统正常生理功能的维持,与各种疾病的发生发展以及治疗转归均直接相关。通过16srdna... 详细信息

子宫炎是奶牛常见多发病,也是造成奶牛不孕的重要原因之一,占奶牛疾病20%～30%,严重影响了养牛业的发展。近年来有文献报道,奶牛阴道微生态体系与生殖系统正常生理功能的维持,与各种疾病的发生发展以及治疗转归均直接相关。通过16srdna测序技术分析健康奶牛和患子宫炎奶牛阴道细菌的丰度及多样性,为揭示奶牛子宫炎发生机理提供了新的方向,从而为奶牛子宫炎的诊断、治疗和预防提供基础。选择育成期(12月龄)、妊娠末期(临产前7d)、产后健康(产后40d)和患子宫炎(产后20d)的奶牛各10头,用自制取样器内棉签涂抹子宫颈外口上部的特定区域,通过16srdna测序技术,得到有效数据594,373条,育成组、妊娠组、患子宫炎组和产后组获得OTU个数分别是1548、1264、1153和265个。所有样本的覆盖率高于98%,绘制物种累积曲线,发现随着样本量的增加曲线趋于平缓,表明本试验测序量达到饱和,组间差异较小,能反映该试验中奶牛样本的多样性。试验结果发现,育成期、妊娠末期和产后健康奶牛样本,位于前10的细菌组成相同:含量最高的门是Firmicutes、纲是Clostridia、目是Clostridiales、科是Ruminococcaceae,而属水平差异较大。患子宫炎组奶牛阴道细菌含量最高的门是 Bacteroidetes、纲是 Bacteroidia、目是 Bacteroidales、科是 Porphyromonadaceae,属是Porphyromonas。说明妊娠期与育成期奶牛阴道菌群的丰度相似,而妊娠期与产后健康期存在差异;育成期菌群组成比妊娠期和产后期复杂,存在较多低丰度的特殊细菌。而患子宫炎组奶牛阴道细菌含量与上述健康组明显不同:患子宫炎组奶牛阴道细菌相对丰度最高的门是Bacteroidetes,较低是Firmicutes和Proteobacteria。而产后健康组细菌相对丰度最高的门是Firmicutes,较低的是Bacteroidetes和Proteobacteria,说明患子宫炎组奶牛阴道细菌在门水平上就发生了改变。患子宫炎组奶牛阴道细菌中Xanthomonadales目(0.10%)、Ruminococcaceae科(0.31%)、Ruminococcaceae-UCG-005 属(0.09%)、Porphyromonas 属(44.41%)和Fusobacterium属(12.13%),而这些细菌在产后健康组的含量分别为7.56%、30.27%、16.19%、1.37%和 4.67%。说明患子宫炎奶牛阴道中 Xanthomonadales、Ruminococcaceae 和 Ruminococcaceae-UCG-005 细菌减少;而增多的Porphyromonas和Fusobacterium属可能是引起该病的主要致病菌属。结果表明,健康(育成期、妊娠期、产后期)奶牛阴道菌群丰富,优势菌门是Firmicutes和Proteobacteria,菌群组成前10位的物种及其相对丰度基本一致。妊娠对奶牛阴道菌群无影响,产后奶牛阴道细菌中致病菌属的丰度增加。患子宫炎时奶牛阴道菌群的种类明显减少,其优势菌门是Fusobacteria和BacteroidetesPorphyromonas和Fusobacterium是子宫炎奶牛阴道的主要菌属。

关键词： 16S rDNA测序技术子宫炎奶牛阴道菌群

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基于肠道菌群结构的调节探讨脂易消防治非酒精性脂肪性肝病的作用机制

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中华中医药杂志 2023年第9期38卷 4371-4376页

作者：刘媛梁博豪周岳君张永生邱一吾赵青青王雪姗户家轩浙江中医药大学杭州310053

目的:运用16S rDNA测序技术研究脂易消对非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)大鼠肠道菌群结构的影响,探讨其防治NAFLD的作用机制。方法:将50只雄性sD大鼠随机分为空白组,模型组,脂易消低、中、高剂量组及易善复组。除空白组外,其余各组均予高脂... 详细信息

目的:运用16S rDNA测序技术研究脂易消对非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)大鼠肠道菌群结构的影响,探讨其防治NAFLD的作用机制。方法:将50只雄性sD大鼠随机分为空白组,模型组,脂易消低、中、高剂量组及易善复组。除空白组外,其余各组均予高脂饮食,各治疗组予等容量不同药物灌胃,空白组、模型组予等量0.9%氯化钠溶液灌胃。12周末处死大鼠,通过HE染色观察肝组织病理学形态,16S rDNA测序技术分析大鼠肠道菌群结构的变化情况。结果:与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群多样性(shannon、ACE、Chao 1指数)下降(Pstridium、Phascolarctobacterium、subdoligranulum、瘤胃球菌属丰度升高,有害菌脱硫弧菌、颤杆菌克属、螺旋杆菌科丰度下降。结论:脂易消能有效防治NAFLD,其作用机制可能与调节肠道菌群结构、恢复肠道菌群多样性、提高有益菌群丰度有关。

关键词：脂易消非酒精性脂肪性肝病肠道菌群 16S rDNA测序技术菌群多样性机制丰度

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乙型肝炎肝硬化腹水合并自发性细菌性腹膜炎患者肠道菌群特征

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中国微生态学杂志 2023年第11期35卷 1303-1310页

作者：李丹胡萌张冬卓永祥申弘翟昌明王文辉田广俊广东省中医院珠海医院肝病科广东珠海519015 澳门大学中华医药研究院广东珠海519015 北京中医药大学生命科学学院广东珠海519015

目的初步分析乙型肝炎肝硬化腹水合并自发性细菌性腹膜炎(sBP)患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取我院符合纳入标准的乙型肝炎肝硬化腹水患者45例为研究对象,其中24例合并sBP的患者为sBP组、21例未合并sBP的患者为N... 详细信息

目的初步分析乙型肝炎肝硬化腹水合并自发性细菌性腹膜炎(sBP)患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取我院符合纳入标准的乙型肝炎肝硬化腹水患者45例为研究对象,其中24例合并sBP的患者为sBP组、21例未合并sBP的患者为NsBP组,另选同期20例健康人为HC组。应用16S rDNA测序技术检测患者肠道菌群,并使用生物信息学方法分析各组对象肠道菌群变化。结果 sBP组、NsBP组及HC组相比,其肠道菌群的物种多样性及丰富度差异均无统计学意义(均PsBP组与HC组患者肠道菌群结构相似,sBP组与其他两组相比菌群结构较为不同。与NsBP组相比,sBP组患者肠道菌群中变形菌门(Proteobacteria,5.45%vs 13.50%,U=161.000,P=0.038)、软壁菌门(Tenericutes,0.019%vs 0.073%,U=162.000,P=0.035)、埃希—志贺菌属(Escherichia-shigella,0.24%vs9.53%, U=103.000, P=0.001)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter, LDA> 2)等丰度均增加;酸杆菌门(Acidobacteria,0.026%vs 0.015%,U=152.000,P=0.023)、罗氏菌属(Roseburia,2.55%vs 2.00%,U=152.000,P=0.023)、粪球菌属(Coprococcus,LDA>2)等丰度下降。结论乙型肝炎肝硬化腹水的发生发展与肠道菌群密切相关,在sBP患者肠道菌群中发现潜在病原体数量显著增加,并伴随有益细菌数量的减少。

关键词：乙型肝炎肝硬化腹水自发性细菌性腹膜炎肠道菌群 16S rDNA测序技术

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30例湿热蕴结型结肠癌患者的肠道菌群结构变化研究

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中国中西医结合杂志 2021年第3期41卷 305-310页

作者：初旭脱璐尧辛红徐巍哈尔滨医科大学附属第一医院中西医结合科哈尔滨150001

目的探讨湿热蕴结型结肠癌患者与健康人群的肠道菌群的差异。方法30例湿热蕴结型结肠癌患者的粪便样本做为观察组,收集13名健康人体检粪便样本为对照组,分别提取两组样本中细菌总DNA,采用16S rDNA测序技术对各组的粪便样本进行分析。结... 详细信息

目的探讨湿热蕴结型结肠癌患者与健康人群的肠道菌群的差异。方法30例湿热蕴结型结肠癌患者的粪便样本做为观察组,收集13名健康人体检粪便样本为对照组,分别提取两组样本中细菌总DNA,采用16S rDNA测序技术对各组的粪便样本进行分析。结果与对照组比较,观察组肠道菌群中拟杆菌门、放线菌门、变形杆菌门、拟杆菌属、大肠杆菌/志贺氏菌属丰度明显增加(P<0.01)。Ⅱ期患者的双歧杆菌属、柯林斯菌属明显高于Ⅲ期患者(P<0.05)。结论湿热蕴结型结肠癌与肠道菌群结构紊乱相关,关联度较高的为条件致病菌大肠杆菌相对丰度的升高,益生菌双歧杆菌相对丰度的减少。

关键词： 16S rDNA测序技术结肠癌湿热蕴结中医证型肠道菌群

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藏仔猪不同生长阶段粪便微生物菌群特征分析

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黑龙江畜牧兽医 2020年第20期 43-47,157页

作者：曹志鹏索朗斯珠商振达刘锁珠谭占坤商鹏孔庆辉西藏农牧学院动物科学学院西藏林芝860000 西藏高原饲料加工工程研究中心西藏林芝860000 藏猪协作研究中心西藏林芝860000

为了研究生长发育对藏仔猪肠道微生物菌群结构的影响,试验采用16S rDNA测序技术对不同生长发育阶段藏仔猪[新生藏仔猪(出生第7天)和断奶藏仔猪(出生第42天)]粪便微生物菌群结构的差异进行了研究。结果表明:新生藏仔猪共鉴定出7个菌门、1... 详细信息

为了研究生长发育对藏仔猪肠道微生物菌群结构的影响,试验采用16S rDNA测序技术对不同生长发育阶段藏仔猪[新生藏仔猪(出生第7天)和断奶藏仔猪(出生第42天)]粪便微生物菌群结构的差异进行了研究。结果表明:新生藏仔猪共鉴定出7个菌门、15个菌纲、21个菌目、40个菌科和51个菌属;断奶藏仔猪共鉴定出12个菌门、17个菌纲、23个菌目、43个菌科和55个菌属。在门分类水平下,厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、变形菌门和放线菌门是藏仔猪的优势杆菌门,随着藏仔猪的生长,其厚壁菌门的相对丰度升高,但差异不显著(P>0.05);梭杆菌门的相对丰度显著下降(P0.05);乳酸杆菌科和红蝽菌科的相对丰度显著升高(P0.05)。随着藏仔猪的生长,其肠道中可以降解纤维(厚壁菌门)和碳水化合物(拟杆菌门)等物质的菌群和具有抑制致病菌(乳杆菌科)作用的菌群的相对丰度升高,而条件性致病菌(梭杆菌门)的相对丰度下降。说明藏仔猪粪便微生物菌群结构在不同生长发育阶段存在差异,随着藏仔猪的生长,其对营养物质的降解能力和肠道免疫能力提高。

关键词：藏仔猪粪便微生物不同生长阶段 16S rDNA测序技术菌群结构

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不同疾病舌苔的微生物菌群和功能差异研究

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江西科学 2023年第1期41卷 45-49,173页

作者：宋莹莹王荣亮郭飞飞马广强江西中医药大学中医学院南昌330004

舌苔是指舌头上覆盖的由食物残渣、微生物、舌苔上皮角质细胞组成的物质。口腔微生物群与人体生理病理密切相关。通过16S rDNA测序技术得到舌苔的微生物菌群,并进行生物学分析,研究不同疾病舌苔的微生物菌群和功能差异。

关键词：舌苔 16S rDNA测序技术微生物疾病

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呼吸系统疾病与呼吸道微生态的研究进展

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畜牧与饲料科学 2023年第5期44卷 30-38页

作者：王静然李鹏飞刘苗陶艳琳刘亚男朱淑芬内蒙古医科大学附属医院内蒙古呼和浩特010050 内蒙古自治区人民医院脊柱外科内蒙古呼和浩特010017 内蒙古医科大学附属医院体检中心内蒙古呼和浩特010050

随着医学检验技术的发展,人们对呼吸道微生态有了进一步的认识,并开始对微生物组学与呼吸系统疾病之间的关系进行深入探索。越来越多的证据表明呼吸道微生物群与肺内环境稳定和疾病的发生有关,目前的研究着力寻找微生态失衡与慢性阻塞... 详细信息

随着医学检验技术的发展,人们对呼吸道微生态有了进一步的认识,并开始对微生物组学与呼吸系统疾病之间的关系进行深入探索。越来越多的证据表明呼吸道微生物群与肺内环境稳定和疾病的发生有关,目前的研究着力寻找微生态失衡与慢性阻塞性肺疾病、哮喘、肺癌等呼吸系统疾病之间的因果关系及潜在机制。痰作为呼吸道微生态研究的首选样本,包含了丰富的微生态信息,并且极易获得。总结了呼吸道菌群的检测方法,综述了近年来呼吸道微生态的研究进展,探讨了呼吸道微生态与呼吸系统疾病发生发展的关系,以期为呼吸系统疾病的特异性诊断和治疗提供新的思路。

关键词：呼吸道微生态呼吸系统疾病 16S rDNA测序技术细菌光学检测方法

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肝硬化患者肠道菌群的初步分析及肠型分析

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胃肠病学和肝病学杂志 2022年第2期31卷 158-164页

作者：魏凯艳黄胡萍林爱萍林志辉福建医科大学附属第一医院消化内科福建医科大学第一临床医学院福建福州350001 福建省立医院消化内科福建医科大学省立临床医学院

目的初步对肝硬化与肠道菌群的关系进行探讨并对肝硬化患者肠道菌群进行简单的肠型分析。方法纳入符合诊断标准的肝硬化患者80例,并选取同期健康志愿者40名。采用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒采集肝硬化患者及健康志愿者的粪便,应用16s ... 详细信息

目的初步对肝硬化与肠道菌群的关系进行探讨并对肝硬化患者肠道菌群进行简单的肠型分析。方法纳入符合诊断标准的肝硬化患者80例,并选取同期健康志愿者40名。采用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒采集肝硬化患者及健康志愿者的粪便,应用16S rDNA测序技术检测肠道菌群,并应用Qiime流程以及R软件等对测序结果进行分析。结果随着肝硬化的发生及严重程度的增加,致病菌如Escherichia/shigella(埃希氏菌属/志贺氏菌属)、streptococcus(链球菌属)、Veillonela(韦荣菌属)明显增加,而有益菌Prevoseburia(罗斯拜瑞氏菌属)、f_;achnospiraceae(毛螺旋菌科下的未知属)明显减少。其中,Escherichia/shigella(埃希氏菌属/志贺氏菌属)的平均相对丰度百分比与Child-Pugh评分呈显著正相关。肠道菌群结构以Escherichia(埃希氏菌属)为主的人群罹患肝硬化且发展为重度肝硬化的风险更高。结论肝硬化的发生发展与肠道菌群密切相关且以Escherichia为主的肠道菌群结构为肝硬化的危险肠型。

关键词：肝硬化肠道菌群 Child-Pugh分级肠型 16S rDNA测序技术

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