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黑鲷scd1a和scd1b基因克隆及其对急性低温的应答

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中国水产科学 2022年第2期29卷 200-210页

作者：陈自强张志勇张志伟卫明亮林志杰祝斐贾超峰陈淑吟孟乾江苏省海洋水产研究所江苏省鱼类遗传育种重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学

为探究硬脂酰辅酶A去饱和酶-1 (stearoyl-CoA desaturase 1, SCD1)在黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)响应低温过程中的作用,利用cDNA末端快速扩增法(rapid amplification of cDNA ends, RACE)获得了黑鲷scd1a (Asscd1a)和scd1b(Asscd1b)基因的cDNA全长序列,并检测了其在急性低温胁迫下不同组织中的表达情况。以19.8℃为对照组, 6℃为胁迫组进行低温胁迫(以1℃/h的速度降温,下降至6℃并保持24 h),在胁迫状态下能正常游动的为耐受组,失衡状态的黑鲷为敏感组。结果表明, scd1a的cDNA全长为3281 bp (GenBank No. MZ004439),包括111 bp的5′UTR、2162 bp的3′UTR和1008 bp完整开放阅读框,共编码335个氨基酸; scd1b基因cDNA全长为1560 bp(GenBankNo.MZ004440),包括152bp的5′UTR、400bp的3′UTR和1008bp完整开放阅读框,共编码335个氨基酸。多重序列比对结果显示,黑鲷与其他硬骨鱼类scd基因的氨基酸序列有较高的相似度(70%～98%),均含有3个高度保守的组氨酸元件。系统进化树分析表明,黑鲷scd1a和scd1b基因编码氨基酸序列分别与黄鳍鲷的SCD和SCDb聚为一簇,两者之间有着较近的进化关系。正常水温下,Asscd1a和Asscd1b主要在肝脏中表达,脑中弱表达,鳃中不表达;低温胁迫下, Asscd1a在肝脏中的表达前期受到抑制,后期显著上调,而Asscd1b在肝脏中则呈现表达持续上调的趋势,且上调幅度远高于scd1a;Asscd1a和Asscd1b在脑的表达均受到抑制;鳃中Asscd1a和Asscd1b均显著上调;耐受组Asscd1基因的两种亚型在肝脏、脑和鳃3个组织中的表达均比敏感组变化更为迅速。Asscd1a和Asscd1b剧烈变化的表达量说明其在黑鲷低温响应过程中发挥重要作用。

关键词：黑鲷 scd1基因低温胁迫基因克隆

黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)肠道细菌群落对饲料中添加不同羽毛粉的响应

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海洋与湖沼 2019年第6期50卷 1309-1317页

作者：邓惠文刘峰李桂豪包卫洋邹松保郑鹏飞龚骏孙汝江中山大学海洋科学学院珠海519082 南方海洋科学与工程广东省实验室珠海519000 中国农业大学烟台研究院烟台264670 大连海洋大学水产与生命学院大连116023 中国科学院烟台海岸带研究所烟台264003

羽毛粉是一种潜在的饲料蛋白源。在水产动物饲料中添加适量的羽毛粉,不仅可以降低饲料成本,而且有助于禽类废弃物的再利用。在动物消化、降解、吸收羽毛粉过程中,动物肠道中的微生物可能发挥着重要作用;添加羽毛粉的饲料对鱼类肠道微生... 详细信息

羽毛粉是一种潜在的饲料蛋白源。在水产动物饲料中添加适量的羽毛粉,不仅可以降低饲料成本,而且有助于禽类废弃物的再利用。在动物消化、降解、吸收羽毛粉过程中,动物肠道中的微生物可能发挥着重要作用;添加羽毛粉的饲料对鱼类肠道微生物多样性与群落结构的影响目前还不清楚。基于细菌16SrRNA基因高通量测序,作者对比研究了以添加羽毛粉(包括水解、酸解、膨化处理或生羽毛粉实验组,添加量为5%)和不添加羽毛粉的饲料(即对照组,包括鱼粉和商业饲料两组)喂养黑鲷12周后,黑鲷肠道细菌多样性与群落结构的变化情况。统计分析结果表明:添加羽毛粉的实验组中肠道细菌的丰富度、辛普森指数和香农指数显著低于对照组(P黑鲷肠道细菌主要由厚壁菌门(57.3%)和变形菌门(36.3%)组成;实验组细菌群落中拟杆菌纲、梭菌纲、δ-变形菌纲、草酸杆菌科和青枯菌属的相对丰度显著低于对照组。不同的羽毛粉处理组之间也呈现出群落结构上的差异:与水解羽毛粉组相比,生羽毛粉组的变形菌门、γ-变形菌门、海洋螺菌目、盐单胞菌科和盐单胞菌属的相对丰度显著下降;与鱼粉组相比,生羽毛粉组中芽孢杆菌目在群落中的占比显著上升,而拟杆菌门、草酸杆菌科和青枯菌属的占比则显著下降,而且生羽毛粉组中厚壁菌门与变形菌门相对丰度的比值(7.42)明显高于鱼粉组(0.97)和水解羽毛粉组(0.74)且均接近显著(P=0.057)。与鱼粉组相比,水解羽毛粉组中紫单胞菌科和回线属的相对丰度显著下降,而盐单胞菌属的相对丰度显著上升。

关键词：黑鲷羽毛粉 16S rRNA 肠道微生物群落结构

冷应激对黑鲷组织损伤及细胞凋亡基因表达的影响

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南方水产科学 2022年第5期18卷 110-117页

作者：卫明亮张志伟张志勇林志杰祝斐贾超峰孟乾徐大凤张曹进上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 江苏省海洋水产研究所江苏南通226007

为探究黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)在低温下的生理适应机制,设计了3个温度梯度(15、10和5℃),以15℃为对照,低温胁迫24 h,分别研究了冷应激前后黑鲷的组织结构变化、生理生化反应及凋亡基因的表达。结果显示,随着温度的降低,黑鲷呈... 详细信息

为探究黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)在低温下的生理适应机制,设计了3个温度梯度(15、10和5℃),以15℃为对照,低温胁迫24 h,分别研究了冷应激前后黑鲷的组织结构变化、生理生化反应及凋亡基因的表达。结果显示,随着温度的降低,黑鲷呈现出肝脏空泡化、腮小片收缩、肌纤维断裂等组织损伤现象;肝脏中的甘油三酯(TG)含量显著降低(P黑鲷遭受冷应激,肝脏功能紊乱、结构遭到破坏。q-PCR结果显示,10℃时黑鲷通过降低apaf-1、bax、caspase-1基因表达量,促进caspase-3、diablo基因表达,从而减少肝脏细胞丢失来降低冷应激的损伤;胁迫至5℃时,温度超过黑鲷自身生理调节阈值,肝脏细胞受损程度加重,黑鲷促进apaf-1、bcl-2和diablo基因表达,抑制caspase-3基因表达,最大限度维持了肝脏细胞的稳态。结果表明,随着温度的降低,黑鲷的肝脏、腮、肌肉损伤加重,其中肝脏通过调节AST、ALT、T-CHO、TG以及凋亡基因表达,以减少组织损伤带来的危害。

关键词：黑鲷冷应激组织切片细胞凋亡

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杂交鲷与黑鲷投喂频率的比较研究

南方水产科学 2022年第1期18卷 59-67页

作者：仇玉燕张志勇陈淑吟倪可雯贾超峰孟乾祝斐张志伟汤晓建上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 江苏省海洋水产研究所江苏南通226007

比较了黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)♀×真鲷(Pagrus major)♂杂交子二代(杂交鲷或杂交F_(2))与黑鲷幼鱼在不同投喂频率下生长性能、生理生化指标的差异表现,为新品种选育提供基础依据。选用杂交F;及黑鲷幼鱼为研究对象,设4个投喂频... 详细信息

比较了黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)♀×真鲷(Pagrus major)♂杂交子二代(杂交鲷或杂交F_(2))与黑鲷幼鱼在不同投喂频率下生长性能、生理生化指标的差异表现,为新品种选育提供基础依据。选用杂交F;及黑鲷幼鱼为研究对象,设4个投喂频率组(1T:1次·d^(-1)、2T:2次·d^(-1)、3T:3次·d^(-1)、4T:4次·d^(-1)),进行40 d的养殖实验。结果显示,投喂频率从1T升至2T,杂交F_(2)与黑鲷的增重率(WGR)、特定生长率(SGR)、成活率(SR)显著升高(P黑鲷各实验组的WGR、SGR、SR及消化酶活力均无显著差异(P>0.05);抗氧化酶活力3T与2T组间无显著差异(P>0.05),但显著高于4T(P黑鲷(P黑鲷(P黑鲷幼鱼的适宜投喂频率为2T,且杂交F_(2)在所有组别中的生长性能表现均优于黑鲷。

关键词：杂交鲷黑鲷投喂频率生长性能生理生化指标

基于线粒体DNA控制区序列的黑鲷亲鱼、放流及海捕群体遗传多样性比较分析

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2023年第6期53卷 50-58页

作者：杨艳艳史赟荣张虎潘玉祖凯伟高天翔宋娜中国海洋大学水产学院山东青岛266003 中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090 江苏省海洋水产研究所江苏南通226007 浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022

为了解黑鲷(Acanthopayrus schlegelii)种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体DNA控制区序列对采自舟山、莱州和南通的黑鲷亲鱼、放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究。研究显示:764尾黑鲷个体... 详细信息

为了解黑鲷(Acanthopayrus schlegelii)种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体DNA控制区序列对采自舟山、莱州和南通的黑鲷亲鱼、放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究。研究显示:764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个、亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个。亲鱼群体、放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786~0.935和0.850~0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005~0.009和0.008~0.009。群体间遗传分化指数F_(ST)显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体、放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化。研究结果表明,黑鲷亲鱼群体、放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源。

关键词：黑鲷遗传多样性增殖放流线粒体DNA控制区种质资源

黑鲷生长相关SNPs标记开发及其与生长性状关联分析

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黑鲷生长相关SNPs标记开发及其与生长性状关联分析

作者：林志杰上海海洋大学

学位级别：硕士

本研究利用Illumina高通量测序技术对4月龄黑鲷不同生长速度个体的脑、肝脏、肌肉组织混合样本进行了转录组测序及生物信息学分析,并通过GO功能富集分析和KEGG Pathway分析,寻找参与黑鲷肌肉生长、物质代谢等过程的相关调控通路。结果表... 详细信息

本研究利用Illumina高通量测序技术对4月龄黑鲷不同生长速度个体的脑、肝脏、肌肉组织混合样本进行了转录组测序及生物信息学分析,并通过GO功能富集分析和KEGG Pathway分析,寻找参与黑鲷肌肉生长、物质代谢等过程的相关调控通路。结果表明:对比分析黑鲷快生长和慢生长群体的基因表达情况表达,共筛选出3104个差异表达基因,包括1129个上调基因,1975个下调基因,其中包括myosin heavy chain(MYH4)、IGF-1、IGF-2、myosin light chain 3-like(Myl3)、myosin-6-like(MYH6)、Myoglobin(Mb)、Growth Hormone Receptor Type 1(GHR1)等参与肌肉生长调控的关键基因。在GO和KEGG富集分析中,我们筛选到与生长相关的显著富集GO条目25条、KEGG通路39条,如代谢途径、甲状腺信号通路、PPAR信号通路等。我们利用PCR扩增和高通量测序技术分段扩增了黑鲷肌肉生长抑制素(MSTN)基因和肌调节蛋白1(MyoD1)基因,测序及拼接后得到长度为2217bp的MSTN基因序列,包含长度分别为394bp、371bp、381bp的3个外显子和2个长度分别为325bp、746bp的内含子,编码区共1158bp。此外,还获得长度为2171bp的MyoD1基因序列,包含3个长度为591bp、83bp、84bp的外显子和2个长度为811bp、602bp的内含子,开放阅读框共758bp,其中,第3外显子序列不完整。我们对不同生长速度的黑鲷个体组别间进行基因序列比对分析,共筛选出7个候选SNPs位点,分别位于MSTN基因第2内含子的第88、94、274、692、712位碱基和MyoD1基因第1内含子的357位、第2外显子的65位。同时,我们还从转录组测序数据中筛选出61个候选SNPs位点,共记筛选出68个与黑鲷生长性状相关的候选SNPs位点。基于飞行时间质谱法,对68个候选SNPs位点进行基因分型,其中66个位点分型成功,成功率达97.06%。四个生长性状的主成分分析结果显示,体质量为第一主成分,累计贡献率为74%。性状之间的相关性分析结果表明,体质量与全长、体长均具有极显著相关性(P黑鲷个体的生长。本研究共开发出4个与黑鲷生长性状相关的SNP分子标记,这意味着我们能够从分子生物学层面对黑鲷进行优良品种选育,能够克服了由人工选育所带来的成本高、效率低、效果差等局限性。这有利于提高选择的准确性,并且可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体,从而缩短育种周期,加

关键词：黑鲷生长性状转录组 SNP分子标记飞行时间质谱关联分析

人工鱼礁竖板不同方形孔径对黑鲷幼鱼诱集效果研究

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南方水产科学 2022年第1期18卷 52-58页

作者：张皓铭谢笑艳陈丕茂袁华荣冯雪佟飞刘雁成志健邹剑豪陈梓聪上海海洋大学海洋科学学院上海201306 中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源环境科学观测试验站/中国水产科学研究院海洋牧场技术重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室/广东省海洋休闲渔业工程技术研究中心广东广州510300

建设人工鱼礁是修复海洋生境、养护渔业资源的重要措施。钢筋混凝土鱼礁是常用的人工鱼礁类型,鱼礁竖板(侧板、内部间板)方形开孔是钢筋混凝土鱼礁结构设计中主要设计参数,竖板方形孔径大小是影响鱼类诱集效果的重要因素。以人工鱼礁区... 详细信息

建设人工鱼礁是修复海洋生境、养护渔业资源的重要措施。钢筋混凝土鱼礁是常用的人工鱼礁类型,鱼礁竖板(侧板、内部间板)方形开孔是钢筋混凝土鱼礁结构设计中主要设计参数,竖板方形孔径大小是影响鱼类诱集效果的重要因素。以人工鱼礁区常见的礁栖鱼类黑鲷(Sparus macrocephalus)幼鱼为研究对象,设计制作具有不同方形孔径(8、16、24、32、40 cm)的钢筋混凝土人工鱼礁竖板,在实验水池中研究了人工鱼礁竖板不同方形孔径对黑鲷幼鱼的诱集效果。结果表明,对照组空白礁区(A1)的黑鲷幼鱼平均出现率为2.56%,放置鱼礁竖板后,B1组(孔径8 cm)的平均出现率为9.89%,其次是B3组(孔径24 m)的9.01%、B2组(孔径16 cm)的7.65%、B5组(孔径40 cm)的6.80%、B4组(孔径32 cm)的5.25%,鱼礁竖板开孔孔径分别约为黑鲷幼鱼体高(舒展鱼鳍)的2、6、4、10、8倍。统计分析说明,5组方形孔径竖板均有一定的诱集效果,其中鱼礁竖板开孔孔径为8 cm的B1组效果最好,但不同孔径之间差异不明显,且无明显规律。

关键词：人工鱼礁方形孔径黑鲷诱集效果

基于耳石微化学特征甄别黑鲷放流群体和野生群体的初步研究

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海洋渔业 2022年第6期44卷 680-688页

作者：张翼张辉姜亚洲凌建忠刘尊雷李圣法中国水产科学研究院东海水产研究所农业农村部东海渔业资源开发利用重点实验室上海200090

基于耳石微化学特征研究甄别黑鲷(Sparus macrocephalus)放流群体和野生群体的可行性,并根据该特征对象山港捕获的黑鲷成鱼进行了群体判别。研究结果显示,向天然海水中加入适当淡水后形成养殖海水,养殖海水的Ba离子浓度显著高于天然海水... 详细信息

基于耳石微化学特征研究甄别黑鲷(Sparus macrocephalus)放流群体和野生群体的可行性,并根据该特征对象山港捕获的黑鲷成鱼进行了群体判别。研究结果显示,向天然海水中加入适当淡水后形成养殖海水,养殖海水的Ba离子浓度显著高于天然海水(P黑鲷的耳石核心位置的Ba/Ca比值(C)、全耳石Ba/Ca比值(X)及Ba元素变异系数(CVI)均显著高于野生黑鲷(P黑鲷和野生黑鲷的微化学标志。以此为标志对象山港捕获的20尾黑鲷成鱼进行群体判别,结果表明2尾黑鲷为放流群体。

关键词：黑鲷耳石钡微化学标志元素分析

基于肝脏代谢组分析研究低聚硒化氨基多糖对黑鲷的免疫调节作用

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色谱 2019年第9期37卷 939-945页

作者：周秀锦杨会成张静邵宏宏冷向阳韩超舟山海关综合技术服务中心浙江舟山316000 浙江海洋开发研究院浙江舟山316000 SCIEX公司上海200335 浙江树人大学生物与环境工程学院浙江杭州310015

采用基于液相色谱-飞行时间质谱联用(LC-TOF-MS)技术的代谢组学方法,分析黑鲷肝脏内源性代谢物的变化,研究硒化氨基多糖增强黑鲷的免疫调节机制。采用XCMS plus 软件非靶向分析质谱采集数据,筛选潜在生物标志物,并通过MetaboAnalyst3.0... 详细信息

采用基于液相色谱-飞行时间质谱联用(LC-TOF-MS)技术的代谢组学方法,分析黑鲷肝脏内源性代谢物的变化,研究硒化氨基多糖增强黑鲷的免疫调节机制。采用XCMS plus 软件非靶向分析质谱采集数据,筛选潜在生物标志物,并通过MetaboAnalyst3.0网站分析相关代谢通路。结果表明,饲喂硒化氨基多糖组中的代谢物明显区分于空白组,发现并鉴定了32个有差异的生物标志物。代谢通路分析结果表明,硒化氨基多糖可通过氨基酰基-转运脱氧核糖核苷酸(tRNA)生物合成、氨基酸代谢、核苷酸代谢、氮代谢等代谢通路增强黑鲷自身的免疫机能。该研究为阐明硒化氨基多糖的免疫增强机制提供了科学依据。

关键词：高分辨质谱代谢组学低聚硒化氨基多糖黑鲷免疫调节