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Comparison in structure and predicted function of epiphytic bacteria on Neopyropia yezoensis and Neopyropia katadae

Journal of Oceanology and Limnology 2023年第6期41卷 2232-2248页

作者： Xinran WANG Junhao WANG Yunke ZHU Xinyu ZHU Hong QIN Ka BIAN Xianghai TANG Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding(Ministry of Education) College of Marine Life SciencesOcean University of ChinaQingdao 266003China

The economic alga Neopyropia,which holds significant value in China for its edibility and economic potential,harbors diverse epiphytic bacteria on its *** epiphytic bacteria on Neopyropia yezoensis and Neopyropia katadae,two nori species of Neopyropia living at the same tidal level but with distinct physiological states and living habits,were investigated to understand the differences between them and the effects of epiphytic bacteria on their differential *** of 16s rrna gene sequences and real-time quantitative PCR(qPCR)of thalli and seawater samples(n=24)revealed notable differences in microbial diversity and community structure between the two *** dominated the bacterial communities in association with ***,whereas Proteobacteria were predominant in *** Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved states(PICRUst2)analysis revealed enriched genes that related to the ABC transport system,iron complex outer membrane receptor proteins,and proliferation in ***,whereas *** exhibited enrichment of genes that related to energy supply as well as cell wall and cell membrane *** results of qPCR indicate a higher abundance of epiphytic bacteria on surface of *** than those on surface of *** findings indicate that differences in the living environments of *** and *** may result in distinct structural composition and abundance of epiphytic bacteria on their surfaces,thereby conferring specific biological functionalities to each microbial community,and the epiphytic bacteria may shape the living habits of hosts to some *** study provided a basis for understanding the close association between surface microorganisms and algal bodies,and the physiological and ecological characteristics of nori species.

关键词： Neopyropia yezoensis Neopyropia katadae epiphytic bacteria 16 s rrna quantitative PCR(qPCR)

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复方蜥蜴散凝胶调节PLGC大鼠肠道菌群治疗胃癌前病变的作用机制

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中国老年学杂志 2023年第13期43卷 3192-3197页

作者：王佳林朱西杰马秀兰王艺臻宁夏医科大学护理学院宁夏银川750004 宁夏医科大学中医药现代化教育部重点实验室宁夏医科大学中医学院

目的研究复方蜥蜴散凝胶通过调节胃癌前病变(PLGC)模型大鼠肠道内益生菌与致病菌平衡,修复损伤胃黏膜,抑制PLGC进展。方法将120只sD雄性大鼠随机分成空白对照组20只,模型组100只,采用甲基硝基亚硝基胍(MNNG)复合造模法制备模型。大鼠胃... 详细信息

目的研究复方蜥蜴散凝胶通过调节胃癌前病变(PLGC)模型大鼠肠道内益生菌与致病菌平衡,修复损伤胃黏膜,抑制PLGC进展。方法将120只sD雄性大鼠随机分成空白对照组20只,模型组100只,采用甲基硝基亚硝基胍(MNNG)复合造模法制备模型。大鼠胃组织取材后,采用苏木素-伊红(HE)病理检测分析黏膜组织情况,对收集的粪便样本进行16s rrna基因测序分析,采用R语言对菌群与通路进行关联性分析。结果复方蜥蜴散凝胶治疗后发现7个菌属发生了明显变化,分别是阿克曼菌属、类杆菌属、粪球菌属、乳杆菌属、普雷沃菌属、瘤胃球菌属、苏黎世杆菌属。结论复方蜥蜴散凝胶可通过对肠道菌群的双向调节作用如增殖有益菌,抑制有害菌,平衡肠道菌群结构,治疗PLGC。

关键词：复方蜥蜴散凝胶胃癌前病变(PLGC) 肠道菌群 16 s rrna

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三斑海马及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

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中草药 2019年第22期50卷 5554-5562页

作者：陈梦朱玲燕黄真葛宇清张光霁程汝滨浙江中医药大学药学院浙江杭州310053 浙江中医药大学第一临床医学院浙江杭州310006

目的建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 s rrna和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、... 详细信息

目的建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 s rrna和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 s rrna和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用Clustal X软件进行序列比对,MAGA 5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura 2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joing tree,NJ Tree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果获得的三斑海马线粒体COI、16 s rrna、ATP6序列长度分别649、572、603~605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 s rrna、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论COI、16 s rrna、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。

关键词：三斑海马 COI 16 s rrna ATP6 分子鉴定

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食管癌与微生态的研究进展

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临床消化病杂志 2023年第1期35卷 71-75页

作者：刘晓波高子夜童强十堰市太和医院湖北医药学院附属医院消化内科湖北十堰442000 十堰市太和医院湖北医药学院附属医院肿瘤科湖北十堰442000

食管癌(esophagus cancer, EC)主要包括食管腺癌和食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, EsCC)2种病理类型,是消化道常见恶性肿瘤之一,位居全球肿瘤发病率的第9位,死亡率第5位[1]。我国EC的发病率约占全球一半,EsCC比例... 详细信息

食管癌(esophagus cancer, EC)主要包括食管腺癌和食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, EsCC)2种病理类型,是消化道常见恶性肿瘤之一,位居全球肿瘤发病率的第9位,死亡率第5位[1]。我国EC的发病率约占全球一半,EsCC比例超过90%。农村发病率较城市高,高发区与周边相对低发区形成鲜明对比,是我国EC典型的流行病学特征。EC早期通常无症状或症状轻微。

关键词：食管癌微生态食管鳞状细胞癌 16 s rrna Porphyromonas gingivalis

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Development of Real-Time Fluorescent PCR for Rapid Detection of Haempohlius parasuis

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Animal Husbandry and Feed science 2010年第10期2卷 22-25页

作者： LI Jun XIE Yu-zhou XUAN Xiong-biao CHEN Ze-xiang YANG Wei MA Chun-xia HU shuai PENG Hao XU Li-gan XlE Yong-ping PAN Yan Guangxi Veterinary Research Institute Nanning 530001 China

[ Objective] To develop a real-time fluorescent PCR assay for rapid detection of Haempohlius parasuis （HPs）. [ Method] According to the conservative sequences of 16 s rrna genes of HPs published in GenBank, a pair of specific primers was designed. The real-time fluorescent PCR was developed by optimizing primer concentration and annealing temperature. And its specificity and reproducibility were evaluated. Ten HPs- suspected samples were detected by the developed method. [ Result] The lowest detection limit of the developed real-time fluorescent PCR was 50 copies/μl. This method had good reproducibility, and its coefficient of variation was lower than 2%. Only HPs rather than streptococcus suis type 2, staphylococcus aureus, E. coli DH5 alpha, and swine salmonella typhi could be detected by the developed real-time fluorescent PCR. The HPs-pesitive samples detected by this method were also positive when they were detected by isolation of bacteria or conventional PCR. [ Conclusion] The developed real-time fluorescent PCR is rapid, sensitive, specific and highly reproducible; thus, it can be used for rapid detection of HPs.

关键词： Haempohlius parasuis Real-time fluorescent PCR 16 s rrna

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文蛤弧菌病的病原生物学研究及组织病理观察

文蛤弧菌病的病原生物学研究及组织病理观察

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作者：刘连生安徽农业大学

学位级别：硕士

对江苏吕泗发病文蛤的组织病理学进行了初步研究,结果发现病蛤的外套膜、鳃、足和闭壳肌等组织都发生了不同程度的组织病理学变化,并随着病程的发展逐渐严重,主要表现为外套膜、鳃、足和闭壳肌等上皮细胞肿胀、破裂或脱落,结缔组织增生... 详细信息

对江苏吕泗发病文蛤的组织病理学进行了初步研究,结果发现病蛤的外套膜、鳃、足和闭壳肌等组织都发生了不同程度的组织病理学变化,并随着病程的发展逐渐严重,主要表现为外套膜、鳃、足和闭壳肌等上皮细胞肿胀、破裂或脱落,结缔组织增生或溶解,血淋巴细胞增多,肌纤维结构松散、断裂,组织中嗜碱性细胞增多,鳃组织发生坏死崩解。从江苏吕泗文蛤养殖区发病文蛤和养殖水体中分离到5株菌株(病蛤中分离到3株,养殖水体中分离到2株)。人工感染实验结果显示,菌株WG1702能引起供试文蛤发病,死亡率为100%,且发病症状与原发病症状相同,提示该菌株是引起文蛤大面积死亡的主要致病菌。对其形态、生理生化特征、分类地位及致病性进行了初步研究,菌株WG1702直杆状,革兰氏染色阴性,菌落不透明,边缘平整,黄色,生长48小时后变为绿色,无臭味,生理生化指标为赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶、硝酸盐还原、甘露糖、氧化酶、甲基红阳性,精氨酸脱羧酶、精氨酸双水解酶、水杨素、V.P阴性。为进一步鉴定该菌株,进行了16 s rrna分子鉴定,PCR扩增获得了大小约1.5 kb的16 s rrna部分片段,对其序列进行了测定,并进行同源性分析和系统进化树构建。结果表明,该菌株与哈氏弧菌(DQ146937)同源性最高,为97.4%,结合形态及生理生化结果,确定菌株WG1702为哈氏弧菌(Vibrio harveyi)。药敏试验结果表明,菌株WG1702对阿米卡星、复方新诺明、卡那霉素、菌必治、先锋必、链霉素、庆大霉素、新霉素、头孢拉定9种药物高度敏感,对氟哌酸、利福平、头孢噻吩、头孢氨苄、氨苄青霉素5种药物中度敏感,对四环素、青霉素G低度敏感。菌株WG1702的培养条件优化实验结果表明,菌株WG1702培养32 h时达到生长最高峰,最佳温度为28℃,最佳pH为7.0,最佳盐度为40,最佳装液量为60 mL/150 mL,促进生长的离子是NH4+、Fe2+、Fe3+,抑制生长的离子是Cu2+、Mn2+,菌株WG1702最佳C源为葡萄糖、N源为蛋白胨。pH、温度、不同菌龄正交实验证明最佳组合为pH 7.1,温度28℃,菌龄24 h,方差分析结果显示三因素中pH对生长影响最显著(P菌龄>温度。

关键词：文蛤菌株WG1702 16 s rrna 哈氏弧菌条件优化组织病理

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养殖刺参（Apostichopus japonicus）苗期细菌性疾病及其病原学初步研究

养殖刺参（Apostichopus japonicus）苗期细菌性疾病及其病原学初...

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作者：孙素凤中国海洋大学

学位级别：硕士

近年来,山东和辽宁半岛的养殖刺参(Apostichopus japonicus)不断发生大规模的死亡,给刺参养殖业造成了巨大的经济损失。由于参苗对疾病的抵抗力弱、防病措施不够完善等原因,苗期疾病的发生率、传染率、死亡率极高,疾病的发生给苗期生产... 详细信息

近年来,山东和辽宁半岛的养殖刺参(Apostichopus japonicus)不断发生大规模的死亡,给刺参养殖业造成了巨大的经济损失。由于参苗对疾病的抵抗力弱、防病措施不够完善等原因,苗期疾病的发生率、传染率、死亡率极高,疾病的发生给苗期生产带来了极其不利的影响。为了尽快查清引起刺参发病的原因,进而找到防治疾病的方法和措施,笔者经过两年的时间(2004—2005年)对山东和辽宁两省沿海地区养殖刺参的苗期病害进行了流行病学调查和病原学研究。结果发现,刺参幼体“烂胃病”和“化板症”是目前养殖刺参苗期危害最为严重的两种细菌性疾病。本文主要对“烂胃病”和“化板症”这两种疾病进行了病原学的研究。参苗样品收集于山东、辽宁等地的多家刺参育苗场。采集病样的同时,测量有关水质指标、总结发病症状和发生情况。烂胃病多发生于5～7月份的中耳和大耳幼体时期,死亡率高达70～90%。发病症状表现为:幼体胃壁增厚、粗糙,继而从正常的充盈梨形逐步萎缩变小、变形,严重时整个胃壁发生糜烂和体壁溃烂,最终导致苗体死亡。被感染幼体胃中观察到有大量的短杆状细菌,运动活跃。患病幼体的摄食能力明显下降或不摄食,生长和发育迟缓,形态、大小不齐,从耳状幼体到樽形幼体的变态率降低。“化板症”在山东、辽宁及河北的沿海地区均有发现,且发病率有逐年升高之势,患“化板症”初期,幼体收缩变短,活力下降,随着病情的加重逐渐失去附着能力,掉落池底,整个身体自溶解体,在发病池的池底往往可发现许多刺参骨片。调查发现高温或幼体培育密度高时则更容易发病,严重时每批幼体的死亡率常达100%。从患病样品中共分离了八株优势细菌。研究路线为:首先取患病的参苗制作水浸片,在显微镜下观察组织病变和微生物的存在情况,组织病理学初步确认病

关键词：海水养殖刺参育苗烂胃病化板症细菌病 16 s rrna

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猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR快速鉴定方法的建立

猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR快速鉴定方法的建立

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中国畜牧兽医学会食品卫生学分会第十一次学术研讨会

作者：王亚宾陈丽颖胡慧段志刚崔保安河南农业大学牧医工程学院

粪肠球菌和屎肠球菌是引起猪感染发病的优势肠球菌种,以肠球菌的16 s rrna基因设计属特异性引物,利用sodA基因多态性设计种特异性引物,同时优化反应条件,建立了能同时测定猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR方法。通过对来源于猪的临床菌株... 详细信息

粪肠球菌和屎肠球菌是引起猪感染发病的优势肠球菌种,以肠球菌的16 s rrna基因设计属特异性引物,利用sodA基因多态性设计种特异性引物,同时优化反应条件,建立了能同时测定猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR方法。通过对来源于猪的临床菌株、粪便菌株和鲜猪肉菌株进行测定,均能成功扩增出属特异性片段和种特异性片段。经过与快速生化鉴定试剂盒（Vitek-32）和16 s rrna测序方法比较,多重PCR与16 s rrna测序方法对猪的临床菌株、粪便菌株和鲜猪肉菌株的鉴定符合率100%;与Vitek-32鉴定符合率为62.3%,其中,与分离于感染猪的临床菌株符合率仅有46.7%,特别是感染猪的屎肠球菌,符合率仅为22.3%。

关键词：猪肠球菌多重PCR 16 s rrna Vitek-32 鉴定

来源： cnki会议评论

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