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COSINE:A web server for clonal and subclonal structure inference and evolution in cancer genomics

Zoological Research 2022年第1期43卷 75-77页

作者： Xi-Guo Yuan Yuan Zhao Yang Guo Lin-Mei Ge Wei Liu Shi-Yu Wen Qi Li Zhang-Bo Wan Pei-Na Zheng Tao Guo Zhi-Da Li Martin Peifer Yu-Peng Cun School of Computer Science and Technology Xidian UniversityXi'anShaanxi 710071China iFlora Bioinformatics Center Germplasm Bank of Wild SpeciesKunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunan 650201China Yuxi Rongjian Information Technology Co. Ltd.YuxiYunan 653100China Center for Molecular Medicine Cologne(CMMC) University of CologneCologne 50931Germany Pediatric Research Institute Ministry of Education Key Laboratory of Child Development and DisordersNational Clinical Research Center for Child Health and DisordersChina International Science and Technology Cooperation Base of Child Development and Critical DisordersChongqing Key Laboratory of Translational Medical Research in Cognitive Development and Learning and Memory DisordersChildren’s Hospital of Chongqing Medical UniversityChongqing 400014China

Cancer cell genomes originate from single-cell mutation with sequential clonal and subclonal expansion of somatic mutation acquisition during pathogenesis,thus exhibiting a Darwinian evolutionary process(Gerstung et al.,2020;Nik-Zainal et al.,2012).Through next-generation sequencing of tumor tissue,this evolutionary process can be characterized by statistical modelling,which can identify the clonal state,somatic mutation order,and evolutionary process(Gerstung et al.,2020;Mcgranahan&Swanton,2017).Inference of clonal and subclonal structure from bulk or single-cell tumor genomic sequencing data has a huge impact on studying cancer evolution.Clonal state and mutation order can provide detailed insight into tumor origin and future development.In the past decade,various methods for subclonal reconstruction using bulk tumor sequencing data have been developed.However,these methods had different programming languages and data input formats,which limited their use and comparison.Therefore,we established a web server for Clonal and Subclonal Structure Inference and Evolution(COSINE)of cancer genomic data,which incorporated twelve popular subclonal reconstruction methods.We deconstructed each method to provide a detailed workflow of single processing steps with a user-friendly interface.To the best of our knowledge,this is the first web server providing online subclonal inference based on the integration of most popular subclonal reconstruction methods.COSINE is freely accessible at ***.

关键词： .NET server COSINE

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基于.NET的航天电磁继电器电寿命试验系统分析软件设计与实现

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计算机应用与软件 2023年第12期40卷 1-8,28页

作者：孙志刚王国涛高萌萌吴耀阳蒋爱平黑龙江大学电子工程学院黑龙江哈尔滨150080 哈尔滨工业大学电器与电子可靠性研究所黑龙江哈尔滨150001

电寿命是表征航天电磁继电器性能的重要特征,航天工程中需要对其进行测试分析。现有试验系统条件下,使用者受软件兼容性差及定点作业的限制。针对上述问题,设计一套新的系统软件,由客户端软件与服务器软件组成。双方基于Socket建立通信... 详细信息

电寿命是表征航天电磁继电器性能的重要特征,航天工程中需要对其进行测试分析。现有试验系统条件下,使用者受软件兼容性差及定点作业的限制。针对上述问题,设计一套新的系统软件,由客户端软件与服务器软件组成。双方基于Socket建立通信连接,突破定点作业的局限。基于通信协议解析显示数据,基于双缓冲技术绘制波形,加强试验数据的直观分析。测试结果表明,通信连接稳定可靠,数据解析与波形分析准确流畅,具有很高的工程应用价值。

关键词：电寿命 .NET Socket 双缓冲技术数据解析

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转子系统故障的图谱辅助决策方法

转子系统故障的图谱辅助决策方法

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作者：陈芳军兰州理工大学

学位级别：硕士

在旋转机械必须向优质高效运行方向发展的大背景需求指引下,机械装备日趋大型化、复杂化与智能化,其产生的状态数据也呈指数增长,这给目前进行振动信号分析的故障诊断方法带来了巨大困扰,因为海量的数据中夹杂着大量的冗余信息。这种单... 详细信息

在旋转机械必须向优质高效运行方向发展的大背景需求指引下,机械装备日趋大型化、复杂化与智能化,其产生的状态数据也呈指数增长,这给目前进行振动信号分析的故障诊断方法带来了巨大困扰,因为海量的数据中夹杂着大量的冗余信息。这种单一地依靠振动信号来辨识故障模式的诊断手段对振动故障数据集有着较高的要求,同时在智能化的人机交互研究上也迟迟未能有重大突破。一个主要问题是我们人类更容易接受和理解文本数据,而不是一堆看不出规律的数字。这种现象更深层次地表现在故障诊断软件的设计上,通俗地讲就是目前大部分故障诊断软件只能依靠故障数据实现故障辨识功能,对于人们期望的具有故障决策功能的智能化系统还停留在理论层面。值得注意的是在其他领域,研究人员利用知识图谱技术实现了人机交互的革命性突破。基于上述缘由,本论文在研究降维算法得到故障辨识结果的基础上,将知识图谱模型应用于转子故障模式辨识的可视化及辅助决策领域,主要工作概况基本如下:(1)针对旋转机械高维故障数据集中特征属性冗余导致的故障分类困难问题,提出一种局部Fisher主成分判别分析(LFPCDA)的故障数据集降维方法。该方法利用Laplacian得分算法过滤高维故障特征集中的冗余特征,又将主成分计算融入局部Fisher判别分析(LFDA)中,可自适应地选取出最能反映故障本质的主成分来构成投影矩阵,使用双跨转子实验台模拟的转子故障数据集证明了所提算法具有剔除冗余特征属性与提高故障分类准确率的效果,并验证了其可靠性与泛化性。(2)针对神经网络模型对故障识别过程具有“黑箱”特点的问题,构建了转子故障数据与故障机理图谱,该图谱清晰地展现了各类故障之间的内在联系,可供操作人员追溯设备故障根源与设备维护方向。(3)针对先进转子故障诊断技术难以应用到实际工程问题,开发一种基于.NET的转子故障诊断及辅助决策的桌面应用程序,该程序嵌入本文所提LFPCDA数据降维算法与转子故障图谱。该程序包含转子故障辨识模块与故障辅助决策模块,使用双跨转子实验台模拟的转子故障数据集验证了该程序的可行性。

关键词：故障诊断降维知识图谱图数据库 .NET

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基于PLC的海缆布缆机控制系统设计

基于PLC的海缆布缆机控制系统设计

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作者：孙照桐大连交通大学

学位级别：硕士

近年来,随着海底通信光缆在海洋开发活动中的作用越来越突出,人们对海底光缆的建设需求越来越高。与陆上光缆的建设不同,海底光缆的建设需要依靠海缆船及船载布缆设备将海缆敷设在海底。目前全球布缆设备主要由欧美等国家控制,我国现有... 详细信息

近年来,随着海底通信光缆在海洋开发活动中的作用越来越突出,人们对海底光缆的建设需求越来越高。与陆上光缆的建设不同,海底光缆的建设需要依靠海缆船及船载布缆设备将海缆敷设在海底。目前全球布缆设备主要由欧美等国家控制,我国现有布缆设备难以满足发展需求,需要加快布缆设备的研发,以提升海上通信网络基础设施的建设能力。本文根据实际工程需要,基于PLC作为核心控制器,以.NET作为软件开发平台,设计了一套配备某型履带式布缆机使用的控制系统。控制系统采用上下位机结合的架构,实现了对布缆机的控制和实时工作参数的监控。在实现基础功能后,本文在两个部分进行了优化改进:一是在本系统中采用模糊PID算法实现对布缆速度的控制,使用Amesim软件对履带式布缆机液压动力系统进行建模,并与Simulink联合仿真验证的方式来验证了模糊PID算法与常规PID算法在本系统中的应用效果,结果显示模糊PID算法在本系统中的应用拥有更大的优势。二是针对布缆时根据海底环境变化需要按照路由信息与定位信息去修正余量这一现象,设计了一种根据实时海底斜面角度变化自动修正余量的方法,文中对可能出现的几种海底斜面情况进行了分析,推导并整理了自动修正余量所需的计算公式,并通过PLC实现这一方法。文中最后在装配现场对布缆机控制系统进行了相应的测试,为在船厂联调和海试打下基础。本文为履带式布缆机设计的控制系统,对我国海缆事业有的长远规划和可持续发展具有积极意义,促进我国海底光缆的建设和发展。

关键词：履带式布缆机 PLC 模糊PID .NET

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基于PLC控制的粗糙度自动化测量系统设计及应用

基于PLC控制的粗糙度自动化测量系统设计及应用

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作者：郭程程上海第二工业大学

学位级别：硕士

物体表面粗糙度影响着零件的表面摩擦度、装配、抗疲劳等性能,因此是影响制造加工企业产品质量精度的重要参考。当下现有的粗糙度测量设备需要人工操作,在进行工件表面粗糙度测量过程中,存在着人工测量效率低下,测量过程中人为主观因素... 详细信息

物体表面粗糙度影响着零件的表面摩擦度、装配、抗疲劳等性能,因此是影响制造加工企业产品质量精度的重要参考。当下现有的粗糙度测量设备需要人工操作,在进行工件表面粗糙度测量过程中,存在着人工测量效率低下,测量过程中人为主观因素干扰造成测量误差大,测量数据不便于保存与追溯等问题。同时随着制造水平与制造能力的发展,企业也寻求着实现精度检测的自动化。本课题基于粗糙度测量行业的发展与企业的实际需求,研发了一种基于PLC控制的粗糙度自动化测量系统,依据市场上已存在的粗糙度测量机进行二次开发,并搭配PLC来实现组合与通讯,以此完成待测工件的自动上料,双面粗糙度自动化翻转与测量,自动化记录测量数据、自动化粗糙度数据分析与储存,进而实现无人工干预的测量过程。同时该系统运用可编程控制器来控制位置传感器、光电传感器等来精准定位与控制待测工件的上下料过程,并借用.NET语言搭建人机交互界面,实现系统的自动化运行过程中的可视化监控与粗糙度数据分析的可视化管理。首先,为了能够精准地控制待测工件的送料,翻转与双面测量过程,分析了自动送料机的运行整体的流程与细化的系统要求,制定了粗糙度测量系统的行程原理,进而搭建了自动送料系统的总体结构布局,深入研究了粗糙度自动化测量系统的行程定位,以此作为系统进一步进行研发的重要依据。其次,进行了粗糙度自动化测量系统的总体方案的设计,依次进行了系统硬件选型,PLC端口分配,系统电气电路设计,系统通讯分配。系统硬件选型包括了粗糙度测量机的选型,PLC控制器的选型,伺服系统、限位开关以及其他电气元件的选型,送料系统的设计;依据制定的系统布局及流程完成了PLC控制器的输入输出端口定义与分配,为后续PLC控制程序的编制做好铺垫;根据系统所需的硬件绘制相应的电气电路图,并以此进行了电气控制柜与实物的接线。最后分析了系统各硬件之间的通讯方式,完成了硬件系统的搭建。从次,进行了粗糙度自动化测量系统的PLC控制程序的设计与验证。首先,分析了基于PLC的控制系统的一般设计的原理与步骤,再由一般的设计流程延伸至本系统PLC控制系统程序的设计,重点论述了该系统PLC手动运行程序与自动运行程序的编制与程序的运行,最后将编制完成后的PLC程序进行了验证与仿真。在进行调试、检查后,系统的控制程序梯形图能够满足本系统的顺序控制并能在预期的时间内完成整个流程的动作过程。最后基于.NET语言在Windows的环境下,搭建了用于监控系统流程与控制执行元件动作的系统上位机软件,首先进行了软件预期功能的分配,进而定义并分配了系统界面,并完成了用户登录、系统主窗体、系统监控模块界面、参数设定模块界面、系统维护界面、趋势分析模块界面的设计,同时依据离线数据查询的需求制定了系统运行的数据库,完成了系统上位机软件的设计。本部分的设计重点在于根据预期的模块功能设计上位机不同的人机交互界面同时还需要实现与PLC通讯时实时读取PLC状态,并将状态及时反映在上位机界面上便于实时监控与控制。在实际调试与验证过程中,本文所设计的粗糙度测量系统能满足待测工件自动化实时测量以及测量数据可离线追溯的需求,同时也可以有效地解决对于目前粗糙度人工测量过程中存在人工成本高、人工操作带来的操作误差大操作困难等问题,对今后实现精密测量的自动化有了很大的提升。其创新性在于:（1）系统运行过程中能够实现待测量工件自动化的上下料以及自动化的进行粗糙度双面测量;（2）设计的上位机软件可实时可视化监控系统运行情况、实时记录与储存系统测量数据;（3）引入数据库系统,可现实上位机软件离线调取测量数据,方便定期调取测量数据进行对比分析,并可根据数据及时测量工件进行合理化追溯。

关键词： PLC 粗糙度测量自动化 .NET

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基于.NET的签派岗前风险提示系统的设计与实现

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民用飞机设计与研究 2022年第2期 151-158页

作者：裴沛王航臣徐晴中国南方航空股份有限公司北京分公司北京102600

针对签派放行非执勤期难以获取运行信息,交班时间不足以全面提示风险信息的缺点,设计并实现了一种基于.NET平台的飞行签派岗前风险提示系统。首先,设计了系统与组网架构,根据航空公司运行指挥部门的架构,将用户的权限分为管理员、高级... 详细信息

针对签派放行非执勤期难以获取运行信息,交班时间不足以全面提示风险信息的缺点,设计并实现了一种基于.NET平台的飞行签派岗前风险提示系统。首先,设计了系统与组网架构,根据航空公司运行指挥部门的架构,将用户的权限分为管理员、高级用户和普通用户,分别对应席位的维护人员、放行主班和席位值班员。其次,分析了软件的需求,根据签派放行中的实际工作流程,提出软件应具有客户端身份验证模块、信息圈阅模块、信息查询模块、信息录入模块、信息审核模块,并阐述了这些模块的逻辑关系和具体实现方法。再次,通过放行签派员的情景意识规律,建立了一种基于TOPSIS的信息重要度排序机制,将重要信息优先提示。最后,通过C#语言实现了该软件,并验证了该软件在航空公司实际一线运行中的运行效果。

关键词：飞行签派风险提示 .NET TOPSIS

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变电站雷电侵入过电压计算图形软件开发应用

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高压电器 2019年第3期55卷 96-102页

作者：陈昕潘文霞陈剑河海大学能源与电气学院南京211100 国网江苏省电力公司检修分公司南京211100

针对雷电直击输电线路引起的变电站侵入波过电压问题,在贝杰龙法的基础上基于.NET平台采用面向对象的C#编程语言,开发了一套Windows系统下的变电站侵入波过电压计算图形软件,并通过通用计算程序EMTP验证了该软件的正确性。该软件具有参... 详细信息

针对雷电直击输电线路引起的变电站侵入波过电压问题,在贝杰龙法的基础上基于.NET平台采用面向对象的C#编程语言,开发了一套Windows系统下的变电站侵入波过电压计算图形软件,并通过通用计算程序EMTP验证了该软件的正确性。该软件具有参数输入、过电压计算和结果输出管理等功能,利用该软件对某500 kV GIS变电站侵入波过电压计算,根据各电气设备上的过电压数值研究变电站防雷保护方案。结果表明,该软件具有数据处理高效、方便数值建模等特点。

关键词：雷电侵入波变电站防雷贝杰龙图形可视化 .NET

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深海原位伽马探测谱仪数据获取软件研究

深海原位伽马探测谱仪数据获取软件研究

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作者：李林航中国科学技术大学

学位级别：硕士

深海作为地球上最为广阔的一部分,不仅蕴藏着丰富的资源,也有着非常多的科学现象有待人类发现。深海在生态与环境、地质学、生命起源等研究方向有着极其重要的地位,是科学研究的宝库。因此,研究深海探测、发展深海探测技术有着战略性的... 详细信息

深海作为地球上最为广阔的一部分,不仅蕴藏着丰富的资源,也有着非常多的科学现象有待人类发现。深海在生态与环境、地质学、生命起源等研究方向有着极其重要的地位,是科学研究的宝库。因此,研究深海探测、发展深海探测技术有着战略性的意义。深海中有大量的天然和人工放射源,其来源可能有地质构造、地球活动和放射性污染物排放等。因此,对深海伽马射线,尤其是深海原位伽马射线的探测研究,不仅有利于深海放射性污染物的探测和海洋环境保护,也对深海资源的开发、海底地质调查和生命科学研究等方面具有重要的科学意义。为填补国内深海原位伽马探测的技术空白,满足国内对深海资源探测以及海洋地质、海底生态和生命起源等各个方向的研究需求,发展我国自主的深海伽马探测技术。2018年,中国科学院设立了 A类先导科技专项,设立专项子课题以开展深海原位伽马谱仪的研制。考虑到深海环境下谱仪在数据读出、数据分析和数据可视化等方面的实际需求,需要为深海原位伽马探测谱仪设计相应的数据获取软件。本文依托先导专项子课题开展深海伽马探测谱仪数据获取软件的研究和设计。为了开展深海原位伽马探测数据获取软件的研究,本文首先调研了深海伽马射线的特征。之后,本文调研了国内外原位伽马谱仪的工作流程,以及现有的伽马探测数据获取软件和寻峰算法。在对调研进行归纳和总结的基础上,结合深海原位伽马探测数据获取面临的问题,论文分析和归纳出数据获取软件的需求,并基于该需求设计实现了深海原位伽马探测谱仪数据获取软件、软硬件通信协议、系统工作流程以及伽马能谱寻峰算法的设计。其中,论文基于模型-视图-视图模型框架设计了深海原位伽马探测谱仪软件架构,并基于.NET平台技术实现了该软件。论文基于请求-响应式的MODBUS协议设计了软硬件通信协议和工作流程,该流程可兼顾谱仪实时采集和自主运行的工作需求。本文工作的特色之处在于能谱分析算法的研究:本文研究并设计了基于小波变换和置信度判选的伽马能谱寻峰算法、基于期望最大算法的特征峰拟合算法和基于特征峰匹配算法的核素识别算法,以解决低计数率深海伽马能谱的伽马能谱的分析问题。在实验室条件下,本论文对深海原位伽马探测谱仪的通信协议、系统流程、软件和算法进行了一系列相关测试,并完成了软件与伽马谱仪的联合测试。测试结果表明,本文研究和设计的软件、协议、算法和系统工作流程均能够正常工作,并可联合硬件有效实现实时控制或自主运行模式的深海原位伽马探测,能谱分析算法作为软件的关键问题,能够实现深海伽马能谱的自适应分析,效果好于开源分析软件InterSpec。其中,能谱寻峰算法对高本底、低计数的能谱中特征峰的整体误识别率低于20%,拟合算法平均相对误差仅0.59%,核素识别算法能够准确识别能谱中的的所有放射系。本文设计的深海原位伽马探测谱仪数据获取软件能够解决深海原位伽马探测中的软硬件协议、系统工作流程、谱仪读出、数据存储、数据可视化、数据分析等问题。

关键词：深海原位探测伽马探测数据获取软件 .NET 能谱寻峰算法核素识别

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光学遥感图像目标检测方法研究

光学遥感图像目标检测方法研究

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作者：李建强电子科技大学

学位级别：硕士

近年来,基于深度学习的光学遥感图像目标检测算法得到了蓬勃发展,但是光学遥感图像中目标小而密集的特点导致网络在小目标上的推理能力欠佳,并且其网络深度与宽度日益庞大,计算成本居高不下。针对这些问题,本文首先基于计算成本与检测... 详细信息

近年来,基于深度学习的光学遥感图像目标检测算法得到了蓬勃发展,但是光学遥感图像中目标小而密集的特点导致网络在小目标上的推理能力欠佳,并且其网络深度与宽度日益庞大,计算成本居高不下。针对这些问题,本文首先基于计算成本与检测准确性较为平衡的YOLOV4网络进行了针对光学遥感图像的适应性改进,提出了一种基于跨阶段局部网络与双向多尺度连接的目标检测模型YOLOV4Bi,提升了传统YOLOV4模型针对遥感图像中小目标的检测能力。另外在YOLOV4Bi的基础之上进行了轻量化改造的研究,提出了CGBi＿YOLO网络模型,在基本保持检测性能的前提下进一步降低了光学遥感图像目标检测模型的计算成本。本文具体工作如下:(1)基于光学遥感图像数据集DOTA进行了一系列的改进与增强工作。并对改进后的数据集进行了对比实验,验证了该数据集可以为深度学习网络提供更丰富的特征信息,加强网络的鲁棒性,提高网络的检测效果。并且本文所制作的遥感图像数据集能够为相关领域的所有网络模型提供训练支持。(2)针对遥感图像中目标尺变化较大、密集且小的目标较多的特点,改进了传统YOLOV4网络中的特征融合结构。首先引入了基于权重的双向多尺度特征融合机制,其次删除了传统Bi FPN中用于大目标检测的金字塔融合结构,将这一部分的计算量转移至用于小目标检测的有效特征融合之中,提高了网络对于小目标的检测能力。此外,本文改进了传统CSP结构的通道划分方式,并将该结构增加到了YOLO网络模型的Neck部分之中。在不大幅度增加网络推理计算量的同时提高了模型的学习能力。(3)在YOLOV4Bi的基础之上,针对传统Dark.NET主干特征提取网络需要通过大量残差卷积生成冗余特征图的问题,提出了基于Ghost模块所构成的轻量化网络CGBi＿YOLO,实现了在不降低模型检测性能的前提之下,大幅度提高模型的推理速度。(4)基于改进的网络模型开发了能够完成目标检测全流程任务托管的可视化平台,其中包含巨幅图像自动分割、数据增强、网络模型训练、网络模型性能检测、批处理目标检测等功能。

关键词：遥感图像目标检测深度学习 YOLO Ghost .NET

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基于.NET的中国苹果产业景气指数系统设计与开发

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农业展望 2022年第5期18卷 92-96页

作者：宋正阳武婕中国农业科学院农业信息研究所北京100081

景气指数是对经济发展状况的一种综合性描述,是用以说明经济活跃程度的概念,被称作经济运行的“指示器”和“风向标”,为监测、研判经济走势提供了重要参考。编制中国苹果产业景气指数是对中国苹果市场进行监测预警的重要手段。苹果作... 详细信息

景气指数是对经济发展状况的一种综合性描述,是用以说明经济活跃程度的概念,被称作经济运行的“指示器”和“风向标”,为监测、研判经济走势提供了重要参考。编制中国苹果产业景气指数是对中国苹果市场进行监测预警的重要手段。苹果作为中国的主要水果品种,其市场波动趋势、供需情况以及产业发展趋势等信息愈发被市场关注。特别是在新冠肺炎疫情冲击、逆全球化有所抬头等因素影响下,市场经济形势更趋复杂严峻,对经济监测预测预警能力提出了更高的要求。为了方便开展中国苹果产业景气指数研究,以市场数据为依托,从模型建设、指标编制、算法构建、系统开发与实施等方面详细介绍基于.NET架构的苹果产业景气指数系统设计与开发。实证检验表明,该系统运行稳定,系统设置较为准确。最后,提出当市场过冷或过热时,政府相关部门应分别采取不同措施,确保市场在合理波动范围内运行。

关键词：景气指数苹果产业监测预警 .NET 设计与开发

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