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尿路菌群在女性急性单纯性和反复发作性下尿路感染特征

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重庆医科大学学报 2024年第3期49卷 311-317页

作者：文翔吴建国肖天兵黄余清陈燕熊杰贾蓓重庆医科大学附属第一医院感染科、重庆市传染病寄生虫病学重点实验室重庆400016 重庆市奉节县人民医院感染科重庆404600

目的:观察尿路菌群在急性单纯性和反复发作性下尿路感染的不同特征,以探索反复发作性尿路感染(recurrent urinary tract infection,rUTI)诊治新方向。方法:纳入2020年5月至2021年9月重庆医科大学附属第一医院和奉节县人民医院的单纯下... 详细信息

目的:观察尿路菌群在急性单纯性和反复发作性下尿路感染的不同特征,以探索反复发作性尿路感染(recurrent urinary tract infection,rUTI)诊治新方向。方法:纳入2020年5月至2021年9月重庆医科大学附属第一医院和奉节县人民医院的单纯下尿路感染女性患者53例,分为急性组27例和反复组26例,收集尿液标本进行尿培养并采用16s核糖体核糖核酸(16 sribosomal ribonucleic acid,16srRNA)二代测序检测尿液中菌群。结果:(1)2组尿路菌群在菌门中,俭菌超门急性组平均值0.004 9±0.0026,反复组平均值0.002 8±0.001 8,浮霉菌门急性组平均值0.003 5±0.001 9,反复组平均值0.002 3±0.002 0,差异有统计学意义(t=3.444、2.160,P=0.001、0.035);在菌属中,急性组相对丰度平均值较高的菌属中,苍白杆菌属急性组平均值0.026 9±0.010 9,反复组平均值0.017 1±0.010 3,差异有统计学意义(t=3.372,P=0.001);(2)急性组的α多样性分值中位数与反复组相比,差异无统计学意义;β多样性急性组矩阵距离中位数为0.277(0.225,0.361),反复组矩阵距离中位数为0.319(0.240,0.519),差异无统计学意义(F=2.259、R=0.042、P=0.027);(3)组间相对丰度中位数具有明显差异的分类单元有α变形杆菌纲等。结论:急性组和反复组的菌群多样性、菌群相对丰度、优势菌群差异明显。

关键词：尿路感染尿路菌群 16s核糖体核糖核酸

慢性骨盆疼痛综合征前列腺液16s rRNA基因检测及临床意义

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中华男科学杂志 2003年第4期9卷 263-265,269页

作者：周立权沈明赵岩郧阳医学院附属太和医院泌尿外科湖北十堰442000 昆明医学院第一附属医院男性科云南昆明650032

目的 :通过前列腺液 16srRNA基因的检测 ,探讨慢性骨盆疼痛综合征 (CPPs)的细菌感染性病因及其对抗生素疗效的预测价值。　方法 :用通用引物PCR法检测 5 9例CPPs病人前列腺液 (EPs)和初段尿 (VB1)细菌16srRNA基因。若只在EPs检测到条带 ... 详细信息

目的 :通过前列腺液 16srRNA基因的检测 ,探讨慢性骨盆疼痛综合征 (CPPs)的细菌感染性病因及其对抗生素疗效的预测价值。　方法 :用通用引物PCR法检测 5 9例CPPs病人前列腺液 (EPs)和初段尿 (VB1)细菌16srRNA基因。若只在EPs检测到条带 ,或EPs信号比VB1强 10倍以上 ,则细菌信号判断为阳性。所有病人口服左氧氟沙星及阿奇霉素治疗 4周。与治疗前相比 ,治疗后症状严重性积分指数 (ssI)、症状频度问卷积分 (sFQ)、前列腺炎症状积分指数 (NIH CPsI)中疼痛问题的总积分 (quasi CPsI)减少 5 0 %以上 ,或病人主观总体评价改善5 0 %以上作为治疗有效的标准。　结果 :5 9例CPPs病人中细菌信号阳性 46例、阴性 13例。细菌信号阳性与阴性两组治疗有效率分别为 6 5 %～ 74%、0 ,疗效差异有极显著性 (P s与细菌感染有关 ,前列腺 16srRNA基因检测的结果对选择抗生素治疗有指导意义。

关键词：慢性前列腺炎慢性骨盆疼痛综合征 16s核糖体核糖核酸聚合酶链式反应

PCR在血液病原菌16s rRNA基因检测的诊断价值

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中华医院感染学杂志 2009年第19期19卷 2521-2523页

作者：喻长法叶丽君任应鹏段达荣阮荣华张仙森台州市第一人民医院检验科浙江台州318020

目的为早期诊断败血症,探索一种能快速检测病原菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16s rRNA基因,以人类基因组DNA、HBV-DNA和白色假丝酵母菌为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结... 详细信息

目的为早期诊断败血症,探索一种能快速检测病原菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16s rRNA基因,以人类基因组DNA、HBV-DNA和白色假丝酵母菌为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测病原菌株均获得371 bp扩增产物,而与人基因组DNA、HBV-DNA和白色假丝酵母菌无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希菌。结论16s rRNA基因PCR检测方法具有快速,特异性和敏感性高等特点。

关键词： 16s核糖体核糖核酸聚合酶链反应病原菌

细菌性感染PCR诊断方法的建立及其应用研究

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中华医院感染学杂志 2011年第14期21卷 3079-3081页

作者：张宁孟欣惠凌云邓凯西安交通大学医学院第一附属医院检验科陕西西安710061 西安交通大学医学院免疫学与病原生物学系环境与疾病相关基因教育部重点实验室陕西西安710061

目的通过通用引物PCR,为建立一种实用、快速可靠细菌感染PCR检测方法奠定基础。方法收集100例疑似血流感染患者的血液进行细菌培养,同时检测细菌16s rRNA基因,测定和分析所得DNA序列,对培养结果与PCR结果进行比较;采用倍比稀释法进行PC... 详细信息

目的通过通用引物PCR,为建立一种实用、快速可靠细菌感染PCR检测方法奠定基础。方法收集100例疑似血流感染患者的血液进行细菌培养,同时检测细菌16s rRNA基因,测定和分析所得DNA序列,对培养结果与PCR结果进行比较;采用倍比稀释法进行PCR灵敏度检测。结果 100份血液标本中细菌培养8份阳性,阳性率为8.0%;PCR法19份阳性,阳性率为19.0%,细菌培养与PCR检测结果比较,差异有统计学意义(χ2=9.09,P16s rRNA基因PCR技术对疑似血流感染的临床诊断具有重要意义。

关键词：细菌性感染聚合酶链反应 16s核糖体核糖核酸

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淋病奈瑟菌对大观霉素耐药性及耐药基因

江苏医药 2005年第5期31卷 340-341页

作者：王蓓王长娴糜祖煌凌健华东南大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系南京210009 无锡市克隆遗传技术研究所香港中文大学微生物学系

目的探讨淋病奈瑟菌对大观霉素耐药及其机制。方法采用琼脂稀释法对临床分离的95株淋病奈瑟菌进行大观霉素敏感性测定,根据结果对耐药菌株和部分敏感菌株进行PCR扩增核苷转移酶、16s核糖体核糖核酸(16srRNA)等特异基因片段,并对后者进... 详细信息

目的探讨淋病奈瑟菌对大观霉素耐药及其机制。方法采用琼脂稀释法对临床分离的95株淋病奈瑟菌进行大观霉素敏感性测定,根据结果对耐药菌株和部分敏感菌株进行PCR扩增核苷转移酶、16s核糖体核糖核酸(16srRNA)等特异基因片段,并对后者进行测序分析。结果根据最小抑菌浓度(MIC),95株淋病奈瑟菌对大观霉素的敏感率、中度敏感率及耐药率分别为94.7%(90/95)、4.2%(4/95)和1.1%(1/95)。未检测出核苷转移酶ANT基因,对耐药株的16srRNA基因序列进行分析时发现其相当于大肠杆菌的第1192位发生了C→T的突变。结论大观霉素仍为目前治疗淋病的首选药物,但已出现耐药株,应引起重视。淋病奈瑟菌对大观霉素的耐药与16srRNA的突变有关。

关键词：淋病奈瑟菌大观霉素耐药性耐药基因 16s核糖体核糖核酸

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茎环结构探针的设计及其检测致病菌的研究

茎环结构探针的设计及其检测致病菌的研究

作者：杨旭湖南师范大学

学位级别：硕士

继Tyagi和Kramer于1996年提出分子信标学说之后，Bockisch等基于分子信标检测的原理提出了一种新颖、廉价的酶联构象转换分析系统并在细菌核酸检测中得到了应用，即利用亲和标记了的茎环结构寡聚核苷酸探针来检测靶核酸。但是这种方法... 详细信息

继Tyagi和Kramer于1996年提出分子信标学说之后，Bockisch等基于分子信标检测的原理提出了一种新颖、廉价的酶联构象转换分析系统并在细菌核酸检测中得到了应用，即利用亲和标记了的茎环结构寡聚核苷酸探针来检测靶核酸。但是这种方法与分子信标一样在对于存在一个核苷酸误配的时候能检测出信号出现假阳性。因此我们利用序列比对的方法在目的病原菌16s rRNA高度保守的区域寻找一段序列并设计为茎环结构探针的环序列，这段序列与其它的高度同源菌种的16s rRNA基因序列片段差异两个核苷酸以上，从而避免探针环序列与其他非目的病原菌核酸杂交时出现误配一个核苷酸的情况，克服出现假阳性的问题。设计的探针一端固定在96孔酶标板上，另一端标记上亲合大分子。当没有靶核酸的时候，亲合分子紧密地靠近在固相支持物的表面，由于探针的闭合构象使得酶连接的报告分子不能与亲合分子结合产生信号;当存在靶核酸的时候，探针的环序列与靶核酸完全互补配对使得环被打开，构象发生变化呈现线性结构，暴露在外的亲合分子与报告分子结合产生信号。这种结合了序列比对的新探针技术其灵敏度比其他常规核酸检测技术至少高出一个数量级。本论文的研究内容包括以下两个方面：一、基于金黄色葡萄球菌16s rRNA基因序列，采用序列比对设计了一种茎环结构的寡聚核苷酸探针，根据分子信标技术和酶联免疫分析的原理，评估一个实验方法，即利用能构象转换的、固定化的茎环结构探针酶联检测靶核酸。因为探针的环序列即为金葡球菌16s rRNA基因序列的其中一个片段，同其他菌种的16s rRNA基因序列误配2个以上的核苷酸，有效的排除假阳性即不会出现误配一个核苷酸的情况二、为了验证新实验方法能应用在所有的靶细菌核酸检测中，选取革兰氏阳性金黄色葡萄球菌和革兰氏阴性大肠杆菌为研究对象，应用此方法成功的分别检测出金黄色葡萄球菌和大肠杆菌。本论文实验表明，在知道靶细菌基因序列前提下，通过生物信息学方法设计的专一性探针和酶联构象转换分析系统能代替传统检测技术，甚至能检测含有变异的靶细菌和应用到单核苷多态性的研究中。

关键词：序列比对茎环结构探针 16s核糖体核糖核酸检测

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微生物与玫瑰痤疮相关性研究

微生物与玫瑰痤疮相关性研究

作者：熊健霞重庆医科大学

学位级别：硕士

目的:为评估玫瑰痤疮患者与健康人群面部微生物的多样性及丰度是否存在差异;并评价新型米诺环素外用制剂在中重度丘疹脓疱型玫瑰痤疮治疗过程中的疗效及安全性,以指导临床诊疗。方法:用无菌拭子收集受试者面部微生物样本,在Illumina系统... 详细信息

目的:为评估玫瑰痤疮患者与健康人群面部微生物的多样性及丰度是否存在差异;并评价新型米诺环素外用制剂在中重度丘疹脓疱型玫瑰痤疮治疗过程中的疗效及安全性,以指导临床诊疗。方法:用无菌拭子收集受试者面部微生物样本,在Illumina系统Mi seq平台对样本细菌的16s r RNA序列中V3、V4区域进行扩增与测序,比较玫瑰痤疮患者与健康人群面部微生物在多样性及丰度上的差异。此外,通过搜索Pub Med、Web of science、Embase、CNKI等数据库,纳入关于米诺环素外用制剂治疗中重度丘疹脓疱型玫瑰痤疮的随机对照研究,使用Revman5.3软件进行Meta分析,评估米诺环素外用制剂治疗中重度丘疹脓疱型玫瑰痤疮的疗效及安全性。结果:共22个样本合格(包括病例组14个,对照组8个),共类聚出493个OUTs,24个门。与健康人群相比,玫瑰痤疮患者面部微生物的α多样性较高;丰度降低的微生物有:痤疮丙酸杆菌、假单胞菌、嗜热链球菌;丰度升高的包括表皮葡萄球菌、结核硬脂酸棒状杆菌和未分类的奈瑟菌,但上述结果并无统计学意义(P值>0.05)。而在我们纳入的3项随机对照研究都显示,米诺环素外用制剂可显著减少面部炎症性皮损的数量[MD=4.78,95%CI(1.44,8.13),P=0.005],更易达到IGA 0/1[RR=1.29,95%CI(1.15,1.45),P<0.0001]。在安全性上,米诺环素发生不良反应的风险与赋形剂并无显著差异(各项P值大于0.05)。结论:微生物丰度及多样性的变化参与了玫瑰痤疮的发病过程,但可能并不占据主导地位;外用米诺环素制剂治疗中重度丘疹脓疱型玫瑰痤疮疗效好、安全性高,在未来可能是治疗新选择。

关键词：玫瑰痤疮微生物细菌 16s核糖体核糖核酸米诺环素

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荧光定量PCR检测脆弱类杆菌的研究

荧光定量PCR检测脆弱类杆菌的研究

作者：卞广林郑州大学

学位级别：硕士

目的：脆弱类杆菌(Bacteria fragilis，Bf)是一种革兰氏阴性无芽孢厌氧杆菌，为临床上重要的条件致病菌，可引起多种感染性疾病。脆弱类杆菌也是人体肠道正常菌群的优势菌，在维持肠道微生态平衡中起着重要的作用。传统的脆弱类杆菌定... 详细信息

目的：脆弱类杆菌(Bacteria fragilis，Bf)是一种革兰氏阴性无芽孢厌氧杆菌，为临床上重要的条件致病菌，可引起多种感染性疾病。脆弱类杆菌也是人体肠道正常菌群的优势菌，在维持肠道微生态平衡中起着重要的作用。传统的脆弱类杆菌定性定量检测法主要是通过厌氧培养后进行生化鉴定和平板计数，这种方法不但费时费力，而且时常会引起鉴定、计数失误。近年来，国内外出现了以16s rRNA为靶设计引物，通过荧光定量PCR检测细菌的报道。此法具有灵敏度高、特异性强、定量准确等优点。本试验对荧光定量PCR在脆弱类杆菌检测中的应用做初步的研究。方法：以脆弱类杆菌标准菌株ATCC 25285 16s rRNA基因序列为靶，设计脆弱类杆菌种特异性引物，分别以脆弱类杆菌ATCC 25285基因组DNA和目标基因为标准品，与已知DNA含量的12株脆弱类杆菌、3株脆弱类杆菌未定株(仅有1项生化反应与脆弱类杆菌不同)和其它7种细菌一起进行荧光定量PCR扩增，对脆弱类杆菌进行鉴定，并与生化鉴定法作比较。利用标准曲线定量脆弱类杆菌DNA的含量，并与实际DNA量做比较，研究荧光定量PCR定量的准确性;对已知含量的脆弱类杆菌DNA进行10倍等比稀释，检测荧光定量PCR的灵敏度。结果： 1．荧光定量PCR不但能够将12株脆弱类杆菌鉴定出来，而且还可以把3株生化反应不

关键词：脆弱类杆菌 16s核糖体核糖核酸聚合酶链反应荧光定量聚合酶链反应

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慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化

中华老年多器官疾病杂志 2023年第9期22卷 641-646页

作者：周灏溦陆振华付婷贺真孔祥宇李怡君张维璐邵中军包头医学院公共卫生学院内蒙古自治区包头014040 空军军医大学军事预防医学系军队防疫与流行病学教研室特殊作业环境危害评估与防治教育部重点实验室西安710032

目的应用16s核糖体核糖核酸(16s rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于... 详细信息

目的应用16s核糖体核糖核酸(16s rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于空军军医大学第二附属医院感染科入院治疗的20例CHB急性发作期患者(CHB组)和体检科23名健康对照者(对照组)的粪便样本和临床资料。利用16s rRNA高通量测序技术对参与人群肠道菌群的V3~V4区基因扩增产物进行测序。采用R语言中“***”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群的α多样性差异。使用R语言中的“ade4”包,基于加权Unifrac距离进行主坐标分析,比较2组人群肠道菌群的β多样性差异。使用R语言中“***”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群在门、科和属水平上的差异。使用PICRUsT2软件对肠道菌群代谢通路进行预测分析。结果α多样性分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者肠道菌群物种多样性及丰富度均显著降低(Ps)的相对丰度显著低于对照组,放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(Pselenomonadaceae)和瘤胃球菌科(Ruminococcaceaede)的相对丰度显著低于对照组,链球菌科(streptococcaceae)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(Pstipes)、类杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、小杆菌属(Dialister)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、芽殖菌属(Gemmiger)、丝状菌属(Kineothrix)、巨单胞菌属(Megamonas)、副拟杆菌属(Parabacteroides)以及瘤胃球菌属(Ruminococcus)11个菌属的相对丰度显著低于对照组,普雷沃氏菌属(Prevotella)和韦荣氏球菌属(Veillonella)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。肠道菌群功能预测分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者与聚糖生物合成和代谢以及脂质代谢相关的基因更丰富。结论CHB急性发作期患者肠道菌群的多样性和丰富度均较健康人群显著降低,其菌落结构发生了显著改变。肠道菌群失调可能是导致CHB急性发病的重要原因。

关键词：慢性乙型肝炎急性发作肠道菌群 16s核糖体核糖核酸